genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  78  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25717062--25717086	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
25731532--25731673	27	5.3	27	82	0	140	26	14	21	38	1.92
25734267--25734353	26	3.3	26	75	9	88	27	19	22	29	1.98
25734253--25734352	52	1.9	52	83	4	130	28	21	22	29	1.99
25741935--25742070	37	3.7	36	87	2	191	38	27	19	13	1.90
25741930--25742070	74	1.9	74	91	2	230	38	28	19	13	1.90
25755515--25755569	28	2.0	28	92	0	92	32	29	7	30	1.84
25759511--25759549	18	2.2	18	90	0	60	25	20	25	28	1.99
25759526--25759574	18	2.7	18	81	6	55	30	20	24	24	1.98
25760794--25760824	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
25761611--25761663	26	2.0	26	96	0	97	28	24	22	24	2.00
25761654--25761740	38	2.3	38	82	5	106	27	16	25	31	1.96
25765653--25765757	38	2.8	38	76	9	99	29	11	24	34	1.91
25770212--25770261	22	2.3	22	82	6	57	50	2	10	38	1.48
25782694--25782902	91	2.3	92	85	6	277	42	16	7	33	1.77
25782714--25782928	91	2.4	91	82	7	251	39	16	8	35	1.80
25783103--25783182	24	3.6	21	77	12	63	66	0	7	26	1.18
25783125--25783163	11	3.5	11	79	6	51	69	0	7	23	1.14
25783104--25783172	12	6.1	12	71	10	56	68	0	7	24	1.15
25783128--25783172	24	1.9	24	90	4	74	66	0	6	26	1.16
25783113--25783174	23	2.8	23	79	13	76	67	0	6	25	1.14
25783219--25783270	19	2.8	18	80	13	70	65	1	3	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25783510--25783555	19	2.4	20	82	10	60	63	2	2	32	1.19
25783529--25783587	32	1.9	31	89	6	93	61	0	1	37	1.07
25783529--25783587	31	1.9	30	82	3	73	61	0	1	37	1.07
25783582--25783652	21	3.2	21	82	11	81	66	0	7	26	1.17
25783592--25783652	22	2.7	23	78	21	74	67	0	6	26	1.15
25783699--25783755	25	2.3	24	82	11	71	68	1	0	29	1.00
25787265--25787304	19	2.1	19	85	0	53	25	5	20	50	1.68
25791895--25791940	20	2.2	21	96	3	85	60	0	15	23	1.34
25800747--25800792	24	1.9	25	86	8	69	56	6	4	32	1.45
25801860--25801894	9	3.8	9	96	3	61	17	11	0	71	1.14
25801859--25801893	10	3.6	10	92	7	63	17	8	0	74	1.06
25801829--25801899	19	3.7	19	79	3	72	12	12	0	74	1.07
25801830--25801893	20	3.2	20	84	6	69	12	12	0	75	1.06
25802471--25802584	57	2.0	57	98	0	219	42	10	14	31	1.80
25802866--25802932	5	12.4	5	80	17	57	77	1	4	16	1.00
25802866--25802932	12	5.6	11	78	18	64	77	1	4	16	1.00
25802866--25802932	6	11.2	6	77	16	50	77	1	4	16	1.00
25802866--25802916	17	2.7	19	85	11	61	78	1	3	15	0.99
25804958--25805011	19	2.6	21	78	18	60	77	1	3	16	1.00
25804980--25805085	46	2.3	48	75	9	112	69	4	9	16	1.31
25809004--25809044	20	2.0	20	95	0	73	31	12	19	36	1.89
25814853--25814892	9	4.3	9	81	6	53	22	0	2	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25816462--25816501	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
25824811--25824905	24	4.0	24	91	0	145	54	10	11	23	1.67
25826818--25826900	24	3.5	24	86	0	94	48	12	14	25	1.78
25826830--25826904	24	3.1	24	92	0	123	54	10	12	22	1.67
25834375--25834406	6	5.3	6	96	0	55	0	46	0	53	1.00
25835550--25835663	20	5.8	20	69	16	76	21	18	8	51	1.72
25835636--25835685	21	2.4	21	80	3	57	26	12	2	60	1.43
25835718--25835770	18	3.0	17	78	8	61	15	20	9	54	1.68
25835697--25835734	20	1.9	20	88	0	58	15	15	10	57	1.64
25835809--25835857	25	2.0	25	88	8	73	18	14	4	63	1.46
25835834--25836182	20	17.9	20	68	12	120	20	16	7	54	1.67
25836322--25836391	20	3.5	20	75	14	81	22	17	4	55	1.59
25836587--25836621	17	2.1	17	100	0	70	22	5	31	40	1.78
25848746--25848919	90	1.9	90	84	0	231	28	20	25	25	1.99
25849601--25849735	62	2.2	62	94	2	236	27	24	20	28	1.99
25850582--25850824	28	8.8	28	81	4	203	18	27	16	37	1.92
