genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942831--7942884	24	2.2	26	83	12	78	74	1	0	24	0.92
7943018--7943061	19	2.2	21	88	8	65	50	2	0	47	1.13
7957172--7957196	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7957435--7957488	17	3.4	17	65	15	51	42	18	11	27	1.84
7957436--7957501	31	2.1	31	100	0	132	37	19	10	31	1.86
7960679--7960745	24	2.8	24	95	0	116	35	5	22	35	1.79
7962195--7962219	12	2.1	12	100	0	50	28	40	8	24	1.83
7969250--7969303	21	2.6	22	85	5	60	42	16	20	20	1.89
7971295--7971333	15	2.6	15	100	0	78	33	7	30	28	1.85
7984357--7984400	19	2.2	19	84	8	52	22	4	2	70	1.17
7984416--7984444	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7984635--7984675	20	2.0	21	85	9	57	48	2	0	48	1.14
7984589--7985022	213	2.0	215	90	1	683	44	8	7	39	1.62
8001301--8001345	24	1.9	23	86	4	63	42	0	0	57	0.98
8008110--8008204	31	3.1	31	80	6	95	45	0	3	51	1.17
8008149--8008196	12	3.9	12	81	5	60	47	0	0	52	1.00
8008253--8008289	16	2.5	14	91	8	56	35	0	2	62	1.10
8008811--8008982	7	24.6	7	69	19	56	50	0	2	46	1.18
8008792--8008871	32	2.6	30	74	18	83	58	2	2	36	1.25
8008932--8008992	14	4.1	14	71	19	52	52	0	1	45	1.10
8008930--8008983	20	2.8	20	75	13	60	53	0	3	42	1.18
8008940--8008993	20	2.8	20	80	5	58	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009634--8009677	16	2.8	16	83	10	54	65	0	0	34	0.93
8009644--8009768	35	3.4	36	73	17	107	56	0	0	43	1.05
8009644--8009694	19	2.7	19	80	14	61	60	0	0	39	0.97
8009635--8009784	30	5.1	31	71	18	92	56	0	0	42	1.04
8009726--8009776	13	4.2	12	75	9	50	56	0	0	43	0.99
8009631--8009778	18	8.2	18	65	16	65	58	0	0	41	1.03
8011879--8011951	18	3.8	18	74	13	65	58	0	0	41	0.98
8013224--8013249	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8013627--8013719	32	2.9	32	80	6	109	49	0	3	47	1.17
8014116--8014159	23	2.0	21	86	8	61	18	2	0	79	0.83
8014615--8014653	21	1.9	19	85	10	51	35	0	0	64	0.94
8021172--8021202	11	2.8	11	95	0	53	58	19	22	0	1.40
8027162--8027201	4	9.8	4	89	10	55	22	0	0	77	0.77
8027162--8027202	21	1.9	22	95	5	75	21	0	0	78	0.76
8027164--8027212	22	2.2	22	82	7	55	28	0	0	71	0.86
8027782--8027819	14	2.6	15	84	16	53	68	0	5	26	1.11
8028441--8028523	33	2.6	31	76	17	80	22	9	10	56	1.62
8033529--8033588	16	3.8	16	80	6	68	68	0	13	18	1.21
8035378--8035430	18	2.9	17	83	5	61	39	5	13	41	1.68
8037309--8037345	14	2.5	15	83	16	51	67	0	5	27	1.12
8037290--8037471	101	1.8	101	95	0	328	53	4	8	32	1.53
8037410--8037446	14	2.5	15	83	16	51	67	0	5	27	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8038155--8038181	12	2.2	12	100	0	54	51	0	22	25	1.48
8042795--8042820	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8043979--8044004	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8047950--8048035	38	2.3	38	81	15	92	40	0	1	58	1.06
8049300--8049406	34	3.1	34	79	4	99	30	19	14	34	1.92
8053019--8053052	11	3.0	11	91	4	50	2	17	0	79	0.86
8055652--8055682	2	15.5	2	93	0	53	0	3	48	48	1.17
8058779--8058815	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8073260--8073290	15	2.1	15	100	0	62	58	22	6	12	1.58
8078859--8078894	14	2.6	14	95	0	63	25	13	8	52	1.68
8079496--8079537	21	2.0	22	85	4	59	23	4	23	47	1.70
8079889--8079922	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
8080980--8081018	19	2.0	19	85	5	51	7	12	61	17	1.54
8081109--8081154	24	1.9	24	86	8	67	34	0	2	63	1.07
8081620--8081722	36	2.9	37	70	12	97	47	9	20	22	1.79
8081625--8081786	71	2.3	71	84	4	202	48	9	17	24	1.76
8081696--8081996	106	2.8	105	81	4	345	47	9	20	21	1.79
