genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  60  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18873850--18873925	21	3.6	21	85	3	107	48	11	19	19	1.79
18888276--18888312	15	2.5	15	90	0	56	64	0	32	2	1.07
18888276--18888331	12	4.4	12	78	15	51	60	0	35	3	1.14
18888276--18888331	24	2.2	24	84	9	67	60	0	35	3	1.14
18888276--18888322	15	3.1	15	78	6	51	61	0	36	2	1.08
18888740--18888809	34	2.1	34	83	0	86	22	20	8	48	1.76
18891213--18891263	2	25.5	2	81	0	57	3	45	1	49	1.32
18896553--18896636	40	2.1	41	95	2	152	19	16	14	50	1.79
18897617--18897725	49	2.2	48	88	1	155	28	27	2	41	1.70
18898916--18898996	41	2.0	41	90	0	126	28	28	0	43	1.55
18900404--18900472	30	2.3	30	89	0	102	31	10	23	34	1.88
18920615--18920643	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
18922694--18922744	23	2.2	23	85	0	66	35	25	17	21	1.95
18925350--18925757	186	2.2	183	81	6	470	48	11	13	25	1.77
18926348--18926399	4	12.8	4	80	11	61	1	69	0	28	0.99
18926351--18926401	12	4.1	13	82	10	70	1	68	0	29	1.00
18926352--18926413	24	2.7	23	85	9	81	1	64	0	33	1.03
18926737--18926763	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
18927967--18928090	53	2.4	50	85	7	169	54	10	4	31	1.53
18930720--18931318	82	7.4	82	82	4	644	45	11	13	29	1.79
18931788--18931964	49	3.5	50	83	5	223	53	10	4	31	1.55
18931799--18931951	52	3.2	45	81	10	135	52	11	3	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18937846--18938009	49	3.4	49	87	2	224	28	29	3	39	1.72
18939216--18939408	57	3.9	49	71	20	159	26	26	3	43	1.70
18939244--18939335	41	2.2	41	88	1	130	27	28	3	41	1.71
18942865--18942928	24	2.7	23	77	17	69	67	4	3	25	1.25
18945028--18945077	22	2.3	22	85	0	64	6	56	0	38	1.24
18945846--18945969	65	1.9	65	94	0	221	25	33	10	30	1.89
18951154--18951188	18	2.0	17	94	5	61	0	68	0	31	0.90
18953817--18953880	25	2.5	26	75	12	69	40	4	6	48	1.49
18953828--18953879	25	2.1	25	89	7	79	42	3	7	46	1.51
18956687--18956735	22	2.2	22	85	0	62	6	57	0	36	1.24
18959513--18959558	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
18961513--18961583	6	12.3	6	85	5	67	77	1	5	15	1.02
18961507--18961555	8	6.0	8	79	13	55	81	2	0	16	0.78
18961528--18961583	18	3.2	18	87	2	78	75	1	7	16	1.11
18963742--18963784	6	6.8	6	84	10	59	0	18	0	81	0.69
18963742--18963784	13	3.4	12	84	9	59	0	18	0	81	0.69
18963742--18963784	19	2.3	19	88	8	61	0	18	0	81	0.69
18964330--18964406	34	2.3	34	100	0	154	55	16	7	19	1.65
18964392--18964439	17	2.8	17	81	6	51	58	8	14	18	1.61
18966499--18966534	15	2.4	15	90	0	54	66	5	13	13	1.41
18978098--18978477	41	9.2	41	86	2	510	25	25	10	38	1.87
18978098--18978522	166	2.6	166	89	1	622	26	25	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18979320--18979367	22	2.2	21	77	3	51	35	14	0	50	1.44
18989265--18989302	17	2.4	17	86	8	53	55	0	7	36	1.29
18999858--18999900	20	2.2	20	83	8	52	16	23	6	53	1.67
19004988--19005017	12	2.5	12	94	0	51	63	3	33	0	1.11
19021118--19021149	17	1.9	17	93	6	57	18	18	12	50	1.78
19021712--19021755	21	2.1	21	83	8	54	75	4	20	0	0.98
19023765--19023820	23	2.4	23	87	0	85	44	12	7	35	1.70
19027388--19027492	27	3.9	27	82	0	102	25	20	20	32	1.98
19037409--19037785	140	2.7	140	84	3	456	28	18	20	32	1.96
19037776--19037897	36	3.4	35	87	8	165	27	24	12	35	1.91
19039117--19039163	14	3.4	14	76	2	51	25	10	29	34	1.90
19039860--19039889	5	5.8	5	96	4	51	40	3	20	36	1.69
19040074--19040109	19	1.9	19	88	5	56	52	19	11	16	1.73
19043838--19043957	57	2.1	58	87	1	170	35	0	14	49	1.49
19046118--19046574	38	12.3	37	74	11	260	29	15	14	41	1.86
19046181--19046567	73	5.2	74	76	8	299	28	16	13	41	1.86
19051878--19051917	21	1.9	21	85	10	55	67	5	27	0	1.11
