genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14765368--14765420	24	2.2	25	83	10	65	54	5	5	33	1.47
14765425--14765460	18	2.0	18	88	0	54	55	11	8	25	1.62
14765445--14765495	17	3.0	17	77	8	59	54	9	3	31	1.51
14765258--14765475	122	1.8	121	82	6	273	54	11	4	29	1.56
14766050--14766083	12	2.8	12	87	12	52	8	2	0	88	0.62
14766044--14766086	13	3.4	13	87	3	61	9	4	0	86	0.71
14774751--14774800	26	1.9	26	95	0	91	30	8	10	52	1.64
14776851--14776881	15	2.1	15	100	0	62	54	12	12	19	1.70
14777689--14777734	6	7.8	6	87	4	67	86	10	2	0	0.64
14777690--14777727	11	3.4	11	96	3	67	89	10	0	0	0.49
14779145--14779174	12	2.5	12	88	0	51	90	10	0	0	0.47
14784383--14784447	34	1.9	34	87	6	96	50	6	1	41	1.36
14789471--14789504	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
14789893--14789926	14	2.3	15	90	5	52	41	0	5	52	1.25
14791246--14791312	31	2.2	30	82	10	82	29	28	13	28	1.94
14796413--14796459	18	2.4	21	79	20	73	29	4	27	38	1.76
14796421--14796525	18	5.8	18	86	3	104	31	5	28	34	1.81
14801853--14801887	16	2.2	16	89	0	52	31	11	11	45	1.76
14802501--14802576	38	2.0	38	92	2	127	27	9	31	31	1.88
14810488--14810526	21	1.9	20	84	5	51	51	0	10	38	1.36
14811375--14811421	24	2.0	24	82	0	58	59	19	10	10	1.59
14815913--14815937	13	1.9	13	100	0	50	32	12	24	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14821287--14821575	132	2.2	129	83	8	365	47	9	1	41	1.47
14821554--14821585	10	3.4	10	87	12	50	50	6	0	43	1.27
14821569--14821621	28	1.9	27	88	3	79	43	9	1	45	1.47
14821821--14821860	20	2.0	20	85	0	53	60	7	0	32	1.25
14822849--14822890	19	2.2	19	83	8	50	14	2	2	80	0.90
14822856--14822899	14	3.2	13	81	9	52	9	2	4	84	0.85
14822860--14822911	20	2.5	22	82	14	65	13	1	3	80	0.93
14825166--14825193	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14826594--14826651	13	4.5	13	78	8	64	18	5	22	53	1.64
14826775--14826799	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
14827201--14827245	25	1.9	25	86	13	69	20	6	0	73	1.05
14828284--14828312	14	2.1	14	100	0	58	0	6	6	86	0.72
14829628--14829667	20	2.0	20	90	4	64	5	0	12	82	0.82
14829800--14829880	31	2.6	31	82	0	90	41	12	20	24	1.87
14830106--14830176	32	2.2	32	87	0	97	35	11	12	40	1.79
14830125--14830210	35	2.5	33	83	9	95	33	12	12	40	1.82
14830909--14830967	19	3.1	19	80	2	64	16	18	23	40	1.91
14833401--14833444	23	1.9	23	90	0	70	27	4	0	68	1.09
14833399--14833449	23	2.4	20	76	17	57	27	3	0	68	1.07
14834077--14834130	13	4.2	13	83	7	65	44	33	0	22	1.53
14834090--14834153	26	2.5	25	87	2	83	39	35	0	25	1.56
14834110--14834163	26	2.1	26	82	0	63	42	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14834250--14834300	23	2.2	24	80	16	63	31	11	1	54	1.47
14834650--14834699	24	2.1	24	85	7	66	78	2	18	2	0.95
14839373--14839434	21	2.8	21	79	16	72	46	0	3	50	1.17
14839418--14839460	16	2.8	16	89	3	61	53	2	0	44	1.13
14840915--14840960	7	7.0	7	80	14	62	41	0	0	58	0.98
14840917--14840955	18	2.1	18	90	4	60	41	0	0	58	0.98
14841096--14841154	29	2.1	28	84	9	75	50	6	6	35	1.55
14841209--14841254	24	1.9	24	81	0	56	36	0	4	58	1.18
14842109--14842218	31	3.5	30	78	8	103	49	4	4	41	1.44
14843402--14843436	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
14843403--14843436	12	2.8	12	83	16	52	26	0	0	73	0.83
14843507--14843552	17	2.7	18	78	18	53	50	10	8	30	1.68
14845652--14845692	21	2.0	21	100	0	82	34	4	29	31	1.79
14846835--14846874	21	1.9	21	89	0	62	62	10	2	25	1.39
14849204--14849249	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
14850131--14850187	14	4.1	14	77	8	62	59	3	7	29	1.40
14850130--14850185	28	2.0	29	96	3	105	57	3	8	30	1.47
