genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  23  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7814434--7814460	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
7814752--7815190	76	5.8	76	89	2	627	32	17	15	35	1.91
7814984--7815381	191	2.1	191	92	0	663	33	17	14	34	1.90
7814753--7815225	229	2.1	229	86	5	647	32	17	14	35	1.90
7814907--7815454	267	2.1	266	92	0	898	32	17	14	35	1.90
7815174--7815607	76	5.7	76	92	1	692	32	17	14	34	1.91
7814834--7815646	76	10.7	77	85	7	503	32	17	14	34	1.90
7815136--7815642	227	2.2	229	85	6	749	32	18	14	34	1.90
7827791--7828010	29	7.5	29	69	24	117	37	3	27	32	1.73
7827791--7828037	58	4.2	58	88	3	345	37	2	26	32	1.71
7827822--7828029	29	7.2	27	70	21	129	38	2	27	31	1.70
7828157--7828455	161	1.9	162	92	0	510	44	12	17	25	1.84
7828182--7828524	162	2.1	161	81	6	383	46	13	16	23	1.82
7829193--7829235	14	3.1	14	80	3	52	39	0	0	60	0.97
7829198--7829243	20	2.3	21	85	7	60	43	0	0	56	0.99
7829238--7829285	25	2.0	24	84	12	62	37	6	4	52	1.46
7829969--7830027	6	9.8	6	73	14	50	54	1	5	38	1.33
7829985--7830011	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
7831916--7832081	29	5.7	29	68	20	114	37	2	29	30	1.70
7831916--7832085	59	2.9	57	85	4	232	36	2	29	31	1.70
7831916--7832104	59	3.2	56	83	7	227	37	2	28	32	1.71
7832073--7832185	30	3.8	29	80	10	129	38	3	20	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7834002--7834039	14	2.7	14	84	8	51	31	5	13	50	1.63
7834037--7834161	17	7.3	17	84	4	162	55	4	0	40	1.24
7834053--7834133	6	14.0	6	75	12	71	55	3	1	39	1.25
7834054--7834150	11	8.4	12	72	15	71	55	5	1	38	1.29
7834054--7834161	23	4.7	24	73	12	93	56	4	0	37	1.26
7834765--7835793	92	11.2	92	91	2	1595	30	17	18	33	1.94
7835824--7835979	40	3.6	41	71	22	140	39	16	10	33	1.84
7835782--7836037	92	2.8	92	93	2	433	38	16	11	33	1.84
7836042--7836197	50	3.1	50	69	12	147	10	23	21	43	1.84
7836052--7836213	51	3.2	49	70	13	132	12	22	22	41	1.87
7836038--7836220	101	1.8	101	86	4	271	11	23	21	43	1.85
7836038--7836256	101	2.2	101	82	4	255	11	22	21	44	1.85
7838389--7838440	23	2.3	23	96	0	95	0	9	7	82	0.84
7843015--7843235	30	7.5	29	71	19	172	34	2	31	31	1.72
7843015--7843254	59	4.1	59	88	4	326	35	2	30	30	1.73
7843228--7843341	30	3.8	31	78	12	107	35	4	20	39	1.72
7845151--7845188	14	2.7	14	84	8	51	31	5	13	50	1.63
7845186--7845310	17	7.3	17	84	4	162	55	4	0	40	1.24
7845202--7845282	6	14.0	6	75	12	71	55	3	1	39	1.25
7845203--7845299	11	8.4	12	72	15	71	55	5	1	38	1.29
7845203--7845310	23	4.7	24	73	12	93	56	4	0	37	1.26
7848429--7848467	19	2.0	19	85	5	51	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7849057--7849087	11	2.7	11	95	5	53	19	6	3	70	1.22
7849060--7849097	11	3.2	12	88	7	51	18	7	5	68	1.34
7849177--7849628	230	2.0	231	83	4	574	33	13	16	36	1.88
7849688--7849726	10	4.1	9	81	12	51	25	0	0	74	0.82
7849688--7849726	9	4.1	10	87	9	55	25	0	0	74	0.82
7849687--7849726	19	2.2	19	90	4	64	27	0	0	72	0.85
7852789--7852994	90	2.3	88	80	5	234	38	19	6	34	1.79
7853355--7853491	9	14.4	9	68	18	64	34	3	1	60	1.23
7853355--7853483	19	6.7	19	70	11	75	33	3	1	61	1.24
7853387--7853431	21	2.1	21	84	8	56	28	4	2	64	1.25
7853539--7853704	86	1.9	86	83	2	217	36	9	16	37	1.81
7854804--7854857	7	7.6	7	78	17	58	29	12	0	57	1.36
7854811--7854854	21	2.0	22	91	4	72	34	11	0	54	1.36
7854804--7854865	14	4.4	14	78	17	65	30	12	0	56	1.37
7854804--7854865	21	2.9	20	76	11	61	30	12	0	56	1.37
7854788--7854877	14	6.4	14	72	17	62	30	18	0	51	1.47
