genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  87  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28635662--28635706	23	2.0	23	82	8	56	64	4	20	11	1.42
28637550--28637576	13	2.1	13	100	0	54	33	7	14	44	1.73
28644180--28644259	22	3.7	21	76	14	65	32	0	21	46	1.52
28646473--28646712	52	4.6	52	82	2	259	27	13	21	37	1.91
28653765--28654003	52	4.6	52	88	4	347	26	13	24	35	1.93
28689423--28689469	19	2.5	19	89	0	67	19	8	8	63	1.48
28689440--28689486	19	2.4	19	85	3	58	19	6	14	59	1.56
28707636--28707668	16	2.1	16	88	5	50	30	9	18	42	1.81
28708520--28708552	16	2.1	16	94	0	57	54	3	18	24	1.57
28708964--28708999	18	2.1	16	90	10	54	52	0	16	30	1.44
28709540--28709684	52	2.8	52	98	0	281	24	13	26	35	1.93
28709652--28709716	32	2.0	32	96	0	121	24	16	21	36	1.94
28709600--28709768	84	2.0	84	94	0	293	26	15	23	35	1.94
28709684--28709859	52	3.4	52	91	0	289	26	15	23	35	1.94
28709548--28709820	136	2.0	136	92	0	456	26	15	23	35	1.94
28709811--28709940	62	2.1	63	84	4	165	31	16	21	30	1.95
28714334--28714369	18	2.1	16	90	10	54	52	0	16	30	1.44
28714908--28715095	52	3.6	52	94	0	313	27	14	23	35	1.93
28730497--28730542	23	2.0	23	83	8	58	39	21	13	26	1.90
28749670--28749714	12	3.8	12	81	0	54	60	13	26	0	1.34
28749670--28749708	15	2.6	15	83	0	60	58	15	25	0	1.37
28772534--28772569	13	2.7	13	86	4	54	47	8	0	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28773687--28773724	19	2.0	19	89	0	58	36	5	15	42	1.70
28777896--28777920	10	2.5	10	100	0	50	8	28	20	44	1.79
28786639--28786682	22	2.0	21	83	12	54	45	6	15	31	1.73
28791233--28791277	22	2.1	22	87	4	65	44	11	15	28	1.81
28804420--28804463	17	2.6	18	85	10	65	22	20	25	31	1.98
28829228--28829266	17	2.3	17	86	0	51	20	17	12	48	1.80
28830855--28830883	14	2.1	14	100	0	58	34	20	13	31	1.92
28834517--28834578	29	2.1	29	96	0	115	35	6	20	37	1.79
28835079--28835143	18	3.6	18	82	2	76	24	20	24	30	1.98
28835832--28835878	21	2.2	21	80	0	58	36	12	19	31	1.89
28838741--28838781	18	2.4	17	87	4	55	75	0	9	14	1.04
28856697--28856768	17	4.2	17	81	0	72	22	23	9	44	1.82
28856698--28856763	34	1.9	34	87	0	96	22	21	10	45	1.82
28860545--28860619	24	3.1	24	96	0	141	56	6	12	25	1.60
28862547--28862609	24	2.6	24	89	0	99	50	11	14	23	1.74
28871150--28871203	21	2.6	21	88	5	74	18	7	16	57	1.62
28876036--28876075	16	2.4	16	83	8	53	27	0	10	62	1.27
28881967--28881996	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
28882065--28882099	17	2.1	16	89	5	52	48	14	0	37	1.44
28894725--28894772	20	2.4	19	80	10	51	39	0	0	60	0.97
28897653--28897685	15	2.2	15	100	0	66	21	6	21	51	1.69
28898285--28898384	18	5.6	17	80	8	110	39	1	5	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898285--28898397	36	3.2	34	81	13	129	40	0	5	53	1.30
28898319--28898379	6	10.3	6	76	16	65	45	0	1	52	1.10
28898319--28898378	11	5.2	11	77	15	59	45	0	1	53	1.10
28899122--28899172	21	2.4	23	81	15	65	54	0	0	45	0.99
28899486--28899515	15	2.0	15	93	0	51	16	20	23	40	1.91
28900233--28900425	30	6.4	30	80	9	214	40	19	1	38	1.61
28900243--28900427	60	3.1	58	85	6	237	40	18	1	39	1.61
28900422--28900526	29	3.6	29	73	16	101	30	31	2	35	1.72
28900403--28900586	58	3.1	58	90	1	269	30	29	2	38	1.69
28900403--28900613	58	3.6	59	85	3	171	30	27	3	37	1.75
28900971--28901070	6	16.2	6	75	13	78	51	0	2	47	1.12
28900971--28901055	25	3.5	23	79	9	80	49	0	2	48	1.14
28900965--28901062	42	2.3	42	81	6	110	50	0	2	47	1.12
28900998--28901042	17	2.6	17	78	0	54	55	0	2	42	1.12
28901260--28901290	16	1.9	16	93	0	53	25	54	6	12	1.62
28901801--28901854	25	2.3	23	79	14	74	40	0	14	44	1.46
28902609--28902921	162	1.9	162	86	4	445	25	15	12	46	1.82
