genome.fa.s57.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167882.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_15, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22478863

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454491--2454522	17	1.9	17	93	6	57	59	0	6	34	1.23
2454648--2454702	19	3.0	19	76	5	51	58	0	0	41	0.98
2460189--2460273	43	2.0	43	100	0	170	47	5	11	35	1.65
2465132--2465168	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2467883--2467956	30	2.5	30	86	4	96	39	1	21	37	1.62
2468838--2468900	11	6.3	10	78	12	58	63	7	0	28	1.22
2469258--2469305	16	2.9	17	79	14	64	33	4	0	62	1.14
2469261--2469313	16	3.3	15	79	10	52	28	5	0	66	1.15
2469258--2469368	34	3.3	32	78	10	98	32	4	2	60	1.31
2473858--2473900	2	21.5	2	95	0	77	51	0	2	46	1.13
2475458--2475519	19	3.4	18	71	20	56	75	1	4	17	1.05
2475428--2475522	12	8.5	11	67	20	54	72	1	4	22	1.08
2475473--2475522	6	8.2	6	82	4	64	78	2	4	16	1.00
2476671--2476835	66	2.5	65	74	9	147	46	12	20	21	1.83
2476937--2476978	22	1.9	22	90	0	66	40	9	9	40	1.70
2478966--2479010	21	2.1	21	95	0	81	17	22	8	51	1.73
2484861--2484890	11	2.7	11	94	0	51	20	26	0	53	1.46
2485016--2485046	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89
2488622--2488659	17	2.2	17	90	9	60	47	0	0	52	1.00
2489575--2489603	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
2490599--2490631	17	1.9	17	100	0	66	60	18	0	21	1.36
2490707--2490765	6	9.8	6	87	8	68	77	0	3	18	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491003--2491035	16	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
2491749--2491841	12	7.5	11	73	20	60	8	4	7	79	1.04
2491937--2491974	13	2.9	14	84	7	53	21	5	15	57	1.57
2493267--2493315	20	2.5	20	87	9	66	67	4	2	26	1.19
2494817--2494858	21	2.0	21	85	4	57	38	4	21	35	1.75
2497190--2497227	19	1.9	20	84	10	51	39	7	2	50	1.46
2498827--2498875	24	2.0	24	92	0	80	40	18	6	34	1.75
2505819--2506010	16	12.7	15	68	19	96	48	1	1	49	1.15
2505812--2505982	10	16.8	10	71	17	95	50	1	0	47	1.13
2505813--2505983	47	3.8	44	71	25	119	50	1	0	47	1.13
2507424--2507454	15	2.1	15	93	0	53	64	3	0	32	1.09
2508703--2508735	17	1.9	17	100	0	66	60	18	0	21	1.36
2508811--2508863	6	8.8	6	86	10	56	77	0	3	18	0.92
2509103--2509135	16	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
2509870--2509906	11	3.4	11	88	0	56	2	0	16	81	0.81
2511375--2511424	20	2.5	20	80	6	57	64	4	2	30	1.23
2512926--2512967	21	2.0	21	85	4	57	38	4	21	35	1.75
2515295--2515334	19	2.0	21	85	9	57	40	7	2	50	1.44
2516938--2516986	24	2.0	24	92	0	80	40	18	6	34	1.75
2523961--2524136	16	12.0	15	69	18	86	47	1	1	49	1.19
2523971--2524108	10	13.7	10	70	18	81	50	1	0	47	1.15
2525552--2525582	15	2.1	15	93	0	53	64	3	0	32	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528847--2528883	14	2.6	15	83	8	51	70	8	13	8	1.34
2537223--2537259	14	2.6	15	83	8	51	70	8	13	8	1.34
2547925--2548012	39	2.3	39	83	0	104	39	17	18	25	1.91
2554063--2554157	4	21.5	4	72	19	57	26	5	1	67	1.18
2558349--2558387	19	2.1	19	85	9	53	15	7	5	71	1.26
2558517--2558551	15	2.2	16	90	5	54	62	5	2	28	1.32
2561103--2561245	62	2.3	63	79	7	164	39	10	5	44	1.62
2561385--2561501	61	1.9	60	81	11	141	37	11	3	47	1.56
2561855--2561937	41	2.0	43	80	7	98	44	4	3	46	1.42
2562660--2562690	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2573862--2573922	14	4.7	14	69	22	53	31	4	3	60	1.34
2575272--2575304	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2579551--2579606	28	2.0	28	92	0	94	35	1	19	42	1.62
2579733--2579936	111	1.8	111	86	2	293	33	31	5	29	1.80
