genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  41  of  193  ( 23090 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12555318--12555376	4	14.5	4	79	10	57	69	0	30	0	0.89
12555308--12555346	13	2.8	13	92	7	60	71	2	25	0	0.98
12555308--12555363	17	3.2	17	87	5	67	67	1	30	0	1.01
12555306--12555376	15	4.7	15	80	16	76	67	1	30	0	0.99
12558399--12558437	20	1.9	21	89	5	62	23	2	20	53	1.57
12560700--12560749	16	3.3	15	73	21	50	34	0	6	60	1.21
12561294--12561336	21	2.1	21	86	4	61	60	11	0	27	1.31
12562544--12562602	27	2.1	29	84	6	77	32	1	1	64	1.13
12562564--12562606	22	1.9	23	85	4	61	32	2	0	65	1.06
12562541--12562608	22	3.0	22	73	14	59	32	2	1	63	1.18
12564514--12564578	29	2.2	29	78	10	71	30	1	6	61	1.29
12567554--12567630	17	4.6	16	83	4	84	36	1	6	55	1.34
12567545--12567628	34	2.5	33	86	5	123	36	1	5	55	1.32
12568582--12568791	30	7.1	30	82	9	177	37	20	2	39	1.68
12568588--12568940	59	6.0	59	75	12	201	36	23	3	36	1.71
12568718--12568855	30	4.7	29	81	9	111	37	25	2	34	1.68
12568829--12569025	29	6.8	29	76	9	159	34	29	6	29	1.82
12568894--12569029	29	4.7	29	86	4	177	32	31	7	28	1.85
12574321--12574378	25	2.3	25	85	8	73	75	0	18	5	0.98
12575331--12575756	50	8.5	49	79	8	423	34	18	31	14	1.91
12575333--12575756	149	2.8	149	84	4	525	35	18	31	14	1.91
12576123--12576233	39	2.9	39	77	4	127	23	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12576241--12577154	208	4.4	209	86	3	1112	37	18	21	22	1.94
12577534--12577558	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
12577542--12577625	34	2.5	33	88	5	123	36	1	5	55	1.32
12577551--12577627	17	4.6	17	87	4	95	36	1	6	55	1.34
12588403--12588437	18	1.9	18	88	0	52	17	14	11	57	1.66
12588869--12589388	49	10.6	48	72	11	322	40	19	24	16	1.91
12588851--12589446	98	6.1	98	88	2	808	39	20	23	16	1.92
12589834--12589876	12	3.6	12	83	0	59	37	2	0	60	1.10
12589847--12589886	6	6.7	6	82	0	53	45	0	0	55	0.99
12589835--12589886	24	2.2	24	92	0	86	40	1	0	57	1.10
12590568--12590632	9	7.2	9	74	19	55	58	1	0	40	1.07
12590547--12590632	15	5.7	15	73	10	77	54	1	0	44	1.07
12591528--12591991	29	16.1	30	68	18	195	33	26	3	35	1.74
12591623--12591996	59	6.5	58	77	13	346	33	27	3	36	1.75
12591886--12592017	29	4.5	28	76	17	110	31	25	7	34	1.84
12591766--12592044	59	4.7	58	79	9	244	32	26	5	36	1.79
12592245--12592438	97	2.0	97	86	4	275	28	19	14	37	1.91
12596413--12596477	30	2.2	30	83	5	78	66	0	3	30	1.07
12596424--12596473	20	2.5	20	83	9	66	66	0	4	30	1.10
12596860--12596899	6	6.8	6	85	5	55	45	0	0	55	0.99
12597438--12597480	21	2.0	21	86	8	61	34	2	2	60	1.22
12598444--12598818	30	12.7	30	79	7	302	37	24	1	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12598447--12598798	58	6.0	60	72	11	262	37	24	1	36	1.67
12598478--12598819	88	3.9	86	79	9	323	37	24	1	35	1.66
12598448--12598842	58	6.7	59	74	10	258	36	24	2	36	1.67
12606955--12607653	49	14.1	49	72	7	185	32	16	32	18	1.93
12606955--12607358	50	8.2	49	75	6	249	33	15	31	19	1.93
12606987--12607616	148	4.2	148	77	4	536	33	15	32	18	1.93
12606972--12607358	99	3.9	99	74	5	291	33	14	31	20	1.93
12607078--12607508	99	4.4	98	72	5	294	32	15	31	19	1.93
12607470--12607666	99	2.0	99	84	4	254	30	16	35	17	1.92
12609686--12609993	89	3.5	87	80	9	295	35	28	2	33	1.70
12609663--12610037	119	3.2	117	85	7	440	34	28	2	34	1.71
12609663--12609993	30	11.2	30	82	6	322	35	27	2	33	1.71
12611895--12611940	17	2.6	18	80	19	53	71	0	2	26	0.97
12617820--12617869	25	2.0	26	88	4	75	36	12	10	42	1.76
12624103--12624221	43	2.9	43	81	9	131	26	25	18	29	1.98
12624093--12624221	40	3.2	40	80	9	136	27	24	18	30	1.98
