genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21941885--21941947	2	31.5	2	77	6	65	44	4	4	46	1.45
21942597--21942645	25	2.0	25	91	0	80	44	6	0	48	1.27
21946354--21946381	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21951739--21951787	5	10.0	5	95	2	73	14	0	4	81	0.83
21954927--21955002	39	1.9	39	81	0	89	44	9	9	36	1.68
21958745--21958957	93	2.3	93	80	8	245	30	12	18	38	1.88
21959095--21959131	15	2.4	16	82	13	51	40	0	8	51	1.32
21960766--21960802	12	3.0	13	84	11	51	54	0	0	45	1.00
21961913--21961937	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21967751--21967787	7	5.4	7	84	15	51	83	16	0	0	0.64
21967959--21968192	128	1.9	122	79	11	264	29	7	4	58	1.45
21968423--21968452	16	1.9	16	93	6	53	36	6	6	50	1.55
21972027--21972061	16	2.2	16	94	0	61	31	14	11	42	1.81
21975488--21975520	16	2.2	15	89	10	50	69	3	3	24	1.16
21975484--21975961	60	8.0	60	77	9	399	47	5	11	36	1.62
21979910--21979972	7	8.4	7	78	18	65	71	3	14	11	1.26
21979936--21979980	23	2.0	23	95	0	81	73	0	15	11	1.10
21981132--21981174	21	2.0	21	81	0	50	48	6	9	34	1.62
21981252--21981358	34	3.2	33	74	10	99	32	14	14	38	1.86
21981333--21981560	34	6.6	35	73	10	148	31	15	10	42	1.81
21981340--21981526	34	5.4	34	76	5	171	31	16	11	41	1.83
21981340--21981518	69	2.6	69	82	4	184	31	15	10	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21981402--21981598	17	11.5	17	71	4	119	31	14	10	43	1.79
21981432--21981595	51	3.2	49	75	6	150	31	15	10	42	1.80
21981396--21981594	34	5.8	34	78	6	188	31	15	11	42	1.81
21981757--21981978	84	2.6	85	74	11	220	22	20	14	42	1.88
21981985--21982036	26	2.0	27	88	3	79	23	11	15	50	1.76
21982157--21982203	17	2.8	17	87	3	60	78	0	4	17	0.90
21983927--21984419	59	8.3	58	82	7	459	48	6	11	34	1.64
21983927--21984419	117	4.2	118	81	8	529	48	6	11	34	1.64
21985689--21985717	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21989489--21989546	31	1.9	30	86	6	82	41	8	6	43	1.62
21990074--21990103	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
21990971--21991007	12	3.0	12	92	4	56	32	0	0	67	0.91
21995773--21995847	38	1.9	39	97	2	143	18	16	14	50	1.78
21997636--21997719	16	5.3	16	78	2	80	47	0	9	42	1.36
21997636--21997723	32	2.8	31	77	5	97	46	0	10	43	1.37
21997674--21997716	21	2.0	21	86	8	61	46	0	9	44	1.35
21998524--21998566	18	2.3	19	88	4	61	39	0	0	60	0.97
21998753--21998871	60	2.0	60	90	3	186	41	5	4	48	1.47
21998691--21998938	137	1.8	137	85	4	358	44	5	4	45	1.46
21998809--21998853	17	2.6	18	82	10	58	40	0	0	60	0.97
21998787--21998909	60	2.1	59	80	10	135	42	4	4	48	1.43
22001415--22001453	17	2.3	17	82	8	53	35	2	0	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22002563--22002687	6	19.7	6	69	16	74	22	3	2	72	1.11
22002580--22002650	37	2.0	35	88	5	106	25	2	1	70	1.09
22002586--22002662	31	2.5	32	81	10	88	25	2	1	70	1.08
22002564--22002754	23	7.6	24	67	18	86	22	4	2	70	1.19
22002682--22002750	17	4.2	16	72	10	59	21	7	2	68	1.28
22002626--22002708	42	2.0	42	83	11	107	20	7	1	71	1.17
22002671--22002722	17	2.7	18	77	17	52	21	5	1	71	1.17
22002631--22002748	43	2.8	40	75	18	107	21	6	2	69	1.24
22003622--22003675	6	9.5	6	80	11	69	14	3	0	81	0.82
22003629--22003680	17	3.3	15	75	19	52	15	5	0	78	0.92
22003623--22003675	22	2.3	23	90	3	81	15	3	0	81	0.83
22003693--22003908	59	3.7	57	84	6	240	45	6	9	39	1.61
22005844--22006016	41	4.3	39	80	4	107	24	13	20	41	1.88
22005860--22006123	82	3.2	82	80	9	213	25	15	20	38	1.92
22005918--22006123	41	5.0	41	81	7	231	24	16	20	38	1.92
22006347--22006426	13	6.0	13	72	23	60	23	2	1	72	1.04
