genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22246718--22246760	19	2.2	20	83	4	52	25	0	4	69	1.07
22247746--22247807	24	2.5	25	82	10	74	30	0	6	62	1.20
22247746--22247812	6	11.2	6	82	7	66	29	0	5	64	1.17
22248810--22248899	6	14.7	6	78	17	51	6	1	8	83	0.86
22248811--22248899	18	4.8	18	80	6	81	6	1	8	83	0.87
22248811--22248899	24	3.7	23	79	8	79	6	1	8	83	0.87
22248804--22248899	25	3.9	23	77	14	93	6	2	9	82	0.92
22249044--22249117	19	3.8	19	75	13	80	28	4	12	55	1.54
22249084--22249132	20	2.5	20	82	0	62	28	4	12	55	1.55
22249135--22249166	16	2.0	16	93	0	55	21	6	15	56	1.62
22259839--22259870	7	4.9	7	85	14	50	71	0	0	28	0.86
22260841--22260865	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
22260841--22260877	14	2.7	14	88	12	51	13	0	0	86	0.57
22261110--22261178	21	3.3	19	71	28	52	28	2	4	63	1.28
22261999--22262036	16	2.4	16	86	0	58	36	2	2	57	1.26
22263722--22263748	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
22268784--22268821	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
22269018--22269089	29	2.4	29	86	9	101	52	0	1	45	1.09
22269030--22269116	29	3.1	28	79	12	92	51	0	2	45	1.13
22269068--22269113	16	2.9	16	72	21	51	50	0	2	47	1.13
22269137--22269189	17	3.2	17	70	26	51	49	0	0	50	1.00
22269140--22269191	15	3.4	14	80	17	59	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22269140--22269199	15	3.9	15	78	18	52	48	0	0	51	1.00
22272148--22272178	16	1.9	16	93	0	53	41	9	16	32	1.80
22277488--22277604	59	2.0	59	88	3	173	37	11	17	33	1.86
22278651--22278698	7	7.0	7	78	4	53	4	4	12	79	1.02
22288218--22288280	23	2.6	25	72	23	62	36	1	0	61	1.05
22288235--22288279	22	2.0	22	87	8	65	42	0	0	57	0.98
22288237--22288290	24	2.4	22	81	6	63	37	0	0	62	0.95
22289184--22289218	16	2.2	16	89	0	52	31	2	11	54	1.51
22289784--22289845	27	2.3	27	97	0	115	51	3	8	37	1.48
22293022--22293091	34	2.1	34	86	0	95	45	2	1	50	1.25
22293861--22293911	13	4.2	12	80	12	59	66	0	0	33	0.92
22293858--22293909	8	7.0	8	74	24	51	65	0	0	34	0.93
22300883--22300924	23	1.9	23	90	9	70	28	0	0	71	0.86
22314232--22314280	16	3.1	15	76	23	55	44	2	4	48	1.33
22315435--22315467	2	17.0	2	87	6	50	51	3	0	45	1.16
22315792--22315849	28	2.1	28	86	0	80	56	1	12	29	1.45
22317142--22317187	23	2.0	23	83	8	58	39	0	0	60	0.97
22322480--22322510	13	2.3	14	94	5	55	22	0	0	77	0.77
22322480--22322508	9	3.3	9	95	4	51	20	0	0	79	0.74
22322618--22322665	20	2.4	20	78	0	51	47	2	2	47	1.25
22322834--22322895	26	2.4	26	94	0	106	25	3	9	61	1.42
22323647--22323673	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22325806--22326223	213	2.0	213	90	1	660	31	6	22	39	1.80
22328167--22328199	15	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
22328458--22328527	35	2.1	34	91	5	115	27	5	5	61	1.41
22328894--22328922	15	1.9	15	100	0	58	48	17	13	20	1.81
22329113--22329149	17	2.2	18	85	9	51	0	29	5	64	1.15
22329335--22329375	21	2.0	21	85	0	55	21	9	34	34	1.87
22333328--22333457	33	3.9	33	77	4	95	40	13	15	31	1.85
22333325--22333477	66	2.3	64	75	14	159	36	13	16	33	1.88
22333457--22333544	33	2.7	33	80	0	122	28	13	15	42	1.86
22334763--22335387	162	3.9	160	78	4	612	41	14	10	33	1.81
22336666--22336703	13	2.9	13	88	0	58	60	7	7	23	1.51
22341490--22341634	64	2.3	65	81	10	174	39	10	7	42	1.67
22341795--22341967	62	2.8	60	84	6	159	40	14	8	36	1.76
22341732--22341967	124	1.9	125	79	7	266	39	14	9	36	1.79
22341863--22342100	132	1.8	131	81	8	295	36	15	8	39	1.78
22341700--22342385	319	2.2	317	89	2	1059	36	12	10	39	1.78
