genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  26  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8552398--8552439	16	2.7	16	82	10	52	14	0	7	78	0.95
8552757--8553053	96	3.1	95	78	1	342	23	24	16	35	1.95
8552952--8553259	114	2.7	114	94	1	537	24	26	15	34	1.95
8553180--8553462	96	2.9	96	90	1	433	22	25	17	34	1.96
8553604--8553671	21	3.2	21	68	15	68	22	26	13	38	1.91
8553593--8553705	42	2.7	42	95	0	199	19	24	15	39	1.91
8553906--8554169	94	2.8	92	81	6	271	18	31	14	34	1.92
8554017--8554219	50	4.2	50	73	9	168	18	31	14	34	1.92
8554651--8554867	112	1.9	115	84	3	296	40	13	17	29	1.87
8555166--8555229	23	2.7	23	84	15	78	0	20	0	79	0.73
8555166--8555229	12	5.4	12	83	10	87	0	20	0	79	0.73
8555179--8555230	7	7.1	7	75	16	52	0	17	0	82	0.66
8555167--8555230	18	3.6	18	76	21	71	0	18	0	81	0.70
8555166--8555259	36	2.6	34	80	9	89	3	19	0	77	0.90
8557989--8558348	82	4.4	82	79	8	333	25	25	24	23	2.00
8557968--8558348	42	9.3	41	77	8	289	26	25	24	22	2.00
8557969--8558348	124	3.1	121	80	9	391	26	25	24	22	2.00
8560279--8560376	43	2.3	43	94	0	169	22	22	31	23	1.98
8561689--8561824	29	4.7	29	75	9	109	38	9	22	30	1.86
8568884--8568922	19	2.0	20	85	5	53	64	0	0	35	0.94
8569887--8569915	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
8576612--8576648	18	2.0	19	85	15	51	72	2	2	21	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8577869--8577918	21	2.3	22	79	3	57	54	4	0	42	1.19
8581162--8581214	24	2.3	25	78	15	60	32	11	16	39	1.85
8584218--8584443	80	2.8	79	80	7	267	34	21	17	25	1.95
8584219--8584427	40	5.2	38	77	11	195	34	21	17	26	1.96
8587296--8587373	39	2.0	39	83	11	99	43	0	2	53	1.14
8590062--8590097	16	2.2	16	90	9	56	19	2	0	77	0.88
8590092--8590140	23	2.1	23	81	7	55	14	22	12	51	1.75
8590103--8590153	23	2.2	23	85	0	66	9	25	17	47	1.78
8593513--8593609	31	3.2	29	73	17	90	25	4	12	57	1.52
8594662--8594694	14	2.3	15	89	5	50	45	0	9	45	1.35
8596561--8596660	36	2.8	36	89	0	155	35	16	26	23	1.95
8601253--8601287	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
8601269--8601319	19	2.6	20	76	20	54	52	1	0	45	1.12
8609887--8609972	46	1.9	45	84	11	115	40	16	16	26	1.89
8613191--8613227	12	3.1	12	84	0	56	8	54	0	37	1.30
8613169--8613253	27	3.3	27	74	15	88	16	43	3	36	1.65
8614081--8614122	8	5.2	8	88	8	59	30	9	9	50	1.67
8620681--8620762	20	4.2	21	67	23	63	45	1	1	52	1.16
8626100--8626139	20	2.0	20	100	0	80	40	40	15	5	1.68
8629175--8629257	28	2.8	30	72	22	86	28	3	34	32	1.75
8629175--8629398	58	4.0	58	84	10	331	29	3	33	33	1.73
8629207--8629363	49	3.0	49	80	18	201	29	2	34	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8629281--8629380	30	3.4	30	72	15	109	30	4	34	32	1.76
8629300--8629392	29	3.2	28	69	28	77	27	3	33	35	1.73
8632609--8632647	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
8637967--8638141	30	6.0	28	74	19	144	33	3	30	32	1.74
8637963--8638129	59	2.8	59	93	2	284	33	2	30	32	1.73
8637967--8638135	29	5.8	28	71	23	125	34	2	28	33	1.73
8638284--8638596	162	1.9	162	93	1	538	43	14	16	25	1.86
8640202--8640301	6	16.8	6	74	13	82	49	2	1	48	1.19
8640227--8640269	14	2.8	15	89	10	61	51	2	2	44	1.27
8640247--8640311	27	2.2	29	89	10	98	55	3	0	41	1.15
8640225--8640301	17	4.4	17	78	15	77	53	2	1	42	1.23
8640265--8640319	27	2.0	27	92	0	92	52	7	0	40	1.29
8640272--8640329	27	2.1	27	81	6	64	56	8	1	32	1.40
8640825--8641062	41	6.1	41	78	10	282	15	31	21	31	1.95
8640875--8641014	72	1.9	72	89	0	217	14	30	21	34	1.93
8640834--8641054	113	2.0	112	88	0	334	14	31	21	33	1.93
