genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  91  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29685614--29685640	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
29685713--29685770	28	2.2	26	88	11	84	43	31	8	17	1.79
29686278--29686654	59	6.4	59	85	5	519	31	28	3	35	1.76
29686281--29686654	179	2.1	176	90	2	588	31	28	4	35	1.76
29686758--29686803	15	3.0	16	75	12	51	23	13	6	56	1.60
29691112--29691156	22	2.0	22	83	8	56	64	15	8	11	1.49
29692382--29692446	26	2.5	26	92	2	114	32	27	3	36	1.72
29696730--29696800	26	2.8	26	91	2	108	32	26	4	36	1.76
29701643--29701682	21	1.9	21	89	0	62	35	15	0	50	1.44
29707218--29707263	25	1.9	23	86	8	65	34	4	6	54	1.46
29715485--29715876	51	7.6	51	87	4	504	34	14	21	29	1.93
29722860--29723070	52	4.2	51	77	15	208	32	15	21	30	1.94
29722908--29722994	43	2.0	44	91	6	142	29	17	22	29	1.97
29723552--29723608	19	3.4	19	64	31	56	24	5	21	49	1.70
29723545--29723607	31	2.1	30	93	3	108	25	6	19	49	1.71
29726539--29726580	21	2.0	22	85	4	59	33	16	23	26	1.96
29730931--29731146	57	3.7	57	77	6	204	36	2	21	38	1.68
29730938--29731214	60	4.7	60	78	8	191	36	3	22	37	1.72
29730907--29731234	29	11.2	29	76	8	179	36	4	21	37	1.75
29731040--29731234	60	3.3	59	80	9	200	37	5	21	35	1.76
29732313--29732343	14	2.1	15	94	5	55	48	6	0	45	1.28
29733140--29733204	6	11.0	6	74	21	57	50	1	3	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29733140--29733215	17	4.4	17	80	11	82	51	2	2	43	1.29
29733197--29733226	11	2.7	11	94	0	51	56	10	0	33	1.32
29733596--29734155	205	2.8	199	86	2	744	21	22	21	35	1.96
29736135--29736160	9	2.9	9	100	0	52	11	23	30	34	1.90
29746353--29746513	29	5.4	29	80	10	157	36	4	22	36	1.75
29746353--29746553	30	6.7	29	80	8	190	35	3	23	36	1.74
29746353--29746553	59	3.4	59	79	7	219	35	3	23	36	1.74
29746370--29746621	29	8.3	31	74	15	133	38	5	23	33	1.77
29746470--29746647	93	1.9	94	85	7	247	39	4	19	35	1.72
29746950--29746983	17	2.1	16	88	5	50	61	5	11	20	1.50
29747760--29747790	14	2.1	15	94	5	55	48	6	0	45	1.28
29747754--29747802	19	2.7	18	73	26	50	40	4	2	53	1.32
29748595--29748649	6	9.0	6	75	18	51	50	1	3	43	1.30
29748597--29748649	20	2.9	17	84	13	70	52	1	3	41	1.30
29750304--29750440	71	1.9	71	96	0	256	48	16	3	31	1.63
29751454--29751478	12	2.1	12	100	0	50	28	24	0	48	1.52
29752007--29752078	23	3.1	23	97	0	135	47	12	4	36	1.61
29757047--29757120	29	2.5	30	89	8	107	24	13	13	48	1.78
29757246--29757288	14	3.1	14	81	12	54	51	0	0	48	1.00
29764290--29764353	31	2.1	31	97	2	121	9	12	3	75	1.16
29766164--29766197	18	1.9	17	94	5	59	61	5	2	29	1.34
29767511--29767554	22	2.0	23	86	4	63	56	2	6	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29769474--29769527	22	2.3	23	84	6	65	50	7	0	42	1.30
29770754--29770814	21	2.9	21	80	0	68	40	19	4	34	1.73
29772701--29772741	21	2.0	20	86	9	57	14	4	2	78	1.03
29788622--29788784	87	1.9	86	88	3	247	35	22	14	28	1.93
29796825--29796992	87	1.9	86	85	3	230	33	20	15	29	1.94
29797398--29797447	21	2.3	22	79	6	57	28	22	2	48	1.62
29798111--29798152	18	2.3	19	83	4	50	23	26	21	28	1.99
29805815--29806015	104	1.9	105	83	7	257	30	11	25	31	1.92
29806583--29806613	13	2.5	13	94	5	55	29	0	12	58	1.35
29812789--29813040	117	2.2	115	87	1	351	36	26	9	27	1.87
29812777--29813040	116	2.3	115	86	2	357	35	27	9	27	1.87
29813527--29813625	36	2.7	35	86	6	126	22	27	13	37	1.91
29815373--29815414	21	2.0	21	85	0	57	9	16	7	66	1.42
29819180--29819218	20	2.1	19	90	9	62	28	5	23	43	1.75
29821952--29821990	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
29824621--29824657	16	2.3	16	95	0	65	45	16	29	8	1.76
