Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  24  of  193  ( 23090 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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1
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1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
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0
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0
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2
53
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.14
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17
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0
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25
2
35
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8129789--8129949
60
2.7
60
86
1
218
36
22
1
39
1.65
8129908--8130042
58
2.3
58
85
11
170
37
28
2
31
1.70
8129878--8130155
59
4.7
59
79
8
239
35
25
4
34
1.76
8138266--8138290
9
2.8
9
100
0
50
24
20
0
56
1.43
8145479--8145509
16
2.0
16
93
6
55
0
25
0
74
0.82
8152462--8152489
13
2.2
13
100
0
56
50
14
7
28
1.69
8153578--8153622
16
2.9
16
96
3
83
17
17
4
60
1.53
8154005--8154034
12
2.6
11
90
10
51
53
36
0
10
1.35
8159313--8159356
22
2.0
22
82
8
54
43
11
4
40
1.61
8163492--8163529
12
3.5
11
82
10
51
0
18
0
81
0.69
8172725--8173340
41
15.0
41
80
6
572
30
19
18
31
1.96
8173346--8173629
29
9.6
30
71
17
186
33
3
28
34
1.74
8173336--8173596
59
4.4
57
82
5
306
34
3
29
33
1.73
8173347--8173596
118
2.1
118
92
0
419
34
2
29
34
1.72
8173338--8173629
59
5.0
57
81
9
302
33
3
28
34
1.75
8173339--8173628
118
2.5
118
83
6
390
32
3
28
34
1.75
8175620--8175708
6
15.0
6
75
18
80
52
0
3
43
1.17
8175635--8175710
17
4.8
16
82
11
84
55
0
3
40
1.18
8175623--8175708
37
2.3
38
85
6
120
54
0
3
41
1.17
8176021--8176451
38
11.4
37
66
22
202
32
17
15
33
1.92
8175996--8176717
76
9.5
76
90
0
1034
32
18
15
33
1.93
8176135--8176831
114
6.1
113
71
14
493
31
18
16
33
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8176704--8176847
76
1.9
76
92
0
243
33
18
16
31
1.93
8188986--8189356
29
12.6
28
71
14
198
36
1
28
33
1.66
8188979--8189381
59
6.9
59
85
7
509
35
1
28
33
1.68
8188981--8189424
29
15.1
29
68
18
188
34
2
28
34
1.70
8188981--8189381
118
3.4
117
88
5
560
35
1
28
33
1.68
8191406--8191494
6
15.0
6
76
18
89
51
0
3
44
1.18
8191427--8191477
11
4.8
11
76
9
52
52
0
5
41
1.25
8191418--8191494
37
2.0
38
82
9
95
53
0
3
42
1.19
8191406--8191494
17
5.4
16
81
14
101
51
0
3
44
1.18
8191890--8192676
76
10.4
76
88
1
1132
31
18
16
33
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193