genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2336131--2336189	26	2.3	26	85	5	75	57	3	6	32	1.41
2337026--2337059	10	3.3	10	87	4	50	29	0	0	70	0.87
2337157--2337209	11	4.5	11	78	17	61	47	0	1	50	1.12
2337171--2337219	15	3.5	15	76	21	61	38	0	6	55	1.25
2337160--2337219	26	2.3	26	91	0	102	40	0	5	55	1.22
2337281--2337321	21	2.0	21	85	9	57	31	2	7	58	1.38
2357239--2357273	6	6.0	6	86	6	54	82	0	0	17	0.66
2357522--2357634	42	2.7	42	83	2	138	29	12	15	43	1.83
2357519--2357653	42	3.2	42	79	2	119	29	11	15	43	1.81
2357866--2357912	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
2361675--2361710	18	2.0	18	88	0	54	33	2	0	63	1.08
2362122--2362180	26	2.3	26	88	5	84	61	0	5	33	1.18
2362972--2363008	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
2363250--2363295	21	2.2	21	88	3	67	23	2	8	65	1.32
2363266--2363320	25	2.2	25	83	6	67	29	1	5	63	1.27
2363250--2363304	21	2.7	21	83	8	60	27	1	7	63	1.31
2363314--2363389	23	3.3	23	79	3	82	38	7	3	50	1.50
2373309--2373354	22	2.1	22	100	0	92	54	4	8	32	1.51
2377216--2377422	102	2.0	103	94	0	362	31	14	26	27	1.95
2382863--2382889	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2383514--2383552	18	2.2	17	86	4	51	0	17	2	79	0.84
2384502--2384526	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2393185--2393212	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2393273--2393345	20	3.5	20	77	7	65	52	9	4	34	1.53
2393413--2393456	16	2.6	16	78	21	54	63	6	4	25	1.38
2393506--2393552	13	3.6	14	80	13	55	78	0	4	17	0.90
2393547--2393587	13	3.2	13	77	16	50	75	12	2	9	1.13
2394622--2394654	11	2.8	12	86	4	50	69	9	0	21	1.15
2394622--2394666	23	2.0	23	90	0	72	66	8	0	24	1.20
2394620--2394657	17	2.2	17	86	9	51	65	7	0	26	1.19
2396904--2396984	39	2.0	41	85	4	112	44	4	18	32	1.71
2400487--2400523	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
2401489--2401527	17	2.3	17	83	12	53	69	10	0	20	1.17
2402318--2402392	34	2.2	34	83	4	89	36	0	6	57	1.25
2406423--2406524	30	3.4	30	80	2	116	39	23	16	20	1.92
2407780--2407836	29	2.0	29	85	0	78	38	28	15	17	1.91
2407833--2407888	28	2.0	28	100	0	112	42	21	7	28	1.79
2408797--2409169	161	2.3	162	79	3	378	39	13	10	36	1.79
2415592--2415638	3	15.7	3	95	0	85	36	0	29	34	1.58
2415781--2415825	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
2415913--2416008	13	7.5	13	78	10	99	52	23	8	15	1.70
2415912--2416008	39	2.5	39	85	5	117	52	23	8	15	1.69
2415992--2416044	19	2.8	18	80	8	61	41	30	13	15	1.85
2416242--2416281	20	2.0	20	85	9	55	67	0	2	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420805--2420833	9	3.2	9	100	0	58	41	20	27	10	1.85
2421771--2421808	20	2.0	20	89	5	60	34	0	5	60	1.19
2422028--2422076	25	1.9	26	91	4	82	46	2	10	40	1.49
2425484--2425523	6	6.7	6	91	0	62	22	0	47	30	1.52
2425483--2425526	18	2.4	18	88	0	70	25	0	45	29	1.54
2425870--2425994	18	6.9	18	73	13	105	32	35	4	27	1.78
2425874--2425916	21	2.0	21	95	0	77	25	44	2	27	1.66
2425898--2425995	33	2.9	33	83	4	124	36	31	5	26	1.78
2428331--2428363	17	2.0	17	94	5	59	48	12	15	24	1.78
2428949--2428994	15	2.8	17	71	15	51	54	10	4	30	1.55
2433666--2433811	20	7.3	19	75	13	118	42	32	2	22	1.65
2433666--2433804	7	20.7	7	67	14	60	43	32	1	23	1.63
2433666--2433804	13	10.4	14	72	11	60	43	32	1	23	1.63
2433907--2433963	24	2.2	26	84	15	73	24	12	7	56	1.61
2434257--2434306	21	2.3	22	82	3	57	78	0	18	4	0.91
2434257--2434306	11	4.6	11	90	2	66	78	0	18	4	0.91
