genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  31  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9793329--9793531	101	2.0	101	100	0	406	24	24	17	33	1.96
9796274--9796343	35	2.0	35	85	0	95	22	24	5	47	1.73
9801782--9801820	12	3.2	12	88	0	51	10	15	7	66	1.43
9812566--9812802	30	7.8	31	76	8	195	34	26	6	32	1.83
9821092--9821229	38	3.6	38	71	13	120	21	33	20	25	1.97
9821132--9821547	39	10.7	39	69	7	209	25	31	19	24	1.98
9821092--9821268	77	2.3	77	90	0	273	22	32	19	25	1.97
9821245--9821551	78	3.9	77	77	5	278	25	30	19	24	1.98
9821168--9821430	117	2.3	117	80	4	273	23	30	20	25	1.98
9821997--9822048	18	2.9	18	88	2	70	42	5	0	51	1.25
9821996--9822047	25	2.1	24	85	3	68	40	5	0	53	1.25
9823858--9824161	30	10.2	30	75	4	186	33	26	5	34	1.79
9823858--9824161	60	5.1	60	78	4	267	33	26	5	34	1.79
9823862--9824153	90	3.2	90	78	5	313	34	26	5	33	1.79
9825988--9826018	14	2.2	14	94	0	53	48	29	0	22	1.51
9831445--9831498	25	2.2	25	86	6	74	12	12	18	55	1.69
9835694--9835747	25	2.2	26	86	6	76	14	16	16	51	1.76
9838466--9838496	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
9838591--9838628	10	3.9	10	82	6	51	55	0	0	44	0.99
9838668--9838716	19	2.6	19	81	9	57	32	2	4	61	1.26
9844602--9844643	21	2.0	21	95	0	75	23	19	7	50	1.72
9844604--9844649	21	2.2	21	88	0	65	28	21	6	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9848354--9848397	19	2.3	19	92	0	70	31	13	11	43	1.80
9852055--9852296	121	2.0	121	100	0	484	30	6	13	49	1.67
9855532--9855588	20	2.8	20	78	0	60	35	22	28	14	1.93
9860083--9860125	20	2.2	20	86	0	59	37	25	27	9	1.87
9861655--9861690	17	2.1	17	89	0	54	11	44	0	44	1.39
9867230--9867263	17	2.0	17	88	11	52	35	0	0	64	0.94
9874934--9875066	4	34.0	4	71	13	71	65	2	29	3	1.19
9875253--9875320	31	2.2	30	82	12	77	26	0	8	64	1.22
9875266--9875330	30	2.1	32	86	13	91	20	0	10	69	1.18
9878006--9878047	5	8.0	5	89	5	57	73	0	0	26	0.83
9878109--9878173	30	2.1	32	83	13	82	67	12	0	20	1.22
9878385--9878441	4	14.5	4	78	10	55	1	26	0	71	0.95
9878383--9878426	12	3.7	12	85	11	63	0	34	0	65	0.93
9889006--9889060	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
9896108--9896232	57	2.2	57	85	5	164	22	6	18	52	1.67
9896364--9896424	31	2.0	31	83	0	77	42	19	11	26	1.85
9896519--9896560	18	2.3	18	88	8	59	57	2	0	40	1.12
9897551--9897602	20	2.6	20	79	14	54	48	1	3	46	1.31
9903184--9903254	31	2.3	30	88	11	101	45	18	12	23	1.84
9912297--9912349	21	2.5	21	93	0	88	43	18	9	28	1.81
9914888--9914941	25	2.1	26	86	10	76	31	0	5	62	1.18
9919874--9919931	25	2.5	22	76	17	62	44	18	25	10	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9920614--9920751	40	3.5	38	75	12	111	29	27	21	21	1.98
9920855--9920891	12	3.1	12	88	0	56	18	27	0	54	1.44
9920855--9920886	6	5.3	6	92	0	55	18	31	0	50	1.48
9921038--9921083	22	2.1	22	100	0	92	32	17	4	45	1.68
9921042--9921091	22	2.5	20	87	12	68	34	20	4	42	1.70
9922667--9922745	23	3.3	25	83	10	87	41	21	25	11	1.86
9922646--9922745	23	4.4	22	76	13	78	43	20	24	13	1.86
9926750--9926800	16	3.3	16	70	10	52	25	1	5	66	1.24
9929628--9929676	19	2.6	19	78	15	57	40	2	0	57	1.10
9929633--9929671	20	1.9	21	89	5	62	41	2	0	56	1.13
9930388--9930457	34	2.1	34	100	0	140	21	21	5	51	1.68
9931992--9932041	16	3.1	16	81	13	57	52	0	0	48	1.00
9931997--9932053	18	3.3	18	83	13	59	47	0	0	52	1.00
9932692--9932739	22	2.2	22	81	7	53	29	4	22	43	1.72
9947157--9947191	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
9949934--9950006	36	2.0	36	100	0	146	32	10	13	42	1.79
9954285--9954339	29	2.0	28	85	7	76	50	5	0	43	1.25
