genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8773568--8773600	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8782361--8782418	31	1.9	30	85	3	80	31	13	10	44	1.78
8787712--8787777	31	2.1	32	82	2	80	50	0	1	48	1.10
8787710--8787760	19	2.7	20	73	11	54	45	0	0	54	0.99
8789838--8789867	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
8795659--8795700	18	2.5	18	85	11	54	83	2	11	2	0.84
8801065--8801198	71	1.9	71	92	0	223	44	13	4	38	1.64
8801058--8801173	35	3.3	35	68	20	105	43	12	4	39	1.63
8802168--8802261	22	4.3	22	78	9	93	46	2	11	39	1.52
8802168--8802448	44	6.4	44	72	4	147	50	3	8	37	1.49
8802357--8802448	22	4.2	22	82	0	121	51	1	7	40	1.38
8802366--8802442	11	7.0	11	73	4	57	49	1	6	42	1.36
8802502--8802547	22	2.0	23	84	12	60	50	4	10	34	1.57
8802557--8802677	21	5.6	21	72	15	77	48	6	7	37	1.57
8802615--8802667	22	2.4	21	73	17	54	49	3	5	41	1.44
8802735--8802881	22	6.8	22	74	14	99	51	9	6	32	1.59
8802778--8802894	22	5.5	22	74	6	105	50	7	6	35	1.58
8803017--8803064	22	2.2	22	88	0	69	50	10	4	35	1.56
8803087--8803150	22	2.9	22	76	0	65	45	10	6	37	1.65
8803461--8803525	22	3.0	22	76	0	76	52	7	7	32	1.58
8803532--8803576	23	2.0	23	82	8	56	44	4	11	40	1.60
8803548--8803667	43	2.7	43	75	15	120	45	5	10	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8803659--8803692	16	2.2	16	89	5	52	52	2	5	38	1.41
8803676--8803725	21	2.3	22	83	10	68	48	4	8	40	1.51
8803889--8804015	22	5.8	22	77	5	105	51	7	4	36	1.52
8803875--8804017	66	2.2	66	82	5	173	50	7	5	36	1.55
8803895--8804063	66	2.5	64	80	7	160	48	7	5	37	1.56
8803924--8804134	22	9.6	22	74	11	121	47	9	7	35	1.63
8803945--8804105	44	3.7	43	78	5	144	47	9	6	36	1.62
8804458--8804502	18	2.7	16	86	13	56	62	6	2	28	1.33
8804540--8804571	10	2.8	12	81	18	50	25	0	0	75	0.81
8808363--8808451	44	2.0	44	97	0	169	39	12	22	25	1.89
8813608--8813708	30	3.4	29	75	6	105	53	0	2	42	1.22
8813608--8813716	29	3.7	29	76	12	107	55	0	2	40	1.20
8831691--8831720	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
8845327--8845356	13	2.3	13	94	0	51	30	3	0	66	1.07
8862083--8862118	14	2.6	14	95	0	63	66	0	33	0	0.92
8866870--8866905	17	2.1	18	89	5	56	61	5	33	0	1.19
8867197--8867267	18	4.1	18	76	12	67	45	4	1	49	1.30
8867948--8867984	12	3.1	12	92	0	56	67	0	32	0	0.91
8872234--8872284	13	4.0	13	72	12	52	54	0	0	45	0.99
8872397--8872437	13	3.2	13	89	0	64	63	0	0	36	0.95
8876974--8877000	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
8877640--8877673	17	2.0	17	88	0	50	47	11	5	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8881243--8881281	14	2.6	16	80	16	55	35	0	0	64	0.94
8885058--8885224	84	2.0	84	89	0	253	43	14	11	30	1.81
8885501--8885554	22	2.6	20	78	21	58	38	3	0	57	1.17
8886524--8886566	19	2.3	19	100	0	86	32	0	0	67	0.91
8886603--8886630	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
8889841--8889891	21	2.5	21	96	3	95	49	0	0	50	1.00
8889862--8889924	29	2.2	29	79	0	72	55	1	0	42	1.09
8896284--8896310	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
8902695--8902736	22	1.9	22	85	9	59	47	0	4	47	1.23
8902797--8902860	31	2.1	30	82	11	76	43	6	1	48	1.37
8907607--8907647	2	20.5	2	94	0	73	53	0	0	46	1.00
8917624--8917688	21	3.1	21	88	4	105	20	43	13	23	1.87
8924096--8924163	28	2.4	28	85	7	84	66	0	0	33	0.92
8925361--8925411	25	2.0	26	81	11	61	37	3	0	58	1.16
8925502--8925551	25	2.0	27	84	11	70	56	0	0	44	0.99
8925502--8925553	27	2.0	25	88	7	77	55	0	0	44	0.99
