genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  65  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21008387--21008503	58	2.0	57	91	1	189	20	8	15	55	1.66
21008959--21009122	80	2.1	79	91	2	267	34	21	14	29	1.93
21010111--21010145	15	2.2	16	90	5	54	37	14	40	8	1.76
21014850--21014981	48	2.7	47	83	4	165	23	9	14	52	1.71
21015423--21015579	80	2.0	79	91	1	251	34	22	15	26	1.95
21026845--21026887	20	2.1	21	86	4	61	48	27	4	18	1.68
21028334--21028366	16	2.0	17	94	5	59	27	6	0	66	1.15
21028739--21028798	23	2.7	23	78	2	59	21	3	8	66	1.33
21034455--21034497	5	8.8	5	85	10	54	86	0	13	0	0.58
21034454--21034492	19	2.1	19	95	4	71	87	0	12	0	0.55
21034454--21034499	16	2.8	16	83	6	56	84	0	15	0	0.62
21036918--21037114	60	3.2	60	89	2	297	30	12	21	34	1.91
21036953--21037138	60	3.0	63	84	3	164	33	14	20	31	1.93
21039344--21039550	74	2.8	74	93	0	351	40	12	22	24	1.88
21043694--21043903	60	3.5	60	85	6	257	30	11	21	35	1.90
21045734--21045923	25	7.6	25	86	3	123	33	25	17	23	1.96
21045733--21045920	50	3.8	50	84	4	227	34	25	17	23	1.96
21045734--21045920	74	2.5	75	84	3	234	34	25	17	23	1.96
21047415--21047447	14	2.3	15	89	5	50	48	18	0	33	1.48
21048038--21048135	50	2.0	50	85	0	133	34	18	20	26	1.95
21048061--21048239	50	3.5	50	70	7	137	37	21	15	25	1.92
21048091--21048303	102	2.1	102	84	0	273	36	20	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21050200--21050246	13	3.8	13	81	15	55	27	2	2	68	1.13
21050206--21050289	31	2.7	32	78	12	93	23	3	4	67	1.25
21053022--21053064	17	2.5	17	85	7	52	48	2	6	41	1.43
21055800--21055825	12	2.2	12	100	0	52	7	15	0	76	0.99
21057710--21058007	29	10.1	29	71	8	190	38	5	21	34	1.75
21057795--21058006	30	7.1	30	71	16	147	39	5	21	33	1.77
21057795--21057918	59	2.1	60	85	7	164	41	6	17	33	1.75
21058665--21058704	12	3.3	12	96	0	71	7	12	0	80	0.91
21058665--21058738	12	5.8	12	77	16	53	10	10	2	75	1.14
21058907--21058952	19	2.4	19	85	10	58	71	2	0	26	0.97
21059735--21060056	40	8.1	40	79	7	282	22	18	25	33	1.97
21059718--21060056	80	4.3	80	82	5	336	23	17	26	32	1.97
21059821--21060056	120	2.0	120	88	1	357	22	18	27	31	1.97
21060161--21060760	99	6.1	99	84	0	720	19	32	15	33	1.93
21060158--21060761	297	2.0	297	85	1	834	19	32	14	33	1.93
21060195--21060762	49	11.5	49	72	8	364	19	32	15	33	1.92
21069063--21069123	29	2.1	29	81	0	68	45	4	16	32	1.68
21069100--21069344	30	8.2	30	74	8	157	39	4	21	34	1.73
21069035--21069262	60	3.9	60	71	9	155	42	4	19	33	1.72
21069045--21069318	89	3.1	88	75	10	279	39	4	21	33	1.74
21070046--21070080	12	3.0	12	87	8	54	14	0	11	74	1.08
21069998--21070078	27	3.0	26	77	10	83	13	4	7	74	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21070227--21070268	21	2.0	21	86	9	59	69	2	0	28	1.01
21070237--21070276	15	2.5	16	84	8	55	70	0	0	30	0.88
21070239--21070276	16	2.4	17	82	13	53	71	0	0	28	0.87
21070225--21070269	23	2.0	23	86	0	63	66	2	0	31	1.04
21070239--21070275	17	2.2	17	90	9	58	72	0	0	27	0.84
21070623--21070655	11	3.0	11	95	0	57	27	24	27	21	1.99
21071131--21071176	23	2.0	22	83	8	56	41	0	2	56	1.11
21074890--21074920	14	2.2	14	100	0	62	12	16	19	51	1.76
21078020--21078466	219	2.0	222	90	4	699	36	18	11	33	1.87
21078884--21078924	21	1.9	21	85	5	55	14	9	9	65	1.46
21083051--21083085	16	2.2	16	100	0	70	48	8	17	25	1.75
21083712--21084055	155	2.2	156	89	0	528	24	20	23	31	1.98
21087262--21087381	48	2.5	48	91	1	188	23	9	15	52	1.70
21088469--21103201	216	67.9	216	79	6	13636	40	14	17	27	1.89
21098099--21098466	180	2.0	180	88	1	540	41	13	19	26	1.88
21103678--21103710	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
21103904--21104059	50	3.1	51	75	10	140	35	15	12	36	1.85
