genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22724830

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476992--2477386	215	1.8	216	81	6	496	34	10	8	46	1.68
2478265--2478304	21	1.9	21	100	0	80	40	12	12	35	1.81
2478485--2478516	14	2.3	14	94	0	55	87	0	3	9	0.64
2478698--2478858	49	3.4	48	85	5	209	36	24	13	25	1.92
2478823--2478893	35	2.0	35	91	0	115	32	25	11	30	1.91
2478774--2478933	84	1.9	84	90	0	257	35	24	11	28	1.91
2478724--2479137	133	3.0	132	76	14	422	37	22	11	28	1.89
2478858--2479177	49	6.5	49	82	4	358	38	21	11	28	1.88
2480878--2480951	6	11.5	6	74	16	51	14	4	1	79	0.94
2480872--2480910	18	2.1	19	90	4	62	15	5	0	79	0.90
2480872--2480951	19	4.1	19	76	16	74	15	5	1	78	0.98
2480928--2480987	29	2.2	27	82	14	70	20	6	3	70	1.25
2481059--2481338	61	4.7	59	80	12	292	42	7	12	37	1.72
2481072--2481338	118	2.3	118	82	9	323	41	7	12	37	1.72
2481898--2481940	18	2.4	17	77	11	50	30	13	13	41	1.84
2481873--2481941	26	2.7	26	76	13	70	34	13	11	40	1.80
2482033--2482083	21	2.4	21	83	9	59	39	11	5	43	1.66
2484497--2484535	20	2.0	20	89	0	60	64	23	2	10	1.37
2485245--2485286	21	2.0	21	85	0	57	26	23	26	23	2.00
2485287--2485372	3	29.7	3	77	11	81	32	1	4	61	1.24
2485287--2485374	35	2.6	36	84	10	114	31	1	5	61	1.27
2485287--2485371	33	2.7	31	78	10	91	32	1	4	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486140--2486170	2	15.0	2	93	6	53	48	3	48	0	1.17
2486289--2486333	18	2.6	18	86	10	58	17	13	0	68	1.20
2486329--2486371	19	2.3	18	81	14	52	25	0	4	69	1.07
2492158--2492197	13	3.1	13	89	7	55	75	17	0	7	1.03
2492654--2492682	8	3.8	8	95	4	51	13	0	0	86	0.58
2493471--2493496	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
2497741--2497770	13	2.3	13	94	0	51	0	13	3	83	0.77
2497742--2497824	26	3.3	26	69	23	63	2	19	2	75	1.02
2497843--2497898	9	6.0	9	76	15	60	12	10	1	75	1.14
2502738--2502764	10	2.7	10	100	0	54	81	0	11	7	0.87
2502954--2503115	49	3.4	48	87	3	218	36	24	14	24	1.93
2503080--2503150	35	2.0	35	91	0	115	32	25	11	30	1.91
2503115--2503481	49	7.5	47	82	8	344	39	21	10	28	1.87
2503031--2503197	84	2.0	84	88	2	246	34	24	11	29	1.90
2502981--2503396	133	3.0	133	78	14	418	37	22	11	28	1.89
2503115--2503481	147	2.5	147	83	7	460	39	21	10	28	1.87
2503115--2503482	98	3.7	99	83	5	469	39	21	10	28	1.86
2503115--2503482	99	3.7	99	82	5	451	39	21	10	28	1.86
2506094--2506118	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2510819--2510847	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2508974--2511366	799	3.0	795	83	8	2830	42	11	11	33	1.78
2512353--2512377	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514082--2514129	20	2.5	20	83	16	57	16	12	12	58	1.63
2514201--2514247	24	2.0	24	87	4	69	25	14	19	40	1.90
2514379--2514418	19	2.1	19	90	9	64	77	0	22	0	0.77
2514382--2514415	16	2.2	15	94	5	59	76	0	23	0	0.79
2514688--2514800	51	2.3	51	89	3	167	34	23	10	31	1.89
2518815--2518847	14	2.4	14	94	0	57	15	0	0	84	0.61
2518857--2518993	3	42.7	3	72	21	75	33	4	0	62	1.15
2518857--2518994	42	3.2	42	78	14	129	33	4	0	62	1.15
2518919--2518993	14	5.8	13	72	22	52	32	2	0	65	1.07
2518922--2518993	17	4.3	15	80	19	72	30	2	0	66	1.06
2518922--2518992	20	3.5	20	80	14	81	30	2	0	66	1.06
2519730--2519857	17	7.3	17	70	17	68	23	2	1	72	1.05
2519736--2519782	23	2.1	21	88	7	67	25	0	0	74	0.82
2519806--2519856	5	9.4	5	84	16	66	17	1	0	80	0.81
2519800--2519856	22	2.5	22	89	10	89	17	3	0	78	0.88
2523178--2523209	15	2.1	15	94	0	55	18	21	9	50	1.75
2530432--2530498	7	9.7	7	80	15	68	77	0	8	13	0.98
