genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  49  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14917852--14917899	10	4.6	10	80	15	53	39	0	0	60	0.97
14917852--14917899	20	2.3	22	89	7	73	39	0	0	60	0.97
14927969--14928013	23	2.0	24	91	8	76	68	4	17	8	1.32
14938649--14938704	23	2.5	22	75	16	53	48	1	5	44	1.36
14938635--14938755	30	4.4	28	72	17	83	47	0	3	47	1.24
14943249--14943291	21	2.0	21	82	8	52	23	2	0	74	0.93
14944162--14944202	21	1.9	22	90	5	66	21	9	2	65	1.34
14950339--14950382	18	2.4	18	84	0	52	31	29	15	22	1.95
14967865--14967932	3	22.7	3	76	16	61	70	0	27	1	0.96
14967865--14967923	15	4.0	15	87	10	86	71	0	28	0	0.87
14977244--14977281	20	2.0	20	94	5	69	78	2	18	0	0.86
14977891--14977983	7	13.3	7	73	15	77	80	0	16	3	0.83
14977886--14977984	25	4.0	24	72	17	69	79	0	17	3	0.85
14977882--14977981	19	5.3	18	82	11	96	80	0	17	3	0.84
14978293--14978510	112	1.9	112	88	4	332	25	18	12	42	1.86
14979043--14979164	49	2.5	49	83	2	147	30	17	32	19	1.95
14979922--14980121	46	4.4	47	84	7	238	31	26	15	27	1.96
14979922--14980090	93	1.8	90	87	3	248	30	27	15	26	1.96
14979922--14980121	93	2.2	90	84	7	246	31	26	15	27	1.96
14981931--14981971	21	1.9	22	90	5	66	21	9	2	65	1.34
14986649--14986816	85	2.0	85	83	2	212	24	22	17	36	1.95
14986868--14986990	48	2.6	48	84	5	142	26	22	12	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14986743--14987279	172	3.2	171	88	3	775	23	21	16	38	1.93
14987040--14987160	48	2.5	48	83	0	143	25	24	14	35	1.93
14992745--14992866	59	2.0	60	84	7	160	45	4	18	31	1.71
14992753--14992904	59	2.6	59	79	8	148	42	5	19	32	1.75
14992888--14993001	30	3.9	28	81	13	88	33	1	21	42	1.63
14992932--14993001	30	2.4	29	92	4	115	31	1	21	45	1.60
14995004--14995076	33	2.2	34	87	2	103	52	5	1	41	1.33
14995022--14995076	16	3.4	16	87	5	83	54	3	0	41	1.18
14995040--14995097	27	2.2	27	84	9	75	58	6	0	34	1.25
14995023--14995093	33	2.2	33	84	0	88	54	7	0	38	1.27
14995442--14996171	206	3.5	206	84	1	944	22	22	20	35	1.96
14995991--14996326	153	2.2	154	87	3	487	22	23	20	33	1.97
14995785--14996445	359	1.8	359	85	3	925	21	22	20	35	1.96
14996833--14996945	48	2.3	48	84	1	154	15	27	18	38	1.90
14996998--14997092	49	2.0	48	85	6	129	10	27	22	40	1.86
14996858--14997188	139	2.4	135	86	6	454	13	25	22	39	1.90
14998293--14998406	10	10.7	11	71	16	89	1	17	0	79	0.86
14998290--14998410	49	2.4	49	80	11	124	1	18	0	79	0.87
14998291--14998411	42	2.8	43	77	7	131	1	18	0	79	0.87
14998287--14998392	56	1.9	55	84	11	144	1	18	0	79	0.83
14998288--14998411	56	2.2	57	79	15	143	1	17	0	79	0.85
15003640--15003778	59	2.4	57	78	7	145	41	8	20	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15003645--15003780	58	2.3	60	80	6	154	41	8	19	30	1.80
15003774--15004161	29	13.3	28	75	15	274	35	1	23	39	1.65
15003738--15004161	88	4.9	86	79	11	386	35	2	23	38	1.68
15003766--15004161	59	6.8	59	79	10	334	35	1	23	39	1.65
15004107--15004206	49	2.0	49	83	7	123	37	6	18	39	1.75
15005298--15005336	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
15006122--15006209	6	16.0	6	73	17	84	55	2	0	42	1.12
15006122--15006209	16	5.4	16	87	5	131	55	2	0	42	1.12
15006173--15006230	27	2.2	27	84	9	75	58	6	0	34	1.25
15006104--15006209	33	3.2	33	93	1	167	53	3	0	41	1.25
15018328--15018356	7	4.3	7	95	4	51	13	0	0	86	0.58
15019966--15020003	19	2.0	19	89	0	58	34	0	2	63	1.09
15019963--15020004	20	2.0	21	86	4	59	35	0	2	61	1.09
15019975--15020054	20	3.8	20	74	18	65	41	0	2	56	1.13
15020011--15020064	20	2.7	20	85	5	74	35	0	7	57	1.27
15021695--15021971	138	2.0	138	97	0	518	36	15	15	32	1.89
15023565--15023619	16	3.4	17	85	5	62	40	7	25	27	1.82