8081941--8082001	19	3.4	19	66	13	56	44	8	22	24	1.80
8081657--8082003	35	9.8	35	69	14	133	46	10	21	21	1.80
8094846--8095088	49	4.9	49	76	7	206	17	2	29	50	1.57
8095016--8095075	29	2.1	28	81	9	68	20	0	21	58	1.40
8095213--8095264	3	16.3	3	81	18	61	30	1	0	67	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8096618--8096663	24	1.9	24	86	8	67	32	0	4	63	1.14
8098722--8098839	59	2.0	59	96	0	218	21	19	16	42	1.89
8101999--8102030	16	2.0	16	93	0	55	6	9	25	59	1.52
8103072--8103122	20	2.6	20	81	3	59	45	0	0	54	0.99
8103081--8103157	31	2.5	30	78	17	86	48	0	0	51	1.00
8104759--8104800	21	2.0	21	95	0	75	26	9	26	38	1.87
8115837--8115873	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
8117588--8117662	38	2.0	38	82	7	91	33	5	21	40	1.76
8121004--8121055	2	26.0	2	92	0	86	50	3	0	46	1.20
8122402--8122447	18	2.6	18	92	0	74	39	23	8	28	1.84
8123390--8123436	23	2.1	22	92	4	76	68	0	0	31	0.90
8132291--8132337	11	3.9	12	79	15	53	38	2	6	53	1.39
8132949--8132985	19	1.9	19	88	0	56	48	0	13	37	1.43
8134532--8134560	12	2.3	13	94	5	51	24	0	3	72	1.00
8138343--8138367	9	2.8	9	100	0	50	48	12	8	32	1.69
8141070--8141127	17	3.3	17	78	4	53	74	3	20	1	1.06
8159990--8160023	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8163965--8163998	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8166551--8166603	18	2.8	18	74	5	52	43	1	0	54	1.11
8166624--8166662	11	3.7	10	86	10	51	46	0	0	53	1.00
8172976--8173076	50	2.0	50	92	5	170	33	10	22	32	1.89
8178884--8178926	15	3.1	14	83	6	52	62	2	0	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8179038--8179067	12	2.4	13	94	5	53	43	6	0	50	1.28
8180300--8180333	17	1.9	18	88	5	52	41	2	11	44	1.56
8183753--8183806	20	2.8	20	72	13	58	50	1	0	48	1.11
8183827--8183890	31	2.1	31	85	5	85	43	0	0	56	0.99
8183896--8183930	15	2.3	15	86	13	54	31	0	2	65	1.07
8184498--8184540	2	21.5	2	100	0	86	48	0	51	0	1.00
8198760--8198803	19	2.3	19	84	0	52	31	11	18	38	1.86
8199101--8199149	24	2.0	24	100	0	98	32	8	12	46	1.71
8199890--8199932	20	2.2	20	95	0	77	53	6	2	37	1.41
8202100--8202214	57	2.0	57	100	0	230	36	13	10	39	1.80
8216047--8216094	24	2.0	24	100	0	96	41	20	8	29	1.81
8224631--8224680	20	2.5	20	80	9	57	46	2	0	52	1.12
8225038--8225081	23	1.9	23	81	9	54	52	4	0	43	1.22
8225805--8225837	18	1.9	17	88	11	50	45	6	18	30	1.73
8230182--8230262	37	2.2	36	84	8	110	30	14	25	28	1.95
8233529--8233558	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8233931--8234090	85	1.8	86	86	4	232	32	21	16	30	1.95
8241299--8241326	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8241426--8241453	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
8244034--8244059	9	2.9	9	100	0	52	34	46	19	0	1.50
8247374--8247402	13	2.2	13	100	0	58	44	17	6	31	1.75
8248835--8248867	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8262883--8262916	18	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
8263432--8263466	15	2.3	15	85	0	52	54	0	0	45	0.99
8270317--8270356	16	2.5	16	91	0	62	42	0	0	57	0.98
8271398--8271438	9	4.7	9	81	6	57	31	0	0	68	0.90
8271398--8271438	17	2.3	18	87	4	57	31	0	0	68	0.90
8271511--8271559	12	3.8	13	78	10	55	44	0	2	53	1.12
8272083--8272123	21	1.9	22	90	5	66	65	0	0	34	0.93
8272625--8272673	11	4.5	11	75	10	55	51	0	2	46	1.12
8272753--8272812	18	3.1	21	71	20	60	51	1	0	46	1.10
8273639--8273674	16	2.3	15	90	4	54	63	2	0	33	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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