genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704849--705099	130	1.9	130	81	9	307	35	10	5	48	1.61
704925--705064	72	1.9	72	87	5	203	36	9	4	50	1.54
705164--705198	18	1.9	18	94	0	61	48	0	2	48	1.16
704989--705229	60	4.1	56	81	10	261	39	8	4	47	1.55
706936--706974	18	2.2	19	86	9	55	53	5	0	41	1.23
708505--708579	17	4.6	18	65	25	51	38	13	5	42	1.67
708504--708607	47	2.2	47	81	3	120	38	16	6	38	1.75
709869--709924	27	2.1	26	90	3	85	41	21	0	37	1.53
711036--711070	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
711639--711743	42	2.3	44	77	14	106	42	0	0	56	1.06
715349--715404	20	2.7	21	71	20	55	51	1	0	46	1.11
715390--715427	12	3.5	11	86	13	53	71	0	0	28	0.87
721610--721650	14	3.1	14	79	13	59	46	7	9	36	1.65
721610--721648	12	3.0	13	85	7	53	46	7	10	35	1.67
727663--727730	29	2.3	30	75	10	77	50	2	1	45	1.26
728390--728442	18	2.7	19	77	11	54	54	1	1	41	1.22
729538--729565	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
731401--731665	146	1.8	146	87	0	395	23	17	23	36	1.95
733094--733734	319	2.0	319	93	0	1104	41	8	11	39	1.72
737884--737916	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
740602--740698	48	2.0	49	93	2	169	23	23	6	46	1.75
744932--744969	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745303--745350	24	2.0	24	83	0	60	43	6	6	43	1.54
745359--745829	190	2.5	180	83	10	569	38	11	9	40	1.73
746265--746305	21	2.0	21	90	4	66	51	4	34	9	1.56
747130--747170	21	1.9	21	85	5	55	48	0	0	51	1.00
753208--753282	32	2.3	34	83	4	91	32	4	8	56	1.47
753320--753371	18	2.6	21	74	22	58	44	0	1	53	1.11
753362--753400	20	2.0	20	85	10	53	66	2	0	30	1.05
759094--759193	19	5.7	17	78	12	87	55	0	2	43	1.11
759101--759135	15	2.2	16	90	5	54	57	0	2	40	1.14
759097--759199	37	3.0	34	73	14	86	54	0	1	42	1.18
759221--759344	15	8.6	15	71	19	70	45	0	0	53	1.11
759247--759352	18	5.6	18	70	22	76	44	0	0	54	1.06
759220--759320	44	2.2	45	81	15	118	44	0	0	53	1.13
759281--759352	33	2.2	33	85	9	94	44	0	0	55	0.99
763941--763979	7	5.3	7	85	11	51	53	0	0	46	1.00
763941--763979	15	2.6	15	84	11	53	53	0	0	46	1.00
765382--765439	28	2.1	28	96	0	107	37	13	18	29	1.90
770423--770458	18	2.0	18	94	0	63	44	8	5	41	1.58
772061--772101	19	2.1	20	82	13	50	58	2	0	39	1.11
773584--773653	36	1.9	36	85	5	97	40	4	20	35	1.72
779262--779415	77	2.0	77	84	2	202	38	24	8	27	1.84
781478--781514	19	1.9	19	88	0	56	43	16	16	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782779--782821	21	2.0	21	100	0	86	27	23	11	37	1.89
785515--785539	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
793743--793773	16	1.9	16	93	0	53	32	12	0	54	1.38
800351--800398	17	2.8	18	78	18	57	25	0	4	70	1.04
800805--800840	14	2.5	15	90	4	56	41	36	2	19	1.66
800809--801031	16	14.2	15	69	11	99	48	26	2	21	1.63
800824--801038	32	6.8	32	79	6	199	49	25	2	22	1.61
800783--801031	47	5.3	47	72	13	149	48	26	2	22	1.64
800855--800921	8	8.6	8	76	11	50	55	25	1	17	1.51
800809--801038	63	3.6	64	81	8	265	49	26	2	22	1.63
800816--801039	15	14.3	15	69	15	64	49	26	2	22	1.62
801024--801078	17	3.6	15	77	15	51	47	27	0	25	1.52
803074--803148	30	2.5	30	84	0	87	37	18	1	42	1.59
803334--803369	18	1.9	19	88	5	56	66	2	0	30	1.06
808417--808460	19	2.2	20	88	4	63	31	2	0	65	1.05
809653--809679	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
815420--815534	58	2.0	58	91	0	185	27	24	4	43	1.73
