genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  27  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8808512--8808540	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
8810739--8810778	15	2.7	14	78	14	53	70	0	2	27	1.01
8810963--8811018	16	3.2	16	77	22	67	26	0	1	71	0.96
8810930--8811018	40	2.3	37	88	9	126	26	0	4	68	1.08
8810935--8811011	21	3.8	21	75	17	90	27	0	5	67	1.12
8811087--8811125	16	2.4	16	86	0	51	66	2	0	30	1.05
8812816--8812869	22	2.5	22	96	0	99	27	14	18	38	1.90
8814907--8814950	15	2.9	14	81	15	52	40	2	0	56	1.11
8814907--8814952	16	2.9	16	87	9	60	39	4	0	56	1.19
8823271--8823917	104	6.2	104	85	0	810	28	20	16	35	1.94
8824728--8824769	19	2.3	19	87	4	59	26	0	4	69	1.08
8832648--8832706	17	3.5	16	74	19	57	16	35	3	44	1.65
8832640--8832706	34	2.0	34	90	0	107	16	34	4	44	1.68
8833171--8833234	33	1.9	34	87	3	94	25	9	21	43	1.82
8834330--8834370	9	4.3	9	87	9	55	43	2	0	53	1.13
8838110--8838175	34	1.9	34	87	0	96	18	28	3	50	1.62
8841170--8841239	2	35.0	2	100	0	140	50	0	50	0	1.00
8841911--8841953	18	2.4	18	88	7	61	51	2	0	46	1.13
8854877--8854904	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8857267--8857304	19	2.0	19	100	0	76	31	15	10	42	1.81
8862868--8863069	40	5.0	40	79	1	206	38	20	15	25	1.92
8866875--8866931	24	2.4	24	75	0	60	28	10	15	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8868055--8868127	31	2.3	32	81	11	80	63	9	4	23	1.42
8868072--8868151	31	2.6	31	78	9	83	65	7	5	22	1.38
8871531--8871676	58	2.5	58	82	11	183	46	2	1	50	1.21
8871760--8871864	46	2.5	44	82	13	114	37	25	5	31	1.80
8871771--8871864	44	2.1	44	86	7	127	37	26	5	30	1.79
8871846--8871917	16	4.5	16	89	0	117	26	29	5	38	1.79
8878054--8878113	30	2.0	30	93	0	102	50	3	20	26	1.64
8884067--8884130	32	2.0	33	84	3	85	43	17	1	37	1.58
8884208--8884233	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8884233--8884261	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8884559--8884649	29	3.1	29	82	0	101	24	16	7	51	1.70
8884577--8884671	29	3.3	28	77	4	109	24	18	8	48	1.76
8884579--8884691	57	2.0	58	91	1	183	23	18	9	47	1.78
8884577--8884686	29	3.9	28	75	3	103	23	18	9	49	1.76
8886550--8886618	24	2.9	24	95	0	120	27	11	7	53	1.63
8887617--8887684	27	2.4	27	95	4	118	47	2	22	27	1.66
8887617--8887765	29	5.3	28	80	7	140	50	8	17	24	1.73
8888157--8888219	33	1.9	33	83	0	81	38	0	15	46	1.47
8892803--8893238	59	7.4	59	86	4	585	34	3	28	33	1.74
8892803--8893238	30	14.8	30	64	21	176	34	3	28	33	1.74
8892810--8893238	117	3.6	117	86	3	594	34	3	28	33	1.73
8892803--8893238	176	2.5	177	87	2	619	34	3	28	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8894354--8894393	21	1.9	21	85	10	55	42	12	0	45	1.42
8895084--8895167	17	4.8	17	76	4	78	52	7	2	38	1.42
8895498--8896263	76	10.1	76	93	0	1153	32	19	15	32	1.93
8908389--8908990	59	10.3	59	81	8	678	36	3	27	33	1.73
8908633--8908962	29	11.2	29	64	23	97	37	3	25	33	1.74
8908615--8908990	176	2.1	177	85	5	503	37	3	26	32	1.74
8910855--8910938	17	4.8	17	76	4	78	53	5	2	38	1.38
8911350--8911388	17	2.3	17	90	0	60	20	12	20	46	1.83
8911378--8911472	41	2.3	40	90	1	145	29	5	28	36	1.79
8912214--8912239	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
8925289--8925384	40	2.4	41	77	10	108	31	6	14	47	1.69
8925299--8925377	20	4.0	20	81	4	90	30	6	15	48	1.70
8929428--8929513	30	2.9	30	76	11	79	36	30	2	31	1.70
8929530--8929722	29	6.6	28	69	17	117	33	24	3	38	1.71
8929466--8929841	59	6.4	59	79	6	311	33	25	3	37	1.72
8929498--8929719	30	7.6	30	67	14	124	32	24	3	39	1.71