2530433--2530504	14	5.2	13	85	12	83	79	0	8	12	0.94
2530447--2530498	21	2.5	20	90	3	86	80	0	5	13	0.88
2531540--2531728	43	4.2	42	74	19	150	26	13	19	40	1.89
2531738--2531978	41	5.8	40	80	6	194	26	16	20	36	1.93
2531738--2531934	82	2.4	83	81	5	229	27	16	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532166--2532459	3	91.7	3	70	18	123	30	3	0	64	1.13
2532162--2532244	23	3.4	23	78	17	87	24	1	1	73	0.97
2532164--2532424	29	7.9	32	69	23	143	31	3	0	63	1.15
2532214--2532447	102	2.3	101	94	3	400	33	4	0	61	1.19
2532215--2532446	19	11.5	21	75	19	151	34	4	0	61	1.19
2532391--2532474	21	3.9	21	74	13	64	21	4	0	73	1.01
2533191--2533237	4	11.8	4	82	8	60	23	0	2	74	0.93
2533265--2533307	5	8.4	5	82	12	52	16	2	0	81	0.79
2533259--2533307	10	4.5	11	78	19	50	16	4	0	79	0.88
2533268--2533307	16	2.6	15	92	4	62	15	2	0	82	0.77
2533335--2533422	28	3.1	28	66	26	67	45	3	11	39	1.57
2533329--2533609	60	4.7	59	82	8	313	44	5	11	38	1.64
2533332--2533563	124	1.9	122	87	3	340	43	4	11	39	1.62
2536822--2536864	17	2.5	17	81	7	52	30	4	4	60	1.37
2537045--2537161	61	1.9	61	80	5	137	29	7	7	54	1.57
2537471--2537627	66	2.4	66	81	0	170	42	14	19	24	1.87
2537464--2537624	33	4.9	33	69	11	105	42	14	18	24	1.88
2541228--2541333	29	3.6	29	75	10	97	56	1	3	37	1.28
2541837--2541869	17	1.9	17	93	0	57	27	21	12	39	1.88
2544978--2545020	21	2.0	21	100	0	86	30	9	23	37	1.86
2545576--2545624	25	2.0	25	96	4	91	26	24	16	32	1.96
2545949--2546013	30	2.2	30	85	0	85	16	12	13	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547852--2547883	13	2.5	13	94	0	55	71	0	12	15	1.14
2551457--2551580	34	3.7	34	82	7	155	53	8	0	37	1.36
2551563--2551627	16	3.9	16	70	20	53	47	7	0	44	1.31
2551562--2551674	34	3.3	34	81	7	104	44	6	2	46	1.42
2554323--2554350	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2554373--2554425	25	2.2	24	82	3	61	33	7	16	41	1.77
2557690--2557735	23	2.0	22	84	12	58	76	10	2	10	1.12
2572630--2572685	29	2.0	27	82	6	67	44	3	0	51	1.18
2573362--2573416	21	2.6	21	82	5	58	69	3	0	27	1.05
2575002--2575035	17	1.9	18	88	5	52	11	8	0	79	0.94
2575038--2575077	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
2575107--2575160	26	2.0	27	89	10	85	77	0	3	18	0.91
2575119--2575162	4	11.2	4	81	13	56	75	0	4	20	0.98
2575119--2575162	11	3.8	12	82	14	56	75	0	4	20	0.98
2575103--2575162	31	1.9	31	83	6	77	76	0	3	20	0.92
2575156--2575180	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
2575457--2575542	22	3.9	22	75	4	75	45	9	9	36	1.69
2575580--2575632	18	2.9	18	74	2	52	33	5	18	41	1.74
2575615--2575659	19	2.4	19	84	0	63	40	8	11	40	1.72
2575623--2575667	19	2.4	19	80	0	54	46	8	6	37	1.61
2575653--2575839	18	10.4	18	72	1	124	45	15	11	27	1.80
2575680--2575907	54	4.3	54	71	5	149	46	14	10	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575764--2575958	105	1.9	104	84	3	266	45	13	10	30	1.78
2576106--2576176	23	3.2	23	84	4	92	47	12	2	36	1.56
2576168--2576239	21	3.4	21	74	14	67	44	8	8	38	1.65
2576105--2576241	44	3.1	43	75	5	107	46	10	5	37	1.62
2577239--2577282	24	1.9	24	86	9	65	9	11	0	79	0.93
2583000--2583075	34	2.3	34	93	4	129	46	15	10	27	1.79
2586752--2586784	17	1.9	17	93	0	57	27	21	12	39	1.88
2590473--2590521	25	2.0	25	96	4	91	26	24	16	32	1.96
2592750--2592774	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2594653--2594712	29	2.1	29	100	0	120	48	0	13	38	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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