genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  67  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21531318--21531356	20	2.0	20	94	0	69	28	20	15	35	1.93
21540917--21540942	9	2.9	9	100	0	52	65	11	11	11	1.48
21541275--21541299	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
21548636--21548710	29	2.6	29	89	0	123	37	9	14	38	1.79
21555070--21555201	50	2.6	50	75	4	124	30	17	16	35	1.92
21566795--21566844	13	3.4	16	68	21	54	60	2	8	30	1.37
21569335--21569689	114	3.1	114	81	6	394	29	18	16	35	1.93
21569449--21569564	54	2.2	51	80	13	142	30	21	16	31	1.95
21569336--21569689	57	6.1	60	69	14	226	29	18	16	35	1.93
21569424--21569689	116	2.3	115	85	3	358	30	18	15	34	1.92
21569655--21569728	38	1.9	39	86	8	107	31	13	10	44	1.78
21572020--21572052	14	2.3	15	85	15	52	72	0	3	24	0.98
21572869--21572908	20	2.0	21	85	5	55	32	22	30	15	1.94
21572946--21573000	22	2.5	21	80	8	56	23	3	36	36	1.73
21573116--21573306	86	2.2	86	97	0	355	52	4	4	38	1.43
21573096--21573309	86	2.4	91	87	9	348	52	4	5	37	1.44
21576535--21576574	15	2.6	15	92	4	62	40	0	7	52	1.30
21583346--21583409	23	2.8	22	73	15	67	40	6	0	53	1.26
21588682--21588712	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
21589575--21589646	37	1.9	37	94	0	126	31	13	23	30	1.94
21589665--21589751	37	2.4	37	88	0	120	24	16	32	27	1.96
21590785--21590841	17	3.4	17	76	9	62	52	10	21	15	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21593138--21593168	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
21594019--21594096	37	2.1	37	83	4	95	34	15	23	26	1.94
21594109--21594186	37	2.1	37	87	0	111	24	15	29	30	1.95
21594116--21594195	37	2.2	37	83	0	97	26	15	30	28	1.96
21595988--21596074	24	3.6	24	96	0	156	17	40	16	26	1.90
21596039--21596162	52	2.4	52	83	0	158	18	26	19	35	1.95
21596047--21596302	131	2.0	131	87	0	368	21	27	17	33	1.96
21596174--21596298	52	2.4	52	90	0	187	21	29	17	31	1.96
21596064--21596302	28	9.0	28	69	11	126	21	25	18	34	1.96
21599106--21599164	31	1.9	31	92	0	100	23	33	11	30	1.91
21599132--21599206	24	3.1	23	75	11	71	25	29	13	32	1.93
21599160--21599233	24	3.0	25	76	4	87	24	22	12	40	1.88
21599137--21599233	49	2.0	49	87	4	142	23	25	13	37	1.92
21599174--21599329	80	2.0	77	88	3	231	21	26	15	35	1.93
21599235--21599390	52	3.0	52	91	0	249	20	29	17	32	1.95
21599208--21599394	28	7.0	28	74	9	156	21	27	17	34	1.95
21599046--21599394	132	2.7	132	80	4	418	21	28	15	34	1.94
21605165--21605211	25	1.9	24	87	12	69	19	10	12	57	1.64
21609193--21609245	25	2.3	23	75	15	63	43	9	0	47	1.36
21613116--21613155	21	1.9	21	85	10	55	42	7	0	50	1.30
21618683--21618785	30	3.4	30	75	10	102	21	23	25	30	1.99
21618649--21618780	60	2.2	60	84	0	183	20	22	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21618735--21618791	15	3.8	15	72	9	53	28	26	22	22	1.99
21628585--21628959	42	8.9	42	83	2	448	35	21	19	22	1.96
21629366--21629412	22	2.2	21	85	7	60	0	12	10	76	1.02
21634678--21634732	17	3.2	17	76	0	56	47	9	20	23	1.78
21641505--21641557	21	2.5	22	84	9	74	56	9	28	5	1.54
21641506--21641561	18	2.9	18	80	14	67	53	12	25	8	1.67
21643467--21643499	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
21647512--21647544	17	1.9	17	93	0	57	72	3	12	12	1.23
21655365--21655402	20	1.9	19	89	5	58	0	26	5	68	1.11
21657516--21657553	17	2.3	17	90	4	60	60	13	10	15	1.59
21657934--21657986	27	2.0	27	85	7	72	3	41	1	52	1.30
21660842--21660917	40	1.9	40	100	0	152	25	31	18	25	1.97
21662151--21662197	25	1.9	24	83	12	60	0	27	0	72	0.85
21662151--21662199	26	1.9	25	83	4	62	0	26	0	73	0.83
21666244--21666290	18	2.6	18	100	0	94	23	19	29	27	1.98
21671233--21671383	47	3.3	47	70	15	161	42	8	19	29	1.81