22341703--22342548	319	2.6	316	84	6	1017	37	12	10	40	1.77
22341699--22342578	63	13.8	62	71	12	412	37	12	10	40	1.77
22342580--22342710	60	2.1	61	79	5	140	41	9	12	35	1.77
22351134--22351164	7	4.4	7	100	0	62	45	0	0	54	0.99
22352557--22352593	14	2.6	15	87	8	51	13	8	0	78	0.96
22355084--22355114	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22355120--22355150	3	10.7	3	93	6	55	64	0	0	35	0.94
22355187--22355239	27	1.9	28	92	3	90	26	3	11	58	1.49
22355213--22355324	21	5.2	21	76	9	84	31	4	9	54	1.53
22357644--22357791	64	2.3	64	80	11	178	40	10	6	42	1.65
22357851--22358382	63	8.5	60	73	10	336	37	12	10	39	1.77
22357877--22358383	250	2.0	250	89	0	780	36	13	10	39	1.78
22358003--22358582	67	9.0	67	75	10	283	35	12	9	42	1.75
22358331--22358582	134	1.9	134	81	6	314	32	9	10	46	1.72
22358631--22358756	61	2.1	59	84	11	159	38	7	14	38	1.75
22364679--22364715	8	4.6	8	86	0	56	18	0	0	81	0.70
22364765--22364810	23	2.0	23	83	8	58	52	0	2	45	1.13
22368555--22368583	7	4.3	7	95	4	51	10	0	0	89	0.48
22368722--22368775	28	2.0	28	88	3	83	29	3	3	62	1.29
22368767--22368829	26	2.3	27	83	5	74	65	0	4	30	1.13
22371110--22371157	3	15.7	3	91	4	78	62	0	0	37	0.95
22371188--22371240	27	1.9	28	92	3	90	26	3	11	58	1.49
22371198--22371233	16	2.2	17	90	5	56	25	2	11	61	1.43
22371275--22371318	22	2.0	22	90	0	70	36	2	4	56	1.32
22372403--22372454	21	2.4	22	87	3	79	36	9	7	46	1.66
22372556--22372675	22	5.5	22	70	9	66	36	10	4	48	1.58
22372728--22372799	36	2.0	36	86	0	99	33	15	8	43	1.76
22372767--22373066	22	13.6	22	66	14	98	33	8	7	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22372930--22372984	11	5.0	11	72	0	56	34	3	7	54	1.46
22373512--22373596	22	3.9	21	74	9	71	36	11	5	45	1.65
22373623--22373706	22	3.9	21	69	7	60	34	5	3	55	1.41
22373755--22373817	22	2.9	22	77	11	67	33	11	11	44	1.75
22373883--22373967	22	3.9	22	79	0	80	38	11	4	44	1.62
22373879--22373969	44	2.1	44	82	0	110	37	10	5	46	1.63
22374080--22374140	22	2.8	22	82	9	79	39	8	3	49	1.49
22374148--22374192	21	2.1	21	95	0	81	33	15	13	37	1.86
22374176--22374236	20	3.0	20	76	11	61	34	4	13	47	1.64
22374767--22374820	24	2.3	23	81	12	56	62	5	0	31	1.18
22377230--22377401	45	3.8	45	82	1	202	23	12	18	45	1.84
22377230--22377401	90	1.9	90	84	2	229	23	12	18	45	1.84
22377249--22377413	90	1.8	90	85	2	233	23	12	18	45	1.83
22378747--22378814	22	3.1	21	76	19	68	33	8	10	47	1.69
22378888--22379006	22	5.5	22	74	8	82	36	10	5	47	1.61
22379036--22379127	43	2.1	42	78	5	103	40	13	4	42	1.63
22379070--22379131	21	2.9	21	72	11	63	37	11	6	45	1.66
22379074--22379347	22	12.4	22	69	11	132	35	9	5	48	1.61
22379107--22379237	45	2.9	45	72	14	119	35	10	5	48	1.61
22379269--22379323	11	5.0	11	72	0	56	34	5	5	54	1.46
22379846--22379930	22	3.9	21	74	9	71	36	11	5	45	1.65
22379957--22380040	22	3.9	21	69	7	60	34	5	3	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22380089--22380151	22	2.9	22	77	11	67	33	11	11	44	1.75
22380217--22380301	22	3.9	22	79	0	80	38	11	4	44	1.62
22380213--22380303	44	2.1	44	82	0	110	37	10	5	46	1.63
22380413--22380473	22	2.8	22	82	9	79	39	8	3	49	1.49
22380481--22380525	21	2.1	21	95	0	81	33	15	13	37	1.86
22381099--22381152	24	2.3	23	81	12	56	62	5	0	31	1.18
22382778--22382825	17	3.0	16	82	8	55	45	2	0	52	1.12
22383587--22383752	45	3.7	45	78	3	190	24	11	19	45	1.83
22385493--22385622	15	8.9	15	70	12	74	23	1	20	54	1.53
22385493--22385605	14	7.8	14	70	16	70	22	1	23	53	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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