genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  59  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18640719--18640831	46	2.5	46	81	4	129	44	22	18	15	1.86
18648012--18648096	23	3.7	23	78	6	109	43	24	17	14	1.86
18648006--18648108	23	4.5	22	75	8	98	45	23	17	13	1.84
18648006--18648108	46	2.2	46	82	0	125	45	23	17	13	1.84
18654488--18654527	2	20.0	2	94	0	71	0	52	0	47	1.00
18656466--18656701	118	2.0	117	88	2	348	20	4	23	52	1.64
18659548--18659586	14	2.9	13	85	14	53	28	0	0	71	0.86
18668962--18669521	82	7.2	77	75	11	288	45	12	11	31	1.77
18669007--18669370	82	4.5	82	80	3	382	45	12	11	31	1.77
18669008--18669369	163	2.2	164	81	3	396	45	12	11	31	1.76
18669295--18669435	65	2.2	66	85	6	189	42	14	12	31	1.82
18669235--18669516	147	1.9	145	86	2	395	45	12	11	30	1.77
18669362--18669570	81	2.6	82	89	1	314	45	12	12	28	1.79
18669133--18669572	228	1.9	229	83	4	575	45	12	11	30	1.78
18672190--18672238	21	2.3	21	80	13	57	38	6	0	55	1.25
18672418--18672446	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
18674620--18674665	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
18676635--18676700	5	11.8	5	76	17	51	71	3	6	19	1.21
18676636--18676700	17	3.8	16	75	17	60	72	3	6	18	1.19
18679860--18679905	24	1.9	23	86	8	65	56	8	2	32	1.42
18682405--18682532	49	2.6	50	88	2	195	25	29	3	41	1.71
18683649--18683737	41	2.2	41	85	0	115	28	26	4	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18694246--18694343	38	2.6	38	74	7	101	31	22	13	32	1.92
18694329--18694385	26	2.2	26	87	3	80	29	19	22	28	1.98
18694700--18694786	45	1.9	45	100	0	174	40	8	32	19	1.81
18695770--18695823	25	2.1	26	89	6	83	44	5	11	38	1.63
18702841--18702879	4	9.2	4	83	10	51	0	71	0	28	0.86
18704640--18704774	67	2.0	67	95	0	243	40	26	2	30	1.68
18705318--18705405	40	2.2	40	87	4	124	15	25	7	51	1.71
18705397--18705446	15	3.5	15	73	15	52	28	20	6	46	1.74
18705381--18705615	28	8.4	28	75	12	155	24	21	8	45	1.80
18705414--18705615	56	3.6	56	83	8	227	23	22	9	44	1.82
18705407--18705621	84	2.6	86	80	7	219	24	21	9	44	1.82
18709282--18709327	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
18710369--18710424	19	3.1	17	87	7	76	10	10	0	78	0.96
18710369--18710434	18	3.6	17	86	12	78	10	10	1	77	1.07
18710361--18710434	38	1.9	37	86	10	105	9	12	1	77	1.07
18711358--18711453	12	8.0	12	76	17	76	71	4	2	21	1.13
18711358--18711436	6	13.2	6	85	10	65	72	5	0	22	1.04
18714225--18714270	22	2.1	22	100	0	92	19	21	30	28	1.98
18715634--18715680	20	2.3	20	85	3	58	10	17	0	72	1.12
18717617--18717666	18	2.6	19	78	9	57	42	0	50	8	1.32
18717651--18717706	27	2.1	26	90	3	85	39	0	53	7	1.28
18717617--18717685	20	3.5	20	76	7	61	40	0	50	8	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18717632--18717688	20	2.7	23	73	18	68	42	0	50	7	1.29
18717632--18717693	22	2.9	22	74	13	67	41	0	51	6	1.27
18720410--18720448	21	1.9	21	89	5	62	30	0	23	46	1.53
18720995--18721044	16	3.4	16	70	30	56	42	2	24	32	1.66
18720942--18721085	56	2.6	56	84	1	171	42	9	21	27	1.83
18720993--18721044	15	3.5	15	71	12	54	44	1	23	30	1.64
18720942--18721085	28	5.1	28	81	0	153	42	9	21	27	1.83
18722467--18722630	59	2.8	59	81	0	211	31	4	27	37	1.76
18722408--18722652	30	8.4	29	73	5	172	33	4	25	35	1.78
18722413--18722665	59	4.3	58	74	10	176	33	5	24	36	1.78
18722568--18722675	30	3.7	28	80	13	110	32	4	25	37	1.77
18723640--18723678	12	3.2	12	82	10	53	43	0	2	53	1.14
18724252--18724321	28	2.5	28	95	0	122	22	11	25	40	1.88
18724478--18724566	29	3.1	29	71	12	85	42	7	21	28	1.80
18724552--18724668	40	2.9	40	82	2	137	52	7	22	17	1.69
18730232--18730306	6	13.2	6	87	5	95	16	2	1	80	0.90
