genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  82  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27151887--27152039	7	21.9	7	80	0	144	15	16	28	39	1.89
27151895--27152038	21	6.9	21	86	10	188	14	15	28	40	1.87
27153101--27153140	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
27160219--27160267	3	17.0	3	91	8	84	32	0	0	67	0.91
27170458--27170673	51	4.3	49	69	14	154	44	10	3	41	1.56
27170439--27170785	150	2.3	150	91	2	554	42	10	3	43	1.57
27170439--27170942	150	3.5	145	79	9	496	43	10	3	42	1.55
27170649--27170918	133	2.0	135	84	4	348	41	10	2	45	1.53
27170868--27171024	45	3.1	52	71	13	166	48	8	3	39	1.51
27174558--27174587	11	2.6	11	94	5	51	26	0	0	73	0.84
27175498--27175540	3	14.7	3	95	4	79	69	0	0	30	0.88
27181055--27181097	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
27184047--27184201	30	5.2	30	80	6	127	34	20	3	41	1.68
27184031--27184198	91	1.9	90	83	5	223	37	17	3	41	1.67
27203391--27203872	158	3.1	158	87	0	660	30	23	21	24	1.99
27206072--27206129	3	19.3	3	82	7	64	27	5	0	67	1.12
27206060--27206113	25	2.2	25	86	0	72	25	1	5	66	1.23
27216072--27216111	19	2.0	21	85	9	57	42	7	15	35	1.75
27216080--27216118	21	1.9	20	84	5	51	43	10	15	30	1.80
27216968--27217078	12	9.7	11	71	17	59	24	0	4	70	1.12
27216968--27217015	4	12.5	4	77	22	50	27	0	0	72	0.84
27216973--27217015	15	2.9	15	80	13	54	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27216998--27217078	19	3.8	21	67	20	60	23	1	6	69	1.19
27217029--27217071	18	2.4	18	84	7	52	23	2	4	69	1.18
27220720--27220794	21	3.6	20	76	3	60	32	14	25	28	1.95
27231511--27231561	21	2.5	20	75	9	50	39	17	13	29	1.88
27235893--27235951	24	2.5	24	94	0	100	22	18	27	32	1.97
27238322--27238374	28	1.9	27	85	11	72	37	3	0	58	1.16
27238378--27238433	27	2.0	28	83	10	71	44	0	1	53	1.11
27238388--27238428	18	2.3	19	83	12	59	48	0	0	51	1.00
27252733--27252913	51	3.5	51	92	1	301	30	14	25	29	1.95
27253688--27253739	21	2.5	22	71	9	54	36	9	23	30	1.87
27255579--27255711	67	2.0	67	86	0	185	34	14	17	33	1.90
27257170--27257257	34	2.6	34	88	0	131	13	10	34	42	1.78
27270050--27270150	31	3.4	30	71	15	93	46	9	17	25	1.79
27270035--27270196	58	2.8	57	83	5	200	49	9	16	25	1.75
27270037--27270125	27	3.1	27	72	17	81	51	7	16	23	1.71
27270192--27270255	30	2.2	29	81	10	76	46	4	1	46	1.33
27276416--27276448	16	2.0	17	94	5	59	72	6	0	21	1.05
27281582--27281617	12	2.9	12	91	4	54	61	2	0	36	1.11
27281594--27281636	19	2.3	19	84	8	52	58	2	0	39	1.11
27282307--27282496	102	1.9	101	82	5	240	28	24	10	36	1.88
27290299--27290333	14	2.5	14	100	0	70	57	8	22	11	1.61
27296026--27296060	15	2.4	14	86	13	52	80	0	17	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27305663--27306005	177	1.9	178	80	3	395	28	19	25	26	1.99
27306921--27306975	21	2.8	20	74	23	53	30	1	25	41	1.66
27308103--27308148	23	1.9	25	91	8	78	54	4	6	34	1.46
27309160--27309199	20	2.0	20	85	0	53	10	7	7	75	1.20
27312173--27312219	22	2.2	20	85	7	58	78	2	2	17	0.94
27313108--27313153	19	2.5	18	80	16	58	58	6	8	26	1.52
27313145--27313179	17	2.1	16	89	5	52	77	0	2	20	0.90
27313207--27313234	11	2.5	11	100	0	56	14	14	0	71	1.15
27315192--27315246	19	2.8	19	86	2	83	72	1	1	23	1.04
27316359--27316392	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
27318045--27318092	18	2.7	18	83	0	60	22	31	0	45	1.53
27318045--27318085	6	6.8	6	88	0	55	21	31	0	46	1.52
27320701--27320736	17	2.1	17	100	0	72	36	16	11	36	1.84
27323055--27323502	195	2.3	195	83	5	541	28	17	27	26	1.98
27327848--27327896	18	2.7	17	78	12	53	67	8	4	20	1.34
27327952--27327986	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
