genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193478--2193583	25	4.4	25	74	11	96	26	5	10	57	1.54
2193496--2193590	49	2.0	47	81	4	109	29	6	9	54	1.57
2194793--2194824	12	2.6	13	85	14	50	81	6	0	12	0.87
2195889--2195913	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50
2197876--2197908	17	2.0	17	88	5	50	54	9	6	30	1.56
2198775--2198908	56	2.4	56	81	6	155	43	16	5	35	1.70
2199345--2199454	58	1.9	58	86	1	159	44	15	3	36	1.64
2202432--2202465	17	1.9	18	88	5	52	20	0	5	73	1.04
2203129--2203176	24	2.0	24	83	0	60	66	0	6	27	1.15
2203189--2203237	26	1.9	25	83	4	62	75	4	4	16	1.11
2203206--2203247	17	2.5	17	88	3	59	76	2	4	16	1.07
2203910--2203939	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
2203910--2203948	16	2.5	15	87	8	51	33	0	5	61	1.18
2204049--2204103	17	3.3	17	71	19	53	36	1	9	52	1.44
2205458--2205493	19	1.9	19	88	5	56	5	0	11	83	0.80
2210741--2210773	15	2.3	14	94	5	57	57	24	12	6	1.57
2213043--2213120	13	5.9	14	71	15	67	14	12	6	66	1.42
2213109--2213185	31	2.7	30	78	11	90	22	3	3	70	1.20
2213023--2213201	14	13.2	13	70	15	53	17	7	5	69	1.30
2213166--2213206	13	3.2	12	86	10	55	17	4	4	73	1.19
2213294--2213399	25	4.4	25	77	11	105	26	4	10	58	1.51
2213294--2213399	47	2.2	49	83	3	135	26	4	10	58	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213312--2213406	49	2.0	47	83	4	118	29	5	9	55	1.53
2217661--2217693	17	2.0	17	88	5	50	54	9	6	30	1.56
2218576--2218709	56	2.4	56	81	6	146	41	16	6	35	1.75
2219107--2219179	34	2.1	36	82	10	89	39	16	10	32	1.83
2219163--2219272	58	1.9	58	86	1	159	44	15	3	36	1.64
2222264--2222297	17	1.9	18	88	5	52	20	0	5	73	1.04
2222968--2223018	25	2.0	25	88	0	75	66	0	5	27	1.14
2223615--2223648	16	2.0	16	88	11	50	14	0	5	79	0.91
2223616--2223747	55	2.4	53	76	10	124	21	3	5	68	1.25
2223668--2223702	17	2.1	17	94	0	61	28	0	5	65	1.15
2223878--2223959	35	2.3	36	83	4	96	30	6	6	57	1.47
2223902--2223953	18	2.9	18	77	5	52	30	1	9	57	1.42
2223902--2223959	17	3.4	17	74	9	55	36	1	8	53	1.42
2225318--2225352	18	2.0	18	88	5	54	5	0	11	82	0.82
2225869--2225922	19	2.9	18	78	8	54	29	9	0	61	1.27
2227500--2227567	27	2.4	27	82	7	73	52	0	1	45	1.09
2227768--2227833	10	5.8	12	68	24	54	39	0	0	60	0.97
2227779--2227834	6	9.3	6	92	0	85	37	0	0	62	0.95
2227779--2227834	18	3.1	18	92	0	94	37	0	0	62	0.95
2228103--2228136	17	2.0	17	100	0	68	70	5	0	23	1.09
2229977--2230010	13	2.5	14	85	4	52	52	0	11	35	1.38
2235580--2235606	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238232--2238270	13	3.0	13	82	14	53	82	0	17	0	0.68
2239000--2239133	41	3.3	41	79	2	135	49	17	8	24	1.75
2242503--2242573	30	2.3	31	76	13	76	46	0	4	49	1.21
2242632--2242690	11	5.0	11	76	15	64	30	1	0	67	1.00
2242632--2242690	24	2.5	24	91	5	93	30	1	0	67	1.00
2249765--2249823	24	2.4	24	82	5	64	30	6	5	57	1.46
2249777--2249824	24	2.0	24	87	0	69	27	8	4	60	1.44
2249948--2249992	16	2.7	17	75	6	56	26	8	13	51	1.70
2250339--2250390	21	2.5	20	78	9	59	30	3	5	59	1.39
2253549--2253608	26	2.3	26	97	0	111	31	16	16	35	1.92
2254174--2254236	33	1.9	33	83	6	83	26	11	22	39	1.87
2254389--2254504	49	2.3	50	82	8	148	33	12	10	43	1.77
2255039--2255094	11	5.0	11	77	16	53	71	1	5	21	1.15
2255040--2255106	22	3.0	21	77	14	62	71	2	5	19	1.20
2256942--2256987	23	2.0	23	100	0	92	39	17	17	26	1.91
2258180--2258413	113	2.1	115	94	1	409	44	12	8	35	1.72
2259203--2259259	21	2.7	21	94	0	96	42	10	14	33	1.79
