genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2209990--2210123	40	3.3	40	95	3	234	29	13	19	38	1.90
2210161--2210265	34	3.2	34	72	8	117	28	12	20	39	1.88
2210123--2210291	65	2.5	67	83	8	227	28	13	19	38	1.90
2210270--2210394	63	2.0	64	84	10	168	28	18	20	32	1.96
2210124--2210400	33	8.5	33	69	14	146	28	15	19	36	1.92
2211263--2211345	12	7.4	11	69	10	53	4	13	1	80	0.92
2211290--2211339	19	2.6	19	87	6	66	4	16	2	78	1.00
2212074--2212379	146	2.1	146	83	2	373	35	13	24	26	1.92
2214932--2214972	19	2.3	18	87	8	57	56	0	0	43	0.99
2216417--2216476	23	2.8	20	70	22	50	48	0	0	51	1.00
2218139--2218164	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2219132--2219184	13	4.2	12	76	13	54	20	0	1	77	0.87
2219118--2219168	20	2.6	19	81	6	66	17	1	0	80	0.81
2219126--2219185	24	2.4	25	84	15	72	21	1	1	75	0.99
2219769--2219832	19	3.4	19	83	12	71	71	6	1	20	1.15
2219769--2219832	20	3.4	19	81	12	62	71	6	1	20	1.15
2244138--2244233	20	4.8	20	92	0	147	43	10	5	40	1.61
2244384--2244430	24	2.0	23	83	4	58	74	0	4	21	0.99
2244385--2244433	21	2.5	19	83	6	62	77	0	4	18	0.92
2244385--2244497	55	2.1	53	82	9	131	78	3	5	12	1.04
2245430--2245559	6	21.8	6	80	0	109	62	9	4	23	1.44
2245410--2245560	6	25.2	6	79	0	95	62	9	3	23	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245429--2245559	24	5.5	24	86	0	145	62	9	4	23	1.43
2245811--2246034	41	5.3	42	76	7	197	37	22	13	27	1.91
2245799--2246034	83	2.8	83	78	5	235	37	21	13	27	1.91
2256644--2256678	10	3.6	10	88	7	54	11	0	2	85	0.69
2256644--2256678	9	3.7	9	92	7	52	11	0	2	85	0.69
2256746--2256779	3	11.0	3	93	6	59	32	2	0	64	1.08
2258498--2258672	60	2.9	59	85	7	239	42	9	15	32	1.78
2258502--2258672	59	2.8	60	86	4	247	42	9	15	32	1.79
2263127--2263542	42	10.0	42	91	5	668	23	18	22	35	1.95
2263127--2263542	83	5.0	83	92	3	685	23	18	22	35	1.95
2263127--2263542	125	3.3	124	93	3	692	23	18	22	35	1.95
2263549--2263629	1	81.0	1	75	0	72	87	9	0	2	0.63
2263549--2263621	15	4.9	15	83	11	96	87	10	0	1	0.60
2263840--2263937	45	2.2	45	78	10	103	25	3	2	69	1.14
2266381--2266537	59	2.7	57	86	9	203	42	7	14	35	1.74
2266366--2266537	58	2.9	59	83	9	217	44	7	13	34	1.72
2268889--2268975	22	4.0	22	79	5	88	41	6	11	40	1.68
2270971--2271544	160	3.6	159	78	6	511	41	14	10	33	1.80
2271118--2271727	319	1.9	319	79	6	689	41	14	9	33	1.79
2272891--2272927	13	2.8	13	87	0	56	62	5	8	24	1.44
2275164--2275206	21	2.0	21	81	0	50	37	23	9	30	1.86
2277749--2278194	62	7.1	63	72	12	274	34	13	11	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2281850--2281916	35	1.9	35	87	0	98	38	13	11	35	1.82
2282040--2282188	64	2.4	62	83	12	171	36	17	14	32	1.90
2282093--2282312	64	3.5	65	75	12	206	33	15	13	38	1.86
2282567--2282712	62	2.3	61	73	10	141	29	16	12	41	1.85
2283037--2283160	11	12.3	10	69	22	73	50	8	3	37	1.50
2283005--2283129	42	3.0	42	76	9	128	48	11	6	33	1.64
2283037--2283129	21	4.5	20	80	11	98	48	9	4	37	1.56
2285544--2285588	16	2.8	16	79	3	54	42	4	0	53	1.21
2296112--2296171	5	12.6	5	76	13	56	18	3	0	78	0.89
2296111--2296171	16	3.6	16	81	16	61	18	3	0	78	0.88
2296112--2296171	23	2.5	24	82	15	72	18	3	0	78	0.89
2296113--2296171	28	2.1	28	84	12	77	18	3	0	77	0.90
2297788--2297842	29	1.9	29	82	10	69	72	10	1	14	1.19
2298738--2299463	359	2.0	360	98	1	1402	34	17	10	38	1.84
2306955--2306984	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
2308801--2308840	19	2.1	19	95	0	71	42	2	27	27	1.68
2312180--2312322	48	2.8	50	81	7	164	27	13	8	51	1.69