816021--816061	3	13.7	3	94	0	73	34	2	0	63	1.08
817831--817871	13	3.2	13	86	6	57	78	7	2	12	1.06
817884--817913	13	2.2	13	94	5	51	90	0	10	0	0.47
817860--817914	20	3.1	16	82	15	56	83	1	9	5	0.86
817884--817914	14	2.2	14	94	0	53	90	0	9	0	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818414--818467	25	2.2	24	83	6	63	40	18	5	35	1.74
818862--818905	18	2.4	19	81	11	56	61	6	0	31	1.22
819203--819853	40	16.0	41	87	8	940	37	21	17	23	1.94
819203--819853	41	16.0	41	85	9	876	37	21	17	23	1.94
819203--819853	81	8.0	81	89	6	989	37	21	17	23	1.94
820869--821008	8	17.8	8	86	8	207	12	12	0	75	1.06
824349--824511	59	2.8	57	87	8	229	36	15	6	41	1.73
824349--824505	58	2.7	58	86	10	230	35	15	6	42	1.72
824588--824628	13	3.2	13	86	6	57	78	7	2	12	1.06
825143--825196	25	2.2	24	83	6	63	40	18	5	35	1.74
827214--827258	22	2.1	21	87	4	63	20	2	2	75	1.01
827224--827289	11	5.8	11	76	13	53	22	1	3	72	1.06
827546--827583	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
828116--828175	27	2.3	26	79	2	66	8	5	13	73	1.23
839471--839509	17	2.3	17	91	8	62	30	0	0	69	0.89
841315--841356	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
845868--845905	17	2.2	18	86	9	53	81	13	2	2	0.90
848490--848560	28	2.5	28	83	0	88	16	11	12	59	1.61
850906--850946	17	2.4	17	91	0	64	53	0	2	43	1.13
851382--851409	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
857331--857423	44	2.1	45	92	4	154	44	15	6	34	1.72
860767--860838	23	3.1	23	82	7	67	26	4	11	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865354--865407	23	2.4	22	78	9	63	24	11	3	61	1.46
865521--865571	20	2.6	19	76	14	50	35	7	9	47	1.66
866128--866171	17	2.6	17	77	0	52	45	13	11	29	1.79
866989--867028	18	2.3	18	86	4	55	42	0	0	57	0.98
867050--867107	7	8.4	7	90	1	82	39	0	1	58	1.08
867426--867480	17	3.3	17	75	14	51	72	1	1	23	1.04
867547--867596	21	2.4	21	86	6	66	60	2	4	34	1.27
870214--870267	27	2.0	28	81	3	65	51	1	0	46	1.11
873089--873124	17	2.1	17	94	0	63	66	0	0	33	0.92
873630--873670	11	3.8	11	84	15	59	82	0	2	14	0.76
873740--874046	60	5.2	60	78	7	297	37	9	4	47	1.58
873739--874046	119	2.6	119	82	5	365	37	10	4	47	1.59
873941--873987	16	3.1	15	90	9	69	53	0	0	46	1.00
874008--874078	33	2.2	33	85	7	92	43	4	4	47	1.42
875414--875596	44	4.1	44	85	3	217	45	18	14	21	1.85
875414--875596	88	2.1	89	85	5	246	45	18	14	21	1.85
875863--875950	44	2.0	44	80	6	99	39	15	11	32	1.84
876056--876451	21	16.6	25	70	18	211	37	13	9	39	1.79
876056--876303	46	5.3	46	87	4	329	37	13	10	39	1.78
876053--876303	94	2.7	92	85	6	353	37	13	9	39	1.79
876243--876284	13	3.3	13	77	16	52	35	11	11	40	1.79
876196--876421	124	1.8	125	91	2	375	37	12	9	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876145--876455	171	1.8	171	87	3	464	37	13	9	39	1.77
876320--876455	47	2.9	45	82	6	173	38	14	10	36	1.81
881653--881890	60	4.0	60	76	13	249	34	10	5	49	1.60
881621--881906	59	4.9	57	78	10	242	35	10	5	48	1.60
881819--881969	73	2.1	74	86	5	209	40	6	3	49	1.48
881887--881926	14	2.7	15	84	11	55	42	0	5	52	1.23
881839--881978	73	1.9	73	90	7	223	37	5	3	52	1.42
883058--883110	22	2.2	24	75	18	58	81	0	7	11	0.88
884959--884985	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
890376--890430	20	2.7	21	80	2	67	38	12	9	40	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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