21671233--21671414	91	2.0	91	97	0	346	45	7	18	28	1.77
21671261--21671405	47	3.1	47	67	23	135	45	6	17	30	1.73
21674850--21674905	24	2.3	24	87	6	78	53	8	32	5	1.55
21675564--21675599	18	2.0	18	88	0	54	16	11	8	63	1.49
21678977--21679160	101	1.8	101	86	2	271	30	22	14	32	1.93
21678977--21679168	51	3.8	51	89	3	262	30	22	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21687098--21687157	21	2.8	22	82	7	70	33	21	8	36	1.84
21687919--21688266	51	6.8	51	90	3	538	28	22	15	33	1.94
21695848--21695904	23	2.4	23	82	11	71	66	14	10	8	1.44
21697682--21697902	94	2.4	94	94	0	379	31	20	4	44	1.70
21702294--21702843	78	7.0	78	90	1	780	33	25	16	24	1.96
21710138--21710207	27	2.9	24	79	12	63	55	0	2	41	1.14
21710152--21710207	27	2.1	26	83	9	69	58	0	1	39	1.08
21710204--21710248	13	3.6	12	85	8	63	48	2	0	48	1.13
21712108--21712136	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
21712813--21712934	38	3.1	38	63	19	97	39	10	12	37	1.78
21712797--21712954	79	2.0	79	100	0	316	37	10	12	39	1.77
21720592--21720652	18	3.3	18	81	2	68	24	0	6	68	1.13
21725554--21725588	16	2.2	16	89	0	52	68	2	11	17	1.31
21725629--21725675	25	1.9	24	83	12	60	59	10	4	25	1.49
21726213--21726249	18	2.0	19	89	5	58	48	5	0	45	1.25
21738204--21738238	18	1.9	18	94	0	61	11	34	11	42	1.77
21745538--21745639	37	2.7	37	81	1	114	28	30	19	21	1.98
21749866--21749921	26	2.2	26	87	6	78	21	16	25	37	1.93
21749996--21750077	37	2.2	37	77	2	92	29	28	19	23	1.98
21750172--21750227	26	2.2	26	86	0	76	30	23	19	26	1.98
21758974--21759024	24	2.3	23	80	10	61	47	1	41	9	1.48
21760581--21760615	12	2.9	12	91	0	52	17	5	0	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21760581--21760615	17	2.1	17	89	10	54	17	5	0	77	0.96
21763391--21763452	29	2.1	31	81	6	74	53	4	4	37	1.44
21763419--21763467	20	2.3	21	82	10	55	48	8	2	40	1.44
21763220--21763515	143	2.1	141	87	5	425	44	9	3	41	1.54
21764447--21764605	75	2.1	75	88	2	230	47	7	15	29	1.72
21771783--21772072	52	5.6	52	90	1	431	26	14	23	35	1.93
21782238--21782290	27	2.0	27	82	14	65	47	1	45	5	1.37
21782685--21782729	17	2.6	17	82	6	56	17	11	11	60	1.59
21783306--21783348	16	2.7	16	82	10	52	79	2	11	6	1.02
21785141--21785308	83	2.0	84	98	1	329	36	18	21	23	1.95
21791083--21791325	52	4.6	52	89	2	360	27	13	22	36	1.92
21791086--21791325	106	2.3	104	87	2	345	27	14	21	36	1.92
21791082--21791373	52	5.6	52	85	3	356	27	14	22	35	1.93
21791086--21791373	106	2.8	105	84	4	316	27	14	22	35	1.93
21795494--21795531	6	6.2	6	82	17	51	21	0	0	78	0.74
21795497--21795554	25	2.3	25	82	11	66	15	3	3	77	1.04
21797082--21797112	11	2.8	11	95	0	53	38	0	0	61	0.96
21801275--21801308	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
21808447--21808536	31	2.9	31	83	3	110	31	8	16	43	1.79
21810006--21810103	38	2.5	37	83	8	115	35	31	21	11	1.89
21810033--21810127	38	2.5	38	86	3	120	37	27	21	13	1.91
21810169--21810277	37	2.9	37	88	1	146	28	30	22	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21814053--21814091	21	1.9	20	84	5	51	25	20	17	35	1.95
21825939--21825980	21	2.0	21	90	0	66	30	30	9	28	1.89
21830279--21830324	22	2.2	22	88	7	69	63	2	4	30	1.26
21840159--21840198	21	1.9	21	100	0	80	20	17	30	32	1.95
21844621--21844653	8	4.1	8	100	0	66	51	0	24	24	1.48
21847724--21847766	22	2.0	22	86	9	61	51	4	9	34	1.55
21848116--21848154	18	2.2	18	86	9	53	28	2	7	61	1.37
21850404--21850554	75	2.0	75	90	0	239	27	11	31	30	1.91
21854563--21854608	20	2.3	20	78	17	51	47	0	2	50	1.13
21861377--21861422	9	5.3	9	78	17	53	73	0	4	21	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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