genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21484843--21484888	24	1.9	24	90	0	74	43	8	6	41	1.61
21484905--21484976	10	7.2	10	70	10	58	63	4	1	30	1.21
21484912--21484976	20	3.3	19	79	18	71	63	4	1	30	1.24
21485433--21485461	14	2.1	14	93	6	51	51	0	6	41	1.28
21485799--21485854	28	2.0	27	86	3	76	60	7	0	32	1.24
21488225--21488249	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21488361--21488391	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
21494154--21494180	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21502315--21502347	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
21503341--21503370	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
21503455--21503540	30	2.9	30	92	0	136	37	5	4	52	1.46
21503455--21503551	30	3.2	30	88	2	97	39	8	4	48	1.52
21504116--21504153	17	2.3	17	86	4	51	57	2	0	39	1.12
21507036--21507089	11	5.3	11	78	14	53	53	1	3	40	1.29
21507195--21507269	10	7.8	10	73	10	50	25	12	12	50	1.73
21507213--21507268	29	1.9	29	85	0	76	23	12	10	53	1.69
21507347--21507376	14	2.1	15	93	6	53	30	10	6	53	1.60
21508667--21508703	19	2.0	19	89	5	58	21	2	2	72	1.09
21508680--21508727	23	2.1	23	88	3	71	25	4	0	70	1.04
21508761--21508793	16	2.2	15	89	10	50	78	0	3	18	0.87
21508761--21508795	15	2.2	16	95	5	63	77	0	2	20	0.90
21509780--21509805	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21518966--21518999	17	2.0	17	88	0	50	17	17	0	64	1.29
21518960--21519076	59	2.0	60	86	3	166	34	16	6	42	1.74
21518861--21519147	162	1.8	156	84	6	396	32	15	4	47	1.67
21519555--21519731	60	3.0	60	87	3	250	40	6	18	34	1.77
21520616--21520653	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
21522421--21522682	62	4.2	62	70	13	187	33	14	12	39	1.84
21522452--21522722	126	2.2	123	88	2	389	32	13	15	38	1.86
21522515--21522712	62	3.2	62	67	15	163	35	14	13	36	1.85
21522452--21522773	126	2.6	124	82	4	346	33	14	13	38	1.86
21523160--21523298	62	2.2	62	82	6	156	38	13	17	30	1.88
21523458--21523950	252	2.0	251	93	2	855	36	12	14	37	1.84
21532727--21532763	6	6.2	6	93	0	65	13	0	70	16	1.17
21539816--21539870	26	2.1	26	89	0	83	16	25	7	50	1.70
21544178--21544207	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
21550698--21550757	26	2.2	28	82	8	79	40	0	1	58	1.08
21550698--21550758	27	2.3	27	85	5	79	39	0	1	59	1.08
21550709--21550756	12	3.8	12	80	17	53	37	0	2	60	1.09
21550719--21550765	15	3.4	14	80	17	53	40	2	0	57	1.11
21550750--21550812	27	2.2	29	80	8	76	36	4	0	58	1.19
21553319--21553344	11	2.4	11	100	0	52	30	0	7	61	1.24
21553565--21553614	25	2.0	25	100	0	100	24	36	12	28	1.91
21553565--21553621	25	2.4	24	91	8	91	24	38	12	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21560251--21560293	14	3.2	13	83	9	50	41	4	0	53	1.21
21560282--21560343	24	2.6	24	87	2	81	38	4	1	54	1.31
21560287--21560343	25	2.3	26	84	9	82	36	5	1	56	1.32
21561778--21561809	7	4.6	7	96	0	55	75	21	3	0	0.95
21563026--21563094	31	2.2	31	85	10	88	50	2	0	46	1.16
21563676--21563734	21	2.9	21	80	9	68	45	0	0	54	0.99
21563827--21563854	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
21571995--21572040	2	23.0	2	95	0	83	47	2	0	50	1.13
21572605--21572636	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21575332--21575357	12	2.2	12	100	0	52	53	7	7	30	1.57
21576763--21576867	26	4.1	26	71	14	83	35	1	2	60	1.23
21576809--21576870	25	2.3	26	81	15	74	40	1	1	56	1.19
21583006--21583056	18	2.9	18	82	11	61	45	0	1	52	1.12
21583168--21583285	36	3.2	36	73	19	84	48	5	1	44	1.34
21586119--21586163	23	1.9	24	86	4	65	22	4	31	42	1.73
21588890--21588958	23	2.9	24	72	12	61	55	0	0	44	0.99
21588940--21589001	21	3.0	21	80	15	69	58	4	0	37	1.20
