genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  137  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42952781--42952830	7	6.6	7	78	17	55	64	2	2	32	1.16
42966521--42966550	13	2.3	13	100	0	60	46	10	30	13	1.75
42973570--42973612	22	1.9	23	90	4	70	65	0	2	32	1.06
42992205--42992289	27	2.9	31	79	12	106	50	9	11	28	1.70
42992219--42992341	28	4.3	28	77	18	105	55	8	9	26	1.62
42992207--42992331	58	2.1	60	88	5	184	50	9	12	28	1.70
42992560--42992686	43	3.0	42	65	20	109	48	14	1	36	1.53
42992530--42992697	86	2.0	85	95	1	300	47	14	1	36	1.52
42998216--42998267	21	2.5	21	80	0	59	26	13	26	32	1.94
43005252--43005343	46	2.0	46	100	0	184	34	15	10	39	1.82
43016416--43016444	15	1.9	15	100	0	58	37	0	20	41	1.53
43018557--43018596	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
43027306--43027365	12	4.6	14	80	14	51	8	15	1	75	1.12
43028332--43028376	12	4.0	12	75	24	53	20	6	0	73	1.05
43028317--43028378	20	3.1	20	90	0	88	24	6	1	67	1.23
43032177--43032342	23	7.4	23	74	14	150	42	22	24	11	1.86
43032183--43032257	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
43032222--43032342	48	2.6	46	87	7	172	39	23	25	11	1.88
43034409--43034792	182	2.1	182	95	0	687	31	19	11	37	1.88
43036534--43036567	7	5.0	7	85	7	52	44	0	0	55	0.99
43036547--43036589	18	2.4	18	84	0	59	41	2	0	55	1.12
43036581--43036621	20	2.0	21	90	4	66	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43037305--43037346	3	14.0	3	90	9	68	66	0	0	33	0.92
43038179--43038225	2	23.5	2	91	0	76	46	48	4	0	1.21
43042302--43042362	25	2.5	25	87	10	83	11	24	19	44	1.84
43042302--43042371	23	3.0	23	82	12	79	12	24	18	44	1.85
43048665--43049110	54	8.3	54	87	1	516	42	21	23	12	1.87
43048758--43048848	27	3.4	27	67	11	87	40	20	25	13	1.89
43048839--43048929	27	3.4	27	71	17	80	46	16	27	9	1.79
43049049--43049194	66	2.2	66	88	2	213	49	23	18	8	1.75
43049196--43049294	51	1.9	51	91	0	162	46	21	20	12	1.82
43049250--43049373	63	2.0	63	85	0	167	43	25	16	14	1.86
43059355--43059383	6	4.8	6	100	0	58	0	17	34	48	1.47
43060653--43060779	63	2.0	63	90	0	200	25	11	26	37	1.89
43064540--43064572	16	1.9	18	88	11	52	27	0	0	72	0.85
43071121--43071175	22	2.6	20	78	18	58	38	0	1	60	1.08
43076024--43076372	183	1.9	186	92	3	596	30	28	13	26	1.94
43077258--43077292	6	5.8	6	100	0	70	0	34	14	51	1.42
43081061--43081090	13	2.3	13	100	0	60	46	0	36	16	1.47
43083727--43083779	28	1.9	27	81	11	63	58	9	9	22	1.58
43087179--43087243	24	2.8	23	86	6	78	38	18	13	29	1.89
43092446--43092480	6	5.8	6	96	0	61	80	2	0	17	0.84
43100893--43100926	16	2.1	16	88	0	50	67	0	0	32	0.91
43106143--43106187	23	2.0	22	86	4	63	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43112404--43112430	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
43114235--43114276	15	2.7	15	88	3	57	38	0	9	52	1.34
43124749--43124829	7	12.1	7	78	1	53	46	28	1	23	1.60
43124749--43124821	21	3.6	20	74	7	67	47	26	1	24	1.60
43124805--43124835	6	5.2	6	96	0	53	48	38	0	12	1.42
43124894--43124979	13	6.2	14	70	20	56	47	30	1	20	1.58
43124930--43124996	27	2.5	27	82	4	82	43	34	2	19	1.66
43126742--43126776	17	2.1	17	88	0	52	22	5	22	48	1.72
43127853--43127941	34	2.7	34	77	13	98	65	3	2	29	1.21
43132226--43132256	16	1.9	16	93	0	53	29	0	0	70	0.87
43132292--43132346	17	3.2	17	76	16	60	43	1	7	47	1.41
43133048--43133108	27	2.3	26	75	11	52	55	1	3	39	1.26
43133040--43133101	20	3.2	19	73	11	54	56	1	3	38	1.25
43134269--43134525	58	4.4	58	79	6	252	34	25	5	33	1.80
43134308--43134509	29	7.0	29	67	17	116	36	26	3	33	1.74
43134307--43134533	58	3.9	57	85	4	276	35	25	5	33	1.79
