genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  79  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26084033--26084094	18	3.3	18	67	20	54	25	17	20	35	1.95
26089715--26089757	23	2.0	22	86	9	61	62	0	16	20	1.32
26090399--26090667	24	11.2	24	77	0	241	35	16	25	21	1.95
26090411--26090667	48	5.4	48	88	0	379	35	17	26	21	1.95
26096525--26096571	23	2.1	23	88	4	69	65	0	14	19	1.26
26097210--26097484	24	11.5	24	78	0	271	37	16	25	21	1.93
26097213--26097493	48	5.9	48	92	0	445	36	16	25	21	1.94
26098080--26098169	40	2.2	40	90	0	144	21	6	28	43	1.77
26107215--26107262	25	1.9	25	83	8	62	54	14	4	27	1.59
26112467--26112509	20	2.2	20	86	0	59	25	2	4	67	1.22
26119136--26119175	19	2.0	20	85	4	55	27	0	7	65	1.20
26121727--26121846	56	2.1	56	81	6	134	60	2	7	29	1.37
26122016--26122113	19	5.4	19	70	19	57	25	3	2	69	1.14
26122031--26122165	63	2.1	63	82	8	168	27	2	1	68	1.09
26122099--26122152	19	2.8	18	80	5	54	33	1	1	62	1.16
26122870--26122907	18	2.2	17	90	4	58	28	2	0	68	1.03
26124698--26124771	30	2.4	30	80	8	78	50	6	0	43	1.29
26126639--26126686	14	3.5	14	75	16	55	25	4	2	68	1.18
26126639--26126692	27	2.0	27	96	0	99	27	5	3	62	1.34
26131625--26131670	24	1.9	24	83	16	60	50	2	0	47	1.13
26136623--26136694	33	2.2	33	94	2	126	36	9	12	41	1.76
26153523--26153580	24	2.5	24	97	2	109	25	20	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26158600--26158687	39	2.2	40	84	8	117	30	22	17	29	1.96
26158611--26158697	39	2.2	39	83	6	104	33	18	19	28	1.95
26158922--26158952	14	2.1	15	94	5	55	77	3	6	12	1.08
26206920--26206950	14	2.2	14	94	0	53	0	16	0	83	0.64
26207409--26207451	22	1.9	22	86	13	61	67	6	2	23	1.27
26208003--26208053	23	2.2	24	80	16	63	37	5	25	31	1.80
26209111--26209164	20	2.7	20	91	0	81	27	31	11	29	1.91
26212334--26212409	27	2.8	27	91	0	125	22	30	30	17	1.96
26213985--26214173	19	10.2	19	85	2	217	26	20	29	24	1.99
26214839--26214885	21	2.2	21	92	0	76	27	19	19	34	1.96
26215708--26215757	20	2.5	20	100	0	100	24	32	14	30	1.94
26215708--26215783	20	3.8	20	91	0	89	28	30	11	28	1.92
26218340--26218491	71	2.1	71	84	2	198	26	21	27	24	1.99
26219254--26219296	20	2.2	20	91	8	70	13	6	0	79	0.93
26219855--26219901	20	2.3	20	85	0	58	29	29	10	29	1.91
26220129--26220172	20	2.2	20	83	0	52	31	22	6	38	1.81
26226516--26226612	49	2.0	50	87	2	142	29	18	9	42	1.82
26234361--26234388	10	2.8	10	100	0	56	21	21	17	39	1.93
26243550--26243585	17	2.1	17	100	0	72	47	5	5	41	1.50
26245267--26245315	24	2.0	24	92	7	82	10	36	0	53	1.35
26245382--26245443	30	2.1	30	96	0	115	19	8	11	61	1.54
26246608--26246818	50	4.2	50	79	4	167	32	19	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26246643--26246818	74	2.4	75	83	1	219	31	20	17	30	1.95
26246614--26246817	25	8.2	25	78	3	144	32	20	17	29	1.96
26262800--26262845	15	3.1	15	87	6	58	67	2	30	0	1.03
26263869--26263909	16	2.4	18	84	8	59	68	0	17	14	1.22
26263872--26263909	18	2.3	16	83	16	51	68	0	18	13	1.21
26264233--26264300	30	2.2	30	97	2	127	25	13	8	52	1.68
26271620--26271673	21	2.6	21	85	5	74	33	27	11	27	1.91
26272160--26272471	103	3.0	106	85	3	407	39	16	13	31	1.87
26276172--26276229	21	2.8	21	76	7	64	36	25	10	27	1.89
26276901--26277045	25	5.8	26	80	7	149	30	20	20	28	1.98
26276901--26277070	50	3.4	49	77	7	144	30	20	20	30	1.97
26276901--26277071	25	6.8	25	76	8	105	29	19	19	30	1.97
26276900--26277070	75	2.3	76	78	9	188	29	20	19	29	1.97
26282351--26282407	2	28.5	2	100	0	114	50	49	0	0	1.00
26286884--26286927	23	1.9	23	85	0	61	50	0	6	43	1.29
26287264--26287288	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
26287452--26287500	18	2.6	19	77	9	55	67	0	2	30	1.02