14850415--14850462	22	2.2	22	84	0	60	75	4	2	18	1.07
14850591--14850633	21	2.1	20	87	12	61	58	4	4	32	1.39
14851049--14851079	15	2.0	16	93	6	55	32	6	0	61	1.21
14851032--14851081	17	3.1	16	83	16	59	34	4	2	60	1.27
14851232--14851270	20	2.0	20	89	0	60	33	2	15	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14853327--14853386	28	2.1	28	93	6	104	31	16	6	45	1.74
14856339--14856381	21	2.0	21	100	0	86	34	23	18	23	1.96
14859391--14859446	23	2.4	23	100	0	112	60	16	17	5	1.53
14859523--14859597	13	5.9	13	68	16	59	40	2	1	56	1.22
14859516--14859591	23	3.2	23	73	10	80	40	3	1	53	1.27
14860226--14860283	26	2.2	26	81	0	71	50	1	3	44	1.29
14861954--14861985	14	2.3	14	94	0	55	34	6	3	56	1.40
14866360--14866396	19	1.9	19	88	0	56	29	43	2	24	1.68
14877561--14877609	22	2.2	23	89	10	75	57	0	0	42	0.99
14881699--14881726	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14885340--14885378	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
14886049--14886090	22	2.0	22	85	4	59	35	2	0	61	1.09
14886395--14886487	22	4.3	21	73	13	82	43	2	5	49	1.37
14886523--14886572	22	2.3	22	89	0	73	46	10	2	42	1.49
14886556--14886662	22	4.9	21	73	12	83	38	10	2	48	1.52
14886969--14887018	11	4.5	11	82	9	66	36	0	4	60	1.16
14886969--14887018	22	2.3	22	93	6	84	36	0	4	60	1.16
14891126--14891157	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
14892690--14892719	13	2.3	13	94	0	51	53	13	3	30	1.56
14894438--14894618	91	2.0	91	93	2	310	35	8	15	39	1.79
14894589--14894637	23	2.1	23	96	0	89	36	10	4	48	1.56
14899250--14899299	23	2.2	23	92	0	82	42	4	20	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14899256--14899310	23	2.3	24	93	3	94	40	7	16	36	1.76
14899256--14899319	23	2.8	23	88	4	67	42	7	15	34	1.76
14905745--14905838	48	2.0	48	100	0	188	43	13	10	31	1.79
14911851--14911903	7	7.6	7	84	0	70	71	11	1	15	1.22
14912299--14912330	16	1.9	17	93	6	57	3	6	0	90	0.53
14913974--14914011	20	1.9	20	89	10	60	2	10	5	81	0.94
14921944--14921995	24	2.2	24	82	0	59	71	1	5	21	1.17
14926082--14926118	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
14926432--14926484	26	2.0	26	100	0	106	30	15	7	47	1.73
14928563--14928599	19	1.9	19	88	0	56	64	0	8	27	1.21
14928934--14928976	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
14929199--14929377	69	2.6	69	79	1	171	35	12	17	34	1.88
14934560--14935814	357	3.5	356	85	2	1597	36	14	12	36	1.84
14951254--14951424	87	2.0	86	88	1	252	38	16	19	25	1.93
14954109--14954176	22	2.9	23	72	20	61	35	7	10	47	1.66
14956226--14956269	22	2.0	22	95	0	79	40	15	18	25	1.90
14956227--14956277	22	2.3	22	86	6	68	41	17	17	23	1.90
14956398--14956427	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14962588--14962629	22	1.9	22	90	0	66	30	14	14	40	1.85
14962680--14962801	60	2.0	60	96	0	226	30	13	14	40	1.85
14971137--14971164	13	2.2	13	100	0	56	39	17	7	35	1.78
14984750--14984786	18	2.1	17	90	5	56	72	0	27	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14984750--14984791	22	1.9	22	90	0	66	71	0	28	0	0.86
14985871--14985920	25	2.1	24	85	7	66	52	6	0	42	1.26
14986040--14986079	20	2.0	20	100	0	80	45	10	20	25	1.81
14987706--14987744	20	2.0	20	84	0	51	46	10	5	38	1.60
14988033--14988067	16	2.1	17	89	5	54	22	2	0	74	0.95
14988487--14988515	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
14989179--14989223	17	2.5	19	82	7	58	24	0	2	73	0.95
14989209--14989261	21	2.3	24	75	21	60	32	5	3	58	1.39
14989682--14990090	216	1.9	214	79	8	463	33	7	5	53	1.53
14990202--14990319	41	2.9	41	76	1	139	51	11	10	27	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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