8929433--8929842	117	3.5	115	78	10	366	33	25	3	36	1.73
8929766--8929870	29	3.7	28	77	11	88	36	24	3	35	1.74
8930109--8930297	97	1.9	97	87	4	274	30	16	14	38	1.88
8935045--8935318	49	5.6	49	72	8	184	38	17	25	18	1.93
8935766--8935837	6	12.2	6	74	12	60	38	2	4	54	1.34
8935790--8935837	17	2.8	17	87	12	71	39	2	6	52	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8935790--8935856	34	2.0	34	82	5	82	37	2	7	52	1.45
8936575--8936763	97	1.9	97	83	6	240	31	16	13	38	1.88
8943718--8943760	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
8945287--8945341	22	2.5	21	82	8	74	80	0	3	16	0.86
8945288--8945335	8	5.6	8	78	11	51	79	0	4	16	0.89
8954830--8955236	49	8.3	49	71	9	247	37	18	25	18	1.94
8954830--8955056	99	2.3	99	90	0	355	36	18	25	19	1.94
8954889--8955181	148	2.0	147	87	3	428	36	19	23	21	1.95
8954919--8955236	147	2.2	147	80	7	358	37	19	24	18	1.94
8958328--8958436	23	4.7	23	86	4	130	23	15	15	44	1.85
8959709--8959839	45	3.0	45	72	17	148	37	20	6	35	1.78
8959694--8959856	86	1.9	85	88	3	247	38	19	6	36	1.76
8963144--8963289	73	2.0	73	98	0	283	39	15	14	31	1.87
8964540--8964588	24	2.0	24	100	0	98	38	20	12	28	1.89
8967955--8968042	43	2.1	41	82	4	104	5	7	21	64	1.41
8967966--8968036	22	3.3	22	84	7	92	5	7	19	67	1.35
8967966--8968060	43	2.2	43	83	7	113	7	6	17	68	1.35
8968045--8968132	43	2.1	41	83	12	108	13	4	13	68	1.36
8969248--8969277	13	2.2	14	94	5	53	76	3	6	13	1.11
8969657--8969718	22	2.8	23	83	9	76	69	1	14	14	1.27
8972073--8972121	4	11.8	4	79	16	55	77	0	4	18	0.92
8972071--8972132	8	7.4	8	82	10	70	80	0	3	16	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8973664--8973732	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
8973735--8973759	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
8974495--8974567	6	12.2	6	79	16	80	45	2	0	52	1.15
8974496--8974558	17	3.9	16	83	12	85	42	3	0	53	1.16
8974500--8974559	31	1.9	31	93	6	104	43	3	0	53	1.17
8976472--8976738	30	8.9	30	90	2	403	37	22	3	37	1.71
8988571--8988680	39	2.9	39	70	14	111	36	17	19	27	1.94
8988589--8989271	68	9.8	70	88	6	893	34	16	20	28	1.94
8989708--8989780	6	12.2	6	79	16	80	45	2	0	52	1.15
8989709--8989771	17	3.9	16	83	12	85	42	3	0	53	1.16
8989713--8989772	31	1.9	31	93	6	104	43	3	0	53	1.17
8990815--8990861	23	2.0	23	84	8	60	53	2	17	27	1.55
8991700--8992079	30	12.8	30	85	5	423	39	20	2	37	1.66
8991700--8992098	60	6.7	60	86	3	504	39	19	3	38	1.67
8991698--8992118	59	7.1	60	85	5	500	39	19	3	37	1.68
8992116--8992252	58	2.3	59	83	6	170	31	32	2	34	1.70
8998594--8998678	29	2.9	30	77	5	93	49	25	3	21	1.65
8999176--8999221	24	1.9	24	90	0	74	34	10	43	10	1.75
8999301--8999347	24	2.0	24	87	8	69	40	10	12	36	1.78
9000459--9000584	36	3.5	34	78	15	112	57	16	1	23	1.47
9000519--9000574	4	13.2	4	78	10	58	53	23	1	21	1.55
9000519--9000583	13	5.1	13	81	3	78	53	21	1	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9001512--9001653	41	3.5	40	87	2	176	34	20	25	19	1.96
9003187--9003345	41	3.8	41	76	9	137	32	18	25	23	1.97
9003450--9003547	47	2.1	47	90	7	155	29	27	0	42	1.56
9003471--9003545	23	3.2	23	70	10	80	28	30	0	41	1.56
9009645--9009685	21	2.0	21	90	0	64	31	12	51	4	1.60
9009990--9010125	43	3.2	43	85	2	166	26	16	26	30	1.97
9010016--9010125	42	2.6	43	88	1	159	26	18	26	29	1.98
9020182--9020277	29	3.0	31	79	13	88	47	1	0	51	1.07
9020996--9021045	20	2.7	19	84	9	68	64	2	4	30	1.23
9020982--9021084	50	2.1	47	82	10	118	62	1	5	30	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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