genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  85  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28151343--28151838	49	10.2	49	70	5	155	19	22	16	41	1.90
28151340--28151516	98	1.8	98	83	2	239	19	19	17	44	1.88
28151309--28151541	98	2.4	96	78	5	236	18	19	18	42	1.89
28151382--28151710	147	2.2	145	77	6	340	20	21	16	41	1.90
28151484--28151926	49	9.1	49	74	7	305	21	23	15	39	1.91
28160552--28160632	28	2.9	29	77	15	82	56	3	3	35	1.35
28161359--28161420	23	2.7	24	78	14	67	48	22	3	25	1.66
28164240--28164302	22	2.9	22	76	2	74	31	12	22	33	1.91
28164224--28164403	91	2.0	91	87	7	260	38	12	18	30	1.87
28173658--28173887	59	3.9	59	79	9	236	33	1	26	38	1.67
28173658--28173887	29	7.8	29	79	4	219	33	1	26	38	1.67
28175825--28175896	6	12.0	6	70	21	53	54	1	1	43	1.17
28175811--28175871	17	3.5	17	88	6	79	57	6	0	36	1.25
28182927--28182990	28	2.2	29	91	2	103	50	0	0	50	1.00
28183282--28183325	22	2.0	22	90	0	70	43	15	11	29	1.82
28185472--28185508	9	4.1	9	89	0	56	32	13	8	45	1.73
28187968--28188282	30	10.5	30	78	8	295	36	1	21	40	1.63
28187986--28188280	60	4.9	59	81	5	333	36	1	21	40	1.63
28187964--28188282	90	3.6	88	81	7	365	36	1	22	40	1.64
28189979--28190074	6	16.2	6	72	19	51	57	5	0	37	1.21
28190007--28190075	17	4.2	16	83	10	86	60	4	0	34	1.16
28189989--28190031	21	2.0	21	90	0	68	58	4	0	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189971--28190075	32	3.2	31	79	14	104	57	6	0	36	1.25
28189989--28190045	17	3.0	20	75	17	66	59	5	0	35	1.20
28190584--28190752	86	2.0	86	80	4	189	24	23	16	34	1.95
28190455--28191038	210	2.8	209	90	1	918	21	22	19	36	1.95
28191988--28192076	45	2.0	46	82	6	110	20	23	13	42	1.87
28194841--28194907	11	6.0	11	78	15	59	40	0	4	55	1.20
28194838--28194906	17	4.1	17	81	10	63	43	0	4	52	1.21
28194839--28194890	5	9.6	5	78	15	50	42	0	3	53	1.19
28194841--28194907	28	2.4	28	82	9	84	40	0	4	55	1.20
28196830--28197083	29	8.8	29	77	10	209	38	25	1	34	1.66
28196830--28197086	58	4.4	59	83	8	253	38	24	1	34	1.65
28196830--28197086	87	2.9	85	82	8	277	38	24	1	34	1.65
28197160--28197229	28	2.5	28	88	9	99	35	27	5	31	1.80
28209341--28209431	17	5.0	17	78	15	92	58	3	1	37	1.22
28209320--28209396	6	13.2	6	81	9	88	55	1	1	41	1.16
28209320--28209396	23	3.3	23	89	5	102	55	1	1	41	1.16
28209320--28209413	23	4.3	23	76	16	92	55	4	1	39	1.27
28209288--28209430	40	3.6	40	87	1	198	55	4	1	38	1.30
28214834--28215055	30	7.4	29	82	6	230	33	7	23	35	1.83
28214862--28215077	60	3.6	59	81	5	218	35	6	24	34	1.81
28214831--28215078	60	4.1	58	79	10	205	35	6	23	34	1.82
28214885--28215078	90	2.2	90	81	9	227	36	6	23	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28214914--28215087	30	5.8	30	84	8	97	37	5	22	33	1.78
28216785--28216823	15	2.7	14	80	7	51	41	0	0	58	0.98
28217560--28217636	39	2.0	39	92	5	129	48	1	0	50	1.09
28218126--28219375	46	27.4	46	73	11	904	26	16	24	32	1.96
28218259--28219328	88	11.8	88	74	13	486	26	16	24	32	1.96
28218224--28219370	137	8.4	138	74	13	672	26	17	24	32	1.96
28218128--28219252	228	5.0	229	91	2	1666	26	17	24	32	1.97
28219434--28219768	96	3.5	95	88	4	478	21	21	20	36	1.95
28220755--28220793	18	2.2	18	86	9	53	2	28	0	69	1.02
28220764--28220788	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
28221717--28221777	8	7.6	8	78	7	61	1	18	0	80	0.80
28221719--28221749	4	7.8	4	92	0	53	0	19	0	80	0.71
28225612--28225657	12	3.8	12	79	0	56	15	21	19	43	1.87
28227898--28228036	30	4.7	30	78	9	112	38	10	20	31	1.85
28227927--28228043	30	3.9	30	77	12	123	38	10	20	30	1.86
28228752--28228777	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28229925--28229990	30	2.2	30	83	0	78	53	6	1	39	1.35
