genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118139--2118184	18	2.6	17	83	10	56	47	2	2	47	1.26
2119595--2119656	28	2.2	28	88	0	88	30	9	4	54	1.54
2120975--2121183	14	14.9	14	75	16	184	15	7	7	68	1.36
2120977--2121133	40	3.9	40	76	18	130	15	8	7	68	1.38
2121126--2121164	18	2.1	18	90	4	60	12	5	5	76	1.11
2120976--2121187	61	3.8	55	79	12	202	15	7	7	69	1.33
2121272--2121381	25	4.6	26	77	15	121	28	4	10	57	1.51
2121265--2121384	47	2.6	46	86	4	170	27	4	9	59	1.47
2121265--2121407	47	3.1	46	81	8	159	25	4	9	59	1.49
2121357--2121444	36	2.4	36	81	3	97	26	4	12	56	1.55
2123103--2123135	17	2.0	17	88	5	50	54	12	6	27	1.60
2123114--2123181	23	2.9	24	82	8	95	54	8	5	30	1.55
2123195--2123266	26	2.9	24	80	10	81	23	2	8	65	1.34
2123201--2123266	14	5.3	12	74	16	55	22	3	6	68	1.26
2129549--2129587	14	2.8	14	84	0	51	41	0	2	56	1.13
2130212--2130249	16	2.4	16	86	8	51	7	5	0	86	0.69
2130283--2130337	15	3.7	15	95	2	94	14	12	5	67	1.40
2130283--2130363	15	5.9	14	84	7	87	14	11	6	67	1.39
2130268--2130356	15	6.3	14	78	17	53	13	8	6	70	1.32
2130327--2130380	25	2.2	24	83	9	65	18	5	5	70	1.27
2130352--2130439	29	3.1	29	76	13	85	19	4	4	71	1.21
2130352--2130428	31	2.7	30	78	11	90	22	3	3	70	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130536--2130614	25	3.3	25	80	10	101	25	3	10	60	1.45
2130554--2130648	49	2.0	47	81	4	109	28	5	10	55	1.55
2131483--2131519	9	4.2	9	80	19	51	78	0	0	21	0.75
2131488--2131520	17	1.9	17	93	0	57	81	0	0	18	0.68
2134900--2134968	4	17.8	4	70	26	51	26	1	1	71	1.03
2134903--2134991	14	6.6	14	67	19	55	26	3	2	67	1.18
2134900--2135008	24	4.8	23	69	19	61	26	3	1	67	1.17
2134840--2134960	16	7.3	15	68	20	64	23	4	2	68	1.21
2135595--2135633	20	1.9	21	89	5	62	46	2	51	0	1.14
2135917--2135994	11	7.3	11	80	13	83	23	2	0	74	0.94
2135932--2136027	5	17.8	5	74	18	68	17	5	1	76	1.03
2135932--2136024	42	2.1	45	86	9	131	18	5	1	75	1.05
2135926--2136029	17	6.1	16	70	17	59	17	5	0	75	1.04
2136034--2136386	58	6.0	57	81	11	392	47	8	11	32	1.70
2136026--2136384	119	3.0	118	87	5	494	46	8	11	33	1.70
2146809--2146872	7	8.5	8	78	16	66	75	0	14	10	1.06
2146818--2146847	9	3.4	9	90	9	53	80	0	10	10	0.92
2146811--2146847	17	2.2	17	95	4	67	81	0	8	10	0.89
2146814--2146879	20	3.5	19	80	11	57	75	0	13	10	1.04
2147854--2148045	43	4.6	43	86	8	263	25	19	19	35	1.95
2147854--2148036	83	2.2	84	91	4	291	24	19	20	36	1.95
2148246--2148278	17	2.0	17	88	5	50	54	9	6	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148344--2148409	26	2.7	23	80	15	69	22	3	7	66	1.31
2149155--2149289	56	2.4	56	81	4	148	43	14	5	35	1.70
2149969--2150009	10	4.6	9	77	22	50	63	2	0	34	1.08
2152956--2153024	4	17.8	4	70	26	51	26	1	1	71	1.03
2152959--2153047	14	6.6	14	67	19	55	26	3	2	67	1.18
2152956--2153064	24	4.8	23	69	19	61	26	3	1	67	1.17
2152896--2153016	16	7.3	15	68	20	64	23	4	2	68	1.21
2153974--2154051	11	7.3	11	80	13	83	23	2	0	74	0.94
2153989--2154084	5	17.8	5	74	18	68	17	5	1	76	1.03
2153989--2154081	42	2.1	45	86	9	131	18	5	1	75	1.05
2153983--2154086	17	6.1	16	70	17	59	17	5	0	75	1.04
2154083--2154502	58	7.1	58	79	11	431	46	8	11	33	1.70
2159799--2159840	14	3.0	14	73	13	50	26	4	4	64	1.33
2160159--2160205	2	23.5	2	82	0	58	44	6	2	46	1.40
2161195--2161261	17	3.8	17	72	21	57	11	7	1	79	1.00
2161308--2161358	12	4.3	12	80	5	50	17	5	7	68	1.34
2161308--2161375	24	2.8	23	80	13	66	20	5	7	66	1.38