15023726--15023759	17	2.0	17	100	0	68	47	23	11	17	1.81
15023805--15023968	59	2.8	59	84	8	201	51	3	1	43	1.27
15028995--15029044	16	3.2	16	68	21	52	50	24	0	26	1.50
15028992--15029051	30	2.0	30	100	0	120	46	23	0	30	1.52
15029001--15029050	16	3.2	16	68	21	52	44	22	0	34	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15036575--15036673	50	2.0	49	90	5	155	24	23	24	28	2.00
15047275--15047325	23	2.2	23	100	0	102	19	7	29	43	1.79
15051567--15051611	17	2.6	17	89	3	63	44	20	17	17	1.87
15051933--15051972	20	2.0	20	95	0	71	37	20	7	35	1.81
15064185--15064218	13	2.6	13	90	0	50	35	11	20	32	1.89
15066345--15066416	21	3.4	21	77	7	65	29	13	25	31	1.94
15070349--15070404	22	2.4	22	85	8	67	48	8	1	41	1.45
15071471--15071559	24	3.8	24	83	3	108	6	25	21	46	1.76
15074516--15074580	31	2.1	31	86	11	89	21	23	12	43	1.86
15081716--15081777	30	2.1	30	85	11	83	32	1	3	62	1.20
15081975--15082014	21	2.0	20	85	5	53	32	2	2	62	1.22
15085390--15085525	58	2.4	57	71	15	127	32	7	27	33	1.84
15085479--15085683	30	6.9	30	76	11	140	34	1	24	39	1.67
15085479--15085621	59	2.4	57	76	15	139	34	2	25	37	1.68
15085478--15085675	29	6.7	29	73	11	118	34	2	25	38	1.67
15087320--15087406	17	5.1	17	80	0	84	54	5	1	39	1.32
15087320--15087406	34	2.6	34	81	0	102	54	5	1	39	1.32
15089041--15089079	14	2.7	14	92	4	60	17	7	12	61	1.54
15090301--15090330	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
15104128--15104180	18	3.0	17	78	10	52	62	1	35	0	1.06
15109043--15109570	154	3.5	150	85	4	690	44	9	3	42	1.52
15109923--15109966	3	14.7	3	95	0	79	36	0	29	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15110410--15110997	42	14.0	42	87	2	749	36	23	19	20	1.95
15120136--15120240	51	2.1	51	80	3	113	50	12	2	34	1.55
15120184--15120546	52	7.1	52	65	10	165	45	9	2	42	1.51
15120103--15120615	153	3.4	152	87	2	719	44	9	2	42	1.52
15122370--15122418	23	2.1	23	96	0	89	34	20	8	36	1.82
15129440--15129490	25	2.0	26	88	3	77	64	9	5	19	1.44
15129670--15129716	21	2.2	21	92	0	76	29	29	27	12	1.93
15129670--15129722	21	2.5	21	87	0	61	32	28	26	13	1.93
15139105--15139129	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
15146009--15146045	18	2.0	19	89	5	58	64	0	35	0	0.94
15147070--15147104	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
15147814--15147847	17	2.0	17	88	0	50	17	17	38	26	1.92
15170857--15170907	24	2.1	24	85	10	68	41	27	9	21	1.84
15170764--15171023	129	2.0	129	100	0	520	36	25	10	28	1.88
15171691--15172093	94	4.3	94	87	1	544	31	24	16	27	1.96
15175915--15175970	21	2.7	20	80	5	58	37	21	8	32	1.84
15176771--15177023	94	2.7	94	86	1	332	32	25	15	26	1.96
15178996--15179034	18	2.1	19	90	4	62	79	0	15	5	0.90
15182427--15182478	26	2.0	26	100	0	104	26	23	30	19	1.98
15184433--15184458	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
15186459--15186516	30	1.9	30	89	0	89	43	6	15	34	1.74
15193768--15193850	42	2.0	42	85	4	114	34	18	13	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15198566--15198624	25	2.4	25	82	0	64	52	6	27	13	1.65
15204480--15204512	12	2.6	13	90	4	50	51	18	15	15	1.77
15205587--15205624	4	9.5	4	94	0	67	23	23	0	52	1.47
15206078--15206117	21	1.9	20	90	10	62	52	2	0	45	1.14
15206490--15206531	19	2.1	21	86	8	61	23	4	9	61	1.45
15206936--15206983	20	2.3	20	80	16	53	52	2	2	43	1.24
15208892--15208961	34	2.1	34	86	5	97	37	30	11	21	1.89
15211504--15211541	21	1.9	19	85	15	51	26	15	7	50	1.72
15217183--15217252	34	2.1	34	100	0	140	42	17	8	31	1.79
15222493--15222517	10	2.5	10	100	0	50	0	32	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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