genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   

This is table  77  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25185911--25185957	24	2.0	24	83	8	60	44	8	4	42	1.54
25194411--25194449	16	2.4	16	95	0	69	43	25	0	30	1.55
25201178--25201230	28	1.9	27	84	3	70	54	7	11	26	1.62
25206145--25206190	20	2.3	19	82	10	56	43	2	6	47	1.41
25208292--25208316	13	1.9	13	100	0	50	8	4	8	80	1.03
25213955--25213993	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
25216313--25216359	23	2.0	23	91	0	76	21	10	10	57	1.62
25217542--25217622	29	2.8	29	90	0	126	35	19	12	32	1.89
25218368--25218440	34	2.1	34	94	0	128	50	0	19	30	1.48
25218651--25218696	23	2.0	23	82	0	56	34	17	13	34	1.88
25219131--25219171	21	2.0	21	90	0	64	36	21	19	21	1.95
25222378--25222466	40	2.2	40	81	0	106	29	21	15	33	1.94
25229909--25229933	5	5.0	5	100	0	50	40	40	0	20	1.52
25235487--25235528	21	2.0	21	90	0	66	19	19	19	42	1.89
25236623--25236691	29	2.4	30	80	7	72	55	5	0	39	1.24
25236678--25236718	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
25237811--25237850	14	2.7	15	80	7	55	45	27	0	27	1.54
25250830--25250902	35	2.1	35	100	0	146	21	27	21	28	1.99
25252933--25253373	23	19.6	23	80	5	434	45	13	6	34	1.69
25253183--25253258	40	1.9	39	89	2	116	44	10	6	38	1.65
25254228--25254269	16	2.6	16	88	0	66	40	2	28	28	1.69
25254439--25254524	26	3.4	25	71	10	86	53	2	1	43	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25254450--25254546	49	2.0	48	84	11	126	52	3	1	43	1.23
25265209--25265270	21	3.0	21	81	9	72	32	27	12	27	1.93
25268880--25268953	36	2.1	36	84	0	94	37	28	9	24	1.86
25269023--25269536	23	22.3	23	86	0	623	46	13	5	34	1.68
25292929--25292986	27	2.1	28	81	15	68	56	0	34	8	1.30
25293384--25293437	18	3.1	18	78	5	56	20	11	11	57	1.63
25293384--25293437	17	3.1	17	81	2	54	20	11	11	57	1.63
25299043--25299072	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
25299069--25299102	10	3.5	10	84	8	52	20	20	8	50	1.75
25299233--25299302	20	3.5	20	78	7	61	41	12	8	37	1.74
25302839--25302889	22	2.3	22	86	10	68	50	0	5	43	1.26
25302846--25302889	22	1.9	24	90	9	74	47	0	6	45	1.29
25316159--25316226	17	3.4	18	74	22	57	61	1	5	30	1.28
25316215--25316249	15	2.2	16	90	5	54	57	5	5	31	1.46
25316166--25316264	17	5.9	16	72	16	51	63	3	4	29	1.27
25316703--25316755	18	3.1	18	86	10	67	54	0	0	45	0.99
25320188--25320219	4	8.0	4	92	0	55	25	0	21	53	1.46
25320363--25320457	40	2.4	40	83	1	138	44	7	26	22	1.79
25320427--25320474	24	2.0	24	100	0	96	50	8	29	12	1.69
25321571--25321641	21	3.4	21	78	0	79	35	16	18	29	1.93
25326147--25326280	40	3.4	40	85	1	180	44	5	23	26	1.76
25328947--25328988	6	6.8	6	82	15	50	47	45	0	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25328947--25328988	13	3.4	12	83	12	50	47	45	0	7	1.30
25328947--25328987	18	2.2	19	87	12	59	48	43	0	7	1.30
25329073--25329130	23	2.5	23	86	5	73	32	18	15	32	1.93
25340736--25340791	28	1.9	30	82	7	71	69	1	1	26	1.08
25341179--25341227	17	2.8	18	78	12	57	32	0	4	63	1.13
25347393--25347681	114	2.5	113	86	1	371	24	25	16	33	1.96
25347942--25348706	99	7.8	99	79	4	715	19	29	15	35	1.93
25348110--25348706	296	2.0	294	82	5	720	20	30	15	34	1.93
25370787--25370840	15	3.6	15	94	0	90	66	0	31	1	1.02
25383770--25383803	15	2.2	16	89	5	52	67	2	29	0	1.05
25384167--25384192	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
25384414--25388553	690	6.0	690	95	1	7307	33	13	19	33	1.91
25411292--25411316	12	2.1	12	100	0	50	16	8	28	48	1.74
25413830--25413870	17	2.4	18	80	12	50	24	19	7	48	1.74
25414456--25414489	14	2.5	13	86	13	50	79	0	20	0	0.73
25436153--25436182	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