43134307--43134519	117	1.8	117	87	3	322	35	26	5	32	1.79
43140133--43140174	11	3.7	11	78	15	50	78	2	19	0	0.86
43140128--43140193	22	2.9	23	80	8	82	75	1	21	1	0.96
43141864--43142011	39	3.8	39	74	13	151	20	25	23	30	1.98
43141868--43142115	78	3.2	78	84	4	322	22	29	20	27	1.98
43141907--43142105	39	5.1	39	72	7	161	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43142154--43142977	201	4.1	201	93	0	1319	34	17	23	24	1.96
43142801--43143153	180	2.0	180	84	4	462	34	18	22	25	1.96
43143589--43143637	11	4.4	11	75	14	55	46	0	6	46	1.27
43143583--43143637	17	3.2	17	82	7	76	45	0	7	47	1.30
43143568--43143635	6	11.3	6	75	12	59	41	1	7	50	1.39
43143592--43143639	23	2.2	22	85	7	62	45	0	6	47	1.27
43144329--43144387	27	2.2	26	93	3	100	55	1	1	40	1.20
43145510--43145701	29	6.5	30	75	8	153	37	22	2	37	1.68
43145502--43145788	59	4.9	58	77	10	205	35	24	4	35	1.76
43145686--43145787	29	3.6	27	70	20	82	33	26	6	33	1.83
43145523--43145788	58	4.6	57	78	10	220	34	24	4	36	1.76
43145805--43145864	28	2.1	28	84	6	77	35	26	10	28	1.89
43152408--43152449	22	2.0	22	85	4	59	38	14	2	45	1.58
43159295--43159320	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
43164284--43164479	97	2.0	97	96	0	365	46	16	11	25	1.81
43165226--43165309	39	2.2	39	95	0	150	33	21	10	34	1.88
43173869--43173949	36	2.2	36	86	4	110	23	40	24	11	1.87
43173965--43174142	36	4.9	36	83	1	189	24	39	20	15	1.91
43178387--43178431	19	2.4	18	78	10	54	35	0	13	51	1.41
43178558--43178598	21	2.0	21	85	9	57	34	4	0	60	1.18
43186011--43186347	167	2.0	167	96	1	622	29	24	16	29	1.96
43188625--43188673	21	2.6	17	79	17	53	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43188636--43188676	21	2.0	21	86	9	59	63	0	2	34	1.08
43190058--43190113	25	2.5	22	83	13	62	44	5	3	46	1.43
43192211--43192239	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
43193724--43193883	67	2.3	70	87	6	222	36	0	2	60	1.15
43193740--43193885	63	2.3	62	84	12	183	39	0	2	57	1.18
43193769--43193902	67	2.1	67	85	5	186	46	0	2	50	1.19
43198858--43198908	8	6.5	8	80	15	54	78	0	21	0	0.75
43198841--43198896	26	2.2	26	83	6	69	76	1	17	3	1.01
43198858--43198908	14	3.3	15	83	10	59	78	0	21	0	0.75
43199831--43199946	50	2.3	50	91	2	180	33	18	25	22	1.96
43199869--43199995	50	2.5	50	85	2	157	37	18	22	22	1.94
43200081--43200333	80	3.2	80	89	0	382	33	22	16	27	1.96
43200322--43201455	80	14.2	80	91	0	1788	32	21	19	27	1.97
43202048--43202079	8	4.1	8	92	8	57	25	0	0	75	0.81
43202043--43202079	15	2.6	14	91	8	58	24	0	0	75	0.80
43201987--43202140	63	2.4	65	83	12	176	37	1	2	58	1.20
43201980--43202140	67	2.3	69	83	9	186	37	1	2	59	1.19
43203374--43203434	30	2.0	31	90	3	97	40	8	11	39	1.71
43206941--43207036	31	3.2	31	70	19	96	22	16	12	47	1.80
43206940--43207082	58	2.4	60	84	9	179	23	17	11	47	1.80
43216717--43216751	18	1.9	18	100	0	70	25	11	11	51	1.71
43220785--43220833	15	3.2	15	80	11	55	42	2	10	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43231067--43231119	19	2.7	20	85	5	72	33	1	0	64	1.05
43231067--43231125	20	3.0	21	80	14	72	33	1	0	64	1.04
43231451--43231519	29	2.4	30	80	7	81	33	15	4	46	1.66
43236346--43236400	27	2.0	27	100	0	110	47	14	3	34	1.62
43240011--43240053	16	2.7	16	92	0	68	30	4	4	60	1.37
43245636--43245675	15	2.6	15	92	4	62	17	30	20	32	1.95
43251903--43251954	16	3.2	16	78	5	61	80	11	3	3	0.97
43263860--43263919	15	4.1	15	80	4	59	30	18	0	51	1.46
43263851--43263898	15	2.8	19	70	26	52	31	16	0	52	1.45
43264542--43264593	14	3.6	14	82	7	52	63	3	0	32	1.12

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