genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  62  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19587567--19587627	11	4.5	13	76	17	63	52	0	1	45	1.10
19592704--19592747	22	2.0	22	82	8	54	40	2	22	34	1.67
19599453--19599507	18	3.1	18	94	0	92	16	16	21	45	1.85
19610005--19610052	19	2.7	17	78	12	51	16	8	6	68	1.35
19610654--19610687	12	2.6	14	81	18	54	79	0	20	0	0.73
19610631--19610691	23	2.5	24	82	17	74	72	0	22	4	1.04
19619298--19619330	14	2.3	15	89	5	50	33	0	18	48	1.48
19626600--19626647	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
19626714--19626788	22	3.3	22	75	12	71	10	24	21	44	1.84
19626760--19626813	25	2.2	24	86	3	72	12	29	14	42	1.83
19638032--19638185	59	2.6	59	81	11	163	26	13	8	51	1.70
19638101--19638185	32	2.8	29	79	10	98	24	16	10	48	1.78
19640623--19640660	18	2.0	20	85	10	53	76	18	2	2	1.02
19644500--19644533	6	5.5	6	89	3	50	0	20	0	79	0.73
19645089--19645138	21	2.2	24	86	13	70	46	0	10	44	1.37
19644898--19645286	148	2.8	135	78	13	338	43	2	9	44	1.48
19645004--19645527	149	3.6	147	86	6	692	43	2	9	44	1.50
19658575--19658616	22	1.9	22	85	9	59	83	2	11	2	0.84
19658854--19658900	8	5.8	8	83	16	53	82	0	14	2	0.75
19658854--19658920	14	4.9	14	76	8	57	77	1	19	1	0.92
19658857--19658906	15	3.1	15	85	8	55	82	0	16	2	0.77
19659302--19659885	42	13.9	42	87	0	792	21	19	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19660312--19660359	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
19660885--19661412	149	3.6	147	84	7	669	42	3	10	44	1.54
19661011--19661362	51	7.1	51	65	16	136	41	1	9	46	1.47
19662444--19662920	238	2.0	238	90	3	755	36	7	15	41	1.74
19665372--19665420	23	2.1	23	84	0	62	8	12	26	53	1.66
19665989--19666039	20	2.5	21	84	9	61	47	0	9	43	1.36
19684527--19684624	36	2.7	36	93	0	178	31	15	29	23	1.95
19689491--19689585	36	2.6	36	89	0	154	30	16	29	23	1.96
19690219--19690268	21	2.4	21	82	0	55	30	12	26	32	1.92
19703267--19703308	17	2.4	18	80	11	52	52	2	0	45	1.13
19704087--19704122	18	2.0	18	94	0	63	36	0	5	58	1.22
19725312--19725385	38	1.9	38	83	0	94	36	21	14	27	1.93
19728807--19728921	38	3.1	37	82	7	133	33	22	18	26	1.97
19729096--19729120	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
19731123--19731150	13	2.2	13	100	0	56	39	14	25	21	1.91
19732051--19732080	13	2.2	14	94	5	53	13	6	3	76	1.11
19734887--19734973	40	2.2	38	83	4	102	16	27	17	39	1.90
19739482--19739542	17	3.5	17	81	2	68	47	14	18	19	1.82
19739495--19739564	34	2.1	34	88	0	104	48	11	18	21	1.79
19739482--19739550	17	4.0	17	76	1	66	47	13	20	18	1.81
19753251--19753279	12	2.5	12	94	5	51	37	0	6	55	1.27
19757500--19757534	6	5.8	6	93	0	61	37	0	62	0	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19758298--19758332	6	5.8	6	93	0	61	37	0	62	0	0.95
19757147--19759521	797	3.0	797	97	1	4417	37	13	18	30	1.89
19765798--19765833	6	6.0	6	100	0	72	33	0	66	0	0.92
19766452--19766650	90	2.2	89	83	4	247	53	12	10	24	1.68
19768164--19768414	127	2.0	127	95	0	457	34	9	18	36	1.84
19768448--19768561	60	1.9	60	90	0	183	31	14	15	38	1.87
19768680--19768895	59	3.6	60	82	7	267	31	15	15	37	1.90
19768669--19768895	121	1.9	121	88	2	350	30	16	14	38	1.89
19772105--19772162	28	2.1	28	83	6	73	20	18	6	53	1.67
19772963--19773024	31	2.0	31	100	0	124	41	3	3	51	1.34
19774760--19774804	23	2.0	23	90	0	72	57	11	4	26	1.52
19776326--19776365	13	3.1	13	88	0	62	42	17	5	35	1.71
19776518--19776568	26	2.0	26	92	0	84	25	19	7	47	1.76
19777473--19777512	13	3.1	13	81	0	53	40	0	5	55	1.22
19777473--19777512	9	4.6	9	81	6	55	40	0	5	55	1.22
19783346--19783374	15	1.9	15	100	0	58	48	34	0	17	1.47