21105262--21105328	20	3.3	20	78	2	71	76	4	8	10	1.15
21106319--21106363	18	2.4	18	85	10	56	62	4	22	11	1.46
21107753--21107785	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
21109003--21109763	216	3.5	213	80	5	753	41	15	15	27	1.87
21109597--21109927	163	2.0	163	81	3	389	40	15	14	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109381--21110135	379	2.0	379	82	2	933	40	15	15	28	1.88
21109760--21118384	216	40.0	216	82	3	9518	40	14	17	27	1.89
21109760--21118384	647	13.3	647	81	3	9306	40	14	17	27	1.89
21118821--21118874	21	2.6	21	82	5	56	7	27	1	62	1.32
21118901--21118934	18	1.9	17	88	5	50	8	26	0	64	1.22
21118928--21118956	12	2.3	13	94	5	51	20	34	0	44	1.52
21121251--21121374	50	2.4	50	84	5	151	36	12	15	36	1.84
21124305--21124357	13	3.7	14	80	10	54	3	26	1	67	1.17
21124319--21124401	20	4.2	19	71	18	62	4	21	2	71	1.17
21126977--21127001	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
21141232--21142413	427	2.8	422	81	8	1275	40	15	17	27	1.89
21141550--21142413	216	4.0	216	83	3	1032	39	15	17	27	1.89
21143561--21143592	12	2.7	12	100	0	64	68	15	0	15	1.21
21144140--21144179	17	2.3	17	87	12	55	75	5	15	5	1.15
21144139--21144180	18	2.4	17	81	18	50	76	4	14	4	1.12
21146868--21151289	216	20.5	216	83	3	5205	40	14	17	27	1.88
21146868--21151289	865	5.1	865	85	3	5202	40	14	17	27	1.88
21146868--21151289	649	6.8	646	83	4	5259	40	14	17	27	1.88
21151288--21159047	216	35.9	216	83	3	8947	40	15	17	27	1.89
21160737--21160770	16	2.2	16	89	5	52	76	0	14	8	1.01
21165768--21168073	216	10.8	215	79	8	2245	40	14	17	27	1.88
21165766--21168073	430	5.4	431	82	5	2694	40	14	17	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21165775--21168073	648	3.6	639	83	5	2725	40	14	17	27	1.88
21169222--21169257	18	2.1	17	89	5	54	61	0	22	16	1.35
21175227--21175286	29	2.1	29	83	0	75	38	15	25	21	1.92
21175914--21176210	57	5.4	54	79	8	257	24	35	17	21	1.95
21178630--21178784	80	1.9	80	87	5	224	29	25	20	24	1.99
21187738--21187831	37	2.6	36	70	20	86	30	28	14	25	1.95
21187838--21187948	38	3.0	38	78	10	97	32	22	11	33	1.90
21192002--21192052	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
21192422--21192469	11	4.3	11	80	15	53	33	2	0	64	1.05
21194176--21194200	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21198282--21198421	48	2.9	49	82	5	169	40	28	14	17	1.88
21199643--21199906	56	4.8	56	82	6	279	34	25	17	23	1.96
21199660--21199898	111	2.2	111	87	3	347	33	25	17	23	1.96
21204171--21204220	24	2.1	24	92	0	82	28	24	26	22	1.99
21204725--21204764	21	1.9	21	89	0	62	30	20	20	30	1.97
21204918--21204994	21	3.7	21	75	13	77	31	11	25	31	1.92
21205634--21205668	18	1.9	18	94	0	61	14	48	20	17	1.81
21209404--21209480	21	3.7	21	73	13	68	32	14	24	28	1.94
21212818--21212858	19	2.0	20	86	9	57	68	9	7	14	1.39
21213400--21213433	13	2.5	13	85	4	50	8	0	8	82	0.85
21213749--21213773	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21213803--21213865	29	2.2	29	85	5	83	30	4	3	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21215143--21215268	63	2.1	59	81	11	139	42	7	7	42	1.59
21215648--21215711	20	3.0	21	75	8	76	54	0	3	42	1.16
21215653--21215733	42	1.9	42	85	7	110	53	3	3	39	1.37
21228731--21228770	21	1.9	21	100	0	80	32	15	17	35	1.91
21231272--21231524	42	5.9	44	78	8	245	38	8	24	27	1.85
21231246--21231475	44	5.3	42	79	9	194	38	8	25	27	1.85
21231251--21231475	86	2.6	86	85	2	272	38	8	25	27	1.86
21236223--21236276	25	2.2	25	86	6	74	57	11	9	22	1.61
21236768--21237045	25	11.2	25	88	0	378	33	25	15	25	1.95
21240602--21240832	30	7.8	30	74	9	111	39	3	21	35	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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