genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22385863--22385905	3	14.7	3	81	13	54	32	0	2	65	1.06
22388050--22388260	46	4.6	45	73	11	158	27	9	15	47	1.75
22388189--22388308	46	2.6	46	82	7	127	30	8	13	48	1.71
22388057--22388311	140	1.8	140	80	13	310	28	9	15	47	1.76
22391099--22391193	8	11.9	8	74	8	59	48	26	5	20	1.70
22391091--22391195	16	6.6	16	76	6	88	47	26	4	20	1.70
22393169--22393201	17	1.9	17	93	0	57	27	9	6	57	1.53
22395796--22396091	147	2.0	147	83	7	368	44	7	13	34	1.72
22396095--22396148	25	2.2	25	83	6	65	35	1	7	55	1.39
22396757--22396827	22	3.2	22	78	7	72	50	0	8	40	1.33
22396910--22397040	66	2.0	66	80	3	147	49	6	9	33	1.63
22397001--22397058	22	2.6	22	86	0	80	44	3	10	41	1.55
22397170--22397272	44	2.4	43	80	4	109	49	4	8	36	1.55
22397151--22397317	87	1.9	87	80	4	194	50	4	7	37	1.53
22397127--22397253	65	2.0	65	85	3	175	51	4	6	37	1.48
22397275--22397370	44	2.2	44	84	3	122	57	2	8	32	1.40
22397289--22397391	44	2.4	43	80	9	111	56	3	9	30	1.50
22397405--22397471	24	2.9	24	80	4	75	46	4	10	38	1.59
22397540--22397694	22	7.2	21	70	6	60	48	6	9	35	1.62
22397582--22397623	22	1.9	22	90	0	66	50	2	9	38	1.48
22397646--22397704	22	2.7	22	83	0	73	47	5	8	38	1.56
22398000--22398129	22	5.9	22	70	7	66	48	5	9	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22398007--22398132	67	1.9	66	85	8	175	49	5	8	36	1.57
22398002--22398145	67	2.2	65	79	9	166	48	6	8	36	1.59
22398096--22398239	22	6.5	22	72	15	93	51	6	5	36	1.51
22398201--22398305	22	4.9	21	73	9	68	44	0	11	42	1.46
22398355--22398402	22	2.2	22	81	7	53	47	2	12	37	1.53
22400769--22400990	44	5.1	44	75	10	154	50	4	3	40	1.40
22400764--22400990	22	10.5	22	72	8	135	51	4	3	40	1.39
22400817--22400990	11	16.1	11	68	10	83	53	4	2	39	1.35
22403083--22403159	38	2.0	38	100	0	154	19	20	20	38	1.93
22408808--22408943	60	2.3	59	82	7	159	37	4	2	55	1.35
22408808--22408980	30	5.6	30	74	14	113	39	3	2	53	1.33
22408971--22409021	24	2.2	24	86	10	70	62	1	0	35	1.06
22410171--22410239	6	11.2	6	80	14	79	18	1	1	78	0.91
22410171--22410245	31	2.8	25	75	21	78	20	1	1	77	0.92
22410170--22410246	25	3.1	25	75	18	88	20	1	1	76	0.93
22410159--22410297	50	2.8	49	77	10	129	21	4	1	72	1.10
22410273--22410297	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22410216--22410343	28	4.5	28	72	18	77	26	3	3	67	1.21
22410361--22410471	21	5.1	21	72	19	68	19	6	8	65	1.41
22410729--22410755	10	2.7	10	100	0	54	11	0	25	62	1.28
22411296--22411345	4	12.8	4	81	10	59	22	0	2	76	0.89
22411324--22411417	17	5.6	16	70	15	64	17	3	5	74	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22411371--22411420	11	4.5	11	85	14	68	12	2	6	80	0.98
22411427--22411845	59	7.3	58	80	8	342	46	6	11	36	1.66
22411449--22411845	58	6.9	57	79	11	420	45	6	11	36	1.66
22411855--22411948	29	3.1	29	72	20	86	43	9	10	36	1.72
22415041--22415087	15	3.1	15	96	3	85	19	19	6	55	1.64
22422300--22422330	8	3.9	8	91	0	53	87	0	3	9	0.66
22423340--22423506	41	4.0	41	87	2	226	22	17	21	38	1.93
22423721--22423793	6	12.2	6	80	11	71	20	1	1	76	0.93
22423720--22423840	18	6.4	18	73	20	95	22	1	1	74	1.00
22423721--22423799	30	2.6	29	77	15	88	21	1	1	75	0.94
22423720--22423840	25	4.5	24	72	23	75	22	1	1	74	1.00
22423895--22423972	22	3.6	21	78	16	70	24	5	7	62	1.42
22424801--22424854	26	2.1	25	82	3	63	16	0	5	77	0.94
22424814--22424854	4	10.8	4	86	5	50	17	0	4	78	0.93
22424878--22424943	16	3.9	16	80	6	60	13	4	3	78	1.02
