genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  76  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24540443--24540578	7	19.3	7	71	7	87	20	0	37	41	1.53
24540985--24541042	6	9.7	6	83	7	55	3	36	15	44	1.63
24540998--24541046	18	2.7	18	87	6	64	6	32	20	40	1.77
24541008--24541046	6	6.5	6	90	0	51	7	33	20	38	1.81
24542891--24542973	37	2.3	36	91	4	132	45	21	0	32	1.52
24543049--24543092	12	3.8	12	80	17	56	68	2	0	29	1.02
24545959--24545988	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
24548251--24548308	17	3.4	17	82	0	62	50	15	15	18	1.79
24560128--24560164	14	2.7	14	80	19	51	21	0	2	75	0.92
24566349--24566506	83	1.9	83	98	0	307	28	10	25	35	1.89
24572129--24572304	87	2.0	87	96	0	325	26	27	10	34	1.90
24575290--24575347	27	2.3	26	83	13	77	46	1	0	51	1.11
24581830--24581868	14	2.7	15	84	8	62	74	17	0	7	1.05
24586214--24586259	22	2.0	23	84	12	60	43	2	15	39	1.59
24588700--24588813	56	2.1	56	83	6	146	22	8	4	64	1.40
24604439--24604477	20	2.1	18	85	9	51	74	5	10	10	1.21
24617116--24617147	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
24622986--24623061	27	2.8	28	88	7	113	32	21	18	27	1.96
24625793--24625835	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
24631859--24631917	9	6.6	9	77	12	50	37	0	0	62	0.95
24631854--24631918	26	2.4	28	84	7	80	40	0	1	58	1.07
24649796--24649834	18	2.2	18	95	0	69	33	28	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24650966--24651032	30	2.2	31	81	5	75	56	2	4	35	1.35
24657994--24658023	7	4.3	7	100	0	60	43	30	13	13	1.82
24675293--24675375	43	1.9	43	85	0	112	16	21	30	31	1.96
24677198--24677267	31	2.3	31	87	7	99	44	12	15	27	1.83
24677210--24677275	31	2.1	31	89	10	100	46	9	18	25	1.78
24684938--24684980	19	2.3	19	88	8	61	39	11	2	46	1.53
24686902--24686926	8	3.1	8	100	0	50	36	0	12	52	1.39
24688190--24688234	23	2.0	23	100	0	90	26	17	26	28	1.98
24695363--24695427	23	2.8	23	92	0	103	38	18	16	26	1.92
24700920--24700964	16	2.8	17	80	10	58	48	2	4	44	1.35
24700919--24700955	18	2.2	16	90	9	56	59	0	2	37	1.12
24704876--24705589	358	2.0	360	97	1	1353	41	5	7	45	1.54
24706288--24706355	31	2.3	29	82	10	75	48	5	0	45	1.26
24708090--24708119	11	2.6	12	89	10	53	16	0	0	83	0.65
24710645--24710686	20	2.1	20	95	0	75	69	4	21	4	1.26
24712902--24712940	20	2.0	20	84	0	51	28	23	7	41	1.82
24715803--24715855	13	4.1	13	80	9	72	35	26	5	32	1.80
24715798--24715848	26	2.0	26	96	0	93	33	27	3	35	1.75
24724694--24724863	36	4.7	35	88	1	205	35	17	27	19	1.94
24737447--24737481	15	2.3	15	90	0	52	68	8	8	14	1.38
24745811--24747391	525	3.0	525	95	0	2865	28	23	13	34	1.93
24751055--24751081	14	1.9	14	100	0	54	29	25	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24754048--24754089	17	2.5	17	88	7	59	16	2	2	78	0.96
24767781--24767813	17	1.9	17	93	0	57	18	18	12	51	1.76
24774152--24774190	21	1.9	21	89	5	62	41	10	17	30	1.83
24778570--24778640	26	2.7	26	84	4	90	28	23	21	26	1.99
24778622--24778709	38	2.3	38	82	5	108	32	17	22	27	1.96
24779946--24779984	17	2.3	17	86	8	53	56	12	10	20	1.65
24781453--24781849	198	2.0	198	97	0	758	22	18	21	37	1.94
24787817--24787849	9	3.9	9	84	15	52	90	0	9	0	0.44
24787819--24787849	16	1.9	16	100	0	62	90	0	9	0	0.46
24788116--24788191	38	2.0	38	97	0	143	31	17	18	32	1.94
24795529--24795573	19	2.2	21	84	7	58	2	20	0	77	0.87
24795536--24795579	10	4.2	10	80	11	52	0	20	0	79	0.73
24802327--24802358	14	2.4	14	94	5	57	65	0	21	12	1.25
24817985--24818024	18	2.1	20	90	9	66	27	17	30	25	1.97
24820925--24821022	38	2.6	37	80	6	108	29	10	24	35	1.88
24823133--24823182	22	2.3	22	89	0	73	12	34	24	30	1.91