28231409--28231467	21	2.9	21	77	10	59	64	8	0	27	1.22
28231450--28231501	24	2.2	24	89	0	77	57	9	5	26	1.53
28232736--28232776	22	1.9	21	85	5	55	7	29	0	63	1.21
28234723--28234760	15	2.5	15	100	0	76	26	15	21	36	1.93
28238557--28238588	15	2.1	16	94	5	57	40	21	6	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28251357--28252130	49	15.8	49	74	4	567	33	16	31	18	1.93
28251370--28252128	147	5.2	147	81	0	784	33	16	31	18	1.93
28251388--28252119	295	2.5	293	84	1	946	33	16	31	18	1.93
28252372--28252577	77	2.7	78	86	3	272	27	29	15	27	1.96
28252566--28252732	78	2.1	78	81	4	185	24	31	17	25	1.97
28252450--28252696	117	2.1	116	81	2	280	25	30	17	26	1.97
28252450--28252787	39	8.7	39	71	4	146	26	31	17	24	1.97
28252834--28253809	204	4.8	204	87	3	1403	38	18	21	22	1.94
28255325--28255519	29	6.6	29	73	11	112	35	24	4	36	1.74
28255324--28255519	59	3.4	57	73	11	157	35	24	4	36	1.75
28255327--28255598	30	9.2	30	75	9	152	36	24	4	34	1.77
28255487--28255598	60	1.9	59	88	5	172	35	24	5	34	1.78
28255603--28255690	29	3.1	28	83	4	106	35	30	1	32	1.65
28255811--28255869	14	4.0	15	78	10	68	22	8	5	64	1.41
28255811--28255869	30	2.0	28	83	6	73	22	8	5	64	1.41
28256528--28256552	12	2.1	12	100	0	50	16	20	0	64	1.30
28256870--28256912	19	2.2	20	88	12	63	69	0	6	23	1.12
28259949--28259998	22	2.3	21	89	6	73	36	0	2	62	1.07
28263301--28266833	264	13.6	263	84	6	4565	36	13	15	35	1.86
28263763--28267588	498	7.5	500	90	4	5543	35	13	15	35	1.87
28266845--28267331	263	1.9	263	93	1	843	35	12	16	35	1.86
28267108--28267560	234	1.9	235	93	1	784	35	13	15	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28267753--28267850	28	3.3	29	73	16	85	39	13	12	34	1.82
28267743--28267836	28	3.2	28	72	16	75	37	13	14	34	1.86
28269434--28269504	36	1.9	37	88	8	110	26	32	16	23	1.96
28272637--28272674	17	2.2	17	95	0	67	21	15	13	50	1.78
28273787--28273839	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
28286771--28287111	39	8.7	39	81	5	309	38	19	17	24	1.93
28288225--28288497	136	2.0	136	100	0	546	40	16	19	24	1.90
28296105--28296455	178	2.0	178	89	3	546	44	14	18	21	1.86
28307392--28307439	24	2.0	24	100	0	96	29	25	12	33	1.92
28312052--28312112	24	2.6	23	78	14	63	50	3	0	45	1.17
28316448--28316493	24	1.9	24	86	0	65	67	0	2	30	1.03
28316634--28316675	17	2.4	18	84	11	61	38	0	7	54	1.28
28317477--28317522	16	2.8	16	83	9	58	54	0	2	43	1.12
28318678--28318947	29	9.4	28	73	15	176	33	27	3	36	1.73
28318678--28318888	58	3.7	56	80	9	212	33	27	3	36	1.73
28318765--28318971	86	2.4	86	95	1	360	33	26	1	38	1.67
28330633--28331084	201	2.3	200	86	2	613	36	21	23	19	1.95
28331419--28331461	17	2.5	18	81	11	54	41	0	6	51	1.29
28331432--28331495	17	3.8	17	72	10	51	48	1	3	46	1.27
28333459--28333646	29	6.6	28	68	12	87	35	25	2	37	1.70
28333476--28333646	57	3.0	57	75	12	163	33	26	2	36	1.70
28333488--28333646	29	5.5	28	75	12	126	33	25	1	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28333467--28333636	86	2.0	87	82	10	215	34	25	2	37	1.71
28333499--28333733	59	4.1	58	80	12	218	33	26	2	37	1.70
28333512--28333733	29	7.7	28	66	18	98	33	26	2	37	1.71
28339393--28339444	26	2.0	26	92	0	86	26	19	23	30	1.98
28339554--28339624	37	1.9	37	88	0	106	23	19	28	28	1.99
28339553--28339632	37	2.2	36	82	6	97	25	20	28	26	1.99
28342025--28342157	43	3.1	43	86	2	178	21	20	31	27	1.98
28350620--28350668	24	2.1	24	85	11	66	30	4	4	61	1.33
28352561--28352788	39	5.8	39	74	10	164	37	19	17	24	1.94
28352564--28352788	78	2.9	78	76	6	197	37	20	18	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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