genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  19  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6582953--6582998	21	2.2	21	84	0	56	26	4	26	43	1.73
6585524--6585765	52	4.7	52	89	1	351	28	15	22	33	1.94
6585717--6585836	60	2.0	62	85	6	165	30	16	21	30	1.96
6586551--6586602	21	2.5	21	84	6	70	26	13	28	30	1.94
6589920--6589945	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
6592137--6592195	29	2.0	30	90	3	93	52	13	3	30	1.57
6610088--6610123	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
6621461--6621510	12	4.2	12	77	10	50	80	0	10	10	0.92
6625487--6625552	32	2.1	32	85	0	87	31	15	9	43	1.77
6627215--6627318	37	2.7	38	77	5	111	31	26	17	24	1.97
6628216--6628261	10	4.3	10	84	13	56	4	10	2	82	0.89
6628225--6628261	11	3.2	12	85	7	51	5	10	0	83	0.79
6628261--6628289	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
6631390--6631497	54	2.1	51	84	6	137	61	8	18	12	1.55
6632386--6632432	7	7.1	7	90	4	55	85	0	14	0	0.61
6632378--6632429	6	8.8	6	91	8	81	86	0	13	0	0.57
6633339--6633768	49	8.8	48	73	7	296	38	17	24	19	1.93
6633339--6633735	98	4.1	98	84	1	510	38	17	24	19	1.93
6633364--6633720	196	1.8	196	92	0	606	37	18	24	19	1.94
6640176--6640200	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6640200--6640234	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
6640833--6640874	13	3.3	13	80	3	50	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6642935--6642976	22	1.9	22	85	0	57	47	7	0	45	1.30
6643032--6643057	7	3.7	7	100	0	52	61	11	0	26	1.30
6643154--6643194	16	2.4	17	84	15	50	53	0	0	46	1.00
6643144--6643194	15	3.3	15	76	15	50	49	3	0	47	1.20
6644817--6644854	20	2.0	20	89	5	60	60	18	5	15	1.53
6645190--6645277	42	2.1	42	85	4	115	29	1	20	48	1.57
6650506--6650584	37	2.2	37	82	8	103	43	20	16	20	1.89
6656669--6656714	24	1.9	24	86	0	65	2	43	2	52	1.25
6657430--6657667	117	2.0	117	97	0	449	44	8	16	30	1.78
6666251--6666314	24	2.5	24	78	14	58	65	1	4	28	1.21
6669009--6669062	20	2.7	20	88	0	72	27	9	33	29	1.88
6682318--6682358	21	2.1	19	86	9	55	63	0	31	4	1.15
6688337--6688416	31	2.6	31	90	7	119	25	18	8	47	1.77
6688796--6688822	14	1.9	14	100	0	54	0	55	0	44	0.99
6689525--6689560	11	3.3	11	88	0	54	52	0	0	47	1.00
6689954--6690063	58	1.9	58	86	3	159	46	10	16	27	1.78
6692576--6692665	25	3.6	26	78	11	80	65	3	2	28	1.20
6695898--6695959	24	2.7	22	80	11	72	12	1	4	80	0.94
6697355--6697395	20	2.1	19	86	13	57	0	26	0	73	0.84
6702287--6702482	23	8.4	23	83	6	227	43	21	23	10	1.84
6702239--6702482	71	3.5	67	83	8	231	43	20	25	11	1.85
6702287--6702482	69	2.8	71	86	4	256	43	21	23	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6705511--6705556	18	2.6	19	86	10	62	63	2	32	2	1.19
6707975--6708222	123	2.0	123	96	0	451	25	25	19	30	1.98
6716672--6716709	12	3.0	13	80	7	51	18	10	0	71	1.14
6726690--6726730	15	2.5	17	73	11	50	65	0	0	34	0.93
6734941--6735000	21	2.9	20	72	16	50	43	28	3	25	1.70
6746877--6746919	6	6.8	6	82	10	50	58	0	0	41	0.98
6746880--6746921	11	4.0	11	78	12	52	57	0	0	42	0.99
6746898--6746942	17	2.6	17	78	0	54	44	0	6	48	1.29
6746901--6746942	11	3.7	12	81	9	52	45	0	7	47	1.30
6748873--6749072	30	6.8	30	76	11	173	37	24	2	36	1.67
6748876--6749013	59	2.3	59	83	4	163	40	21	1	36	1.62
6748995--6749151	29	5.5	29	73	18	132	31	28	2	37	1.71
6748966--6749158	57	3.4	57	87	3	255	32	27	3	36	1.73
6752880--6752940	7	9.3	7	79	13	67	49	0	3	47	1.18
6752884--6752940	13	4.4	13	74	14	55	49	0	3	47	1.18
6752880--6752940	19	3.1	19	80	4	77	49	0	3	47	1.18