12625064--12625102	21	2.0	20	85	10	53	41	30	15	12	1.85
12640641--12640697	27	2.1	27	90	6	89	10	3	36	49	1.55
12649338--12649369	10	3.1	10	91	8	55	31	9	0	59	1.29
12654640--12654687	15	3.3	15	85	2	62	31	0	18	50	1.48
12655957--12656114	87	1.8	85	90	2	253	25	13	22	37	1.91
12664112--12664232	45	2.7	44	83	2	134	22	18	16	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12665014--12665055	21	2.0	22	86	9	61	47	7	0	45	1.30
12666888--12666956	31	2.2	31	87	5	95	27	14	11	46	1.79
12667163--12667237	29	2.5	29	84	6	87	45	13	14	26	1.82
12667563--12667623	27	2.2	28	80	11	72	57	3	0	39	1.15
12667599--12667632	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
12667756--12667831	33	2.2	35	79	13	95	47	11	9	31	1.72
12667764--12667857	33	2.8	33	77	3	91	52	10	8	28	1.65
12668725--12668837	20	5.8	20	71	15	76	66	0	0	31	1.04
12668719--12668774	27	2.0	29	93	6	98	67	0	0	32	0.91
12669319--12669568	90	2.8	88	79	7	242	32	10	15	42	1.81
12669319--12669508	86	2.2	86	82	7	213	31	9	15	43	1.79
12674568--12674610	23	1.9	22	90	4	68	46	2	0	51	1.13
12681851--12681880	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
12697502--12697545	23	1.9	23	90	9	72	54	0	0	45	0.99
12698128--12698212	31	2.8	31	80	5	93	43	10	8	37	1.69
12703095--12703140	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
12706365--12706405	20	2.1	19	86	4	55	70	14	4	9	1.30
12713108--12713224	42	2.8	42	84	1	144	35	10	26	28	1.89
12719865--12720041	41	4.3	41	89	2	248	35	12	27	24	1.91
12719904--12720134	82	2.8	84	80	5	229	35	10	26	26	1.90
12723884--12723921	13	2.9	13	88	7	51	34	0	5	60	1.19
12727524--12727612	31	2.9	29	77	9	97	42	11	11	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12736629--12736683	24	2.3	24	96	0	101	23	21	25	29	1.99
12738179--12738370	102	1.9	98	87	4	276	39	13	22	25	1.90
12751152--12751313	86	1.9	87	88	1	245	26	14	25	33	1.94
12751155--12751339	87	2.2	86	84	2	237	27	15	24	32	1.95
12751155--12751393	87	2.8	87	81	5	236	26	15	24	33	1.95
12759939--12760034	29	3.2	29	91	2	138	40	20	9	29	1.84
12762492--12762549	17	3.4	17	80	2	62	48	12	18	20	1.80
12762492--12762556	17	3.8	17	75	2	58	49	10	20	20	1.78
12766229--12766301	24	3.0	24	80	5	85	38	26	17	17	1.92
12771540--12771590	17	3.0	17	72	11	50	29	0	21	49	1.50
12777139--12777211	33	2.2	32	78	9	76	20	15	9	54	1.68
12777240--12777551	162	1.9	162	96	0	581	25	16	13	44	1.84
12777244--12777606	162	2.2	160	90	2	523	24	18	15	42	1.88
12777651--12777707	30	1.9	30	85	0	78	38	19	7	35	1.79
12777663--12777766	52	2.0	52	88	3	156	41	22	3	32	1.72
12777692--12777736	22	2.0	22	91	0	72	40	26	4	28	1.75
12777716--12777873	30	5.3	30	88	1	210	39	25	1	33	1.64
12777849--12778102	60	4.3	57	81	9	226	33	28	3	35	1.73
12777890--12778103	30	7.2	31	67	13	117	32	26	3	36	1.74
12777881--12778102	60	3.7	59	89	2	311	33	27	3	36	1.74
12789738--12790227	68	7.0	68	93	3	784	33	17	20	27	1.96
12789750--12790303	68	7.7	75	91	6	594	33	17	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12790625--12790707	17	4.9	17	86	0	103	42	0	3	54	1.18
12790632--12790698	6	11.7	6	79	9	77	43	0	2	53	1.16
12790632--12790698	11	5.8	12	79	10	77	43	0	2	53	1.16
12791740--12791773	17	2.0	17	88	0	50	70	0	23	5	1.09
12792116--12792188	33	2.2	32	78	9	76	19	15	9	56	1.66
12792217--12792529	162	1.9	162	95	1	565	25	16	12	45	1.82
12792626--12792764	30	4.7	30	85	6	176	39	23	3	33	1.72
12792745--12792936	59	3.3	59	86	2	208	33	28	2	35	1.71
12792782--12792936	30	5.2	30	70	22	130	32	27	3	36	1.73
12792777--12792936	29	5.4	28	68	17	101	33	27	3	36	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193