genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  17  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5914632--5914874	60	4.1	59	75	13	155	38	21	3	37	1.70
5914669--5914910	59	4.1	57	73	14	163	36	23	3	35	1.73
5914712--5914910	29	6.8	29	75	7	152	36	25	3	34	1.73
5914713--5914916	59	3.5	59	76	9	186	35	26	4	33	1.77
5914974--5915055	28	2.9	28	80	10	85	32	28	8	30	1.87
5921663--5921957	51	5.8	51	71	8	219	39	22	25	13	1.90
5921653--5921971	101	3.2	101	87	0	442	42	21	24	12	1.87
5921663--5921960	50	5.9	51	71	9	180	39	22	25	13	1.90
5921971--5922200	93	2.5	92	92	0	379	34	16	17	32	1.92
5922489--5923001	205	2.5	205	88	1	731	35	18	23	23	1.96
5923342--5923397	11	5.0	11	82	8	60	37	0	3	58	1.15
5923343--5923415	17	4.3	17	85	0	101	42	0	2	54	1.14
5924184--5924235	15	3.6	15	76	10	54	53	5	5	34	1.49
5925419--5925542	31	4.1	29	75	11	97	38	22	2	36	1.68
5925419--5925790	30	12.7	30	74	13	242	38	23	2	35	1.67
5925519--5925559	21	2.0	21	90	4	66	41	26	0	31	1.56
5925538--5925790	29	8.5	30	79	10	252	38	24	1	34	1.67
5925538--5925790	59	4.3	59	83	6	289	38	24	1	34	1.67
5925591--5925916	118	2.8	116	79	9	295	35	22	3	37	1.73
5925538--5925819	59	4.8	59	77	11	222	37	25	2	34	1.71
5927208--5927248	21	2.0	21	95	0	73	26	2	19	51	1.59
5930437--5930496	26	2.4	25	75	8	59	68	3	8	20	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5930699--5930735	19	1.9	20	88	5	58	43	0	0	56	0.99
5931197--5931248	27	1.9	27	92	0	86	19	11	40	28	1.86
5931601--5931645	20	2.4	18	82	17	56	24	0	4	71	1.05
5931603--5931648	19	2.3	20	86	13	69	26	0	4	69	1.07
5934290--5934375	28	3.1	28	80	9	81	37	1	8	53	1.38
5934324--5934375	26	2.0	26	85	7	70	30	1	7	59	1.36
5934468--5934501	7	4.9	7	92	0	50	26	0	26	47	1.53
5934459--5934514	21	2.7	20	76	17	60	30	0	25	44	1.54
5936826--5936864	16	2.4	16	82	0	51	74	0	0	25	0.82
5938934--5938959	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5939190--5939235	19	2.5	19	82	10	51	26	4	2	67	1.21
5939551--5939593	17	2.5	16	88	11	59	34	2	0	62	1.08
5939559--5939600	19	2.2	19	87	8	59	35	0	0	64	0.94
5943937--5944057	18	6.6	18	79	4	116	29	17	23	28	1.97
5943954--5944081	19	6.8	19	81	3	152	31	15	25	28	1.96
5943934--5944081	37	4.0	37	89	0	206	31	15	24	29	1.96
5944728--5944803	21	3.6	21	84	7	84	25	14	27	32	1.94
5945431--5945463	17	1.9	17	93	0	57	30	3	3	63	1.24
5945425--5945517	30	3.0	30	73	12	80	34	2	3	60	1.25
5945501--5945552	18	2.9	17	77	8	59	38	0	3	57	1.17
5945890--5945937	24	2.0	24	88	4	71	43	8	0	47	1.33
5946011--5946072	21	3.0	21	76	9	56	54	1	1	41	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5946146--5946185	21	2.0	20	85	5	53	42	0	0	57	0.98
5948162--5948209	20	2.4	19	79	6	51	75	0	0	25	0.81
5948228--5948252	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
5950871--5950966	43	2.2	43	83	0	111	33	22	16	27	1.96
5956383--5956549	39	4.1	39	78	6	163	22	20	14	41	1.89
5956394--5956550	41	3.9	39	79	5	152	21	21	14	42	1.88
5956394--5956550	80	1.9	82	83	6	203	21	21	14	42	1.88
5968041--5968099	29	2.0	29	96	0	109	42	22	6	28	1.79
5969229--5969272	18	2.4	18	81	7	54	70	0	0	29	0.88
5969412--5969465	7	6.4	9	76	20	55	64	0	1	33	1.04
5969425--5969513	45	1.9	45	86	8	126	58	2	2	37	1.23
5969527--5969604	38	2.1	38	85	4	104	60	2	5	32	1.32
5969552--5969604	19	2.8	19	72	11	54	62	3	5	28	1.35
5973363--5973406	21	2.1	21	84	16	56	34	2	2	61	1.21
5973615--5973640	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
5978898--5978922	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
