genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747980--2748012	13	2.4	14	90	5	50	66	24	0	9	1.20
2748618--2748659	16	2.5	17	81	18	52	21	0	0	78	0.75
2749946--2749995	21	2.5	19	79	20	57	80	12	2	6	0.98
2750410--2750466	26	2.2	26	81	6	62	71	12	1	14	1.21
2755224--2755260	19	1.9	19	88	0	56	67	2	18	10	1.32
2760992--2761590	48	12.5	49	77	11	535	29	12	22	35	1.91
2760992--2761590	97	6.2	97	77	11	556	29	12	22	35	1.91
2761409--2761433	11	2.3	11	100	0	50	56	0	12	32	1.36
2761280--2761561	146	1.9	149	84	7	387	27	13	22	36	1.92
2761793--2761848	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
2761897--2761949	22	2.3	23	84	12	74	1	22	0	75	0.90
2761856--2761947	18	4.9	19	70	16	59	1	20	4	73	1.06
2762924--2762962	20	2.0	20	84	0	51	28	0	0	71	0.86
2764102--2764202	12	8.2	12	70	9	51	23	5	23	46	1.74
2764123--2764178	25	2.2	25	81	9	69	25	5	23	46	1.73
2764156--2764251	25	3.9	24	82	8	104	27	6	19	46	1.74
2764113--2764240	62	2.1	62	84	0	166	25	7	21	45	1.77
2764181--2764262	25	3.3	24	79	14	78	25	8	20	45	1.80
2767575--2767767	64	3.0	62	74	4	181	33	13	13	39	1.84
2767546--2767887	126	2.7	125	80	5	325	33	14	13	39	1.84
2770206--2770241	17	2.1	17	89	0	54	44	5	2	47	1.41
2771716--2771827	52	2.1	54	85	6	149	44	16	7	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2771770--2772024	126	2.0	126	83	4	318	37	13	9	40	1.76
2772123--2772151	14	2.1	14	93	6	51	44	20	0	34	1.52
2772607--2772739	63	2.1	63	81	5	153	39	8	3	48	1.48
2775075--2775117	18	2.6	17	82	13	54	60	0	0	39	0.97
2775430--2775466	11	3.5	11	92	3	58	48	0	8	43	1.32
2780653--2780708	27	2.0	27	82	10	67	55	7	3	33	1.45
2781830--2781878	24	2.0	26	88	8	75	12	26	0	61	1.31
2790471--2790529	16	3.8	16	80	8	68	44	6	0	49	1.29
2791478--2791541	15	4.2	15	71	2	56	34	4	12	48	1.62
2792181--2792207	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
2794141--2794540	36	11.4	35	71	14	186	50	8	12	28	1.70
2795990--2796044	16	3.6	16	73	9	51	47	0	0	52	1.00
2801035--2801084	15	3.3	15	80	5	55	36	6	14	44	1.69
2803395--2803707	156	2.0	156	98	0	608	23	16	23	37	1.94
2805122--2805160	19	2.2	18	86	9	53	66	2	2	28	1.18
2805622--2805701	29	2.6	30	78	5	90	58	6	1	33	1.31
2806498--2806580	29	2.8	29	76	7	78	15	2	21	60	1.47
2807374--2807402	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2807812--2807855	21	2.1	21	83	8	54	47	0	11	40	1.39
2807934--2807975	21	1.9	23	85	9	61	54	2	2	40	1.26
2808013--2808050	18	2.0	20	90	10	62	52	2	2	42	1.29
2808121--2808236	20	6.1	19	68	21	64	73	5	9	12	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808127--2808236	53	2.2	48	84	11	132	73	5	9	11	1.23
2808173--2808271	25	4.2	22	73	18	76	72	5	7	15	1.23
2809797--2809835	20	2.0	20	89	0	60	35	2	12	48	1.55
2810964--2811146	94	1.9	94	93	0	312	42	12	5	40	1.65
2821814--2821841	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
2825948--2825991	18	2.3	20	80	7	56	38	15	0	45	1.47
2825963--2826000	19	1.9	19	85	15	51	39	15	0	44	1.47
2828782--2828832	21	2.4	21	93	6	86	52	0	0	47	1.00
2828782--2828855	21	3.5	20	85	10	78	56	0	0	43	0.99
2832553--2832606	20	2.7	20	74	11	56	37	0	7	55	1.28
2836463--2836507	23	2.0	23	82	8	56	51	4	2	42	1.34
2839500--2839543	21	2.0	22	82	4	54	68	2	25	4	1.20
2841790--2841828	10	3.8	10	83	6	51	17	2	0	79	0.84
2851753--2851779	14	1.9	14	100	0	54	29	0	18	51	1.46
2852799--2853265	255	1.8	255	94	1	830	35	9	9	44	1.71
2853275--2853341	11	6.1	11	76	11	57	37	2	1	58	1.23
