genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  61  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19189992--19190081	40	2.2	42	88	4	130	47	0	3	48	1.18
19190650--19190692	18	2.4	18	88	0	59	13	23	20	41	1.88
19191019--19191100	9	9.2	9	75	21	84	50	0	0	50	1.00
19191017--19191108	20	4.5	20	87	5	130	50	1	0	48	1.08
19193799--19193854	21	2.7	21	83	5	69	28	7	26	37	1.83
19201265--19201336	26	2.8	26	78	4	83	30	26	19	23	1.98
19201474--19201498	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
19209248--19209349	52	2.0	49	88	5	150	4	22	1	70	1.16
19220936--19221026	27	3.4	27	84	3	112	36	14	25	24	1.93
19224191--19224748	138	4.1	138	88	3	775	41	7	5	44	1.58
19224191--19224748	275	2.0	276	88	3	820	41	7	5	44	1.58
19229920--19229978	17	3.5	17	83	0	82	54	13	16	15	1.72
19233574--19233635	20	3.2	19	76	13	63	38	19	25	16	1.92
19233621--19233675	20	2.8	20	85	0	74	41	21	23	12	1.88
19233642--19233696	20	2.8	20	77	0	56	45	23	23	7	1.78
19241964--19242013	25	2.0	25	100	0	100	36	8	24	32	1.84
19248321--19248424	15	6.9	15	79	0	118	25	19	28	26	1.98
19249369--19249414	3	15.3	3	90	0	74	67	0	4	28	1.10
19269501--19269546	21	2.2	21	88	11	69	82	8	8	0	0.84
19269501--19269546	23	2.0	22	88	12	67	82	8	8	0	0.84
19269942--19270503	42	13.2	42	84	4	696	21	15	23	39	1.91
19270195--19270292	51	1.9	51	91	0	160	19	15	24	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19284826--19284869	15	2.9	15	80	12	63	27	25	22	25	2.00
19286229--19286253	9	2.8	9	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19287121--19287164	16	2.8	16	92	0	70	70	2	22	4	1.17
19287204--19287266	18	3.1	21	78	15	53	66	1	23	7	1.27
19287221--19287274	18	3.3	16	82	12	65	68	1	22	7	1.24
19287230--19287275	18	2.6	18	86	3	67	65	2	23	8	1.32
19287200--19287287	34	2.5	33	73	14	79	68	1	25	5	1.19
19289743--19289786	18	2.4	18	77	7	54	22	29	11	36	1.89
19289743--19289794	18	2.9	17	77	5	50	25	30	11	32	1.91
19294219--19294251	17	2.1	16	88	11	50	66	0	0	33	0.92
19310905--19311013	18	6.2	18	90	4	159	19	22	25	33	1.97
19316503--19316585	30	2.8	30	90	0	121	32	13	28	25	1.93
19316494--19316592	15	6.6	15	68	9	67	34	15	25	25	1.94
19316514--19316589	30	2.5	30	93	0	125	34	11	26	27	1.91
19321940--19321983	18	2.4	18	81	7	54	36	11	25	27	1.90
19322115--19322221	45	2.4	45	80	3	117	23	28	21	27	1.99
19324589--19324635	24	2.0	24	84	8	62	8	19	2	70	1.24
19324588--19324683	20	4.9	19	72	19	72	11	19	1	67	1.27
19324627--19324683	21	2.8	20	78	5	69	12	19	0	68	1.20
19326698--19326740	22	2.0	22	81	9	52	34	0	13	51	1.42
19351458--19351491	17	1.9	18	88	5	52	79	0	20	0	0.73
19359442--19359540	43	2.3	43	94	1	171	20	35	19	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19367259--19367312	18	3.3	16	80	12	65	11	20	1	66	1.32
19369330--19369371	18	2.3	18	83	0	57	35	9	28	26	1.88
19369546--19369618	15	4.9	15	76	6	67	24	28	24	21	1.99
19369549--19369618	30	2.3	30	85	0	95	24	30	24	21	1.99
19382568--19382742	51	3.5	51	88	1	253	30	9	24	35	1.87
19384552--19384591	3	13.3	3	89	0	62	35	5	0	60	1.19
19385006--19385959	150	6.4	150	87	6	1290	42	2	10	44	1.52
19385006--19385959	298	3.2	300	87	5	1356	42	2	10	44	1.52
19386539--19386578	21	2.0	20	85	14	55	20	7	2	70	1.24
19408607--19408636	14	2.1	14	100	0	60	10	13	0	76	1.01
19409181--19409246	34	1.9	34	81	6	80	46	13	18	21	1.83
19418155--19418402	42	5.9	42	88	4	340	21	19	24	34	1.97
19418155--19418402	83	3.0	84	87	1	347	21	19	24	34	1.97
19418155--19418402	125	2.0	126	88	4	376	21	19	24	34	1.97
19418849--19418903	3	18.3	3	88	7	85	36	1	0	61	1.06
19419397--19419437	18	2.2	18	86	4	55	48	4	9	36	1.58
19419309--19419519	116	1.8	115	86	6	311	40	4	11	43	1.60
19419414--19420236	299	2.8	297	85	5	1098	42	2	9	45	1.52