27328062--27328217	30	5.3	30	75	11	142	33	3	24	38	1.71
27328062--27328217	58	2.6	58	78	12	156	33	3	24	38	1.71
27330091--27330216	50	2.5	50	89	0	180	20	26	19	33	1.96
27341695--27341767	37	2.0	36	82	15	87	61	6	5	26	1.43
27350598--27350639	21	2.0	21	86	9	59	57	0	0	42	0.99
27350690--27350755	31	2.2	31	86	8	91	46	1	0	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27350751--27350785	14	2.5	15	86	13	56	62	0	0	37	0.95
27359603--27359681	33	2.5	33	87	4	108	46	10	18	24	1.80
27363248--27363290	15	2.8	16	80	20	56	27	9	13	48	1.73
27369247--27369279	17	1.9	17	93	0	57	75	6	15	3	1.11
27369920--27370047	11	11.6	11	67	29	62	60	0	2	37	1.10
27369921--27370047	24	5.7	23	71	22	85	59	0	2	37	1.10
27369923--27370024	19	5.4	18	69	21	59	60	0	1	37	1.08
27369961--27370052	36	2.7	36	93	6	156	59	0	3	36	1.14
27371474--27371539	18	3.7	18	75	0	60	22	36	30	10	1.88
27371964--27371993	6	5.0	6	91	0	51	16	3	16	63	1.44
27372066--27372202	71	1.9	72	88	4	206	48	26	1	24	1.60
27372285--27372311	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27375574--27375604	9	3.3	9	95	4	53	38	0	0	61	0.96
27375712--27375814	27	3.8	27	82	0	143	18	29	28	24	1.98
27378355--27378401	23	2.0	23	84	8	60	27	8	10	53	1.64
27378340--27378398	29	2.0	29	86	0	82	27	6	11	54	1.62
27380515--27380602	17	4.9	17	69	20	54	35	1	5	57	1.29
27381128--27381164	15	2.4	16	82	8	51	62	0	0	37	0.96
27383879--27383925	19	2.4	20	89	3	69	61	0	0	38	0.96
27384210--27384243	16	2.1	17	88	5	52	64	0	2	32	1.08
27412792--27412824	17	1.9	17	93	0	57	24	6	9	60	1.49
27413824--27413907	42	2.0	42	83	0	105	29	10	23	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27415145--27415230	46	1.9	44	84	11	113	48	1	1	48	1.16
27415180--27415232	25	2.1	25	82	6	63	49	0	1	49	1.12
27415281--27415322	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
27415285--27415321	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
27416140--27416184	18	2.5	19	82	10	58	42	2	4	51	1.34
27416329--27416358	3	10.0	3	100	0	60	0	66	0	33	0.92
27421346--27421380	18	1.9	18	88	0	52	20	2	14	62	1.43
27425343--27425412	27	2.6	27	81	4	79	40	1	5	52	1.34
27425364--27425403	17	2.4	17	91	4	64	40	0	2	57	1.12
27425651--27425701	26	2.0	26	88	0	75	25	41	9	23	1.85
27426210--27426259	19	2.7	20	84	12	70	48	0	2	50	1.12
27426209--27426258	16	3.2	16	86	8	59	48	0	2	50	1.12
27427403--27427553	29	5.2	29	70	15	114	36	29	7	27	1.84
27427396--27427565	58	2.9	58	90	0	259	34	27	7	30	1.85
27427336--27427611	58	4.7	57	80	6	241	32	27	7	31	1.86
27434037--27434410	49	7.5	49	79	6	236	38	20	27	13	1.91
27434037--27434369	101	3.3	98	78	5	271	39	21	27	12	1.89
27434127--27434408	49	5.7	49	81	5	237	38	19	28	13	1.90
27434939--27435649	206	3.4	206	90	1	1075	36	19	21	21	1.95
27435990--27436033	23	1.9	23	86	9	63	34	0	11	54	1.36
27436011--27436047	17	2.2	16	86	13	56	40	0	5	54	1.24
27436838--27436883	19	2.4	20	89	7	69	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27436839--27436882	16	2.8	17	86	10	58	47	0	2	50	1.13
27437988--27438102	28	3.9	29	76	18	105	34	30	2	32	1.72
27437994--27438125	28	4.6	28	75	18	103	34	29	3	32	1.75
27437994--27438158	57	2.9	58	85	8	212	33	28	4	33	1.77
27440561--27440593	6	5.5	6	92	0	57	48	0	30	21	1.50
27445476--27445513	16	2.3	16	86	13	51	7	10	5	76	1.15
27445475--27445515	17	2.4	17	80	19	50	7	12	4	75	1.16
27446426--27446508	35	2.4	34	85	4	103	24	26	25	24	2.00
27449673--27449741	28	2.4	29	83	11	81	40	4	11	43	1.61
27454118--27454163	15	3.1	15	70	17	51	54	13	8	23	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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