8926071--8926121	14	3.5	15	80	12	54	31	7	9	50	1.64
8926387--8926446	23	2.6	22	79	10	68	45	1	0	53	1.10
8926390--8926446	22	2.5	22	83	8	62	43	1	0	54	1.10
8926594--8926904	166	1.9	166	91	1	507	37	8	9	44	1.68
8927269--8927369	30	3.4	30	84	2	132	43	1	1	52	1.23
8927394--8927466	29	2.5	29	74	14	78	53	4	4	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8929455--8929494	7	5.7	7	93	0	71	42	15	40	2	1.60
8929456--8929503	14	3.4	14	94	0	78	37	16	41	4	1.68
8929456--8929505	7	7.1	7	88	0	55	38	16	40	6	1.73
8929455--8929505	21	2.4	21	90	0	75	39	15	39	5	1.72
8936094--8936126	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
8943251--8943328	37	2.1	37	97	0	147	51	14	5	29	1.63
8943447--8943502	22	2.5	22	85	0	67	50	3	3	42	1.37
8946039--8946095	25	2.3	25	85	8	80	70	0	0	29	0.88
8956095--8956131	19	2.0	19	89	5	58	35	0	2	62	1.10
8957831--8957886	19	3.4	19	64	35	56	32	42	0	25	1.55
8957828--8957897	30	2.3	30	100	0	140	28	44	0	27	1.55
8963425--8963466	20	2.1	20	86	0	57	26	26	16	30	1.97
8971251--8971277	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8971709--8971744	16	2.2	16	90	0	54	72	0	0	27	0.85
8972706--8972760	27	2.0	27	100	0	110	27	14	21	36	1.93
8978947--8979018	26	2.8	25	91	8	117	55	0	1	43	1.08
8980822--8980847	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8984857--8984923	13	5.8	12	70	19	54	65	0	0	34	0.93
8984857--8984923	36	1.9	34	84	6	89	65	0	0	34	0.93
8984933--8985006	32	2.3	32	81	9	80	54	0	1	44	1.08
8986199--8986249	19	2.7	19	73	11	59	39	0	0	60	0.97
8986294--8986321	12	2.3	12	100	0	56	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8987677--8987720	21	2.1	21	83	8	54	59	0	0	40	0.98
8998056--8998098	19	2.3	19	87	0	59	60	2	0	37	1.10
8999823--8999896	23	3.1	23	76	11	60	44	8	6	40	1.60
9001471--9001505	11	3.2	11	88	12	54	71	0	0	28	0.86
9001472--9001509	18	2.0	19	90	10	60	76	0	0	23	0.79
9004120--9004160	21	2.0	21	85	9	57	60	7	0	31	1.24
9005802--9005842	13	3.2	13	82	6	57	46	29	4	19	1.71
9005802--9005853	13	4.1	13	82	5	52	50	26	3	19	1.65
9005777--9005889	12	9.2	12	75	5	57	44	24	6	24	1.77
9006733--9007499	235	3.3	234	82	6	906	42	11	9	35	1.74
9007487--9007512	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
9007304--9007693	199	2.0	200	90	1	613	41	11	10	35	1.77
9007627--9007791	63	2.6	63	83	1	224	43	10	4	41	1.61
9009050--9009080	12	2.7	12	95	5	55	58	0	25	16	1.38
9014747--9014811	33	1.9	34	87	3	96	36	13	10	38	1.80
9017894--9017952	22	2.6	22	75	2	64	32	0	0	67	0.91
9023500--9023539	18	2.2	18	100	0	80	25	10	27	37	1.88
9037447--9037500	28	2.0	26	82	7	63	48	0	0	51	1.00
9038682--9038744	33	1.9	32	83	3	81	42	0	1	55	1.09
9038839--9038883	15	2.9	16	87	12	67	26	2	0	71	0.98
9041968--9041998	16	2.0	16	93	6	55	9	12	6	70	1.31
9043134--9043377	106	2.3	102	82	10	280	47	6	4	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9043351--9043399	14	3.6	14	71	20	50	59	4	4	32	1.35
9043351--9043402	26	2.0	26	96	0	95	59	3	3	32	1.33
9043931--9043989	23	2.6	22	79	12	57	55	5	5	33	1.43
9043940--9043989	23	2.1	23	85	3	64	50	6	6	38	1.52
9055944--9055985	21	2.0	21	95	0	75	28	21	19	30	1.97
9055972--9055996	13	1.9	13	100	0	50	28	32	8	32	1.86
9058126--9058172	22	2.2	22	96	3	87	51	0	0	48	1.00
9060972--9061000	12	2.5	12	94	5	51	13	6	44	34	1.71
9065916--9065963	14	3.5	14	77	2	53	58	0	0	41	0.98
9071606--9071673	9	7.6	9	78	6	57	7	50	2	39	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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