18730236--18730307	5	13.0	5	83	12	72	16	2	1	79	0.93
18730232--18730306	18	4.4	17	88	8	109	16	2	1	80	0.90
18731240--18731278	14	2.7	14	81	18	53	74	0	12	12	1.08
18733208--18733236	10	2.9	10	100	0	58	37	0	10	51	1.36
18734798--18734835	20	1.9	20	84	10	51	47	2	7	42	1.46
18735021--18735171	56	2.7	56	84	4	171	41	9	22	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18735027--18735185	28	5.7	28	78	9	137	42	10	21	25	1.85
18735073--18735185	27	4.0	28	79	8	106	43	8	20	27	1.81
18738163--18738209	24	2.0	24	100	0	94	25	12	6	55	1.61
18738163--18738225	24	2.6	24	89	0	81	26	14	7	50	1.70
18740151--18740223	24	3.1	24	88	2	103	26	10	6	56	1.59
18742246--18742312	22	3.2	21	83	12	84	38	0	53	7	1.29
18746041--18746222	28	6.5	28	75	6	136	42	9	20	26	1.83
18746047--18746222	56	3.1	57	83	3	214	42	10	20	27	1.84
18746041--18746222	84	2.2	83	81	4	195	42	9	20	26	1.83
18746218--18746332	40	2.9	40	84	7	128	51	9	22	16	1.73
18749621--18749810	28	6.8	28	77	6	134	44	10	20	24	1.83
18749722--18749815	29	3.3	29	80	5	120	40	8	20	30	1.82
18749615--18749810	56	3.5	56	80	6	182	43	10	20	25	1.83
18749722--18749831	27	3.9	28	75	15	95	40	9	20	30	1.83
18749838--18749942	40	2.6	40	86	3	131	51	5	23	19	1.68
18750472--18750601	67	1.9	67	93	0	224	30	3	27	38	1.72
18755186--18755234	20	2.5	20	82	0	62	36	0	57	6	1.24
18761976--18762065	45	2.0	45	95	0	162	20	33	8	37	1.83
18765286--18765325	13	3.1	14	79	17	50	35	0	17	47	1.48
18773399--18773528	41	3.2	41	94	0	215	39	3	29	27	1.74
18776144--18776187	15	2.9	15	96	0	79	0	22	9	68	1.18
18776143--18776187	9	5.0	9	83	0	54	0	24	8	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18776143--18776187	6	7.5	6	89	0	54	0	24	8	66	1.20
18778850--18778903	6	9.3	6	87	4	58	75	1	5	16	1.07
18778850--18778903	12	4.7	12	81	9	67	75	1	5	16	1.07
18778912--18778957	21	2.2	21	85	11	60	19	6	4	69	1.28
18784728--18784767	17	2.4	17	100	0	80	45	5	0	50	1.23
18805186--18805241	26	2.2	24	84	6	67	46	0	1	51	1.11
18805494--18805520	14	1.9	14	100	0	54	59	0	40	0	0.98
18812903--18813009	40	2.7	40	94	2	182	41	0	23	35	1.55
18814919--18814972	18	2.9	19	79	15	69	55	0	40	3	1.17
18815372--18815415	18	2.5	18	88	3	63	15	13	13	56	1.67
18815997--18816039	21	2.0	22	86	4	61	76	2	18	2	1.00
18819631--18819720	26	3.5	26	76	0	72	33	23	16	26	1.96
18825325--18825364	15	2.7	15	82	17	57	0	62	0	37	0.95
18825329--18825380	19	2.9	18	85	5	61	1	59	0	38	1.08
18825702--18825729	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
18827861--18828501	246	2.6	245	84	4	771	45	11	12	31	1.77
18827864--18828462	82	7.4	81	84	5	676	45	11	12	29	1.78
18828947--18829070	50	2.5	50	90	1	187	53	10	4	31	1.56
18831462--18831517	20	3.0	20	79	10	64	1	66	1	30	1.12
18831458--18831518	16	3.2	19	73	20	56	1	65	1	31	1.12
18835273--18835317	17	2.6	17	92	3	72	8	17	0	73	1.08
18835290--18835341	11	4.5	11	72	13	50	5	15	1	76	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18835259--18835344	19	4.7	17	70	23	59	5	16	2	75	1.10
18836390--18836479	6	14.8	6	86	6	83	76	3	5	14	1.09
18836179--18836412	125	1.9	125	96	1	434	61	9	14	14	1.57
18836487--18836529	20	2.2	20	95	4	79	13	0	4	81	0.84
18840443--18840488	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
18849127--18849172	12	3.6	13	88	8	60	34	2	2	60	1.21
18849140--18849173	6	5.5	6	93	6	59	32	0	0	67	0.91
18860340--18860369	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
18860340--18860369	11	2.6	11	94	5	51	83	0	0	16	0.65
18860329--18860369	17	2.3	18	91	4	66	78	0	2	19	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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