21588994--21589062	31	2.4	29	77	15	81	50	1	0	47	1.09
21589303--21589327	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
21593813--21593858	20	2.2	21	84	3	58	58	6	0	34	1.24
21597169--21597207	18	2.1	18	85	4	51	38	25	5	30	1.78
21597179--21597292	18	6.4	18	66	17	67	36	28	6	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21597415--21597478	31	2.1	31	94	5	112	35	0	12	51	1.40
21601824--21601871	21	2.3	20	83	13	62	52	0	0	47	1.00
21602503--21602562	17	3.3	17	70	22	50	45	0	0	55	0.99
21602915--21602981	31	2.2	31	81	7	75	62	0	0	37	0.95
21602926--21602975	20	2.3	20	83	10	64	64	0	0	36	0.94
21603001--21603051	12	4.2	12	76	0	57	58	1	0	39	1.09
21607380--21607450	27	2.8	27	69	20	71	59	5	4	30	1.40
21608525--21608554	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
21608528--21608553	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
21608526--21608554	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21614846--21614896	11	4.7	11	79	13	52	37	0	1	60	1.08
21619745--21619827	42	2.0	42	92	0	139	20	15	24	39	1.91
21625583--21625655	24	3.1	24	74	16	71	47	2	2	46	1.31
21625588--21625679	23	4.2	22	75	14	59	51	4	1	43	1.29
21625629--21625676	19	2.5	20	84	15	59	54	6	0	39	1.26
21625747--21625801	24	2.3	23	81	6	65	52	1	0	45	1.11
21627157--21627191	6	6.0	6	86	6	54	37	0	0	62	0.95
21627157--21627191	17	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
21627458--21627497	20	2.0	20	85	9	55	30	5	2	62	1.29
21632826--21633226	51	7.9	51	73	17	184	49	7	42	0	1.36
21632856--21633197	24	13.4	24	73	12	236	48	8	42	0	1.36
21632870--21632915	20	2.3	19	85	10	65	56	2	39	2	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21632854--21633041	21	9.1	19	73	14	83	50	7	40	0	1.36
21632856--21633197	75	4.4	75	78	10	316	48	8	42	0	1.36
21632972--21633126	81	1.9	82	90	1	249	47	9	42	0	1.36
21633120--21633173	20	2.7	20	77	8	56	48	9	42	0	1.35
21633165--21633218	21	2.6	21	79	5	56	55	3	40	0	1.17
21633284--21633341	26	2.3	26	80	14	68	60	5	34	0	1.19
21637740--21637778	20	2.0	20	94	0	69	33	7	12	46	1.71
21637756--21637789	15	2.2	16	89	5	52	38	5	8	47	1.59
21637748--21637787	20	2.0	20	85	0	53	40	7	10	42	1.67
21637711--21637911	106	1.9	106	88	2	305	43	6	8	40	1.63
21639968--21640001	6	5.7	6	92	0	50	17	11	47	23	1.81
21639965--21640009	18	2.5	18	82	7	56	15	15	44	24	1.85
21641679--21641729	26	1.9	27	88	4	77	29	7	1	60	1.36
21641997--21642043	18	2.8	18	75	15	55	40	0	0	59	0.97
21642671--21642716	21	2.1	22	84	11	60	45	0	0	54	0.99
21643065--21643140	33	2.3	34	84	4	93	46	14	0	39	1.45
21643135--21643196	30	2.0	31	90	3	99	46	6	3	43	1.45
21645146--21645208	22	3.0	21	66	27	53	52	11	1	34	1.47
21645122--21645218	41	2.3	42	84	12	135	48	10	1	40	1.44
21648024--21648074	23	2.2	23	100	0	102	68	7	0	23	1.15
21648101--21648138	15	2.6	15	87	4	51	42	0	0	57	0.98
21659267--21659308	17	2.5	17	88	3	68	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21659774--21659819	16	2.8	16	86	3	56	54	8	4	32	1.51
21664253--21664285	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
21664355--21664379	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21665828--21665866	4	9.8	4	82	0	51	25	2	20	51	1.60
21668811--21668851	19	2.2	19	90	0	64	82	2	12	2	0.86
21668831--21668882	11	4.5	12	76	7	54	75	0	21	3	0.97
21668819--21668882	22	2.9	21	73	17	58	76	0	18	4	0.95
21677962--21677989	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
21678811--21678891	27	3.0	27	74	0	81	25	55	6	12	1.60
21684559--21684980	212	2.0	213	93	0	729	26	19	19	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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