genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21126578--21126635	29	2.0	30	89	3	91	79	1	1	17	0.90
21127512--21127566	17	3.2	17	78	14	51	65	0	5	29	1.15
21127584--21127613	15	2.0	15	93	0	51	56	0	3	40	1.16
21127546--21127675	55	2.4	56	91	5	214	54	0	6	38	1.27
21127678--21127725	19	2.5	19	78	15	55	72	0	2	25	0.95
21129886--21129916	14	2.2	14	100	0	62	45	19	0	35	1.51
21131484--21131754	135	2.0	135	89	1	418	35	22	20	21	1.96
21138024--21138058	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
21140271--21140310	20	2.0	20	95	0	71	25	17	37	20	1.94
21143198--21143233	2	18.5	2	88	5	56	47	0	0	52	1.00
21143205--21143233	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21144283--21144343	31	2.0	30	90	3	95	45	4	3	45	1.41
21146760--21146805	20	2.2	20	84	7	56	78	6	2	13	1.04
21147042--21147087	18	2.7	18	83	12	53	4	47	0	47	1.21
21147662--21147730	5	12.6	5	82	14	59	76	4	1	17	1.02
21147668--21147692	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
21147662--21147730	28	2.5	27	84	13	95	76	4	1	17	1.02
21147663--21147730	14	4.9	14	70	17	52	77	4	1	16	0.99
21147663--21147730	12	6.1	11	73	20	61	77	4	1	16	0.99
21148318--21148383	21	3.1	21	72	12	55	40	18	9	31	1.81
21148493--21149028	138	3.8	138	83	5	569	37	12	10	39	1.78
21148493--21148904	46	9.0	46	88	2	533	37	12	11	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21148906--21148946	21	2.0	21	85	9	57	36	9	9	43	1.71
21148949--21149030	21	3.7	22	70	13	78	35	12	9	42	1.75
21150474--21150503	10	3.1	10	95	4	53	10	6	0	83	0.81
21150852--21150892	18	2.4	18	80	8	50	12	9	0	78	0.98
21150852--21150892	17	2.4	18	80	19	52	12	9	0	78	0.98
21154443--21154796	188	1.9	188	80	8	425	37	7	6	48	1.58
21155682--21155724	5	8.8	5	80	14	54	76	2	0	20	0.89
21155679--21155715	19	1.9	20	94	5	67	72	5	0	21	1.04
21160725--21160830	40	2.5	42	79	11	119	24	33	4	36	1.77
21162121--21162260	72	1.9	72	91	0	226	17	16	21	45	1.86
21162263--21162293	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21165037--21165147	56	2.0	56	96	0	204	26	9	24	39	1.86
21167368--21168125	252	3.0	252	99	0	1489	29	18	21	29	1.97
21171473--21171529	22	2.5	22	85	2	78	8	24	7	59	1.52
21174439--21174470	16	2.0	16	100	0	64	18	0	12	68	1.20
21184757--21184781	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21193090--21193139	24	2.1	24	84	0	64	46	6	4	44	1.47
21193777--21193811	12	2.9	12	91	0	52	28	0	0	71	0.86
21193843--21193916	22	3.5	22	94	5	134	52	0	0	47	1.00
21195334--21195417	32	2.7	30	81	13	91	48	0	1	50	1.08
21195375--21195410	18	2.1	18	89	5	56	50	0	0	50	1.00
21196868--21196914	20	2.3	21	85	10	71	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21207716--21207786	28	2.5	28	83	2	88	52	1	0	46	1.09
21207716--21207775	29	2.1	29	87	3	86	53	1	0	45	1.10
21213348--21213384	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
21217925--21217963	16	2.4	16	91	0	60	30	10	2	56	1.46
21222273--21222317	11	4.4	10	81	13	56	60	0	0	40	0.97
21222273--21222319	21	2.2	21	84	3	58	61	0	0	38	0.96
21224184--21224245	24	2.6	23	72	7	61	54	30	11	3	1.51
21225286--21225312	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21240024--21240065	22	1.9	22	90	0	66	26	2	16	54	1.54
21240833--21240864	16	2.0	16	93	0	55	21	0	0	78	0.76
21254067--21254099	15	2.1	16	88	5	50	42	6	12	39	1.67
21267114--21267164	6	8.5	6	84	0	66	23	60	1	13	1.43
21271315--21271357	21	2.0	21	100	0	86	18	23	23	34	1.96
21275092--21275122	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21275628--21275676	22	2.2	22	82	7	55	57	6	2	34	1.35