2437368--2437577	109	1.9	108	81	6	255	32	9	7	50	1.61
2437376--2437660	54	5.3	52	73	12	186	32	7	7	52	1.57
2440497--2440741	70	3.5	69	81	5	269	26	9	16	47	1.77
2440500--2440809	141	2.2	141	78	6	335	26	9	16	47	1.76
2441280--2441374	46	2.1	45	86	2	127	32	8	11	47	1.70
2441445--2441512	22	3.0	23	73	6	66	36	2	11	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441416--2441558	45	3.2	45	82	4	155	34	6	10	47	1.65
2441446--2441534	24	3.8	23	76	10	83	38	5	8	47	1.59
2441652--2441691	21	1.9	21	89	0	62	30	10	15	45	1.78
2441964--2442003	16	2.5	16	92	8	64	20	0	2	77	0.88
2442053--2442148	30	3.0	32	79	14	83	29	4	4	62	1.32
2442053--2442156	32	3.3	31	80	12	88	28	3	3	63	1.30
2442089--2442177	38	2.4	36	79	9	99	29	3	3	64	1.26
2442124--2442199	24	3.2	24	77	15	70	27	3	1	67	1.17
2442156--2442228	21	3.5	21	81	7	87	21	4	2	71	1.16
2442152--2442228	41	1.9	40	86	7	111	22	3	2	71	1.15
2442102--2442227	58	2.2	59	80	8	134	26	3	2	67	1.20
2442158--2442224	20	3.3	20	85	6	82	20	4	2	71	1.17
2443084--2443189	5	20.6	5	68	19	58	16	5	2	75	1.11
2443097--2443184	31	2.7	31	76	16	81	13	6	3	76	1.12
2443185--2443433	58	4.3	57	83	8	245	46	6	10	36	1.63
2443207--2443419	58	3.7	57	90	5	322	46	5	12	35	1.65
2443414--2443463	26	1.9	26	95	0	91	36	4	8	52	1.50
2443323--2443579	142	1.8	142	90	3	419	42	6	12	37	1.69
2443440--2443620	58	3.1	57	85	7	256	41	7	13	37	1.72
2443530--2443621	27	3.3	27	65	26	73	40	6	16	36	1.74
2454011--2454105	8	11.2	8	84	10	118	78	0	10	10	0.95
2454011--2454105	17	5.6	17	90	3	147	78	0	10	10	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454010--2454105	25	3.8	25	83	9	131	79	0	10	10	0.95
2455466--2455517	12	4.3	12	83	9	70	23	0	0	76	0.78
2455466--2455517	17	2.9	18	81	18	72	23	0	0	76	0.78
2455531--2455756	4	56.5	4	67	15	53	26	3	3	65	1.25
2455622--2455685	34	1.9	33	84	15	87	31	3	1	64	1.19
2455674--2455747	20	3.7	20	72	7	69	21	4	2	71	1.15
2455531--2455725	11	17.4	11	65	21	59	28	3	3	65	1.22
2455665--2455760	21	4.7	20	75	12	79	21	3	3	71	1.13
2455656--2455760	41	2.5	41	82	13	108	22	3	2	70	1.17
2456631--2456749	5	22.6	5	72	17	66	15	5	1	77	1.03
2456645--2456749	6	17.5	6	73	14	83	14	4	1	79	0.99
2456647--2456754	17	6.0	16	70	23	56	14	5	1	77	1.03
2456767--2457097	59	5.7	58	82	6	393	44	6	12	36	1.69
2456767--2457097	175	1.9	175	91	3	551	44	6	12	36	1.69
2457654--2457696	18	2.4	17	77	11	50	30	13	13	41	1.84
2457629--2457697	26	2.7	26	76	13	70	34	13	11	40	1.80
2457789--2457840	22	2.4	22	83	6	61	40	11	5	42	1.65
2460260--2460298	20	2.0	20	89	0	60	64	23	2	10	1.37
2461013--2461054	21	2.0	21	85	0	57	26	23	26	23	2.00
2461055--2461140	3	29.7	3	77	11	81	32	1	4	61	1.24
2461055--2461142	35	2.6	36	84	10	114	31	1	5	61	1.27
2461055--2461139	33	2.7	31	78	10	91	32	1	4	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2462060--2462099	18	2.2	18	86	8	55	17	15	0	67	1.23
2462095--2462137	19	2.3	18	81	14	52	25	0	4	69	1.07
2467536--2467577	21	2.0	22	85	4	59	76	4	11	7	1.15
2467918--2467957	14	3.1	13	86	10	55	77	15	0	7	0.98
2467924--2467957	14	2.5	13	95	4	59	85	8	0	5	0.75
2467924--2467957	12	2.6	13	90	9	52	85	8	0	5	0.75
2468417--2468465	7	6.9	7	79	4	53	16	2	4	77	1.01
2469288--2469337	26	1.9	26	87	0	73	34	2	8	56	1.40
2473581--2473628	9	5.0	9	76	14	51	10	10	2	77	1.09
2473577--2473626	21	2.5	20	81	18	59	12	8	2	78	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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