genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  48  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14667372--14667408	20	1.9	18	89	10	56	0	18	0	81	0.70
14683067--14683269	41	4.9	41	83	7	223	25	26	10	37	1.88
14683043--14683269	82	2.8	82	83	5	253	25	26	10	37	1.88
14683044--14683269	41	5.5	40	82	6	161	25	26	10	37	1.89
14684065--14684112	22	2.2	21	77	3	51	35	16	0	47	1.47
14688969--14689031	27	2.3	27	97	0	117	25	22	9	42	1.83
14690171--14690399	41	5.5	41	84	2	233	25	25	10	38	1.88
14691199--14691246	22	2.2	21	77	3	51	35	14	0	50	1.44
14696228--14696266	18	2.2	18	90	0	60	25	41	5	28	1.77
14696567--14696655	28	3.1	28	63	20	67	39	4	8	47	1.55
14696524--14696748	59	3.8	59	91	2	373	35	4	7	52	1.51
14696548--14696782	116	2.1	113	81	8	271	36	5	8	49	1.57
14703682--14703728	15	3.1	16	72	12	53	10	29	8	51	1.66
14703682--14703734	15	3.5	15	76	0	52	9	32	7	50	1.62
14709169--14709212	22	2.0	22	100	0	88	22	22	4	50	1.67
14714369--14714414	21	2.2	21	81	14	51	28	26	2	43	1.66
14714430--14714466	12	2.9	13	88	8	58	35	0	0	64	0.94
14717156--14717210	27	2.0	27	89	0	83	49	12	18	20	1.79
14717922--14718065	41	3.5	41	69	16	118	27	20	15	36	1.94
14717878--14718065	82	2.3	82	84	1	234	26	20	17	35	1.95
14722033--14722058	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
14730019--14730052	18	1.9	17	93	0	50	41	11	14	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14730979--14731005	10	2.7	10	100	0	54	18	40	0	40	1.51
14732622--14732837	98	2.2	99	89	4	328	48	11	16	23	1.78
14733804--14733884	32	2.5	32	91	0	135	27	2	17	53	1.57
14735607--14735658	20	2.5	21	78	12	54	36	21	19	23	1.95
14737303--14737345	22	2.0	22	86	9	61	20	2	2	74	1.04
14738460--14738709	30	8.3	30	79	9	208	38	22	4	34	1.76
14738478--14738698	60	3.7	61	84	4	272	39	21	4	35	1.72
14738478--14738710	90	2.6	91	87	5	332	38	21	5	35	1.76
14746828--14746954	50	2.5	50	84	0	137	36	16	25	22	1.94
14746847--14746954	50	2.2	50	89	0	162	36	17	25	21	1.95
14747231--14747443	100	2.1	101	81	5	252	34	19	19	26	1.96
14747772--14747806	13	2.7	13	83	16	54	22	0	0	77	0.78
14747770--14747812	22	2.0	22	90	9	70	23	2	0	74	0.93
14747908--14747945	14	2.7	14	87	0	58	28	2	0	68	1.03
14747902--14747944	18	2.4	18	84	0	59	27	2	0	69	1.00
14748894--14749151	30	8.7	29	78	7	259	40	18	3	36	1.69
14748894--14749151	90	2.9	89	83	5	297	40	18	3	36	1.69
14749204--14749246	21	2.1	20	86	4	59	13	0	11	74	1.07
14751634--14751727	23	4.1	22	71	9	73	27	14	5	52	1.64
14751620--14751712	45	2.1	45	100	0	186	29	18	6	46	1.74
14763491--14763529	20	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
14763478--14763566	21	4.2	20	69	13	56	60	1	1	37	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14768475--14768505	16	1.9	16	93	0	53	12	19	22	45	1.84
14770149--14770210	11	5.5	11	75	3	61	53	27	6	12	1.63
14770248--14770311	24	2.6	25	82	2	76	68	14	3	14	1.32
14770244--14770311	25	2.8	24	74	14	68	66	13	2	17	1.37
14772097--14772159	33	1.9	33	83	6	83	52	26	1	19	1.55
14772451--14772529	31	2.5	32	70	24	78	53	15	6	25	1.65
14773019--14773065	21	2.3	21	85	3	60	29	25	19	25	1.98
14780150--14780192	12	3.7	12	81	6	52	32	4	0	62	1.15
14780149--14780192	23	1.9	23	85	0	61	31	4	0	63	1.14
14781986--14782022	19	1.9	19	88	0	56	24	5	2	67	1.25
14786246--14786385	70	2.0	70	98	0	271	24	17	21	36	1.95
14822909--14822934	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
14828254--14828288	12	2.8	12	86	4	52	5	22	8	62	1.45
14830722--14830771	5	10.2	5	75	12	50	20	4	0	76	0.95
14830724--14830762	13	2.8	14	88	7	53	15	5	0	79	0.90
14836469--14836595	55	2.3	56	82	5	152	23	18	22	35	1.96