5979581--5979627	22	2.1	22	84	7	60	48	10	8	31	1.68
5994200--5994237	18	2.1	19	95	5	69	60	5	10	23	1.50
5994215--5994268	29	1.9	29	92	7	94	66	5	5	22	1.34
5996230--5996300	15	4.7	15	80	0	70	43	38	18	0	1.50
5996230--5996267	18	2.1	18	95	0	67	42	34	23	0	1.55
5996233--5996302	21	3.3	21	83	0	86	42	38	18	0	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5996242--5996300	6	10.3	6	78	10	61	44	38	16	0	1.48
6002942--6002969	6	4.7	6	100	0	56	50	14	0	35	1.43
6003237--6003266	8	3.8	8	95	0	51	63	0	6	30	1.20
6013212--6013277	31	2.0	34	82	8	84	43	1	4	50	1.32
6013440--6013480	16	2.5	17	76	15	50	56	0	0	43	0.99
6014278--6014326	21	2.3	21	78	0	53	32	16	6	44	1.72
6014444--6014505	29	2.1	29	93	0	106	45	17	4	32	1.70
6014452--6014509	29	2.0	29	100	0	116	41	20	6	31	1.79
6026935--6027007	6	12.2	6	86	5	94	30	1	68	0	0.98
6029524--6029562	19	2.0	20	85	10	53	10	2	7	79	1.02
6033285--6033360	36	2.2	32	80	14	89	47	3	11	36	1.59
6037317--6037411	44	2.1	45	86	5	131	52	5	5	36	1.47
6038325--6038393	32	2.2	32	84	5	86	56	5	4	33	1.43
6038513--6038553	19	2.0	21	86	9	59	39	7	4	48	1.52
6053374--6053411	1	38.0	1	100	0	76	0	0	100	0	0.00
6063474--6063531	17	3.5	17	74	6	57	46	0	3	50	1.18
6065167--6065225	30	2.0	28	84	15	75	33	5	0	61	1.18
6065911--6065977	31	2.2	31	100	0	134	28	20	13	37	1.91
6066304--6066569	55	4.6	56	75	9	241	27	20	17	34	1.95
6066291--6066570	115	2.4	116	84	7	367	30	20	16	33	1.94
6066571--6066821	60	4.2	59	79	8	258	33	16	20	29	1.95
6066574--6066839	118	2.2	118	83	8	310	33	17	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6067125--6067163	19	2.1	19	85	0	51	56	2	2	38	1.27
6069726--6069758	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
6072467--6072569	23	4.4	24	87	8	142	10	24	23	41	1.86
6087760--6087793	16	2.1	17	88	5	52	44	8	8	38	1.67
6088542--6088617	39	1.9	39	97	0	143	25	19	7	47	1.76
6097815--6097872	4	14.5	4	79	13	66	68	0	31	0	0.89
6097819--6097881	32	1.9	32	87	3	90	66	0	33	0	0.92
6099597--6099665	28	2.3	30	75	7	79	39	1	2	56	1.23
6104652--6104694	3	14.3	3	90	0	68	62	0	34	2	1.08
6105295--6105319	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6122620--6122685	34	2.0	33	82	8	80	43	6	7	42	1.57
6123818--6123902	30	2.8	30	83	0	89	32	17	17	31	1.94
6129373--6129416	23	1.9	23	90	0	70	63	0	4	31	1.14
6140784--6140844	29	2.1	29	84	6	79	42	13	6	37	1.70
6141479--6141567	31	3.0	30	72	4	81	33	10	13	42	1.78
6155140--6155169	15	2.0	15	93	0	51	23	0	3	73	0.98
6156420--6156452	8	4.1	8	92	0	57	39	0	0	60	0.97
6156636--6156686	21	2.4	21	86	0	75	27	3	13	54	1.56
6156975--6157007	8	4.1	8	92	0	57	39	0	0	60	0.97
6157191--6157241	21	2.4	21	86	0	75	27	3	13	54	1.56
6157347--6157379	15	2.1	16	88	5	50	39	30	12	18	1.87
6161310--6161358	18	3.0	17	75	22	59	48	2	0	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6164520--6164565	24	1.9	25	86	8	69	69	4	2	23	1.17
6166093--6166117	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
6166621--6166664	19	2.3	19	88	0	61	36	0	0	63	0.95
6166743--6167004	142	1.9	139	81	7	323	53	9	11	25	1.66
6176741--6176792	19	2.7	19	82	17	63	59	7	0	32	1.26
6177082--6177124	22	1.9	23	85	4	61	25	11	6	55	1.60
6178198--6178244	21	2.3	21	85	3	60	55	0	8	36	1.31
6192913--6192937	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
6196856--6196889	15	2.3	15	90	10	52	29	5	35	29	1.81
6197665--6197699	6	5.8	6	100	0	70	0	17	0	82	0.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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