7855870--7856023	80	1.9	80	89	2	238	29	25	22	22	1.99
7857664--7857726	24	2.6	24	84	0	81	49	9	14	26	1.74
7862633--7862675	21	2.0	21	86	8	61	30	27	27	13	1.95
7862633--7862675	7	6.1	7	78	10	52	30	27	27	13	1.95
7867227--7867275	11	4.4	11	92	5	80	2	10	0	87	0.62
7867227--7867307	17	4.6	18	80	13	89	6	12	0	81	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7867235--7867294	23	2.7	22	82	10	68	3	11	0	85	0.72
7867240--7867318	42	1.9	41	82	12	99	6	15	1	77	1.03
7869419--7869484	20	3.2	20	80	6	71	66	3	1	28	1.15
7869394--7869449	3	18.7	3	81	0	67	60	5	3	30	1.36
7869457--7869513	10	6.0	10	78	15	50	70	7	1	21	1.20
7870142--7870283	75	1.9	76	88	4	216	29	22	18	29	1.97
7874303--7874359	28	2.0	28	96	0	105	47	3	12	36	1.58
7881657--7881710	27	2.0	27	85	7	74	70	7	0	22	1.12
7881653--7881692	18	2.0	21	86	13	59	72	10	0	17	1.11
7881847--7881941	12	8.2	12	75	13	83	73	21	2	3	1.07
7881849--7881899	27	1.9	27	88	11	79	72	21	3	1	1.11
7881856--7881935	20	3.7	21	79	12	83	75	20	1	3	1.03
7881904--7881935	13	2.5	13	94	0	55	81	12	0	6	0.87
7881882--7881983	34	3.2	33	79	10	113	73	17	2	5	1.16
7881949--7881981	17	1.9	17	100	0	66	72	15	6	6	1.24
7881935--7882020	29	3.0	29	74	6	86	70	15	6	6	1.30
7881950--7881999	17	2.8	17	80	11	55	78	10	6	6	1.10
7881946--7882021	20	4.1	18	79	11	73	73	13	6	6	1.23
7881888--7882020	56	2.2	61	80	12	152	72	16	4	6	1.21
7886334--7886371	19	2.1	19	85	5	51	34	5	0	60	1.19
7886619--7886662	20	2.1	21	84	12	56	65	2	2	29	1.16
7889018--7889095	33	2.4	33	76	18	83	47	3	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7898026--7898064	1	39.0	1	84	0	51	0	92	2	5	0.46
7898028--7898066	19	2.1	19	90	0	60	0	89	2	7	0.56
7899425--7899467	17	2.7	15	83	13	59	41	20	2	34	1.65
7900811--7900909	31	3.2	31	74	8	121	53	8	2	36	1.42
7900799--7900920	61	2.0	61	95	0	217	50	9	2	37	1.47
7900897--7900933	17	2.2	17	85	4	58	51	0	0	48	1.00
7901568--7901610	19	2.3	19	83	0	50	13	23	16	46	1.83
7903296--7903346	20	2.6	19	81	6	57	52	1	0	45	1.12
7905315--7905357	15	2.8	15	80	16	52	51	13	16	18	1.77
7905320--7905357	15	2.5	16	83	12	53	50	13	18	18	1.78
7905400--7905433	16	2.1	16	94	0	59	52	11	0	35	1.38
7926959--7926989	16	1.9	16	93	0	53	48	0	16	35	1.46
7938813--7938892	29	2.8	29	94	0	142	27	11	11	50	1.72
7942360--7942394	18	2.1	16	89	10	52	34	11	2	51	1.53
7950179--7950212	17	2.1	17	88	5	52	32	0	2	64	1.08
7951279--7951332	28	2.0	26	82	7	63	27	11	3	57	1.50
7951304--7951393	32	2.8	31	76	5	90	28	15	7	47	1.73
7959862--7959903	21	2.0	22	86	13	61	73	9	0	16	1.08
7961737--7961779	22	1.9	22	90	4	68	67	11	4	16	1.38
7961772--7961820	21	2.3	22	82	10	57	51	6	4	38	1.46
7972966--7973015	11	5.0	10	74	16	50	66	6	0	28	1.15
7972972--7973068	11	9.3	10	70	8	52	68	5	2	24	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7973203--7973234	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7976940--7976966	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
7983323--7983488	23	7.4	23	72	16	134	43	22	22	11	1.85
7983329--7983403	39	1.9	39	88	0	114	45	21	21	12	1.84
7983368--7983488	48	2.6	46	84	10	156	40	23	24	11	1.88
7983702--7983747	15	3.1	14	79	11	56	36	21	0	41	1.54
7990242--7990293	20	2.7	20	82	8	63	59	5	3	30	1.39
7990242--7990279	19	1.9	19	89	5	58	60	5	0	34	1.19
7990294--7990318	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7990312--7990364	27	2.0	27	82	14	65	64	3	1	30	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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