genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   

This is table  5  of  106  ( 12717 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680247--680272	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
680473--680521	16	3.1	16	85	5	64	28	6	12	53	1.62
680478--680520	15	2.8	15	89	3	59	32	6	11	48	1.66
680532--680584	19	2.8	18	75	16	54	32	7	7	52	1.58
680700--680738	20	2.0	19	85	5	51	23	2	12	61	1.43
682933--683133	103	1.9	104	88	1	305	38	15	11	34	1.83
684663--684878	72	3.1	72	62	20	184	46	6	19	28	1.73
684633--684906	138	2.0	138	100	0	548	44	5	18	30	1.74
685360--685422	31	2.0	31	93	0	108	42	14	14	28	1.84
685434--685652	38	5.8	37	75	8	154	31	10	18	38	1.85
685617--685754	57	2.4	57	96	0	249	36	13	18	32	1.89
685727--685820	37	2.5	37	77	8	93	29	8	19	42	1.80
685935--686026	42	2.2	42	88	3	132	32	15	8	43	1.77
686166--686239	6	12.3	6	88	0	85	27	0	6	66	1.17
687733--687784	20	2.6	20	87	6	70	32	5	11	50	1.62
687797--687869	19	3.9	18	74	12	58	32	4	10	52	1.56
693640--693730	14	6.8	13	72	20	64	47	36	3	13	1.59
694477--694543	23	2.8	24	75	11	66	68	1	2	26	1.12
696692--696743	27	2.0	26	88	3	77	57	0	3	38	1.17
697771--697820	20	2.3	20	83	10	55	38	8	4	50	1.51
703172--703209	2	19.0	2	94	0	67	2	0	47	50	1.15
709138--709190	26	2.0	26	82	7	63	43	16	3	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711383--711457	18	4.3	18	80	11	93	54	1	0	44	1.08
711391--711474	15	5.6	15	77	16	84	53	1	1	44	1.16
711391--711474	33	2.8	29	74	15	82	53	1	1	44	1.16
711492--711537	19	2.4	19	85	7	58	43	0	0	56	0.99
711552--711606	26	2.3	23	75	19	58	52	3	1	41	1.29
711592--711637	17	2.5	19	79	6	51	43	0	2	54	1.12
713398--713461	32	2.0	32	90	0	101	32	15	17	34	1.91
717062--717110	25	2.0	25	95	0	89	20	12	24	42	1.86
726519--726681	80	2.0	80	90	0	254	25	6	22	46	1.75
732388--732433	20	2.2	20	96	3	83	47	0	0	52	1.00
734110--734144	4	9.0	4	93	6	63	22	0	0	77	0.78
736591--736657	27	2.4	27	80	2	71	53	0	2	43	1.16
736576--736648	27	2.5	28	80	8	76	53	1	2	42	1.23
736666--736716	17	3.1	17	73	15	54	47	1	1	49	1.24
740587--740628	6	6.8	6	91	5	66	16	52	16	14	1.75
740587--740628	19	2.3	18	91	4	66	16	52	16	14	1.75
742717--742760	19	2.3	19	88	0	61	59	4	2	34	1.30
742755--742818	30	2.1	30	82	5	76	62	6	1	29	1.29
742874--742930	29	2.0	28	86	3	78	50	1	5	42	1.35
742901--742942	20	2.0	20	86	4	57	45	0	7	47	1.30
743053--743094	20	2.2	20	86	4	59	23	4	0	71	1.05
743088--743131	18	2.5	17	78	7	52	29	2	4	63	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743088--743141	19	3.1	17	78	13	56	27	1	7	62	1.32
743126--743176	19	2.8	18	85	11	68	35	1	3	58	1.28
743071--743176	46	2.3	47	82	8	119	32	1	3	62	1.24
743274--743331	18	3.2	18	76	7	55	32	1	6	58	1.35
748714--748782	34	2.0	34	97	0	129	47	10	15	26	1.77
752191--752270	40	2.0	40	90	0	124	33	8	13	43	1.75
755113--755154	6	7.0	6	86	0	57	28	52	4	14	1.62
756270--756311	22	1.9	22	90	0	66	21	40	14	23	1.90
769169--769232	26	2.5	26	89	5	94	48	1	1	48	1.20
769159--769232	9	8.6	9	69	19	50	48	1	2	47	1.24
769196--769289	16	5.7	16	69	21	52	53	2	0	44	1.12
769195--769246	16	3.4	15	76	21	54	50	1	0	48	1.12
769317--769620	18	18.7	17	70	21	142	42	1	1	54	1.18
769357--769424	22	2.7	25	81	16	79	42	1	1	54	1.18
769428--769468	21	2.0	21	95	0	73	46	2	0	51	1.14
769317--769582	23	11.1	22	68	25	107	41	1	1	55	1.20
769371--769605	126	1.9	126	81	12	286	42	1	1	54	1.18