25441635--25441678	21	2.2	20	84	12	54	27	11	22	38	1.88
25442317--25442594	43	6.5	43	88	0	355	25	26	11	36	1.89
25442317--25442594	86	3.3	85	88	1	405	25	26	11	36	1.89
25452599--25452644	23	2.0	22	83	4	56	54	2	17	26	1.54
25453331--25453430	23	4.4	23	85	2	139	29	16	28	27	1.97
25453331--25453430	45	2.2	46	89	1	148	29	16	28	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25458664--25458728	19	3.3	19	66	8	58	32	30	20	16	1.95
25458660--25458749	40	2.2	40	96	3	164	33	25	22	18	1.97
25463920--25463958	11	3.5	11	100	0	78	53	0	17	28	1.44
25464544--25464725	81	2.2	80	87	1	247	20	15	29	34	1.94
25475724--25475785	32	1.9	32	93	0	106	38	17	12	30	1.88
25478359--25478546	28	6.8	27	80	6	92	32	22	16	28	1.96
25478359--25478428	27	2.6	27	86	2	86	34	24	17	24	1.96
25478383--25478571	28	6.8	28	79	6	179	30	23	15	30	1.95
25478388--25478557	84	2.0	83	84	4	216	30	21	15	32	1.95
25478385--25478571	56	3.4	56	80	5	218	30	23	14	31	1.95
25482129--25482163	18	1.9	18	94	0	61	37	20	11	31	1.88
25482636--25482662	6	4.5	6	100	0	54	18	14	14	51	1.76
25489834--25489885	18	2.9	18	79	0	59	42	26	15	15	1.87
25495999--25496058	5	11.2	5	81	15	59	75	0	25	0	0.81
25495994--25496058	22	3.0	22	78	19	73	73	0	26	0	0.83
25495994--25496059	3	22.7	3	76	17	68	72	0	27	0	0.85
25495994--25496058	27	2.4	27	87	7	87	73	0	26	0	0.83
25518011--25518049	19	2.1	19	100	0	78	15	25	23	35	1.94
25529806--25529867	10	6.5	10	73	14	51	3	17	1	77	0.98
25530438--25530487	17	3.0	17	77	13	59	62	12	8	18	1.53
25562940--25563011	18	4.2	19	78	20	61	18	23	22	36	1.95
25566875--25567401	264	2.0	264	98	0	1018	32	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25569874--25570001	40	3.2	40	72	4	123	37	19	19	23	1.94
25576288--25576387	25	4.0	25	100	0	200	32	20	20	28	1.97
25578123--25578196	36	2.1	36	100	0	148	16	31	13	39	1.87
25579564--25579614	19	2.6	19	87	9	68	39	0	3	56	1.18
25581267--25581340	34	2.2	33	82	7	85	29	9	5	55	1.54
25582045--25582375	30	11.2	30	77	8	243	33	22	2	40	1.68
25582065--25582375	60	5.3	60	83	4	339	34	23	2	40	1.68
25582052--25582374	90	3.7	89	79	5	309	33	23	2	40	1.69
25588042--25588079	17	2.2	17	86	9	51	81	0	18	0	0.69
25588370--25588680	112	2.8	109	81	7	337	29	21	9	38	1.86
25589454--25591187	78	22.3	78	74	9	559	25	31	18	24	1.98
25589615--25591058	39	37.2	39	69	14	479	25	31	18	24	1.98
25590719--25590910	77	2.5	78	85	2	244	26	31	17	25	1.97
25591123--25591212	39	2.3	38	94	1	153	26	35	13	24	1.92
25591164--25591327	78	2.1	78	81	2	186	23	28	18	29	1.98
25591300--25591448	79	1.9	78	84	4	201	26	32	18	22	1.97
25591298--25591551	39	6.5	39	71	10	196	28	29	17	24	1.97
25593124--25593406	30	9.6	30	73	11	194	34	23	3	38	1.72
25593124--25593393	89	3.1	86	80	9	285	34	23	3	38	1.71
25595371--25595442	2	36.0	2	97	0	135	51	0	0	48	1.00
25618142--25618177	17	2.1	17	89	0	54	69	0	27	2	1.02
25619460--25619486	12	2.2	12	100	0	54	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25619473--25619529	24	2.4	24	93	0	96	31	19	15	33	1.93
25622141--25622198	29	2.0	28	83	9	73	46	15	3	34	1.63
25626005--25626062	30	2.0	30	83	10	75	43	22	3	31	1.70
25626351--25626416	31	2.2	31	83	8	82	27	12	16	43	1.83
25648803--25648845	17	2.5	17	84	0	59	27	23	18	30	1.98
25688885--25688927	23	1.9	23	85	4	61	48	0	44	6	1.29
25693544--25693585	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
25699029--25699063	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
25699991--25700024	8	4.1	8	85	7	50	11	0	5	82	0.83
25702877--25702930	18	3.0	18	76	21	51	9	40	0	50	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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