2161332--2161401	29	2.6	29	80	17	87	22	4	4	68	1.25
2161517--2161621	24	4.4	23	76	10	104	26	5	10	57	1.55
2161534--2161628	49	2.0	47	81	4	109	29	6	9	54	1.57
2163929--2163953	13	1.9	13	100	0	50	48	32	0	20	1.50
2167206--2167250	13	3.4	13	78	6	54	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2167946--2168109	13	12.2	13	70	18	97	17	7	6	69	1.32
2168012--2168088	31	2.7	30	78	11	90	22	3	3	70	1.20
2168197--2168275	25	3.3	25	77	10	83	22	3	11	62	1.45
2169159--2169190	16	1.9	16	93	6	55	81	0	0	18	0.70
2169159--2169191	17	1.9	17	93	0	57	81	0	0	18	0.68
2170750--2170795	24	2.0	23	86	4	65	17	4	2	76	1.06
2170848--2170902	24	2.2	24	84	9	67	23	0	1	74	0.91
2170863--2170909	6	7.5	6	79	15	51	17	0	2	80	0.80
2170862--2170905	8	5.5	8	84	7	54	15	0	2	81	0.78
2170856--2170907	24	2.1	23	89	10	77	21	0	1	76	0.87
2171812--2171874	11	5.7	11	81	5	74	22	1	0	76	0.88
2171812--2171875	22	2.9	23	88	4	87	21	1	0	76	0.87
2171821--2171904	5	17.2	5	72	20	63	16	4	1	77	1.00
2171812--2171904	25	3.7	23	79	18	82	18	4	1	76	1.01
2171834--2171909	30	2.7	27	86	12	91	14	5	1	78	0.98
2171903--2172262	58	6.1	58	83	7	386	45	7	13	34	1.71
2172292--2172319	6	4.7	6	100	0	56	14	0	14	71	1.15
2175444--2175474	15	2.1	15	93	0	53	19	22	6	51	1.69
2182267--2182314	9	5.4	9	80	14	55	72	0	12	14	1.11
2182260--2182314	18	3.2	17	89	5	76	74	0	10	14	1.07
2182258--2182329	24	3.0	24	78	11	85	73	0	12	13	1.10
2182267--2182317	18	2.9	18	88	2	77	72	0	11	15	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182258--2182314	8	6.9	8	81	15	71	71	0	12	15	1.13
2183350--2183486	43	3.2	41	88	10	138	27	16	18	37	1.93
2183376--2183501	43	2.9	43	91	5	193	26	19	18	34	1.95
2183702--2183734	17	2.0	17	88	5	50	54	9	6	30	1.56
2184636--2184744	56	2.0	54	81	3	128	41	14	7	36	1.74
2184885--2184972	4	22.8	4	70	23	64	25	1	0	73	0.90
2184888--2184998	14	7.6	14	72	22	77	27	1	0	70	1.03
2184892--2185001	27	3.7	29	73	10	98	27	1	0	70	1.04
2184921--2184966	7	5.9	8	87	10	60	17	0	0	82	0.67
2184887--2184966	40	2.0	40	85	2	108	23	1	0	75	0.88
2184921--2184970	23	2.2	22	89	10	75	18	0	0	82	0.68
2184921--2184970	22	2.2	23	89	10	77	18	0	0	82	0.68
2184939--2184984	22	2.0	23	83	4	58	26	2	0	71	0.97
2185888--2186055	22	8.1	20	76	12	96	17	3	2	76	1.04
2185887--2185930	4	10.8	4	90	4	70	22	0	2	75	0.92
2185975--2186033	1	59.0	1	77	0	55	8	3	0	88	0.63
2185904--2186055	5	30.6	5	72	19	90	17	3	1	76	1.04
2185960--2186058	18	5.6	17	80	9	94	12	4	1	82	0.85
2185971--2186058	25	3.4	27	83	9	112	10	4	1	84	0.82
2185960--2186058	36	2.5	39	85	11	123	12	4	1	82	0.85
2185894--2186058	77	2.2	77	81	4	183	17	3	2	76	1.04
2185950--2186056	26	4.1	25	80	15	101	13	5	0	80	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186062--2186352	58	4.9	58	83	4	332	46	8	12	33	1.71
2187297--2187406	58	1.9	58	86	1	159	44	15	3	36	1.64
2192127--2192169	2	21.5	2	85	0	59	44	6	0	48	1.29
2193156--2193231	18	4.2	16	73	18	62	11	6	2	78	1.03
2193173--2193223	15	3.3	15	72	22	52	11	7	1	78	1.04
2193157--2193261	14	7.5	14	69	18	51	13	7	3	75	1.16
2193212--2193387	13	12.9	14	68	16	68	17	6	5	70	1.29
2193212--2193279	28	2.4	28	77	17	70	13	10	4	72	1.26
2193171--2193298	13	9.2	14	69	13	59	12	9	5	72	1.26
2193268--2193394	26	4.8	24	75	17	76	19	4	5	70	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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