genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  4  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1411836--1411952	56	2.1	56	80	6	130	9	5	15	69	1.35
1412079--1412163	38	2.2	38	80	12	93	28	0	7	64	1.19
1415839--1415891	15	3.6	15	75	14	56	28	1	20	49	1.60
1416541--1416586	24	2.0	23	87	8	67	60	10	17	10	1.57
1420201--1420580	177	2.2	175	85	2	512	36	20	16	27	1.94
1421801--1421839	19	2.1	19	90	0	60	28	17	10	43	1.82
1422535--1422638	30	3.5	31	74	18	105	27	15	5	50	1.66
1422524--1422638	57	2.0	57	93	0	194	30	13	5	50	1.64
1427987--1428031	16	2.7	16	86	6	54	57	6	26	8	1.54
1428148--1428191	21	2.1	22	87	8	65	6	31	2	59	1.36
1429708--1429750	20	2.0	20	82	8	50	20	0	30	48	1.50
1431222--1431286	30	2.2	30	83	8	80	32	6	9	52	1.58
1433857--1433900	20	2.1	22	83	8	56	25	2	0	72	0.96
1434484--1434524	21	1.9	22	85	5	57	21	7	12	58	1.58
1435475--1435591	31	3.9	31	71	18	84	25	17	11	46	1.81
1435837--1436007	59	2.9	59	84	0	225	47	12	17	22	1.81
1436281--1436596	159	2.0	159	97	1	598	26	20	17	35	1.95
1440129--1440192	32	2.0	32	100	0	128	25	21	12	40	1.88
1446589--1447219	292	2.1	286	79	8	640	36	9	13	40	1.78
1447832--1447876	21	2.2	21	88	4	65	66	6	2	24	1.27
1452761--1452824	31	2.1	31	84	0	83	37	1	6	54	1.35
1458037--1458070	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1469981--1470043	31	2.0	32	87	3	92	19	4	11	65	1.42
1475124--1475360	118	2.0	118	95	2	424	41	12	12	33	1.80
1477085--1477141	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
1478523--1478588	2	33.0	2	96	0	123	48	0	1	50	1.10
1480895--1481243	58	5.9	59	90	4	510	32	4	30	32	1.76
1480897--1481243	117	3.0	117	89	3	495	33	4	30	31	1.76
1481905--1481951	20	2.4	19	82	10	58	6	19	4	70	1.26
1481965--1482010	24	1.9	24	86	8	67	30	15	0	54	1.41
1481969--1482018	24	2.0	24	84	7	64	30	20	2	48	1.61
1482307--1482390	3	26.7	3	71	9	51	41	1	1	55	1.15
1482308--1482377	7	10.3	7	77	14	67	42	1	1	54	1.18
1482307--1482383	19	4.2	19	75	20	65	42	1	1	54	1.16
1482370--1482399	15	2.0	15	93	0	51	36	0	3	60	1.14
1483086--1483167	11	7.4	11	81	15	89	56	2	0	41	1.13
1483086--1483181	17	5.8	16	83	9	104	54	3	1	41	1.23
1483068--1483167	44	2.2	45	85	8	141	56	3	0	41	1.15
1483131--1483187	28	2.0	29	83	10	73	56	3	1	38	1.27
1485660--1485716	22	2.5	22	97	2	105	57	12	10	19	1.63
1489860--1489914	29	1.9	29	85	3	76	41	12	5	40	1.66
1491277--1491306	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1491480--1491524	17	2.6	17	89	0	72	40	0	2	57	1.11
1492221--1492268	19	2.6	19	90	3	71	47	0	2	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1493336--1493524	60	3.2	59	78	11	215	35	27	3	33	1.75
1493319--1493519	30	6.8	30	72	15	116	37	25	2	33	1.72
1493328--1493547	118	1.9	119	83	4	293	37	25	4	32	1.75
1495523--1495565	22	2.0	22	86	9	61	67	9	6	16	1.40
1497812--1497855	6	7.7	6	80	10	56	54	2	0	43	1.12
1499679--1499996	59	5.4	58	84	6	412	33	30	2	33	1.72
1499679--1499993	117	2.7	115	85	7	429	32	30	2	33	1.71
1504020--1504118	48	2.1	48	100	0	198	27	26	26	20	1.99
1508761--1508787	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1513929--1513962	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
1518796--1518858	31	2.1	31	82	8	76	42	6	12	38	1.68
1529537--1529616	29	2.8	28	74	14	81	37	1	1	60	1.13
1529714--1529767	29	1.9	27	85	7	72	53	3	5	37	1.42
1529736--1529809	36	2.0	36	82	12	89	60	2	1	35	1.19
1529833--1529887	25	2.2	24	83	9	65	27	9	3	60	1.44
1529936--1529965	13	2.3	13	94	0	51	43	3	6	46	1.46
1529961--1530002	22	1.9	22	90	0	66	66	0	0	33	0.92
