genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075031--2075168	17	7.9	17	70	20	65	68	1	6	23	1.21
2075088--2075171	42	2.1	42	82	10	104	72	1	4	21	1.10
2075116--2075203	6	13.0	6	70	20	50	71	0	3	25	1.01
2075643--2075729	45	1.9	45	92	0	147	49	6	20	22	1.73
2080438--2080501	23	2.8	23	83	9	85	34	4	14	46	1.65
2083484--2083609	49	2.6	48	86	3	171	26	7	18	47	1.75
2083657--2083870	49	4.3	49	80	4	207	27	7	18	46	1.76
2084297--2084390	6	16.2	6	80	8	54	24	8	0	67	1.19
2084299--2084392	18	5.4	18	74	14	72	26	7	0	65	1.18
2088324--2088465	66	2.2	63	84	3	176	46	11	11	30	1.75
2088380--2088851	62	7.5	63	68	10	196	43	12	9	34	1.75
2088673--2088946	62	4.4	60	66	11	149	40	11	11	36	1.78
2088332--2089440	188	5.9	187	82	4	1160	42	11	10	34	1.76
2088408--2089440	371	2.8	370	83	5	1258	42	11	10	35	1.76
2091863--2092071	59	3.5	58	85	7	262	36	8	5	49	1.58
2091922--2092101	57	3.1	56	80	7	198	38	7	5	48	1.54
2091906--2092102	59	3.4	57	79	8	207	38	7	5	49	1.54
2094197--2094268	22	3.3	22	71	11	67	43	15	9	31	1.79
2094329--2094370	17	2.4	18	92	7	70	40	11	11	35	1.79
2094577--2094620	17	2.6	16	82	10	52	29	11	9	50	1.69
2094725--2094812	33	2.6	33	85	5	106	40	7	22	28	1.82
2094734--2094812	16	4.8	17	81	10	92	40	7	24	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094847--2095006	47	3.5	45	79	10	130	40	14	10	35	1.79
2094905--2095006	44	2.2	46	80	13	113	40	12	8	38	1.75
2095032--2095077	21	2.1	22	92	4	76	41	15	4	39	1.67
2096219--2096269	23	2.2	23	85	3	66	13	13	0	72	1.12
2096286--2096330	15	3.0	15	80	0	54	20	11	0	68	1.19
2096242--2096328	39	2.2	39	82	15	108	18	12	0	68	1.20
2100304--2100642	59	5.7	60	76	15	307	33	9	6	51	1.59
2104981--2105217	44	5.3	44	80	2	199	35	12	12	40	1.81
2104949--2105184	88	2.7	88	79	3	244	34	10	11	43	1.75
2104981--2105246	44	6.0	44	77	8	175	34	12	13	38	1.83
2105518--2105576	6	10.5	6	73	14	54	28	0	1	69	0.98
2105539--2105577	16	2.4	17	86	4	53	25	0	0	74	0.82
2105537--2105593	27	2.1	27	84	15	73	21	3	0	75	0.95
2109997--2110040	17	2.6	17	78	10	54	70	6	0	22	1.11
2118080--2118170	3	31.0	3	84	8	98	34	2	4	59	1.30
2118024--2118166	55	2.6	55	81	8	166	33	3	6	56	1.41
2119038--2119135	5	18.6	5	75	18	76	18	4	3	74	1.11
2119048--2119084	17	2.2	17	90	0	56	16	5	2	75	1.10
2119049--2119129	22	3.8	21	77	12	85	19	3	2	74	1.09
2119054--2119136	9	9.1	9	77	13	73	21	2	3	72	1.12
2122767--2122806	21	1.9	21	85	10	55	65	10	0	25	1.24
2124439--2124489	25	2.0	26	84	3	68	43	39	1	15	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124443--2124496	12	4.4	12	72	4	54	44	35	1	18	1.61
2124443--2124525	37	2.2	37	82	0	94	44	30	6	19	1.74
2125108--2126610	186	8.2	184	76	9	1315	39	11	14	34	1.81
2125294--2126564	176	7.0	175	75	10	1004	39	11	13	35	1.81
2124996--2126440	362	4.0	363	82	4	1606	40	11	13	34	1.81
2133571--2133620	21	2.4	21	75	0	55	46	10	28	16	1.78
2137896--2138015	62	1.9	63	81	5	145	38	22	7	31	1.82
2138324--2138366	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
2140296--2140380	37	2.3	37	100	0	170	51	4	23	20	1.65
2147592--2147665	30	2.5	30	82	10	82	47	1	12	39	1.49
2149115--2149154	20	2.0	20	90	0	62	25	2	10	62	1.39
2151308--2151410	45	2.3	45	86	1	152	25	20	7	46	1.77
2151481--2151531	26	2.0	26	88	0	75	35	15	7	41	1.76
2153407--2153451	23	2.0	23	91	4	74	28	6	13	51	1.66
2154358--2154404	11	4.5	11	84	5	62	87	0	12	0	0.55
2154357--2154402	9	5.0	9	91	2	74	84	0	15	0	0.62
2155316--2155672	42	8.4	42	83	8	384	23	12	17	45	1.83
