genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  2  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
514161--514243	41	2.0	41	100	0	166	32	7	24	36	1.83
523314--523370	24	2.4	24	91	2	89	42	17	7	33	1.76
523324--523371	24	2.0	24	100	0	96	37	20	8	33	1.83
525597--525642	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
535176--535326	75	2.0	75	90	2	241	31	19	16	33	1.94
539442--539485	23	1.9	23	86	9	63	52	6	0	40	1.28
539454--539513	29	2.2	26	88	8	84	48	3	0	48	1.18
545786--545823	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
545859--545892	15	2.3	15	94	0	59	70	0	0	29	0.87
555765--555813	25	2.0	25	95	0	89	42	10	6	40	1.63
564073--564166	41	2.3	41	96	0	170	23	9	23	43	1.83
564588--564635	16	2.8	18	81	15	66	58	10	0	31	1.32
568295--568346	22	2.4	22	84	9	63	7	53	9	28	1.61
595929--595959	15	2.1	15	100	0	62	19	6	22	51	1.69
600745--600892	30	4.9	30	85	4	201	35	1	23	39	1.63
600775--600892	59	2.0	60	89	1	184	35	0	22	40	1.60
601833--601907	3	24.3	3	74	5	60	33	4	2	60	1.30
601849--601892	13	3.5	13	81	3	54	36	2	0	61	1.09
602621--602671	17	2.8	18	88	5	68	56	5	3	33	1.42
602763--602826	34	2.0	34	84	9	89	42	7	6	43	1.58
605653--605685	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
608686--608759	29	2.5	29	86	4	94	48	16	16	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627545--627585	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
628049--628093	22	2.1	22	87	4	65	48	0	8	42	1.34
636997--637031	16	2.2	16	89	0	52	51	20	5	22	1.68
646374--646399	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
648931--649128	70	2.8	70	99	0	387	23	9	25	41	1.83
649091--649235	58	2.5	58	83	8	163	23	3	25	47	1.67
651653--651699	16	3.0	15	87	6	58	51	4	8	36	1.52
652178--652582	210	1.9	210	81	5	487	35	21	18	24	1.95
658740--659106	183	2.0	183	98	0	716	37	10	15	36	1.82
665651--665696	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
670736--670833	31	3.2	31	82	2	99	24	10	17	47	1.78
676493--676544	17	3.0	18	72	8	54	23	3	1	71	1.13
679321--679375	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
680696--680726	15	2.1	15	100	0	62	38	12	19	29	1.89
681481--681513	6	5.7	6	85	7	50	0	15	0	84	0.61
685822--685910	31	3.0	30	78	4	99	39	11	12	37	1.79
689134--689186	21	2.5	21	87	6	72	32	28	15	24	1.95
700516--700676	29	5.5	29	66	25	90	32	4	31	31	1.77
700457--700702	117	2.1	117	91	3	399	34	4	30	31	1.78
700451--700702	58	4.3	58	81	6	280	33	4	30	30	1.78
700481--700687	29	7.1	27	66	25	86	31	5	33	29	1.80
700538--700693	30	5.3	28	66	26	74	32	4	33	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701859--701908	21	2.4	21	87	9	68	50	6	2	42	1.38
702574--702649	18	4.6	16	78	15	66	50	3	0	46	1.20
702604--702667	6	11.3	6	74	17	57	53	3	0	43	1.16
702609--702660	11	4.8	11	79	13	63	55	1	0	42	1.10
702609--702661	26	2.0	26	85	7	72	54	1	0	43	1.11
702573--702675	17	6.1	17	75	10	95	49	2	0	46	1.23
702659--702683	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
713317--713404	41	2.2	40	82	8	108	22	26	17	34	1.96
713394--713502	41	2.7	41	91	0	182	19	30	23	26	1.98
713933--714136	80	2.6	80	86	7	281	41	6	20	31	1.78
714118--714196	38	2.1	38	97	0	149	25	3	31	39	1.74
714747--714790	7	6.3	7	100	0	88	15	40	0	43	1.47
715198--715382	101	1.8	104	85	5	270	42	9	11	36	1.74
719657--719700	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
720151--720210	27	2.2	28	82	5	70	45	1	13	40	1.53