25850672--25850924	52	4.8	52	80	4	274	19	28	15	37	1.92
25850672--25850876	108	1.9	108	85	2	286	19	28	14	37	1.91
25850669--25850938	80	3.4	80	72	13	241	19	27	15	37	1.92
25853733--25853779	20	2.6	18	81	15	60	21	8	2	68	1.27
25863629--25863796	41	4.0	41	85	1	210	35	13	26	25	1.92
25863660--25863833	84	2.1	82	80	4	188	35	12	25	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25866954--25867001	21	2.2	22	81	3	62	56	4	18	20	1.58
25866954--25867005	22	2.3	23	80	9	63	55	3	17	23	1.58
25869291--25869344	20	2.7	20	83	13	74	53	5	20	20	1.65
25873042--25873086	20	2.2	20	80	0	54	33	6	13	46	1.69
25873656--25873694	20	2.0	20	89	0	60	33	15	15	35	1.89
25874598--25874649	13	4.1	13	72	5	52	36	9	21	32	1.86
25893081--25893268	51	3.8	51	80	5	197	38	18	15	26	1.91
25900426--25900468	13	3.5	12	78	15	52	39	9	0	51	1.34
25900707--25900736	14	2.1	14	100	0	60	20	33	6	40	1.78
25907837--25907862	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
25912898--25912955	26	2.2	26	78	0	62	29	25	15	29	1.96
25921650--25922026	187	2.0	187	100	0	754	25	18	22	33	1.97
25927485--25927517	12	2.5	13	90	9	50	45	3	0	51	1.16
25927754--25927778	13	1.9	13	100	0	50	32	44	16	8	1.76
25928118--25928164	18	2.8	17	81	9	60	36	2	0	61	1.08
25928118--25928167	16	3.0	16	78	16	57	36	2	0	62	1.07
25931868--25931893	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
25931942--25931979	17	2.2	18	85	4	51	23	7	7	60	1.51
25932458--25932486	14	2.1	14	100	0	58	20	13	6	58	1.58
25937743--25937901	37	4.3	37	81	6	162	27	30	16	25	1.97
25937966--25938023	26	2.3	26	88	8	84	32	17	22	27	1.96
25937955--25938102	64	2.3	64	96	2	271	32	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25938030--25938087	26	2.3	26	88	8	84	32	17	22	27	1.96
25938884--25938914	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
25942374--25942547	37	4.7	37	75	4	136	30	28	16	24	1.97
25942374--25942541	74	2.2	75	84	2	203	30	27	16	24	1.97
25942522--25942598	38	2.0	38	87	5	111	32	24	11	31	1.91
25964391--25964420	16	1.9	16	93	6	53	70	0	30	0	0.88
25982409--25982441	12	2.6	13	85	4	50	15	3	12	69	1.30
25997165--25997203	19	2.0	20	90	5	62	35	5	17	41	1.72
26000352--26000414	26	2.4	27	73	7	67	28	17	22	31	1.96
26000655--26000779	51	2.5	51	87	0	187	38	16	16	28	1.90
26000648--26000803	51	3.1	50	81	5	161	39	16	17	26	1.90
26005947--26005997	17	2.9	17	85	8	59	21	37	17	23	1.94
26005965--26006005	18	2.3	18	91	4	66	19	36	21	21	1.95
26011282--26011361	39	2.1	39	100	0	160	22	7	21	48	1.74
26016443--26016473	14	2.1	15	94	5	55	12	6	3	77	1.08
26019658--26019774	46	2.5	46	80	5	121	22	12	14	50	1.76
26035212--26035252	3	13.7	3	84	0	55	65	0	34	0	0.93
26036304--26036340	9	4.1	9	89	0	56	83	0	16	0	0.64
26038649--26038765	36	3.3	34	80	5	144	22	27	15	35	1.94
26046189--26046232	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
26063680--26063796	47	2.5	47	81	4	155	20	18	26	34	1.96
26064745--26064790	17	2.8	17	80	12	60	52	6	15	26	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26070903--26070965	27	2.3	27	86	0	72	52	9	12	25	1.69
26071978--26072006	11	2.5	12	94	5	51	55	31	6	6	1.53
26072058--26072095	20	1.9	19	89	5	58	73	15	2	7	1.17
26073846--26073909	33	1.9	33	96	0	119	48	26	6	18	1.72
26074087--26074123	17	2.2	17	95	0	65	51	16	2	29	1.58
26074402--26074493	48	1.9	47	88	2	139	56	19	5	18	1.60
26074402--26074526	47	2.6	47	86	3	153	54	17	5	22	1.64
26079365--26079400	18	2.0	18	88	0	54	0	33	0	66	0.92
26084051--26084109	18	3.0	21	65	23	54	28	18	15	37	1.91
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