19790681--19790707	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
19797662--19797733	21	3.4	21	80	3	65	26	13	26	33	1.94
19808097--19808149	20	2.7	20	93	0	88	30	1	13	54	1.49
19808276--19808352	27	2.8	27	76	5	75	64	1	3	29	1.19
19809647--19809699	23	2.3	23	90	0	79	11	11	13	64	1.51
19810042--19810306	87	3.0	87	84	6	313	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19817909--19818066	43	3.7	43	81	2	183	31	13	20	35	1.91
19817914--19818082	86	2.0	87	83	5	218	30	13	20	36	1.90
19818257--19818315	28	2.1	28	84	6	75	18	11	13	55	1.68
19822481--19822529	18	2.7	18	77	0	53	12	32	8	46	1.71
19822504--19822537	15	2.3	15	89	0	50	11	26	11	50	1.73
19832795--19832896	39	2.6	39	82	0	132	46	18	5	29	1.73
19832151--19833860	844	2.0	845	91	1	2772	36	17	14	31	1.89
19833637--19833741	39	2.7	39	86	0	147	44	20	6	28	1.76
19835175--19835218	22	2.0	22	86	8	63	54	4	9	31	1.52
19840213--19840276	27	2.3	28	94	2	112	51	0	0	48	1.00
19844039--19844072	14	2.4	14	90	0	50	23	0	29	47	1.52
19859990--19860045	27	2.1	27	82	0	67	41	3	16	39	1.65
19859975--19860053	13	6.0	13	70	14	54	40	2	15	41	1.60
19859996--19860071	40	1.9	40	83	0	98	40	2	17	39	1.63
19863181--19863249	21	3.3	21	66	0	57	36	23	14	26	1.93
19866026--19866206	88	2.1	88	90	0	281	23	15	14	45	1.83
19867290--19867382	37	2.5	37	83	1	114	19	17	36	26	1.94
19868993--19869103	53	2.1	53	83	6	136	9	27	3	58	1.47
19869923--19869960	7	5.4	7	84	9	51	60	0	39	0	0.97
19885392--19885444	22	2.5	20	74	14	52	24	22	16	35	1.95
19893838--19893890	21	2.5	21	81	6	63	64	0	33	1	1.05
19893820--19893870	18	2.6	20	77	20	54	56	1	37	3	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19900626--19900687	20	3.1	20	80	0	70	22	32	16	29	1.95
19909161--19909214	18	2.9	19	83	5	67	5	37	0	57	1.22
19911400--19911445	16	2.7	17	83	6	58	2	19	2	76	1.00
19914360--19914398	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
19920360--19920389	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
19965692--19965745	21	2.6	21	85	5	65	31	9	25	33	1.88
19975113--19975156	22	1.9	24	86	9	65	45	9	0	45	1.35
19976902--19976998	20	4.8	20	89	0	131	16	30	21	30	1.95
19977146--19977175	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
19989430--19989466	16	2.4	15	86	8	56	37	8	0	54	1.30
19991694--19991747	21	2.6	21	93	0	99	24	24	20	31	1.98
19993618--19993720	49	2.1	48	80	7	118	27	11	16	44	1.82
19994897--19994940	17	2.4	18	81	11	54	43	18	6	31	1.76
19995419--19995463	15	3.0	15	83	0	54	37	0	0	62	0.96
20001330--20001381	18	2.9	18	91	0	86	40	9	11	38	1.74
20001807--20002203	72	5.5	71	88	1	587	24	5	14	55	1.61
20001810--20002192	144	2.7	143	95	0	696	24	6	13	55	1.61
20003917--20003959	20	2.1	21	83	12	54	48	0	0	51	1.00
20004242--20004267	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
20010469--20010605	15	9.1	15	65	10	57	34	23	21	20	1.97
20010465--20010605	30	4.7	30	76	8	117	34	23	21	21	1.97
20011772--20011817	20	2.3	21	82	14	62	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20015924--20017255	216	6.2	217	80	6	1438	29	17	14	39	1.88
20015924--20017255	436	3.1	427	81	5	1520	29	17	14	39	1.88
20017791--20017855	21	3.2	20	76	10	69	66	0	23	10	1.23
20017820--20017858	17	2.2	16	83	16	51	69	0	28	2	1.02
20017762--20017909	79	1.9	81	84	2	201	57	2	26	14	1.48
20017977--20018026	15	3.4	14	73	10	55	42	0	40	18	1.50
20022015--20026714	216	21.9	215	83	3	5447	28	17	14	40	1.88
20027870--20030018	641	3.4	633	86	4	2610	27	17	14	40	1.89
20027870--20030018	216	10.1	216	80	6	2267	27	17	14	40	1.89
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