8642177--8642204	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8657301--8657330	8	3.9	8	95	4	53	53	0	0	46	1.00
8657301--8657330	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
8659965--8660019	5	11.2	5	94	1	85	54	0	3	41	1.18
8664697--8664723	13	2.1	13	100	0	54	70	0	0	29	0.88
8664683--8664740	22	2.7	20	76	15	53	63	1	3	31	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8668275--8668328	11	5.4	10	78	17	51	72	7	1	18	1.17
8668445--8668484	20	2.0	21	85	5	55	65	20	0	15	1.28
8668477--8668518	21	2.0	22	85	4	59	76	7	4	11	1.15
8668521--8668618	20	4.9	19	73	13	81	69	18	3	9	1.29
8668509--8668587	38	2.1	37	83	4	97	73	13	1	11	1.16
8668465--8668551	12	7.3	12	73	2	50	74	11	2	11	1.16
8668583--8668624	19	2.1	21	91	8	70	69	23	4	2	1.20
8691000--8691035	6	6.0	6	90	0	54	11	33	55	0	1.35
8691000--8691035	12	3.0	12	95	0	63	11	33	55	0	1.35
8697829--8697878	24	2.0	25	81	11	59	66	4	4	26	1.27
8698376--8698444	18	3.7	18	78	3	66	49	1	2	46	1.25
8698376--8698432	19	2.9	19	79	7	62	52	0	3	43	1.18
8698529--8699184	335	2.0	335	96	0	1215	34	13	8	43	1.74
8704404--8704460	30	1.9	30	82	13	73	42	10	7	40	1.66
8705094--8705123	14	2.1	14	93	0	51	43	16	6	33	1.74
8705403--8705494	42	2.2	42	84	0	121	35	27	2	34	1.69
8705497--8705523	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
8716955--8716989	18	1.9	18	94	0	61	57	14	8	20	1.63
8718910--8718986	29	2.6	27	80	13	73	38	16	7	36	1.78
8719002--8719104	31	3.4	30	68	23	81	34	26	1	36	1.68
8718970--8719286	59	5.4	58	84	3	384	33	28	2	35	1.70
8719032--8719241	30	7.1	30	66	21	104	35	30	1	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8721161--8721203	20	2.2	20	86	0	59	34	13	30	20	1.92
8723375--8723425	21	2.5	20	84	9	66	39	1	3	54	1.30
8724264--8724333	31	2.2	32	85	10	99	24	8	2	64	1.36
8724273--8724332	10	6.0	10	77	9	52	23	10	3	63	1.40
8729380--8729429	21	2.3	21	86	3	64	44	2	6	48	1.39
8730503--8730556	19	2.7	19	75	16	56	18	14	1	64	1.37
8730485--8730556	21	3.5	20	79	11	67	19	15	2	62	1.44
8730459--8730578	59	2.0	60	81	9	140	19	15	5	60	1.54
8731174--8731205	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8736207--8736249	21	2.1	20	86	4	59	62	4	2	30	1.28
8738405--8738617	23	9.4	23	72	15	149	41	21	25	11	1.86
8738459--8738533	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
8738498--8738620	48	2.6	46	85	5	167	39	22	26	11	1.88
8756081--8756126	24	1.9	25	86	8	69	54	4	4	36	1.40
8756189--8756222	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
8759224--8759463	52	4.6	51	80	7	243	27	15	25	32	1.95
8781747--8781779	15	2.3	15	90	10	52	6	18	33	42	1.75
8781842--8781912	6	11.7	6	73	8	63	57	1	1	39	1.16
8781843--8781912	19	3.8	19	85	7	83	58	1	1	38	1.16
8781861--8781912	13	4.2	12	73	11	52	57	1	0	40	1.10
8782177--8783410	200	6.2	200	87	3	1687	19	21	21	37	1.95
8795570--8795660	29	3.1	28	70	22	80	31	5	29	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8795557--8795778	58	3.8	58	86	4	268	35	4	29	31	1.76
8795685--8795778	30	3.2	30	65	29	74	37	2	27	32	1.69
8795672--8795778	30	3.6	29	67	27	73	37	1	28	31	1.68
8795688--8795780	29	3.2	29	68	29	79	36	2	29	32	1.69
8795703--8795795	29	3.2	29	68	18	75	35	1	30	33	1.65
8795557--8795781	117	1.9	116	83	5	283	35	4	29	30	1.76
8796929--8796991	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
8797698--8797773	6	12.7	6	74	10	66	56	2	1	39	1.21
8797698--8797782	18	4.4	18	78	20	91	56	2	1	40	1.20
8797716--8797773	13	4.8	12	75	10	55	56	3	0	39	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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