29825224--29825344	62	2.0	62	98	0	233	23	14	16	44	1.85
29844879--29844926	9	5.0	9	80	12	51	54	2	4	39	1.32
29844863--29844924	20	3.2	19	76	21	58	54	1	4	38	1.31
29846303--29846331	15	1.9	15	100	0	58	48	34	3	13	1.60
29846532--29846584	21	2.5	21	87	0	79	0	45	20	33	1.52
29846574--29846727	66	2.3	66	87	0	227	14	25	17	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29851760--29851840	26	3.1	26	69	13	85	44	6	0	49	1.27
29854422--29854487	21	3.1	21	68	23	57	30	4	54	10	1.54
29854403--29854534	42	3.0	42	85	4	165	30	9	48	12	1.71
29854409--29854549	42	3.3	43	82	7	153	27	9	48	13	1.74
29854689--29855133	41	10.9	41	79	5	427	21	27	25	25	1.99
29854689--29855192	82	6.2	82	79	7	404	22	27	25	24	2.00
29854689--29855133	122	3.6	123	83	5	508	21	27	25	25	1.99
29854670--29855151	204	2.4	206	80	5	559	22	27	25	24	2.00
29854812--29855231	163	2.6	163	81	6	433	20	27	25	25	1.99
29854670--29855231	204	2.8	204	78	6	518	22	27	25	25	2.00
29861048--29861104	17	3.4	16	77	20	55	56	7	8	28	1.56
29861061--29861136	17	4.4	17	79	12	75	53	9	6	30	1.58
29870164--29870207	18	2.4	19	81	11	56	18	22	2	56	1.52
29871217--29871255	3	13.7	3	89	10	64	66	0	0	33	0.92
29871222--29871284	18	3.4	18	77	4	54	58	0	0	41	0.98
29871370--29871402	13	2.5	13	85	14	50	81	0	0	18	0.68
29872845--29872888	23	1.9	23	85	0	61	59	4	4	31	1.38
29873400--29873996	102	5.9	102	82	5	715	28	19	17	35	1.94
29873400--29873993	204	2.9	202	87	4	820	27	19	17	35	1.94
29874828--29874882	17	3.3	16	82	12	67	1	16	0	81	0.77
29874830--29874882	5	10.8	5	86	8	65	1	16	0	81	0.79
29881273--29881349	17	4.4	17	73	19	52	59	6	5	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29881470--29881512	17	2.6	17	82	7	54	76	0	2	20	0.89
29887644--29887719	3	26.0	3	78	2	66	2	0	21	76	0.91
29887645--29887721	9	9.1	9	76	21	78	2	0	19	77	0.88
29887644--29887721	12	6.7	12	78	8	81	2	0	20	76	0.90
29887644--29887707	18	3.2	20	84	15	87	1	0	21	76	0.87
29889550--29889589	19	2.1	19	86	9	55	17	2	45	35	1.62
29892945--29893033	37	2.4	38	92	1	144	20	14	35	29	1.92
29893936--29893999	26	2.4	26	94	2	110	46	12	7	32	1.70
29906816--29906926	28	4.0	28	75	9	111	31	18	17	33	1.93
29906879--29906938	28	2.1	28	87	6	86	35	21	13	30	1.92
29909280--29909327	22	2.1	23	85	11	64	8	16	4	70	1.27
29909280--29909327	23	2.1	22	82	17	55	8	16	4	70	1.27
29918842--29918885	22	2.0	21	82	4	52	38	2	2	56	1.24
29918832--29918895	32	2.0	32	81	6	76	40	3	1	54	1.25
29919228--29919264	5	7.8	5	88	11	60	40	0	0	59	0.97
29919222--29919264	15	3.1	13	84	15	59	39	0	0	60	0.97
29926224--29926576	28	12.6	29	75	8	270	43	3	18	33	1.69
29926224--29926579	57	6.3	57	76	9	198	42	3	18	34	1.69
29927480--29927671	37	5.2	37	82	2	197	37	31	17	13	1.89
29927480--29927672	74	2.6	74	83	2	235	37	31	17	13	1.89
29928637--29928672	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
29928637--29928669	17	1.9	17	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29945143--29945266	23	5.3	22	72	20	83	39	19	2	38	1.65
29945089--29945390	59	5.1	59	81	15	392	39	19	3	38	1.68
29945177--29945395	10	21.2	10	67	20	73	39	18	2	39	1.65
29945118--29945324	69	3.1	67	87	10	279	38	19	3	38	1.68
29945188--29945390	58	3.6	59	78	14	259	38	18	2	39	1.66
29945166--29945282	35	3.4	35	71	19	118	39	19	2	38	1.66
29945270--29945354	23	3.6	22	73	16	80	40	18	2	38	1.64
29945257--29945380	49	2.6	49	88	2	180	38	18	3	39	1.67
29945787--29945891	35	2.9	36	90	1	158	32	21	11	34	1.89
29952192--29952216	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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