720224--720266	20	2.2	20	86	0	59	51	0	9	39	1.34
729761--729798	17	2.2	18	85	4	51	71	5	5	18	1.25
729859--729895	15	2.5	15	95	0	65	32	0	0	67	0.91
729849--729905	16	3.6	15	74	9	51	38	1	0	59	1.08
731475--731502	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
744732--744765	17	2.0	17	88	0	50	52	0	5	41	1.25
749024--749086	29	2.1	31	88	5	94	55	0	12	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762779--762809	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
773508--773536	13	2.3	13	94	5	51	27	10	6	55	1.59
773747--773787	17	2.4	16	84	11	55	24	2	7	65	1.30
777149--777173	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
789086--789143	29	2.0	30	93	3	100	51	13	3	31	1.58
789090--789165	29	2.5	29	85	6	89	50	14	3	31	1.61
790986--791046	27	2.3	27	97	0	113	39	9	9	40	1.72
793667--793780	58	2.0	58	89	6	178	24	18	17	39	1.92
795632--796229	294	2.0	294	97	0	1124	34	20	10	34	1.87
800603--800661	7	8.4	7	77	17	52	38	1	0	59	1.08
800596--800674	28	2.7	29	77	18	92	39	1	0	59	1.06
800596--800686	28	3.1	28	76	17	87	41	1	0	57	1.06
816127--816236	58	1.9	57	81	7	134	40	11	7	40	1.70
816635--816677	18	2.4	19	80	11	54	46	2	4	46	1.36
819350--819380	16	2.0	16	93	6	55	32	0	0	67	0.91
819428--819461	16	2.1	16	88	5	50	26	0	5	67	1.13
823813--823838	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
831963--832498	212	2.5	212	84	3	661	27	17	21	33	1.96
833925--833949	12	2.1	12	100	0	50	0	16	16	68	1.22
834518--834548	7	4.4	7	100	0	62	38	0	29	32	1.57
835725--836268	211	2.6	210	83	4	648	31	23	18	26	1.97
841505--841991	179	2.8	172	86	7	682	47	13	14	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841838--842126	143	2.0	143	89	3	449	50	13	13	21	1.76
846078--846124	20	2.3	20	85	0	67	44	2	17	36	1.60
846375--846408	17	1.9	18	88	5	52	32	2	8	55	1.45
846426--846456	14	2.1	15	94	5	55	32	0	0	67	0.91
847253--847294	21	2.0	21	85	4	57	30	0	7	61	1.22
847490--847536	20	2.3	22	75	17	55	38	4	4	53	1.40
847662--847704	22	2.0	22	85	0	59	41	16	23	18	1.89
847881--847914	17	1.9	17	88	5	50	50	14	8	26	1.72
857959--858027	24	3.0	21	72	24	59	65	2	0	31	1.08
858142--858207	21	3.1	21	75	14	64	68	3	7	21	1.29
858297--858345	23	2.1	23	85	7	64	46	6	2	44	1.39
861991--862017	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
864001--864033	13	2.6	13	95	4	59	9	6	18	66	1.40
864050--864159	56	2.0	56	80	10	127	39	5	7	48	1.54
866228--866282	29	1.9	30	88	7	87	54	0	1	43	1.10
866236--866293	29	2.0	29	83	6	73	62	0	0	37	0.96
876287--876333	20	2.4	20	85	3	60	38	17	4	40	1.69
876307--876380	30	2.4	30	80	6	87	36	12	8	43	1.72
877694--877736	21	2.0	21	91	8	70	53	11	11	23	1.69
878063--878124	26	2.4	27	86	5	92	40	12	0	46	1.42
885757--885785	3	9.7	3	100	0	58	0	0	65	34	0.93
892942--892983	22	1.9	22	85	9	59	69	16	2	11	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893485--894392	199	4.5	200	85	4	1047	29	16	22	31	1.96
893485--894506	199	5.0	201	84	5	1000	30	16	22	30	1.95
901060--901109	17	3.1	17	68	26	54	40	0	10	50	1.36
901047--901109	31	2.0	31	93	0	108	41	0	7	50	1.31
903222--903265	21	2.0	22	86	4	63	45	9	4	40	1.56
905298--905338	17	2.5	17	80	11	50	14	4	19	60	1.51
910199--910244	24	1.9	24	82	8	58	52	6	2	39	1.40
934379--934404	12	2.2	12	100	0	52	46	23	7	23	1.78
936302--936338	13	2.9	13	84	15	51	64	0	5	29	1.15
939085--939116	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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