19419689--19420093	51	8.1	51	68	16	193	41	2	9	46	1.49
19419414--19420236	149	5.6	150	86	4	1063	42	2	9	45	1.52
19420891--19421290	196	2.0	196	96	0	728	38	5	12	44	1.66
19422467--19422586	27	4.4	27	86	2	152	33	27	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19422566--19422612	23	2.1	22	88	4	67	42	25	19	12	1.86
19430401--19430883	244	2.0	243	97	0	921	27	23	14	34	1.94
19443308--19443354	24	1.9	25	82	4	60	46	0	6	46	1.28
19450971--19451100	40	3.2	40	77	8	140	30	28	16	25	1.96
19450954--19451137	40	4.6	40	75	6	124	26	29	18	25	1.98
19450937--19451136	80	2.5	81	75	10	198	27	30	18	24	1.98
19453617--19453663	21	2.2	21	85	7	60	27	31	6	34	1.82
19456098--19456147	20	2.5	20	86	0	73	42	18	28	12	1.85
19456701--19456730	13	2.3	13	94	0	51	66	0	23	10	1.21
19459512--19459536	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19463484--19463519	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
19466814--19466838	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
19479294--19479653	30	12.3	29	75	14	131	33	1	26	38	1.67
19479314--19479412	29	3.5	28	86	9	114	34	3	23	39	1.70
19479341--19479419	29	2.8	29	88	11	128	32	3	22	40	1.72
19479334--19479424	29	3.2	28	82	13	98	31	4	26	37	1.76
19479427--19479653	59	3.8	58	81	4	238	34	0	27	37	1.61
19479421--19479648	89	2.5	92	82	9	283	33	0	27	38	1.61
19479423--19479656	30	7.9	29	79	8	195	33	0	27	38	1.61
19481884--19482375	49	10.0	49	74	10	385	16	32	17	33	1.92
19481883--19482371	99	5.0	97	76	7	407	16	32	17	33	1.92
19481882--19482372	148	3.3	148	85	2	639	16	32	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19500939--19500970	12	2.5	13	90	10	57	78	0	0	21	0.76
19506032--19506285	127	2.0	129	91	3	415	46	15	15	22	1.83
19509474--19509553	30	2.7	29	83	12	108	52	2	0	45	1.14
19512682--19512717	10	3.7	10	88	7	56	72	0	8	19	1.10
19520043--19520078	18	2.0	18	100	0	72	44	11	22	22	1.84
19524486--19524560	24	3.1	24	90	3	116	28	24	22	25	2.00
19532855--19532881	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
19532881--19532909	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
19533496--19533543	17	2.8	17	77	0	60	54	10	18	16	1.70
19533496--19533560	34	1.9	34	84	12	89	53	10	18	16	1.71
19554747--19556045	649	2.0	649	98	0	2508	28	15	25	30	1.96
19558172--19558201	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
19559235--19559315	13	6.2	13	82	2	99	39	23	20	16	1.92
19559238--19559329	27	3.5	26	82	4	103	34	23	23	17	1.96
19559252--19559321	20	3.5	20	73	7	70	35	25	21	17	1.95
19559375--19559409	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
19559384--19559490	20	5.2	20	84	5	142	17	0	34	46	1.55
19559384--19559490	41	2.6	41	88	4	144	17	0	34	46	1.55
19565404--19565433	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
19566467--19566534	13	5.2	13	83	3	91	35	22	26	16	1.94
19566470--19566557	7	13.0	7	77	7	74	29	22	29	18	1.97
19566467--19566547	27	3.0	27	85	1	110	33	22	27	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19566550--19566577	10	2.8	10	100	0	56	21	35	32	10	1.88
19566601--19566635	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
19566610--19566677	20	3.3	20	89	4	109	14	1	33	50	1.53
19566653--19566682	15	2.0	15	100	0	60	20	0	33	46	1.51
19570166--19570262	48	2.0	48	100	0	194	32	18	14	34	1.91
19573835--19573884	23	2.2	23	92	0	82	48	14	14	24	1.80
19577863--19577902	21	1.9	21	94	0	71	32	20	20	27	1.97
19586781--19586969	96	1.9	99	90	4	303	23	31	8	35	1.86
19587543--19587636	40	2.4	41	92	5	158	50	0	1	48	1.07
19587597--19587638	23	1.9	23	85	9	61	52	0	2	45	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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