2853275--2853424	22	6.9	22	72	8	83	39	6	2	51	1.42
2853312--2853466	44	3.6	44	73	13	140	41	6	3	48	1.47
2853479--2853557	22	3.6	22	77	6	70	43	12	2	41	1.56
2853796--2853880	22	3.9	22	79	0	80	35	8	8	48	1.63
2854241--2854278	19	2.0	19	89	0	58	39	7	0	52	1.31
2854170--2854516	22	16.2	22	70	12	150	39	6	6	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2854454--2854514	21	2.8	21	90	5	86	39	6	3	50	1.45
2854652--2854831	22	8.3	22	72	8	109	38	9	4	47	1.56
2854652--2854799	65	2.3	65	77	9	149	39	9	5	45	1.59
2854773--2855009	22	11.2	22	69	11	84	37	9	3	48	1.54
2855121--2855222	44	2.4	42	83	11	118	35	8	4	50	1.55
2855128--2855242	22	5.4	21	75	11	83	35	8	6	49	1.58
2855165--2855242	21	3.8	20	74	17	70	34	8	7	48	1.63
2856135--2856175	19	2.2	19	90	0	64	48	4	7	39	1.52
2857217--2857281	26	2.5	26	82	5	69	47	23	1	27	1.60
2858735--2858764	12	2.6	12	94	5	53	43	0	6	50	1.28
2860094--2860145	21	2.3	23	93	6	90	71	11	0	17	1.15
2860206--2860255	23	2.2	23	85	7	66	66	14	0	20	1.26
2860251--2860295	12	3.6	13	75	19	51	66	13	0	20	1.24
2861898--2861945	25	1.9	25	91	0	78	52	6	8	33	1.57
2862417--2862451	17	2.1	17	88	0	52	45	0	2	51	1.16
2863147--2863210	31	2.1	31	87	0	92	42	14	4	39	1.66
2870127--2870160	7	4.9	7	88	0	50	50	0	0	50	1.00
2870659--2870700	20	2.1	20	100	0	84	4	38	19	38	1.73
2872038--2872087	21	2.4	21	83	6	57	8	26	32	34	1.85
2879130--2879155	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2880479--2880592	55	2.1	54	81	4	131	58	14	11	15	1.63
2880809--2880955	59	2.5	59	88	5	203	51	1	6	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882631--2882704	28	2.7	28	87	6	107	50	5	0	44	1.25
2884316--2884354	17	2.3	17	95	0	69	30	2	10	56	1.46
2885730--2885773	20	2.1	20	83	8	52	47	18	20	13	1.82
2887456--2887505	17	3.1	17	85	8	77	48	8	6	38	1.57
2893782--2893854	6	11.3	6	79	20	69	19	0	4	76	0.94
2893803--2894004	4	49.5	4	68	15	60	25	3	3	66	1.27
2893782--2893851	31	2.3	31	87	9	99	18	0	4	77	0.93
2893920--2894013	44	2.0	44	84	11	118	25	4	2	68	1.19
2893953--2894033	21	4.0	21	80	10	89	23	3	2	70	1.16
2893953--2894033	41	2.0	40	88	7	119	23	3	2	70	1.16
2894037--2894083	20	2.3	20	92	7	78	12	10	6	70	1.33
2894396--2894432	11	3.4	11	96	0	65	32	0	13	54	1.40
2894984--2895042	11	5.7	10	77	16	50	15	0	1	83	0.74
2894977--2895074	17	5.5	18	73	18	80	15	4	2	78	0.99
2894988--2895038	8	6.2	8	79	20	61	13	0	1	84	0.71
2895090--2895426	59	5.7	59	80	7	359	43	6	13	36	1.71
2895332--2895423	27	3.3	27	65	21	71	39	6	15	39	1.73
2895087--2895426	58	5.8	58	79	11	354	42	7	13	36	1.72
2899637--2899706	24	3.0	22	80	12	61	45	0	2	51	1.16
2900780--2900817	14	2.8	13	92	8	58	68	2	0	28	1.03
2901023--2901065	12	3.4	12	87	6	50	41	2	0	55	1.12
2901174--2901229	21	2.6	21	83	10	69	46	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2902054--2902125	20	3.4	21	69	14	58	55	6	2	34	1.41
2902053--2902125	22	3.5	20	75	14	67	54	8	2	34	1.44
2902136--2902181	19	2.5	18	85	3	65	65	6	4	23	1.35
2902145--2902188	19	2.3	19	84	11	54	65	11	4	18	1.40
2902363--2902418	20	2.7	21	79	15	55	62	1	3	32	1.23
2902502--2902535	17	1.9	18	94	5	61	41	2	0	55	1.15
2902694--2902749	21	2.7	21	80	0	67	23	1	10	64	1.35
2902734--2902791	25	2.4	23	75	13	62	25	1	3	68	1.14
2903414--2903474	30	2.0	30	84	9	79	42	3	11	42	1.57
2904271--2904303	11	3.1	11	86	4	50	57	0	0	42	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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