2155316--2155672	85	4.2	84	85	6	434	23	12	17	45	1.83
2155316--2155672	127	2.8	128	85	3	436	23	12	17	45	1.83
2159697--2159747	26	1.9	26	88	4	75	60	1	1	35	1.19
2159790--2159868	19	4.1	19	75	3	59	53	3	3	39	1.37
2159790--2159873	29	2.9	28	81	10	98	55	3	3	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160123--2160170	12	3.8	12	79	17	53	66	2	0	31	1.03
2160115--2160170	26	2.2	25	84	12	71	69	1	0	28	0.98
2160427--2160492	19	3.4	19	81	8	62	40	0	6	53	1.26
2160427--2160498	9	7.6	9	73	16	56	37	0	6	55	1.27
2160591--2160710	20	6.1	20	73	14	88	27	1	6	64	1.28
2160634--2160710	19	4.0	20	81	11	81	29	1	5	63	1.24
2160624--2160706	10	8.6	9	73	13	67	28	1	4	65	1.21
2161503--2161535	17	1.9	18	88	11	52	24	12	9	54	1.66
2164784--2164859	40	1.9	40	91	0	125	34	14	10	40	1.80
2168176--2168200	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2168468--2168545	21	3.8	21	76	6	70	37	5	8	48	1.57
2168865--2168968	44	2.4	44	77	3	111	37	12	4	45	1.63
2168889--2169101	22	9.7	22	72	7	128	38	11	7	43	1.68
2169131--2169194	22	2.9	22	71	15	60	37	9	4	48	1.56
2169070--2169159	31	2.9	30	80	8	101	41	10	4	44	1.58
2169287--2169354	22	3.1	21	76	17	68	36	5	7	50	1.55
2169292--2169408	46	2.6	47	81	12	122	35	7	8	47	1.63
2169321--2169437	22	5.2	22	69	15	78	35	7	8	48	1.62
2169525--2169580	22	2.5	22	76	0	58	33	10	3	51	1.54
2170627--2170708	22	3.8	21	78	10	76	36	8	6	48	1.59
2170659--2170773	22	5.3	21	68	13	72	35	9	9	45	1.70
2170798--2170867	22	3.2	22	84	8	81	38	10	2	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170805--2170922	61	1.9	61	81	6	141	38	8	4	49	1.53
2170876--2170970	44	2.2	44	80	3	111	34	4	7	53	1.48
2170902--2170978	11	7.0	11	77	0	82	33	2	9	54	1.46
2170896--2170978	22	3.8	22	91	0	121	33	3	8	54	1.48
2171108--2171194	22	4.0	22	77	8	90	37	9	4	48	1.56
2173528--2173557	10	3.0	10	90	0	51	73	0	0	26	0.84
2174724--2174781	27	2.1	27	81	6	64	63	0	3	32	1.11
2176424--2176502	10	7.4	10	74	24	56	35	5	3	55	1.40
2177373--2177420	19	2.5	20	83	12	64	18	6	4	70	1.25
2182263--2182316	8	6.9	8	82	4	56	81	0	14	3	0.82
2183346--2183378	16	2.0	17	88	5	50	42	21	9	27	1.83
2183637--2184299	120	5.5	122	74	5	411	22	24	11	42	1.85
2183743--2184299	241	2.3	239	79	6	561	22	24	11	42	1.86
2183889--2184381	120	4.1	121	76	3	438	21	24	11	42	1.86
2185581--2185619	19	2.2	18	86	9	53	15	7	2	74	1.15
2185581--2185671	32	2.9	31	78	10	87	19	5	3	71	1.20
2190705--2190732	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2194876--2194905	15	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
2197880--2197961	37	2.2	36	87	6	119	45	0	6	48	1.27
2204013--2204041	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
2204694--2204748	27	2.2	23	84	12	65	7	9	5	78	1.10
2205173--2205438	145	1.8	145	86	3	392	39	13	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205173--2205502	145	2.3	145	81	5	355	39	13	13	34	1.82
2206171--2206246	39	1.9	39	86	0	107	31	18	15	34	1.92
2206102--2206316	108	2.0	109	86	2	299	37	17	12	32	1.87
2206214--2206378	70	2.4	70	82	6	201	39	18	12	30	1.87
2207795--2207947	51	2.9	52	83	11	188	53	7	11	26	1.64
2208492--2208659	67	2.4	69	83	7	216	42	14	8	34	1.75
2209251--2209571	158	2.0	158	96	0	597	33	18	15	32	1.92
2209593--2209684	21	4.4	21	68	13	64	41	13	19	26	1.88
2209718--2209834	32	3.4	32	68	22	92	32	11	17	38	1.86
2209685--2209849	73	2.3	73	87	1	233	34	12	16	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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