2260320--2260353	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
2261540--2261578	18	2.2	18	90	9	62	48	0	0	51	1.00
2262268--2262316	19	2.7	18	78	6	53	30	16	28	24	1.96
2262908--2262952	22	2.0	24	86	8	67	57	4	0	37	1.19
2263221--2263261	20	2.0	20	86	9	57	56	7	4	31	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264764--2264802	20	2.0	20	85	10	53	48	0	10	41	1.37
2265305--2265334	15	2.0	15	100	0	60	40	26	13	20	1.89
2267727--2267756	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
2268909--2268933	12	2.1	12	100	0	50	24	48	0	28	1.52
2271570--2271617	22	2.2	22	82	14	55	56	8	2	33	1.41
2271570--2271617	23	2.1	23	84	7	62	56	8	2	33	1.41
2272806--2272832	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2273627--2273708	43	1.9	43	89	0	128	32	13	10	42	1.79
2273627--2273727	43	2.4	43	84	1	123	31	11	10	45	1.76
2278159--2278313	59	2.5	58	86	9	202	33	13	6	46	1.69
2278330--2278417	5	16.8	5	72	21	65	77	2	6	13	1.07
2278340--2278419	6	13.8	6	68	12	51	76	1	7	15	1.07
2278333--2278418	16	5.4	16	74	20	67	76	2	6	13	1.08
2278330--2278417	11	8.4	10	77	17	65	77	2	6	13	1.07
2278439--2278485	4	11.8	4	77	8	51	78	4	0	17	0.90
2278442--2278482	21	2.0	21	95	0	73	80	4	0	14	0.87
2279433--2279558	5	24.8	5	80	16	127	79	0	3	15	0.93
2279433--2279558	22	6.2	20	80	14	120	79	0	3	15	0.93
2279730--2279851	41	2.9	41	86	6	147	36	22	17	23	1.94
2279822--2279872	25	2.0	25	100	0	102	41	19	23	15	1.90
2280898--2280932	18	1.9	18	94	0	61	5	14	0	80	0.89
2280893--2280955	20	3.0	22	74	21	64	7	14	0	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2280912--2281002	8	11.0	8	88	11	123	10	15	0	73	1.09
2280911--2281002	17	5.6	16	81	13	98	10	15	0	73	1.08
2280902--2280974	22	3.6	20	80	10	76	8	13	0	78	0.97
2280898--2281002	27	4.2	26	81	14	121	10	16	0	73	1.09
2280891--2281002	41	2.6	42	86	8	120	10	16	0	72	1.12
2289412--2289508	32	3.2	32	64	28	84	35	11	9	44	1.72
2289358--2289763	59	6.8	58	84	8	464	33	12	7	46	1.71
2289358--2289775	119	3.5	118	89	4	590	33	12	7	46	1.70
2289780--2289867	5	16.8	5	72	21	65	76	2	7	13	1.11
2289780--2289860	21	3.9	22	75	18	66	76	2	7	13	1.10
2289780--2289867	11	8.4	10	77	17	65	76	2	7	13	1.11
2289889--2289931	4	10.8	4	80	9	52	76	4	0	18	0.95
2289889--2289928	21	1.9	21	94	0	71	77	5	0	17	0.94
2290385--2290421	19	1.9	19	94	0	65	40	16	10	32	1.83
2290716--2290753	15	2.4	16	82	13	51	76	7	5	10	1.15
2290723--2290753	15	2.1	15	93	0	53	77	6	6	9	1.12
2290876--2290965	6	15.3	6	72	19	57	80	0	4	15	0.87
2298057--2298092	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2300028--2300123	30	3.2	30	84	0	111	40	5	1	53	1.30
2308924--2308948	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2321899--2321947	20	2.4	20	93	3	80	69	6	2	22	1.21
2329106--2329131	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329553--2329601	5	9.8	5	90	0	71	77	16	2	4	1.01
2332632--2332680	19	2.7	18	81	12	55	32	34	12	20	1.90
2332626--2332679	25	2.2	25	87	9	76	31	35	14	18	1.91
2334263--2334321	24	2.4	24	78	18	68	45	1	1	50	1.21
2334296--2334371	40	1.9	40	86	10	111	50	1	0	48	1.09
2334299--2334409	40	2.9	39	76	17	106	48	1	0	48	1.18
2334557--2334604	20	2.2	23	85	10	66	52	0	2	45	1.12
2334578--2334620	17	2.7	16	86	10	61	48	0	4	46	1.22
2334551--2334632	38	2.2	37	82	6	94	47	1	2	48	1.22
2334751--2334816	26	2.6	26	88	9	93	48	1	0	50	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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