genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  5  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1680597--1680760	29	5.6	30	75	21	122	34	29	3	33	1.73
1680601--1680738	29	4.7	30	76	18	132	34	29	3	32	1.75
1680658--1680760	30	3.4	30	77	18	124	33	28	2	34	1.72
1680629--1680760	59	2.2	59	95	0	237	34	28	2	34	1.70
1680629--1680802	59	2.9	59	88	1	215	31	30	5	32	1.81
1695840--1695908	29	2.4	29	92	4	113	40	27	13	18	1.88
1703586--1703629	22	2.0	22	100	0	88	31	13	9	45	1.75
1703591--1703639	22	2.2	22	88	0	71	36	16	6	40	1.73
1707013--1707048	13	2.6	14	86	4	56	50	0	0	50	1.00
1717899--1717937	7	5.6	7	90	0	51	46	33	0	20	1.51
1717884--1717938	21	2.7	20	75	10	58	47	30	1	20	1.60
1722454--1722496	23	2.0	22	86	9	61	30	0	2	67	1.03
1722451--1722510	32	1.9	30	90	6	93	35	0	1	63	1.05
1729056--1729334	140	2.0	141	85	4	377	28	21	20	30	1.98
1729533--1729912	141	2.6	141	81	4	393	31	17	18	32	1.95
1730108--1730811	141	5.0	141	84	2	896	28	20	20	30	1.97
1735183--1735226	23	1.9	23	86	9	63	22	6	6	63	1.43
1739672--1740727	247	4.3	249	83	2	1193	33	18	7	40	1.79
1739672--1740730	125	8.6	125	83	2	1138	33	18	7	40	1.78
1739789--1740730	372	2.5	373	83	3	1107	33	18	7	40	1.79
1741136--1741169	17	2.1	15	89	10	50	61	0	0	38	0.96
1750616--1750649	15	2.2	16	94	5	61	50	11	0	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1750612--1750651	19	2.2	18	90	4	62	50	12	0	37	1.41
1750821--1750845	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1758834--1758902	2	34.5	2	97	0	129	47	0	1	50	1.09
1767240--1767295	23	2.5	21	80	8	58	57	1	1	39	1.20
1768224--1768525	150	2.0	150	95	0	541	41	19	14	24	1.89
1769025--1769074	15	3.1	16	78	16	59	34	2	0	64	1.05
1778163--1778272	52	2.1	52	91	0	175	30	16	12	40	1.86
1787422--1787472	16	3.3	15	84	10	66	25	0	13	60	1.33
1789947--1790025	31	2.5	32	81	6	99	41	5	10	43	1.60
1790345--1790383	16	2.5	15	84	8	51	23	0	5	71	1.05
1792804--1792866	31	2.1	31	88	8	94	41	12	11	34	1.79
1795988--1796045	21	2.7	21	69	30	59	65	10	1	22	1.32
1797574--1797886	99	3.2	99	88	2	452	33	26	18	22	1.97
1797992--1798019	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1806150--1806194	17	2.8	16	83	6	56	44	4	0	51	1.21
1807546--1807588	21	2.0	21	86	0	59	34	6	27	30	1.83
1807801--1807840	20	2.0	20	85	0	53	30	0	10	60	1.30
1807808--1807852	20	2.2	21	84	7	58	31	0	8	60	1.28
1810042--1810078	19	2.0	19	89	5	58	51	8	5	35	1.55
1812638--1812673	13	2.7	13	95	4	63	38	0	2	58	1.13
1820336--1820533	57	3.5	57	89	2	299	23	24	22	28	1.99
1822976--1823024	4	12.2	4	80	8	55	69	0	28	2	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1822994--1823039	20	2.3	20	85	10	60	60	0	36	2	1.09
1825525--1825565	6	6.8	6	88	0	64	48	0	51	0	1.00
1825628--1825718	45	2.0	45	91	0	146	31	29	16	21	1.95
1828084--1828114	12	2.6	12	100	0	62	16	16	22	45	1.85
1828708--1828755	20	2.5	19	81	15	55	62	2	2	33	1.18
1828810--1828851	4	10.2	4	94	5	75	0	23	0	76	0.79
1830624--1830650	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
1835097--1835133	16	2.2	18	85	9	51	59	0	5	35	1.20
1836691--1836727	18	2.1	18	90	5	58	35	2	8	54	1.44
1839269--1839305	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
1842013--1842063	22	2.3	22	100	0	102	25	7	9	56	1.58
1850427--1850471	23	1.9	23	81	4	54	33	6	35	24	1.82
1853603--1853652	2	25.0	2	95	0	91	50	2	0	48	1.12
1856884--1857327	215	2.1	215	98	1	856	40	20	12	27	1.88
1861423--1861452	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1870750--1870792	22	2.0	22	81	9	52	65	6	2	25	1.30
1876673--1876718	15	3.1	15	77	0	56	65	2	0	32	1.05