2312533--2312900	196	1.9	196	80	8	433	32	10	8	48	1.67
2313814--2313838	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2313854--2314067	41	5.2	41	81	6	243	42	21	13	21	1.88
2326073--2326104	17	1.9	16	93	6	55	15	0	6	78	0.95
2326196--2326250	25	2.2	25	84	15	69	40	7	3	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2326306--2326344	14	2.7	14	88	4	51	74	5	2	17	1.12
2335342--2335383	21	2.0	21	85	4	57	33	21	11	33	1.90
2340678--2340707	8	3.6	8	91	8	51	83	0	3	13	0.77
2341106--2341137	15	2.1	16	94	5	57	43	12	6	37	1.68
2342714--2342739	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2343878--2344056	61	2.8	64	67	14	147	35	12	8	44	1.72
2343878--2344154	126	2.2	125	80	5	292	36	11	9	42	1.72
2344232--2344272	16	2.6	16	81	11	50	65	4	4	24	1.32
2352758--2352801	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
2356434--2356482	25	2.0	25	91	0	80	36	18	28	16	1.92
2356443--2356521	23	3.3	23	87	3	104	43	17	25	13	1.86
2356696--2356739	22	2.0	22	90	0	70	43	11	11	34	1.77
2356749--2356773	8	3.1	8	100	0	50	52	12	12	24	1.72
2358751--2358879	65	2.0	65	86	3	179	32	10	20	37	1.86
2361873--2361923	25	2.0	25	100	0	102	27	7	19	45	1.78
2368962--2369004	22	2.0	22	90	0	68	41	4	16	37	1.69
2375607--2375713	41	2.6	39	87	10	160	21	11	11	56	1.65
2375607--2375736	41	3.3	37	79	12	134	26	10	12	50	1.72
2377362--2377413	22	2.3	24	87	12	83	57	3	17	21	1.55
2377615--2377763	60	2.5	59	92	3	244	30	18	6	43	1.76
2382152--2382237	16	5.0	16	70	13	55	65	3	3	27	1.25
2382280--2382361	25	3.3	25	76	6	85	26	1	7	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382452--2382494	18	2.4	17	81	11	50	27	2	6	62	1.33
2384633--2384700	33	2.1	32	86	5	93	50	1	0	48	1.10
2388111--2388156	23	2.0	23	100	0	92	69	4	0	26	1.07
2388114--2388157	12	3.8	12	82	17	65	68	4	0	27	1.09
2395941--2396057	59	2.0	59	94	0	207	28	9	20	41	1.83
2397856--2397895	19	2.1	19	90	0	62	17	37	15	30	1.90
2399073--2399115	19	2.2	20	83	4	52	34	2	2	60	1.22
2400374--2400409	18	2.0	18	88	0	54	75	13	8	2	1.15
2404509--2404540	6	5.3	6	96	0	55	15	3	50	31	1.60
2404884--2404936	18	2.9	18	88	0	79	33	39	3	22	1.72
2404884--2404962	18	4.6	18	78	9	74	34	37	2	25	1.70
2407361--2407391	14	2.2	14	94	0	53	54	6	0	38	1.26
2409675--2409857	90	2.0	90	88	4	271	38	6	34	20	1.78
2413198--2413252	18	2.9	18	76	17	51	72	5	0	21	1.04
2414592--2414848	64	4.1	63	74	10	220	38	12	16	31	1.86
2414592--2414832	126	1.9	126	83	5	308	39	12	16	31	1.87
2414599--2414860	126	2.1	126	80	5	289	38	13	16	32	1.87
2418228--2418276	25	2.0	25	91	0	80	46	30	4	18	1.67
2418270--2418337	28	2.4	28	85	0	82	45	25	4	25	1.72
2419268--2420033	238	3.2	238	82	1	901	40	12	10	36	1.77
2426024--2426281	140	1.8	139	85	4	358	32	8	13	45	1.75
2428149--2428342	3	69.0	3	72	18	150	60	2	4	32	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428174--2428286	52	2.1	54	83	8	142	60	3	4	31	1.34
2429079--2429106	6	4.7	6	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2435748--2435779	6	5.3	6	96	0	55	65	15	3	15	1.39
2438171--2438222	15	3.6	14	78	19	54	21	0	1	76	0.87
2441098--2441125	9	3.1	9	100	0	56	10	21	35	32	1.88
2445019--2445066	22	2.2	22	96	3	89	29	16	16	37	1.91
2449848--2449879	11	2.8	11	95	4	55	90	0	9	0	0.45
2450702--2451051	50	7.0	50	79	6	302	31	11	17	39	1.85
2450746--2451074	99	3.3	98	79	6	333	30	11	17	40	1.85
2451329--2451363	10	3.4	10	92	4	52	2	11	0	85	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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