22424877--22424910	17	2.0	17	88	0	50	14	2	2	79	0.97
22424891--22424936	21	2.2	20	88	11	67	13	2	4	80	0.95
22424963--22425355	59	6.7	57	82	10	422	45	6	11	36	1.67
22424962--22425355	117	3.4	114	83	7	456	45	6	11	36	1.66
22424962--22425355	176	2.2	174	83	9	480	45	6	11	36	1.66
22430236--22430283	24	2.0	25	84	12	64	52	0	4	43	1.20
22432710--22432886	30	5.8	30	74	12	139	40	3	2	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22432714--22432849	60	2.3	60	83	5	168	38	4	2	55	1.32
22432877--22432923	24	2.0	24	87	8	69	59	2	0	38	1.09
22432873--22432925	24	2.4	21	75	19	54	62	1	0	35	1.06
22434083--22434206	6	20.2	6	72	17	60	23	1	1	73	1.01
22434082--22434188	29	3.5	29	74	11	88	22	1	1	73	1.02
22434084--22434162	10	7.5	10	72	18	54	21	1	1	75	0.94
22434125--22434208	17	5.0	17	69	20	52	26	1	1	71	1.01
22434149--22434208	3	19.3	3	81	10	59	28	1	1	68	1.09
22434274--22434384	22	5.1	21	69	20	68	21	5	7	65	1.38
22435183--22435229	9	5.2	9	82	7	51	14	0	4	80	0.85
22435238--22435304	27	2.5	27	83	11	77	17	4	1	76	1.04
22435253--22435307	5	10.4	5	84	7	65	16	3	1	78	0.98
22435206--22435307	10	9.6	10	71	20	66	18	2	3	74	1.10
22435254--22435322	32	2.1	33	84	12	90	17	5	1	75	1.07
22435351--22435441	30	3.2	27	65	24	69	43	6	12	37	1.68
22435333--22435525	59	3.2	59	81	9	239	46	6	10	37	1.63
22439051--22439098	24	2.0	25	84	12	64	52	0	4	43	1.20
22441541--22441716	30	5.8	30	75	14	139	40	3	1	53	1.27
22441707--22441757	24	2.2	24	86	10	70	62	1	0	35	1.06
22442894--22442944	25	2.0	26	88	3	77	17	1	0	80	0.81
22442894--22442937	6	7.2	6	82	14	54	15	2	0	81	0.78
22443058--22443134	22	3.5	21	78	16	68	24	5	7	62	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22443977--22444027	9	5.9	9	79	6	52	13	0	3	82	0.81
22444045--22444118	12	5.8	12	76	14	53	16	8	1	74	1.12
22444130--22444321	59	3.2	60	83	5	239	45	5	10	38	1.62
22444147--22444229	27	2.9	28	68	18	71	43	6	12	38	1.66
22444650--22444726	38	2.0	38	100	0	154	19	20	20	38	1.93
22447528--22447575	24	2.0	25	84	12	64	52	0	4	43	1.20
22450000--22450176	30	5.8	30	74	12	139	40	3	2	53	1.30
22450004--22450139	60	2.3	60	83	5	168	38	4	2	55	1.32
22450167--22450217	24	2.2	24	86	10	70	62	1	0	35	1.06
22451377--22451449	6	12.2	6	78	16	64	19	1	1	78	0.91
22451376--22451455	30	2.7	29	78	3	88	21	1	1	76	0.93
22451423--22451504	3	28.3	3	75	18	59	25	2	1	70	1.06
22451588--22451651	21	3.0	22	77	20	66	20	6	6	67	1.35
22452548--22452602	5	10.4	5	84	7	65	16	3	1	78	0.98
22452533--22452599	27	2.5	27	83	11	77	17	4	1	76	1.04
22452549--22452617	32	2.1	33	84	12	90	17	5	1	75	1.07
22452628--22452820	59	3.2	60	83	7	241	46	6	10	36	1.65
22452647--22452728	27	2.8	28	67	18	69	42	7	12	37	1.70
22455978--22456025	24	2.0	25	84	12	64	52	0	4	43	1.20
22457605--22457645	2	20.5	2	94	0	73	48	0	0	51	1.00
22457516--22457762	129	1.9	129	97	0	467	48	8	12	29	1.71
22458597--22458773	30	5.8	30	74	12	139	40	3	2	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22458601--22458736	60	2.3	60	83	5	168	38	4	2	55	1.32
22458764--22458836	24	3.3	23	77	11	71	60	2	0	36	1.11
22460601--22460703	27	4.0	25	74	16	77	49	0	0	50	1.00
22464309--22464365	27	2.1	27	100	0	114	64	0	10	24	1.24
22467680--22467720	18	2.3	18	86	0	55	53	9	0	36	1.34
22468480--22468542	32	2.0	32	87	6	92	41	4	0	53	1.22
22477807--22477870	31	2.1	31	82	5	76	37	4	1	56	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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The End!