1876873--1876935	27	2.3	27	94	0	108	15	31	33	19	1.93
1876874--1876954	27	3.0	27	85	3	101	18	30	29	20	1.97
1877063--1877103	20	1.9	23	85	14	61	60	0	7	31	1.24
1877108--1877238	57	2.4	55	78	10	142	56	5	2	35	1.35
1877302--1877362	27	2.3	27	94	0	104	14	24	39	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1877397--1877446	25	2.0	25	96	0	91	50	4	20	26	1.66
1877437--1877494	26	2.2	26	84	0	71	55	5	29	10	1.55
1880241--1880298	28	2.1	28	83	6	73	36	1	12	50	1.50
1880290--1880339	26	1.9	26	84	8	66	30	0	12	58	1.34
1880405--1880463	6	9.8	6	89	7	93	66	15	1	16	1.34
1880896--1880932	6	6.2	6	93	0	65	18	32	32	16	1.93
1882904--1882935	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
1883912--1883973	27	2.3	27	100	0	124	22	41	25	9	1.84
1888785--1888838	25	2.2	25	100	0	108	27	27	7	37	1.84
1897967--1898012	18	2.6	18	89	0	65	6	0	50	43	1.28
1904014--1904047	17	1.9	18	88	5	52	76	8	8	5	1.15
1906175--1906232	30	2.0	29	86	6	82	41	5	6	46	1.53
1907267--1907388	59	2.1	58	80	7	140	28	13	17	40	1.87
1913244--1913312	33	2.2	32	80	14	81	34	5	1	57	1.31
1914723--1914754	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
1917840--1918007	59	2.9	57	83	7	205	25	15	11	48	1.78
1917840--1918024	60	3.2	59	85	5	232	25	15	11	47	1.79
1918230--1918310	32	2.6	31	86	2	108	46	9	16	27	1.78
1918230--1918368	31	4.5	31	75	17	103	48	10	15	25	1.77
1918175--1918368	91	2.1	90	79	10	200	46	10	17	25	1.80
1918919--1918962	23	1.9	23	90	0	70	52	20	9	18	1.72
1922814--1922846	6	5.5	6	100	0	66	18	51	0	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1927523--1927569	24	2.0	24	87	4	69	29	10	10	48	1.71
1936632--1936966	142	2.4	141	84	3	435	36	20	17	25	1.95
1936632--1937029	142	2.8	141	81	3	358	36	21	17	24	1.94
1938823--1938921	29	3.4	29	75	10	103	24	9	9	57	1.58
1940112--1940146	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1952528--1952567	21	1.9	21	85	10	55	25	0	5	70	1.08
1956230--1956257	8	3.5	8	100	0	56	10	21	0	67	1.20
1956809--1956842	15	2.3	15	90	10	52	58	0	0	41	0.98
1957243--1957457	115	1.9	116	93	2	371	18	23	11	46	1.82
1968068--1968123	25	2.3	24	82	11	62	10	23	21	44	1.83
1969953--1969995	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
1974824--1974862	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
1978562--1978700	51	2.7	51	80	2	136	40	5	15	38	1.70
1992881--1992923	14	3.1	14	90	6	61	67	4	0	27	1.10
2016785--2016832	17	2.9	16	81	6	60	31	2	0	66	1.03
2019583--2019641	19	3.1	19	80	2	64	27	1	6	64	1.28
2019588--2019653	19	3.5	17	78	10	51	28	1	4	65	1.21
2019656--2019692	19	1.9	19	100	0	74	35	0	5	59	1.20
2019754--2019819	31	2.1	31	91	0	105	48	3	18	30	1.63
2035096--2035204	50	2.2	50	91	0	173	35	19	25	19	1.95
2035258--2035592	40	8.4	40	78	7	322	33	24	16	25	1.96
2035258--2035592	80	4.2	80	81	4	399	33	24	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039444--2039472	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2045725--2046245	184	2.8	183	85	3	706	40	19	13	26	1.89
2050608--2050647	9	4.4	9	90	0	62	65	17	12	5	1.44
2056521--2056551	14	2.3	14	94	5	55	64	9	0	25	1.24
2059749--2059844	31	3.2	29	77	5	75	38	15	11	34	1.84
2066221--2066245	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2069521--2069564	16	2.7	17	92	3	65	43	11	0	45	1.40
2069530--2069564	16	2.2	16	100	0	70	45	11	0	42	1.40
2079894--2079954	18	3.3	19	88	9	90	29	0	0	70	0.88
2079903--2079974	18	4.0	17	80	18	83	29	0	1	69	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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