19055742--19055782	17	2.4	19	84	15	54	56	4	19	19	1.60
19066778--19066807	14	2.2	14	94	5	53	36	16	23	23	1.94
19076222--19076261	19	1.9	19	85	14	53	45	0	0	55	0.99
19076225--19076258	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
19078726--19078756	15	2.1	15	93	0	53	25	9	12	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19079195--19079248	24	2.4	23	82	11	67	77	0	18	3	0.91
19086222--19086311	41	2.2	41	95	0	162	25	6	30	37	1.82
19089410--19089453	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
19089806--19089836	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
19094463--19094492	12	2.5	12	88	0	51	80	0	13	6	0.91
19098025--19098070	24	1.9	23	86	8	65	56	6	2	34	1.37
19099118--19099157	21	2.0	21	90	5	64	12	12	0	75	1.06
19100107--19100137	12	2.6	12	89	0	53	74	0	9	16	1.07
19100143--19100201	9	6.3	9	79	14	66	20	5	3	71	1.20
19100145--19100200	19	3.1	18	87	7	69	17	5	3	73	1.17
19105146--19105192	19	2.3	21	86	13	64	42	40	0	17	1.49
19105897--19106486	294	2.0	297	92	2	983	30	17	25	27	1.97
19108398--19108630	50	4.8	48	71	16	149	42	3	9	44	1.55
19108184--19108940	145	5.2	146	87	4	1062	42	3	9	44	1.54
19108184--19108940	294	2.6	295	88	4	1104	42	3	9	44	1.54
19119881--19119928	16	3.0	16	84	0	60	85	2	6	6	0.81
19119892--19119938	15	3.1	15	75	12	51	80	0	12	6	0.88
19119882--19119934	9	6.3	9	79	16	51	83	1	7	7	0.89
19120332--19120854	42	12.5	42	90	0	758	21	18	24	35	1.95
19121627--19122383	145	5.2	147	89	3	1168	42	3	10	44	1.55
19121791--19121845	22	2.4	23	78	6	58	45	1	5	47	1.36
19121887--19122384	51	10.1	49	65	18	135	41	3	10	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19127895--19127963	24	2.9	24	88	0	102	23	11	8	56	1.62
19137551--19137914	40	9.3	40	76	10	202	29	26	17	26	1.98
19137546--19137935	80	5.0	79	73	9	289	29	26	18	25	1.98
19137592--19137896	120	2.6	113	83	7	348	29	25	18	25	1.98
19137733--19137875	73	1.9	74	81	6	175	30	23	18	27	1.97
19137592--19137896	113	2.6	119	81	8	342	29	25	18	25	1.98
19137806--19137935	40	3.3	40	81	9	117	30	22	19	27	1.98
19138305--19138337	17	1.9	17	88	11	50	42	42	12	3	1.57
19139254--19139455	30	6.8	30	83	7	187	37	3	23	35	1.72
19139251--19139428	60	3.0	59	80	6	216	37	2	23	35	1.70
19139259--19139434	90	2.0	90	82	2	219	38	2	23	35	1.70
19141411--19141567	85	1.8	85	82	2	199	26	21	15	36	1.94
19141394--19142221	208	4.0	209	88	0	1185	24	21	16	37	1.93
19142026--19142183	85	1.9	85	83	0	208	27	23	13	36	1.92
19143922--19144093	46	3.8	44	82	9	202	22	16	25	34	1.95
19143917--19144091	92	1.9	92	90	0	278	22	16	26	34	1.95
19155884--19156051	30	5.6	29	78	8	149	40	3	22	33	1.71
19155884--19156051	60	2.8	58	76	7	167	40	3	22	33	1.71
19157726--19157768	21	2.0	20	83	16	52	67	9	18	4	1.36
19158414--19158453	21	1.9	21	85	10	55	35	7	0	57	1.27
19159463--19159848	30	13.1	30	82	7	400	36	27	2	32	1.71
19161695--19161736	22	1.9	22	85	9	59	16	4	4	73	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19164177--19164626	52	8.7	52	92	0	693	33	23	14	29	1.94
19166834--19166858	12	2.1	12	100	0	50	32	0	40	28	1.57
19170087--19170201	58	2.0	58	87	3	169	34	0	17	46	1.54
19171119--19171776	52	12.7	52	93	0	1100	34	22	13	29	1.93
19177434--19177471	19	2.0	20	89	5	60	26	0	2	71	1.00
19180589--19180634	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
19189998--19190081	22	4.0	21	78	9	82	46	0	2	51	1.14
19189998--19190081	21	4.0	22	75	16	70	46	0	2	51	1.14
19189992--19190061	20	3.5	20	78	7	79	47	0	2	50	1.16
19190030--19190061	11	3.1	11	82	17	50	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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