6753808--6754119	162	1.9	162	90	1	491	25	17	12	43	1.84
6754274--6754587	59	5.4	58	88	3	434	32	27	3	36	1.73
6762571--6762949	51	7.5	51	76	7	364	40	22	24	12	1.88
6762579--6762969	100	3.9	99	85	3	480	40	23	24	12	1.89
6762579--6762969	199	2.0	202	85	2	538	40	23	24	12	1.89
6762577--6762982	99	4.1	100	84	3	507	40	22	24	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6763731--6763814	17	4.9	17	79	2	87	41	0	4	53	1.22
6763731--6763778	18	2.7	18	93	3	80	43	0	2	54	1.12
6765729--6765923	60	3.3	59	83	9	222	41	20	2	36	1.64
6765728--6765923	30	6.6	29	81	10	195	41	19	2	36	1.64
6765907--6766010	29	3.6	28	75	15	95	30	29	2	36	1.72
6765878--6766064	58	3.2	58	84	6	213	31	27	2	37	1.71
6766840--6766904	28	2.3	27	82	10	76	50	7	10	30	1.65
6772563--6772602	18	2.2	18	86	0	53	12	7	22	57	1.60
6772573--6772609	18	2.1	18	100	0	74	18	5	16	59	1.55
6783193--6783235	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
6784968--6785045	38	2.1	38	100	0	156	33	28	17	20	1.96
6787823--6787882	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
6800704--6800980	140	2.0	138	84	5	364	49	11	12	25	1.75
6814065--6814124	29	2.1	28	78	9	66	53	16	3	26	1.59
6815277--6815318	20	2.2	19	83	8	50	30	11	9	47	1.72
6815335--6815376	21	2.0	20	86	4	57	61	2	0	35	1.09
6820162--6820191	13	2.2	14	94	5	53	60	6	3	30	1.39
6822333--6822649	62	5.1	62	91	1	501	30	12	22	35	1.91
6823451--6823498	21	2.3	21	85	7	62	39	12	22	25	1.89
6828941--6828983	14	3.1	14	75	0	50	44	30	4	20	1.72
6831300--6831332	16	2.1	16	94	0	57	45	6	24	24	1.75
6831554--6831621	35	1.9	35	91	5	111	35	1	1	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6831889--6831925	17	2.3	17	86	9	51	56	2	0	40	1.13
6832482--6832522	21	2.0	20	85	4	55	39	0	2	58	1.11
6835771--6835798	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6837912--6837952	20	2.0	20	95	0	73	29	17	0	53	1.44
6839072--6839149	19	4.2	18	78	15	88	61	2	2	33	1.23
6839052--6839164	18	6.2	17	72	17	75	61	4	1	31	1.26
6839182--6839259	21	3.9	21	77	12	67	55	3	3	37	1.37
6839193--6839286	19	4.8	19	75	15	77	56	3	4	36	1.35
6839194--6839286	38	2.4	39	82	7	109	56	3	4	35	1.35
6839074--6839297	9	24.1	9	67	15	102	60	3	3	33	1.30
6839784--6839814	16	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
6839805--6839844	20	2.1	19	86	9	55	35	5	2	57	1.34
6839897--6839933	17	2.2	17	90	9	58	32	2	0	64	1.07
6840705--6840749	23	2.0	23	82	8	56	37	8	15	37	1.79
6851885--6851926	17	2.5	16	85	11	57	19	4	14	61	1.49
6856369--6856410	17	2.5	16	85	11	57	19	4	14	61	1.49
6857149--6857184	17	2.1	17	89	0	54	27	11	0	61	1.30
6857827--6857869	19	2.3	18	88	4	59	69	0	4	25	1.07
6861755--6861805	21	2.4	22	86	3	77	54	0	0	45	0.99
6869335--6869369	1	35.0	1	94	0	61	0	97	2	0	0.19
6871993--6872049	24	2.3	24	79	11	62	28	5	5	61	1.39
6876949--6877086	29	4.8	28	73	19	104	33	3	27	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6876929--6877060	59	2.3	59	90	2	205	34	3	28	33	1.75
6877010--6877124	29	3.9	29	81	10	119	30	1	27	40	1.67
6877606--6877644	8	5.1	8	81	12	55	0	38	0	61	0.96
6878274--6878299	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6878970--6879091	17	7.0	17	81	8	138	54	4	1	40	1.29
6878975--6879091	18	6.7	17	82	4	126	55	4	1	38	1.30
6878975--6879091	35	3.4	33	83	8	144	55	4	1	38	1.30
6878996--6879063	6	11.5	6	81	7	77	57	2	0	39	1.14
6879498--6879549	25	2.2	24	89	6	79	36	5	5	51	1.50
6880325--6880392	3	23.3	3	82	5	68	0	32	2	64	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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