22006355--22006468	4	28.8	4	69	11	58	24	3	1	70	1.13
22006374--22006456	43	1.9	44	85	7	116	26	3	1	68	1.13
22007358--22007389	14	2.3	14	94	0	55	18	3	0	78	0.89
22007403--22007615	58	3.7	56	87	6	293	43	6	13	37	1.68
22009163--22009510	194	1.8	190	87	2	516	46	3	6	43	1.47
22009462--22009516	26	2.1	26	86	10	76	52	1	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22010208--22010250	22	1.9	22	85	4	59	51	6	9	32	1.61
22010403--22010448	21	2.2	20	80	3	56	47	2	0	50	1.13
22010409--22010447	21	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
22010578--22010624	24	2.0	25	87	8	71	42	0	0	57	0.98
22010699--22010755	29	2.0	29	89	0	87	49	1	1	47	1.22
22010705--22010796	33	2.7	34	81	8	89	51	0	1	47	1.07
22010723--22010818	41	2.4	39	82	6	113	48	1	0	50	1.07
22010736--22010854	38	3.1	38	72	13	102	47	2	0	48	1.21
22010733--22010801	15	4.4	15	68	22	52	53	0	0	46	1.00
22010826--22010879	28	2.0	27	81	3	63	37	5	0	57	1.22
22010979--22011058	30	2.6	28	76	21	81	41	1	3	53	1.27
22011176--22011243	27	2.6	29	80	17	85	42	1	0	55	1.08
22018061--22018090	14	2.1	14	100	0	60	33	10	23	33	1.88
22018269--22018467	18	10.9	18	68	21	94	55	2	1	40	1.20
22018295--22018448	46	3.4	45	77	14	163	57	3	1	38	1.23
22018366--22018444	16	5.3	16	77	13	80	58	3	0	37	1.16
22018269--22018467	13	15.2	13	67	22	105	55	2	1	40	1.20
22018344--22018446	43	2.3	44	86	5	145	58	3	0	36	1.23
22018290--22018468	28	6.2	28	71	21	122	56	2	1	39	1.21
22018269--22018356	22	3.9	23	79	11	74	54	1	1	43	1.15
22018274--22018469	43	4.3	43	71	18	121	57	2	1	39	1.19
22018557--22018626	9	8.2	9	73	17	60	50	1	0	48	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22018554--22018618	16	4.5	16	71	23	63	49	1	0	49	1.10
22018557--22018626	26	2.8	25	87	10	99	50	1	0	48	1.09
22018746--22018783	14	2.8	14	88	4	51	36	18	2	42	1.64
22021962--22021998	17	2.1	18	90	5	58	29	2	0	67	1.04
22022178--22022221	18	2.3	20	88	7	65	50	0	2	47	1.13
22023097--22023176	29	2.7	29	84	11	92	47	1	2	48	1.23
22025808--22025867	3	17.7	3	93	6	57	28	0	0	71	0.86
22025817--22025855	4	10.2	4	94	5	64	25	0	0	74	0.82
22025814--22025861	18	2.6	18	96	3	87	27	0	0	72	0.84
22025892--22025931	21	2.0	20	95	5	71	15	5	0	80	0.88
22025922--22026041	58	2.1	58	82	4	145	46	5	9	39	1.57
22025944--22026158	58	3.7	57	83	10	258	44	6	10	38	1.65
22025944--22026157	59	3.7	58	84	8	267	44	6	10	38	1.64
22030078--22030142	30	2.0	31	82	11	78	67	0	21	10	1.20
22030126--22030156	12	2.7	11	90	9	53	90	0	0	9	0.46
22032011--22032073	32	2.0	31	90	3	99	30	9	26	33	1.88
22032131--22032263	41	3.2	41	88	5	189	24	17	20	38	1.93
22032889--22032940	17	3.0	18	81	16	65	26	0	1	71	0.97
22032890--22032945	19	3.2	17	78	19	53	28	0	3	67	1.07
22032960--22033028	5	13.0	5	82	17	86	17	1	0	81	0.77
22032960--22033028	11	6.5	11	81	15	83	17	1	0	81	0.77
22032960--22033029	27	2.6	27	89	10	108	17	2	0	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22033055--22033257	58	3.6	55	83	7	228	43	4	13	38	1.65
22033112--22033201	30	3.2	27	64	22	67	44	3	13	38	1.60
22033047--22033259	116	1.9	113	84	6	286	44	5	12	38	1.65
22035368--22035417	26	1.9	26	92	8	84	54	2	0	44	1.11
22036046--22036078	13	2.4	14	85	15	50	51	0	0	48	1.00
22036310--22036355	21	2.2	20	80	3	56	47	2	0	50	1.13
22036316--22036354	21	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
22036487--22036533	24	2.0	25	87	8	71	42	0	0	57	0.98
22036608--22036664	29	2.0	29	89	0	87	49	1	1	47	1.22
22036648--22036704	15	3.6	15	72	9	51	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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