26292772--26292796	7	3.6	7	100	0	50	48	16	12	24	1.79
26295511--26295561	21	2.4	21	83	6	59	25	15	25	33	1.95
26301299--26301373	21	3.7	20	82	10	82	24	21	20	34	1.96
26301301--26301376	26	2.9	26	80	9	75	23	19	19	36	1.95
26301298--26301373	7	11.1	7	75	10	59	23	22	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26307938--26308000	19	3.2	19	78	8	72	22	17	20	39	1.92
26307917--26308022	40	2.7	40	79	8	117	22	16	20	40	1.91
26307943--26308049	47	2.2	48	85	1	144	20	16	22	40	1.91
26307914--26308028	14	8.5	14	71	14	64	21	17	21	39	1.93
26308017--26308054	20	1.9	20	94	0	67	13	15	23	47	1.81
26308573--26308611	19	2.0	20	85	5	53	23	10	17	48	1.78
26311746--26311780	15	2.3	15	95	0	61	0	28	0	71	0.86
26319269--26319368	50	2.0	50	100	0	200	34	8	28	30	1.86
26321220--26321271	21	2.5	21	93	0	86	30	11	26	30	1.92
26321805--26321861	20	2.8	21	82	12	73	43	7	10	38	1.66
26323576--26323628	24	2.2	24	86	0	70	20	16	16	45	1.86
26325613--26325655	17	2.5	17	88	3	59	39	9	0	51	1.34
26336018--26336044	14	1.9	14	100	0	54	14	7	3	74	1.18
26344974--26345017	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
26353828--26353873	15	3.0	15	84	12	58	76	0	21	2	0.90
26361443--26361528	37	2.3	36	82	7	109	33	13	25	26	1.94
26365520--26365939	216	1.9	216	99	0	822	26	23	17	32	1.97
26366159--26366219	16	3.6	16	72	20	52	62	0	1	36	1.05
26366166--26366215	25	2.0	26	88	4	75	62	0	2	36	1.07
26381238--26381269	15	2.1	15	100	0	64	18	28	6	46	1.73
26385203--26385543	29	11.6	28	68	14	109	34	2	27	35	1.70
26385203--26385455	59	4.3	59	82	6	293	35	1	28	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26385409--26385568	29	5.5	29	78	9	148	33	3	25	38	1.71
26385203--26385507	59	5.2	59	79	8	259	34	1	27	35	1.68
26385425--26385581	59	2.7	59	80	7	162	31	3	26	38	1.72
26386646--26386681	16	2.2	16	95	0	63	22	19	33	25	1.97
26386748--26386785	13	2.7	14	92	8	60	42	0	0	57	0.98
26386748--26386787	7	5.7	7	82	11	55	42	0	0	57	0.98
26386748--26386804	10	6.0	10	76	17	50	45	0	0	54	0.99
26387685--26387709	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
26387653--26387700	17	2.8	17	87	6	62	56	6	0	37	1.25
26388695--26388735	19	2.2	19	87	12	59	48	0	12	39	1.41
26391001--26391079	21	3.8	21	73	6	61	30	22	12	34	1.92
26391745--26391921	42	4.2	42	95	0	309	24	28	8	37	1.85
26398679--26398758	37	2.2	37	84	4	99	30	28	18	22	1.98
26398850--26398910	26	2.3	26	82	0	68	34	19	19	26	1.96
26399714--26399744	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
26418441--26418751	154	2.0	154	99	0	613	25	22	11	40	1.88
26440550--26440599	24	2.1	23	82	10	57	34	6	2	58	1.34
26440600--26440742	57	2.5	58	85	5	184	45	1	2	51	1.22
26440908--26440937	15	1.9	16	93	6	53	26	33	6	33	1.83
26447828--26447895	6	12.0	6	72	17	56	42	0	4	52	1.21
26447830--26447874	17	2.6	17	85	0	63	42	0	4	53	1.21
26447830--26447885	23	2.4	23	84	0	67	41	0	5	53	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26447832--26447879	17	2.8	17	83	0	60	41	0	6	52	1.27
26447847--26447895	23	2.2	22	96	3	89	38	0	6	55	1.25
26447853--26447895	10	4.0	10	83	16	59	39	0	4	55	1.20
26447932--26448025	41	2.3	41	90	3	145	43	30	9	15	1.79
26449611--26449669	30	2.0	30	86	0	82	37	22	3	37	1.71
26449724--26449772	26	1.9	25	87	4	71	42	20	4	32	1.71
26449702--26450013	85	3.6	86	82	6	330	34	27	1	36	1.67
26449754--26450022	58	4.6	59	82	8	293	34	28	1	36	1.65
26449754--26450022	30	9.3	30	82	8	281	34	28	1	36	1.65
26454257--26454294	17	2.2	18	86	13	53	15	5	5	73	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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