2585786--2585877	7	12.9	7	73	16	55	80	8	0	10	0.91
2585795--2585871	22	3.6	21	75	8	75	81	10	0	7	0.86
2589776--2589828	21	2.5	21	90	0	88	35	15	13	35	1.86
2594058--2594093	18	2.0	18	88	0	54	80	2	8	8	0.99
2606347--2606377	16	1.9	16	93	0	53	77	0	12	9	0.99
2606325--2606375	23	2.2	23	82	6	59	74	0	11	13	1.07
2607025--2607394	46	8.0	44	76	7	192	33	10	11	44	1.75
2607044--2607394	92	3.8	91	78	5	350	33	10	10	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607044--2607395	138	2.6	136	80	5	341	32	10	10	45	1.73
2608249--2608279	16	1.9	16	93	0	53	29	6	0	64	1.18
2612490--2612524	12	2.8	12	86	4	52	62	0	0	37	0.95
2617422--2617606	49	3.8	48	80	9	198	48	8	16	25	1.75
2617428--2617606	97	1.9	95	82	9	229	48	8	16	25	1.75
2639876--2639910	12	2.9	12	86	0	52	17	0	5	77	0.96
2639945--2640002	21	2.7	20	84	15	64	20	0	10	68	1.18
2643775--2643834	17	3.4	18	77	6	61	36	16	13	33	1.88
2644121--2644252	34	3.9	34	78	8	124	43	15	9	31	1.78
2644118--2644222	16	6.2	16	80	9	102	47	18	5	28	1.71
2644118--2644254	68	2.0	69	82	1	168	43	16	8	31	1.78
2644222--2644307	17	5.1	17	74	4	77	33	9	18	38	1.83
2644222--2644318	17	5.8	17	74	1	70	34	9	19	37	1.84
2644225--2644322	51	1.9	50	83	2	124	31	10	18	39	1.84
2644441--2644592	22	6.8	22	67	10	67	46	13	6	32	1.69
2644440--2644526	44	2.0	43	84	2	111	44	11	10	33	1.74
2644564--2644631	24	3.0	23	82	6	93	44	20	5	29	1.75
2644566--2644674	22	4.8	22	70	15	71	41	18	8	32	1.80
2644566--2644768	46	4.5	46	78	9	150	40	16	9	33	1.81
2644688--2644772	44	1.9	44	92	0	143	43	15	9	31	1.78
2644692--2644781	22	4.1	22	75	5	94	43	15	10	31	1.80
2647623--2647881	132	2.0	132	85	6	355	48	12	9	28	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2648102--2648150	21	2.3	21	92	0	80	63	14	4	18	1.46
2651610--2652092	160	3.0	160	80	3	567	42	17	9	31	1.81
2651988--2652200	111	1.9	111	86	1	302	40	16	11	31	1.84
2652106--2652829	161	4.5	162	83	3	847	40	15	9	33	1.81
2651827--2652375	272	2.0	271	84	2	708	42	16	9	31	1.81
2652127--2652829	321	2.2	323	86	2	968	40	15	9	33	1.81
2653880--2653916	13	2.8	13	83	0	56	64	5	5	24	1.36
2658665--2658731	34	2.0	34	90	0	107	43	13	20	22	1.87
2661652--2661715	29	2.2	30	82	2	85	35	3	20	40	1.68
2663450--2663704	72	3.7	71	78	8	229	42	6	11	39	1.67
2663578--2663711	63	2.1	64	88	4	200	44	4	11	40	1.60
2664145--2664181	16	2.2	18	85	9	51	32	29	0	37	1.58
2666738--2666776	8	4.8	8	87	3	51	79	0	20	0	0.73
2666745--2666776	15	2.1	16	94	5	57	81	0	18	0	0.70
2667605--2667638	1	34.0	1	87	0	50	2	94	0	2	0.38
2675787--2675870	20	4.5	19	70	27	72	40	11	5	41	1.66
2676735--2676952	56	3.8	55	78	7	195	37	9	6	47	1.61
2676802--2676953	59	2.6	57	83	5	182	38	9	5	46	1.60
2676810--2676981	59	2.9	59	78	13	144	38	8	4	48	1.53
2678578--2678722	77	1.9	77	82	5	186	40	6	10	42	1.66
2683111--2683158	3	15.7	3	78	4	51	58	6	0	35	1.23
2683766--2683802	16	2.3	16	85	0	56	59	16	13	10	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684769--2684810	22	1.9	22	90	0	66	47	2	0	50	1.14
2685729--2686055	35	9.6	35	71	12	148	36	18	16	28	1.93
2685764--2686002	68	3.5	67	81	9	200	35	19	17	28	1.94
2685799--2685980	33	5.4	33	71	10	109	36	19	16	28	1.93
2685764--2686055	67	4.3	67	78	8	261	35	19	16	28	1.94
2685866--2685994	33	3.8	33	74	4	123	34	17	17	30	1.94
2686372--2686427	29	1.9	29	85	0	76	33	17	16	32	1.92
2686640--2686744	34	3.2	34	81	6	103	28	20	19	31	1.97
2686701--2687068	32	11.3	32	71	11	169	34	20	16	29	1.94
2686757--2687080	33	9.8	33	71	7	138	34	20	15	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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