28903019--28903120	30	3.4	30	87	0	150	37	24	2	35	1.71
28903108--28903562	59	7.7	59	84	4	573	32	25	5	36	1.78
28903108--28903562	177	2.6	174	87	4	635	32	25	5	36	1.78
28903108--28903562	118	3.9	117	88	3	664	32	25	5	36	1.78
28903108--28903543	29	14.8	30	65	21	133	31	25	5	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28915054--28915079	9	2.9	9	100	0	52	92	7	0	0	0.39
28915906--28916431	201	2.6	200	91	2	836	37	20	22	20	1.95
28916787--28916843	18	3.2	17	80	7	69	38	0	5	56	1.22
28916787--28916843	12	4.9	11	76	6	51	38	0	5	56	1.22
28917587--28917638	22	2.4	22	82	17	65	53	0	0	46	1.00
28918714--28918893	30	6.1	29	79	8	161	37	23	1	37	1.65
28918724--28918890	60	2.8	59	85	8	209	37	23	1	37	1.66
28918785--28918999	29	7.5	28	75	13	134	33	26	2	38	1.69
28918844--28919034	57	3.3	58	80	7	219	30	28	3	37	1.73
28922243--28922297	15	3.7	15	76	16	60	52	0	0	47	1.00
28925099--28925259	43	3.7	42	81	4	187	27	29	18	24	1.98
28928719--28929019	41	7.4	41	72	10	197	19	22	20	37	1.94
28928833--28929032	41	4.9	41	80	5	226	19	27	20	33	1.96
28928795--28929032	82	2.9	81	79	9	250	19	24	20	35	1.95
28930778--28930868	29	3.2	29	71	23	93	20	12	3	63	1.42
28935216--28935328	34	3.3	34	78	2	120	37	30	13	19	1.90
28937675--28937737	29	2.2	29	100	0	126	19	19	17	44	1.87
28937675--28937757	29	2.9	29	88	0	85	16	20	19	43	1.88
28942905--28943826	494	1.9	492	94	1	1368	32	14	10	42	1.80
28947186--28947224	20	2.0	20	90	10	62	53	2	12	30	1.52
28948649--28948706	30	1.9	30	85	0	80	29	10	13	46	1.77
28955480--28955735	59	4.4	58	83	8	313	32	1	31	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28955476--28955735	118	2.2	117	88	4	382	32	2	31	34	1.71
28955452--28955733	29	9.7	29	68	21	137	32	2	31	34	1.71
28956823--28956848	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
28961809--28961872	30	2.1	31	83	11	80	42	3	21	32	1.69
28961804--28962049	29	8.4	29	73	10	110	36	4	23	35	1.75
28961928--28962036	29	3.7	29	84	6	132	34	0	24	39	1.62
28964385--28964490	39	2.7	39	86	2	133	23	23	33	19	1.97
28964424--28964850	78	5.4	78	78	6	380	24	19	30	25	1.98
28964478--28964756	39	7.2	39	69	17	134	24	17	32	25	1.97
28964439--28964942	155	3.1	156	78	8	448	24	19	31	24	1.98
28965063--28965177	43	2.8	42	83	9	148	29	19	29	21	1.97
28971795--28971852	29	2.0	29	96	0	107	20	25	13	39	1.90
28974537--28974611	29	2.6	29	76	2	78	38	5	22	33	1.77
28974675--28974780	29	3.6	29	76	13	99	29	2	27	40	1.70
28977341--28977542	30	6.8	30	73	8	164	38	22	6	31	1.81
28977347--28977527	88	2.1	88	84	2	229	41	21	7	29	1.79
28979325--28979386	21	3.0	21	92	2	99	48	9	24	17	1.77
28979628--28979664	14	2.6	14	100	0	74	24	10	13	51	1.73
28982829--28982889	12	5.2	12	70	7	54	80	3	14	1	0.92
28982796--28982888	16	5.5	16	75	17	73	78	3	16	2	0.98
28983737--28983976	49	4.9	49	73	11	145	38	15	24	21	1.92
28983776--28983976	98	2.1	98	81	7	230	38	15	24	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28984365--28984522	48	3.5	48	70	18	158	37	16	24	21	1.93
28984412--28984560	37	3.7	37	72	17	127	35	20	24	19	1.95
28984365--28984615	85	3.0	85	89	0	367	37	17	23	21	1.94
28984744--28984835	48	1.9	48	86	4	132	39	15	21	23	1.92
28984449--28984949	211	2.4	210	87	4	731	38	17	22	22	1.93
28986553--28986815	61	4.3	60	75	5	224	37	24	6	31	1.82
28986553--28986785	31	7.6	31	77	5	217	38	24	7	30	1.82
28986547--28986814	91	2.9	91	85	1	349	37	25	6	30	1.82
28988106--28988182	18	4.4	18	83	4	95	42	1	2	53	1.23
28988106--28988182	35	2.2	35	84	9	95	42	1	2	53	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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