genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21012381--21012405	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21013878--21014018	54	2.6	51	76	7	129	29	11	6	52	1.62
21014431--21014479	21	2.2	22	80	16	57	75	6	0	18	1.00
21015565--21015715	41	3.6	42	81	3	180	43	17	11	27	1.84
21015556--21015715	83	1.9	84	85	1	223	43	18	11	27	1.84
21027700--21027739	4	9.8	4	83	5	53	75	5	0	20	0.99
21028264--21028298	17	1.9	17	88	11	52	71	11	0	17	1.14
21029640--21029815	60	2.9	59	76	12	176	54	12	5	27	1.58
21029682--21029739	24	2.5	23	83	5	80	63	10	1	24	1.35
21032142--21032185	19	2.3	19	80	0	52	52	13	6	27	1.66
21040252--21040280	12	2.3	13	94	5	51	79	0	20	0	0.74
21047397--21047462	23	2.8	23	79	6	62	30	1	4	63	1.23
21047372--21047609	118	2.0	117	91	4	381	29	2	8	59	1.41
21047735--21047790	20	2.6	21	81	18	71	51	3	0	44	1.18
21049007--21049040	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21049116--21049168	27	2.0	27	92	0	88	58	0	0	41	0.98
21049263--21049294	11	2.8	12	90	9	50	50	0	0	50	1.00
21049229--21049364	73	1.9	72	92	1	227	53	5	0	41	1.23
21049223--21049337	24	4.8	24	68	14	65	53	5	0	40	1.23
21055384--21055414	14	2.2	14	94	0	53	51	0	3	45	1.17
21055521--21055609	31	2.9	31	77	3	90	34	6	5	52	1.51
21055718--21055768	13	3.8	13	76	20	52	49	0	1	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21067478--21067511	2	17.0	2	93	0	59	47	2	50	0	1.16
21073211--21073249	20	2.0	20	90	10	62	64	7	10	17	1.48
21073539--21073563	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
21073828--21073882	28	2.0	29	86	13	80	72	0	1	25	0.94
21073822--21073896	13	5.6	14	75	24	65	73	0	1	25	0.91
21073822--21073901	27	2.9	27	77	15	83	71	1	2	25	1.06
21075863--21075921	31	1.9	31	82	6	75	18	6	3	71	1.23
21076343--21076431	6	14.5	6	76	15	76	16	5	0	77	0.95
21076343--21076431	17	5.2	17	75	16	87	16	5	0	77	0.95
21076343--21076431	5	16.8	5	77	20	76	16	5	0	77	0.95
21076452--21076849	60	6.7	58	83	8	466	43	5	12	38	1.64
21076461--21076849	118	3.3	116	84	9	441	43	5	12	39	1.65
21082122--21082160	11	3.4	12	86	6	55	71	0	0	28	0.86
21082123--21082158	17	2.1	18	89	5	56	75	0	0	25	0.81
21085487--21085535	16	3.1	15	80	19	55	61	0	4	34	1.15
21085578--21085677	41	2.3	43	81	5	114	47	8	4	41	1.52
21085649--21085678	11	2.7	11	94	0	51	56	3	0	40	1.16
21086602--21086667	23	2.8	22	74	19	62	45	1	1	51	1.19
21087036--21087073	16	2.4	16	86	8	51	28	0	10	60	1.30
21087500--21087826	117	2.8	117	90	0	503	20	23	32	23	1.98
21091992--21092039	15	3.3	13	83	16	51	31	2	0	66	1.03
21091983--21092039	29	2.0	29	83	13	73	31	3	0	64	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21092294--21092409	61	1.9	61	82	3	144	31	6	12	50	1.66
21094505--21094587	25	3.6	22	76	16	71	48	4	3	43	1.41
21096564--21096614	23	2.2	22	80	10	57	70	0	1	27	0.98
21105444--21105473	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21109334--21109383	19	2.6	19	72	18	50	36	0	4	60	1.16
21110228--21110275	15	3.0	16	76	11	53	35	0	4	60	1.16
21111937--21111990	24	2.3	24	83	3	74	38	1	1	57	1.20
21112052--21112897	282	3.0	282	96	0	1561	39	9	8	41	1.69
21112650--21112693	12	3.4	14	81	15	58	34	0	4	61	1.16
21116918--21117022	52	2.0	52	92	0	174	50	14	4	30	1.63
21123206--21123361	52	3.0	51	79	5	143	27	21	7	44	1.78
21123379--21123447	22	3.1	22	89	0	102	52	20	0	27	1.47
21123383--21123462	11	7.3	11	79	0	88	48	23	0	27	1.51
21123386--21123462	33	2.3	33	93	0	127	50	23	0	25	1.49
21123889--21124091	67	3.1	66	77	11	193	25	8	7	58	1.55
21126278--21126304	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21126157--21126386	124	1.9	124	86	3	329	40	10	4	44	1.58