24823348--24823392	24	1.9	23	86	13	65	28	4	0	66	1.11
24849390--24850287	448	2.0	448	98	0	1733	29	16	18	35	1.92
24854692--24854873	92	2.0	92	88	0	274	34	14	20	30	1.92
24865756--24865795	15	2.7	15	85	11	55	37	2	22	37	1.68
24883075--24883131	24	2.4	23	80	13	62	28	15	7	49	1.71
24892618--24892663	9	5.4	9	77	15	53	65	2	32	0	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24892624--24892666	12	3.6	12	93	0	77	65	0	34	0	0.93
24893083--24893123	17	2.4	18	80	19	52	17	17	14	51	1.77
24899585--24899645	30	2.2	27	78	18	79	34	8	19	37	1.82
24905578--24905635	17	3.4	17	75	0	53	20	17	13	48	1.81
24913572--24913634	17	3.7	17	77	12	58	53	14	19	12	1.72
24913610--24913652	17	2.4	18	85	11	54	62	11	13	11	1.54
24925542--24925601	26	2.3	26	97	0	111	30	23	18	28	1.98
24925535--24925623	26	3.4	26	85	0	106	30	22	17	29	1.97
24937607--24937712	26	4.1	26	86	0	140	28	21	20	29	1.98
24938983--24939026	22	2.0	23	82	13	56	68	4	15	11	1.36
24940647--24940688	14	3.1	14	79	6	50	45	9	14	30	1.77
24960646--24960691	18	2.5	19	82	7	58	34	2	2	60	1.21
24968162--24968195	17	2.0	17	94	0	59	52	14	20	11	1.73
24969773--24969861	43	2.1	43	89	0	133	43	12	16	26	1.84
24971778--24971816	20	2.0	20	84	0	51	17	7	2	71	1.21
24976773--24976882	55	2.0	55	100	0	220	47	5	23	23	1.72
24980744--24980951	80	2.6	80	86	1	285	20	17	28	34	1.95
24991313--24991366	21	2.6	21	84	0	81	40	12	18	27	1.87
24994818--24994883	34	1.9	34	84	6	89	19	19	13	46	1.83
24994826--24994883	17	3.4	17	75	0	53	20	17	13	48	1.81
25003767--25003842	26	2.9	26	88	3	109	30	21	19	28	1.97
25003841--25003931	38	2.5	36	75	7	96	28	13	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25003967--25004042	36	2.1	37	95	2	136	25	19	30	25	1.98
25008293--25008393	38	2.8	36	76	15	91	31	12	18	36	1.89
25008416--25008536	37	3.2	37	86	2	161	23	18	29	28	1.98
25008402--25008524	37	3.3	37	82	3	158	21	16	32	29	1.95
25042856--25042894	17	2.2	18	86	13	55	23	5	0	71	1.05
25055305--25055356	12	4.2	12	76	9	50	61	0	36	1	1.07
25062640--25062707	17	3.9	17	76	3	64	61	10	11	16	1.56
25086153--25086202	13	3.8	13	79	12	57	26	0	2	72	0.96
25086153--25086202	26	1.9	26	84	8	66	26	0	2	72	0.96
25094680--25094733	18	2.9	18	81	13	74	75	0	20	3	0.95
25094680--25094738	10	6.2	10	75	16	63	76	0	20	3	0.93
25103465--25103518	27	2.0	28	82	10	67	72	1	16	9	1.19
25103465--25103518	28	2.0	27	82	10	65	72	1	16	9	1.19
25135179--25135220	14	3.0	14	86	13	68	38	28	14	19	1.90
25135179--25135216	7	5.4	7	87	12	60	42	26	15	15	1.87
25137231--25137264	6	5.5	6	86	6	50	82	0	17	0	0.67
25138082--25138108	7	3.9	7	100	0	54	59	0	29	11	1.32
25143863--25143926	30	2.1	30	82	5	76	42	10	21	25	1.85
25150081--25150146	24	2.7	24	76	17	64	1	40	0	57	1.08
25158482--25158529	15	3.2	15	75	0	51	22	33	10	33	1.88
25164939--25165015	9	8.9	9	70	25	60	53	1	0	45	1.08
25164928--25165036	20	5.4	20	73	16	73	50	0	1	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25164934--25165036	21	5.0	21	74	15	74	49	0	0	48	1.14
25167590--25167637	15	3.1	15	80	13	62	83	0	14	2	0.74
25167591--25167634	20	2.2	20	84	8	54	81	0	15	2	0.78
25167574--25167634	12	5.1	12	76	9	54	77	0	19	3	0.91
25169704--25170263	279	2.0	279	100	0	1120	31	18	18	31	1.95
25175415--25175453	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
25179885--25179979	15	6.3	15	73	4	66	25	29	15	29	1.96
25179884--25179956	30	2.4	30	84	4	94	27	31	15	26	1.95
25179975--25180025	15	3.4	16	76	10	54	23	33	11	31	1.91
25181402--25181477	35	2.2	35	92	0	125	27	15	13	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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