9956219--9956270	26	2.0	26	100	0	104	34	19	0	46	1.50
9968302--9968349	11	4.0	11	80	19	60	37	0	2	60	1.09
9968304--9968358	26	2.1	26	96	0	101	40	0	1	58	1.09
9968330--9968367	17	2.2	17	95	0	67	44	0	0	55	0.99
9968304--9968371	26	2.6	25	86	9	66	44	0	1	54	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9968971--9969042	16	4.4	15	72	16	54	56	0	4	38	1.18
9969078--9969112	12	2.9	12	91	0	52	20	40	22	17	1.92
9970068--9970456	29	13.4	29	68	18	186	34	25	2	37	1.69
9970140--9970523	29	13.2	28	68	17	159	35	25	1	37	1.67
9970062--9970523	116	4.0	117	81	6	476	34	25	2	37	1.68
9970082--9970565	59	8.3	58	77	7	331	34	25	2	38	1.69
9982440--9983147	202	3.5	200	85	3	893	36	21	21	21	1.96
9983485--9983573	11	8.1	11	79	15	96	42	0	2	55	1.12
9983485--9983572	6	15.8	6	75	19	84	43	0	2	54	1.12
9983485--9983572	17	5.3	17	85	8	119	43	0	2	54	1.12
9983743--9983792	25	2.0	25	92	0	82	20	44	12	24	1.85
9984175--9984246	16	4.4	15	72	16	54	56	0	5	37	1.22
9985268--9985507	29	8.5	28	72	15	138	33	27	2	36	1.70
9985268--9985654	117	3.4	116	80	7	346	33	24	3	38	1.71
9985297--9985647	59	6.1	57	77	8	297	33	24	3	38	1.72
9989000--9989090	12	7.6	12	84	0	110	68	18	6	6	1.35
9989000--9989090	24	3.8	24	86	0	137	68	18	6	6	1.35
9989000--9989090	36	2.5	36	89	0	146	68	18	6	6	1.35
9993392--9993467	30	2.6	30	91	4	120	53	0	0	46	1.00
9993546--9993856	158	2.0	158	93	1	534	41	7	14	36	1.75
9998309--9998378	26	2.6	27	80	13	72	35	1	1	61	1.14
10003608--10003652	22	2.0	23	86	4	65	53	4	13	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10004523--10004657	65	2.1	65	90	2	209	34	15	17	32	1.92
10012975--10013041	35	1.9	35	90	0	107	31	13	2	52	1.55
10016324--10016357	17	2.1	17	94	5	61	41	2	0	55	1.15
10017974--10018020	11	4.6	10	81	10	51	68	2	2	27	1.13
10017991--10018034	18	2.3	19	84	7	54	70	2	0	27	0.99
10018052--10018149	25	3.7	26	76	12	76	61	2	2	34	1.19
10023279--10023332	22	2.5	22	81	6	56	55	7	29	7	1.55
10028411--10028459	20	2.5	20	89	0	71	26	8	34	30	1.86
10028459--10028485	13	2.1	13	100	0	54	14	29	22	33	1.94
10029826--10029892	19	3.4	19	69	15	55	59	10	1	28	1.39
10029821--10029902	40	2.0	41	95	2	148	60	12	1	25	1.39
10030965--10030999	8	4.4	8	96	0	52	22	42	0	34	1.54
10030969--10031001	8	4.1	8	96	0	57	24	42	0	33	1.55
10032867--10032901	6	5.8	6	100	0	70	31	17	34	17	1.93
10036395--10036428	16	2.1	16	100	0	68	44	5	5	44	1.52
10036999--10037090	28	3.1	28	71	22	73	28	2	3	66	1.19
10037156--10037182	11	2.5	11	100	0	54	37	11	11	40	1.76
10040102--10040244	58	2.5	57	80	6	146	53	13	6	26	1.65
10040683--10040712	15	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
10044468--10044510	22	2.0	22	100	0	86	62	23	4	9	1.44
10045658--10045683	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
10047907--10048000	30	3.1	28	75	17	75	36	6	20	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10048050--10048573	262	2.0	261	96	0	976	30	13	18	36	1.90
10051162--10051195	12	2.8	13	86	13	54	26	2	5	64	1.30
10053030--10053066	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
10056513--10056918	29	14.0	29	78	9	266	35	2	25	35	1.71
10056513--10057008	58	8.5	59	76	11	330	36	3	25	35	1.72
10056513--10057008	29	17.0	28	74	13	244	36	3	25	35	1.72
10064240--10064303	28	2.2	28	83	5	83	56	4	7	31	1.49
10071957--10072044	23	3.8	23	84	4	106	39	17	12	30	1.86
10071975--10072055	12	6.7	12	72	11	58	41	13	13	30	1.83
10075938--10076027	45	2.0	45	91	0	144	18	10	23	47	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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