769600--769643	16	2.6	17	79	13	56	54	2	4	38	1.33
772610--772658	2	24.5	2	83	8	64	51	2	2	44	1.24
772620--772665	22	2.1	22	100	0	92	54	0	4	41	1.20
772703--772817	52	2.2	53	76	14	116	47	2	0	48	1.21
776756--776957	97	2.0	100	84	7	268	27	18	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776893--777025	67	2.0	66	92	1	221	33	17	19	30	1.95
778847--779100	127	2.0	127	100	0	508	37	18	11	33	1.86
783529--783568	17	2.4	17	100	0	80	60	25	0	15	1.35
785813--785950	64	2.2	65	82	5	165	37	8	10	43	1.69
785898--786279	125	3.0	126	81	3	448	39	11	12	36	1.79
785874--786350	125	3.8	125	79	5	423	38	11	12	37	1.80
785874--786357	124	3.9	125	79	5	419	38	11	12	37	1.80
789905--790165	61	4.4	59	78	9	278	37	12	6	44	1.68
789831--790103	119	2.3	121	81	11	330	36	13	6	43	1.70
790016--790106	29	3.1	29	67	22	82	41	12	5	40	1.65
789905--790165	119	2.2	120	82	6	307	37	12	6	44	1.68
790201--790241	9	4.6	9	88	8	57	75	0	4	19	0.98
790201--790250	10	5.4	10	84	15	56	76	0	6	18	0.99
790195--790250	18	3.1	18	85	14	71	75	0	7	17	1.03
790265--790293	14	2.1	14	100	0	58	72	0	0	27	0.85
790777--790807	16	2.0	16	93	6	55	58	12	9	19	1.62
791278--791374	11	8.7	11	68	19	51	75	4	3	17	1.09
791309--791369	12	4.9	12	78	7	52	77	6	1	14	1.05
791261--791336	6	12.3	6	71	18	50	75	2	2	19	1.05
791524--791760	44	5.4	44	84	2	291	40	20	14	24	1.90
791528--791752	87	2.6	88	85	6	296	41	19	14	25	1.89
791799--792090	41	7.1	41	84	4	331	38	21	16	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791823--792056	123	1.9	124	89	4	366	38	20	15	24	1.92
791799--792090	82	3.5	83	86	6	405	38	21	16	23	1.92
798631--798782	58	2.5	60	85	8	211	40	14	5	39	1.70
798627--798859	60	3.9	59	81	9	233	36	12	6	43	1.70
798874--798983	9	12.0	8	72	24	60	76	2	1	19	1.00
799233--799275	21	2.0	21	86	0	59	2	32	0	65	1.06
799364--799996	315	2.0	315	98	0	1232	30	18	12	38	1.88
800139--800201	22	3.0	20	81	6	54	65	6	4	23	1.36
800287--800373	15	5.7	15	75	20	58	73	2	2	21	1.06
800317--800408	41	2.2	41	81	9	98	76	2	4	17	1.06
805438--805602	90	1.8	89	85	3	233	44	9	10	35	1.71
808399--808424	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
808443--808500	19	2.9	20	82	12	66	43	6	0	50	1.29
811607--811634	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
812478--812509	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
812556--812582	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
813067--813115	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
817477--817512	12	2.8	13	87	12	56	47	0	0	52	1.00
817500--817551	26	2.0	26	85	7	70	40	5	3	50	1.45
819150--819186	17	2.1	18	90	5	58	18	2	24	54	1.57
819149--819203	16	3.4	15	76	16	56	21	1	25	50	1.58
819183--819230	25	1.9	25	91	0	78	22	0	25	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819149--819227	33	2.4	33	82	4	88	21	1	25	51	1.55
819183--819234	8	6.4	8	77	4	50	21	0	25	53	1.45
822305--822430	64	2.0	64	93	0	216	20	19	14	46	1.84
825342--825444	37	3.2	30	78	18	125	33	0	7	58	1.33
825363--825424	11	5.2	11	72	16	52	32	1	6	59	1.32
825369--825449	37	2.2	37	95	0	144	29	1	8	60	1.34
826487--826535	3	16.7	3	95	4	91	32	0	0	67	0.91
833800--834027	55	4.1	53	77	7	188	43	13	13	29	1.82
836153--836200	1	48.0	1	78	0	51	4	0	6	89	0.58
836153--836201	9	5.7	9	82	4	57	4	0	8	87	0.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106