21277099--21277129	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21281833--21281857	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21314876--21314911	19	1.9	18	88	5	54	25	0	0	75	0.81
21314912--21314948	20	1.9	19	89	10	58	45	0	2	51	1.15
21316305--21316378	33	2.2	34	76	7	80	55	4	1	39	1.27
21324506--21324537	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21337808--21337857	22	2.3	21	83	6	64	44	6	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21339133--21339188	22	2.6	22	83	10	64	66	3	0	30	1.09
21339133--21339188	21	2.7	21	83	10	62	66	3	0	30	1.09
21339424--21339448	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
21341898--21341967	26	2.7	25	81	14	97	48	0	1	50	1.09
21341898--21341968	25	2.8	25	87	8	108	49	0	1	49	1.09
21341942--21342032	18	5.4	18	71	14	61	52	1	1	45	1.15
21342055--21342314	18	13.1	19	69	20	117	42	1	3	52	1.26
21342113--21342272	5	32.0	5	67	20	52	44	0	3	51	1.24
21358086--21358110	12	2.1	12	100	0	50	32	0	36	32	1.58
21362994--21363035	22	1.9	22	90	0	66	33	11	9	45	1.73
21375604--21375658	24	2.4	22	87	9	74	50	0	1	47	1.11
21375585--21375670	38	2.3	37	84	7	104	52	0	1	46	1.08
21375637--21375668	15	2.1	16	94	5	57	50	0	0	50	1.00
21378971--21379497	269	2.0	270	93	0	894	40	8	7	43	1.63
21380615--21380651	18	2.1	18	89	0	56	29	13	21	35	1.92
21383402--21383464	31	2.0	31	82	11	76	42	4	1	50	1.32
21384119--21384144	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21387402--21388037	58	11.0	57	84	9	688	35	11	6	46	1.67
21387404--21388038	175	3.6	177	84	7	743	35	11	6	46	1.66
21388069--21388148	21	3.7	21	75	21	67	80	2	5	12	0.98
21388084--21388134	13	4.0	13	80	9	52	84	3	0	11	0.75
21388059--21388207	11	13.3	11	69	15	60	76	3	3	16	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21388171--21388208	18	2.2	18	86	13	53	86	2	0	10	0.66
21388168--21388208	21	2.0	20	90	9	64	85	2	0	12	0.70
21388529--21388568	21	2.0	20	85	14	55	35	12	15	37	1.85
21389021--21389073	15	3.5	15	80	12	63	77	3	1	16	1.01
21389063--21389120	21	2.9	21	76	21	61	67	5	5	22	1.31
21389223--21389288	6	11.6	5	80	16	51	77	1	3	18	0.98
21389214--21389288	18	4.3	17	80	10	80	76	1	2	20	0.99
21389222--21389297	12	6.4	12	75	13	50	77	1	5	15	1.01
21389223--21389300	18	4.5	18	80	12	76	78	1	5	15	0.99
21389498--21389835	42	8.1	41	88	3	437	38	21	15	24	1.92
21389498--21389835	83	4.1	82	87	3	462	38	21	15	24	1.92
21390832--21390876	8	5.6	8	89	0	63	8	11	0	80	0.92
21398112--21398143	15	2.1	16	94	5	57	56	6	18	18	1.62
21401290--21401676	58	6.7	58	82	8	404	35	12	5	46	1.64
21401290--21401676	116	3.4	116	83	9	447	35	12	5	46	1.64
21410213--21410237	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
21413051--21413105	26	2.1	26	93	0	92	67	0	0	32	0.91
21413473--21413509	11	3.4	11	92	0	56	40	0	0	59	0.97
21417552--21417606	25	2.2	25	80	3	67	38	1	7	52	1.40
21420281--21420310	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
21423675--21423734	8	7.5	8	81	12	70	28	0	1	70	0.97
21423675--21423734	15	3.8	16	78	13	70	28	0	1	70	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21423717--21423759	22	1.9	22	85	4	59	46	0	0	53	1.00
21423725--21423826	52	1.9	52	82	7	125	50	0	0	48	1.14
21432276--21432332	30	2.0	30	89	6	91	59	0	3	36	1.14
21434147--21434181	15	2.4	15	90	4	54	80	2	8	8	1.01
21451549--21451609	30	2.0	30	96	0	113	45	11	22	19	1.82
21458182--21458226	24	1.9	23	82	13	56	55	0	0	44	0.99
21462365--21462408	2	22.0	2	95	0	79	0	47	0	52	1.00
21470859--21470922	31	2.1	31	90	0	101	14	25	21	39	1.91
21476985--21477141	80	2.0	80	90	0	251	32	19	18	29	1.96
21484786--21484849	30	2.1	32	82	5	78	39	3	4	53	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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