14836465--14836595	28	4.8	28	83	4	151	23	19	21	35	1.95
14838104--14838132	14	2.1	14	100	0	58	41	6	20	31	1.79
14839202--14839242	12	3.3	12	86	6	64	48	14	7	29	1.71
14839503--14839554	18	2.8	18	88	2	59	59	1	1	36	1.19
14839511--14839554	18	2.4	18	92	0	70	59	2	0	38	1.10
14840846--14840875	14	2.1	14	93	0	51	70	3	6	20	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14845839--14845868	14	2.1	14	93	0	51	70	0	6	23	1.11
14845859--14845891	11	3.0	11	83	16	50	63	0	3	33	1.10
14847157--14847230	30	2.4	30	86	10	98	43	2	2	51	1.30
14847527--14847589	12	5.2	12	73	7	56	49	20	9	20	1.77
14849491--14849586	30	3.2	29	77	13	81	40	25	2	32	1.67
14849491--14849699	29	7.1	29	78	8	183	35	25	4	34	1.76
14849491--14849723	59	3.9	59	80	5	215	35	25	4	34	1.77
14849491--14849723	88	2.6	88	76	8	199	35	25	4	34	1.77
14849711--14849870	59	2.7	59	79	5	162	31	23	5	39	1.78
14849711--14850204	148	3.4	145	83	7	595	31	24	6	37	1.81
14849974--14850037	28	2.2	29	86	10	96	34	31	10	23	1.89
14855748--14855809	32	2.0	31	83	3	79	75	6	16	1	1.08
14857133--14857349	51	4.4	50	72	11	162	40	23	24	11	1.87
14857484--14858585	92	12.0	92	95	0	1947	33	16	18	31	1.93
14857593--14857834	40	5.5	40	65	24	121	31	16	19	32	1.94
14859185--14859322	6	23.3	6	71	16	101	42	2	0	55	1.12
14859185--14859301	36	3.3	36	95	3	202	41	1	0	56	1.09
14860078--14860167	3	28.7	3	75	12	65	58	1	0	40	1.05
14860079--14860163	13	7.1	12	77	11	61	57	1	0	41	1.06
14860103--14860168	13	4.8	13	76	10	69	60	0	0	39	0.97
14861329--14861530	29	6.8	29	78	8	158	34	24	5	35	1.79
14861364--14861545	88	2.1	89	85	5	244	34	24	5	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14861394--14861534	59	2.4	59	84	1	167	34	23	5	36	1.79
14861576--14861979	147	2.8	145	88	3	571	30	25	6	37	1.81
14861841--14862014	58	2.9	58	76	10	183	29	25	6	37	1.82
14861901--14861977	29	2.7	28	70	20	68	33	24	3	37	1.74
14862208--14862388	96	1.9	95	82	5	231	28	18	13	39	1.89
14863404--14863486	41	2.0	41	92	0	139	46	22	6	24	1.74
14866670--14866738	34	2.0	34	100	0	138	23	36	5	34	1.79
14870469--14870518	24	2.0	25	88	3	75	44	34	0	22	1.53
14870670--14870746	27	2.9	27	88	0	100	19	27	18	35	1.95
14870675--14870761	7	12.7	7	75	4	61	19	27	19	33	1.96
14870700--14870764	34	1.9	34	83	0	85	16	26	18	38	1.92
14871825--14871856	15	2.1	16	94	5	57	31	6	0	62	1.20
14873219--14873256	20	1.9	20	89	10	60	39	0	0	60	0.97
14874716--14874750	5	7.0	5	93	0	61	77	0	22	0	0.78
14881683--14881772	41	2.2	41	89	0	135	18	14	34	32	1.91
14881701--14881793	41	2.3	41	83	7	109	19	13	35	31	1.91
14881738--14881866	52	2.5	52	80	3	143	20	11	32	35	1.88
14882230--14882274	18	2.5	18	96	0	81	48	4	24	22	1.68
14882425--14882480	29	1.9	29	88	0	85	21	17	17	42	1.89
14882763--14882969	55	3.9	55	75	9	180	22	16	33	27	1.95
14882784--14882971	51	3.6	50	75	11	162	22	15	34	27	1.95
14882769--14882966	106	1.9	108	86	6	287	21	14	35	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14882970--14883148	94	1.9	93	80	7	211	18	13	35	32	1.90
14883061--14883181	52	2.3	53	78	13	142	19	12	36	32	1.89
14884497--14885130	315	2.0	315	95	0	1151	32	14	16	36	1.90
14886101--14886139	20	1.9	21	94	5	71	33	2	0	64	1.08
14913565--14913711	55	2.7	53	80	6	161	23	16	31	27	1.96
14913505--14913701	108	1.8	108	85	4	281	23	15	31	29	1.95
14913503--14913711	53	3.9	53	75	7	170	24	16	31	27	1.97
14913760--14913852	41	2.3	41	84	3	116	17	17	37	27	1.92
14913786--14913926	52	2.7	52	86	1	201	18	15	37	28	1.91
14914480--14914535	29	1.9	29	92	0	94	21	19	17	41	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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