1530523--1530564	22	1.9	22	95	0	75	50	11	4	33	1.60
1533612--1533651	3	13.7	3	94	5	73	35	0	32	32	1.58
1534278--1534337	27	2.2	28	75	18	65	48	0	1	50	1.11
1534366--1534407	21	2.0	21	100	0	84	23	4	28	42	1.74
1540281--1540319	21	2.0	20	90	10	62	25	7	7	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540409--1540435	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1540593--1540638	23	2.1	23	88	8	69	58	8	8	23	1.56
1540585--1540641	23	2.4	25	75	21	61	59	7	8	24	1.52
1541489--1541532	22	2.0	22	82	8	54	52	0	6	40	1.28
1541530--1541575	15	3.2	15	76	17	53	60	2	2	34	1.21
1541528--1541596	29	2.4	29	81	11	79	56	4	2	36	1.34
1550677--1551349	197	3.4	197	88	2	996	29	15	19	35	1.93
1555859--1555897	20	2.1	19	85	9	53	56	2	7	33	1.41
1557082--1557143	31	2.0	31	93	0	106	48	11	8	32	1.68
1558925--1558965	19	2.1	20	86	4	57	70	2	0	26	0.99
1559116--1559158	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
1566116--1566160	18	2.5	18	77	0	54	33	6	17	42	1.76
1570678--1570724	3	15.3	3	86	4	67	38	0	0	61	0.96
1571247--1571289	22	2.0	22	86	4	61	44	4	0	51	1.22
1572539--1572599	28	2.1	29	81	6	70	50	13	1	34	1.51
1574485--1574525	16	2.5	17	76	11	50	63	2	2	31	1.20
1580213--1580246	18	1.9	17	88	5	50	47	5	0	47	1.26
1592677--1592751	33	2.3	33	79	4	89	28	13	5	53	1.61
1593721--1593766	22	2.0	23	91	4	76	45	13	13	28	1.80
1595710--1595762	6	8.8	6	97	0	79	0	60	0	39	0.97
1595707--1595764	18	3.2	18	90	0	89	0	58	0	41	0.98
1598459--1598548	2	46.0	2	85	4	121	45	0	4	50	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1606203--1606270	31	2.2	30	79	7	73	47	7	11	33	1.68
1608192--1608216	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
1608191--1608219	15	1.9	15	100	0	58	44	0	6	48	1.29
1609436--1609468	6	5.7	6	96	3	59	12	36	0	51	1.39
1610908--1610941	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
1615729--1615753	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
1619752--1619810	31	1.9	31	92	0	100	30	3	16	49	1.63
1620633--1620681	24	2.0	24	96	0	89	36	12	6	44	1.67
1622820--1623107	145	2.0	144	84	5	357	39	14	9	36	1.78
1623826--1623857	15	2.1	15	94	0	55	34	3	0	62	1.11
1627829--1627908	30	2.7	29	78	16	83	53	5	1	40	1.31
1634826--1634858	17	2.1	16	88	11	50	75	0	0	24	0.80
1645339--1645364	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
1657208--1657263	16	3.5	16	73	9	51	57	0	0	42	0.99
1657201--1657275	32	2.3	34	84	9	93	61	0	0	38	0.96
1665719--1665779	17	3.7	17	82	6	72	40	0	4	54	1.22
1665722--1665804	27	3.1	27	76	0	76	44	2	4	48	1.37
1665735--1665788	16	3.3	16	79	5	54	42	1	1	53	1.22
1666643--1666681	13	3.0	13	92	0	60	43	0	7	48	1.31
1667930--1668029	29	3.4	29	69	26	84	29	31	4	36	1.76
1667885--1668040	29	5.4	28	65	25	83	32	30	3	34	1.74
1667645--1668058	59	7.0	60	89	2	599	31	30	2	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1670032--1670113	25	3.3	24	76	11	69	54	3	2	39	1.31
1674023--1674196	87	2.0	87	97	0	330	50	6	20	22	1.70
1678550--1678598	18	2.7	18	84	9	64	40	2	2	55	1.23
1678562--1678621	24	2.4	25	86	8	79	41	0	1	56	1.09
1678567--1678638	6	12.2	6	69	19	53	40	0	4	55	1.19
1678583--1678620	18	2.1	18	95	0	67	44	0	0	55	0.99
1678586--1678637	17	3.0	17	86	5	68	42	0	3	53	1.19
1678550--1678638	42	2.1	41	85	4	115	40	1	3	55	1.24
1679691--1679729	14	2.9	14	88	3	53	82	2	10	5	0.93
1680194--1680558	162	2.3	162	85	2	477	23	19	15	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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