21126337--21126409	17	4.4	17	65	22	55	42	2	5	49	1.40
21127794--21127851	21	2.8	21	82	10	66	34	22	13	29	1.93
21127965--21128166	21	8.9	21	69	16	109	34	13	11	39	1.82
21127965--21128390	46	9.0	46	80	9	439	36	14	10	39	1.80
21128178--21128240	33	1.9	33	90	0	99	39	19	11	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21128236--21128389	21	6.8	21	69	16	85	38	12	7	42	1.70
21128100--21128297	104	1.9	104	85	6	276	35	15	10	38	1.81
21128054--21128341	150	1.9	150	85	2	400	35	14	10	38	1.81
21128008--21128389	196	1.9	194	84	6	502	36	13	10	39	1.80
21137258--21137295	16	2.3	17	90	4	60	84	7	5	2	0.86
21138682--21138862	85	2.1	85	80	5	204	40	14	10	34	1.80
21138723--21138963	85	2.8	85	80	6	256	38	16	12	33	1.85
21139028--21139064	14	2.6	14	91	0	56	21	21	18	37	1.94
21139486--21139530	23	2.0	23	81	0	54	35	13	6	44	1.70
21139530--21139614	23	3.7	23	76	6	82	30	24	16	28	1.96
21139682--21140012	126	2.6	125	82	2	367	38	14	12	34	1.85
21139688--21140086	126	3.2	126	77	9	341	38	15	13	33	1.86
21140329--21140381	22	2.3	23	75	15	56	32	7	16	43	1.76
21140262--21140569	104	3.0	103	79	3	357	34	12	15	37	1.86
21140546--21140588	22	2.0	22	90	0	68	32	18	13	34	1.90
21140553--21140626	22	3.4	22	79	5	78	35	20	14	29	1.93
21140542--21140637	44	2.2	44	81	3	104	33	20	14	31	1.93
21140955--21141028	15	4.9	15	72	11	62	79	6	4	9	1.03
21141681--21141719	20	2.0	20	85	10	53	76	5	2	15	1.06
21141781--21141805	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21141921--21142492	217	2.6	213	80	7	630	55	8	10	25	1.62
21143046--21143099	20	2.7	21	77	11	69	51	5	0	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21143050--21143118	31	2.5	29	80	19	85	49	5	0	44	1.26
21143075--21143161	15	6.3	15	75	20	91	49	6	0	43	1.29
21143079--21143159	41	2.0	41	100	0	162	49	7	0	43	1.30
21143107--21143161	26	2.1	26	100	0	110	49	7	0	43	1.30
21143701--21143799	44	2.2	44	77	8	103	52	10	3	34	1.50
21159846--21159925	24	3.2	24	68	13	70	37	7	16	38	1.77
21159846--21159949	52	2.0	53	88	5	158	34	9	17	38	1.82
21168654--21168693	20	2.0	20	85	5	53	47	7	12	32	1.69
21170201--21170251	8	6.2	8	84	4	66	9	3	1	84	0.83
21170198--21170251	17	3.2	17	81	5	65	11	3	1	83	0.85
21170198--21170251	25	2.2	25	86	6	74	11	3	1	83	0.85
21170418--21170850	86	5.1	85	83	4	464	45	19	12	23	1.83
21170418--21170850	42	10.2	43	82	4	450	45	19	12	23	1.83
21171245--21171620	79	4.7	79	86	2	479	33	16	13	36	1.88
21171365--21171404	21	1.9	21	94	0	71	37	17	10	35	1.83
21171445--21171495	21	2.5	21	93	3	86	33	15	11	39	1.84
21171545--21171696	58	2.6	58	89	3	216	30	16	13	39	1.87
21171667--21171708	21	2.0	21	90	4	66	40	16	7	35	1.76
21172979--21173032	15	3.5	15	87	7	72	11	9	0	79	0.93
21172998--21173089	23	3.9	23	71	15	80	10	10	0	78	0.97
21172976--21173080	46	2.2	47	80	16	119	10	14	0	75	1.05
21172976--21173103	39	3.3	37	74	19	109	10	14	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21172976--21173104	8	16.4	8	72	20	62	10	14	0	75	1.05
21184681--21184744	32	2.0	32	87	3	92	23	9	23	43	1.82
21184844--21185022	74	2.4	74	84	6	231	29	12	16	41	1.86
21184951--21185399	40	11.3	40	77	5	293	27	11	18	42	1.84
21184951--21185399	80	5.6	80	78	5	410	27	11	18	42	1.84
21184991--21185399	160	2.6	159	80	6	452	27	10	19	43	1.83
21185248--21185397	39	3.8	39	84	4	149	26	10	21	42	1.84
21186429--21186469	11	3.4	12	83	16	50	9	7	2	80	0.99
21186458--21186522	14	4.9	14	74	22	50	15	0	10	73	1.08
21186428--21186559	12	10.1	12	72	19	63	16	3	7	72	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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