genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  45  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13730497--13730526	15	2.0	15	100	0	60	66	6	0	26	1.16
13738450--13738513	21	3.2	20	70	17	51	50	10	0	39	1.38
13738331--13738667	164	2.1	160	86	6	466	45	8	2	43	1.50
13738750--13738817	23	2.9	24	72	12	68	42	7	1	48	1.40
13738651--13738862	49	4.4	48	67	14	128	47	7	2	42	1.45
13738488--13738927	147	3.0	141	83	7	530	46	7	2	42	1.47
13763051--13763111	15	4.1	15	79	8	61	14	34	3	47	1.61
13763056--13763096	21	2.0	21	95	0	73	14	34	0	51	1.43
13763717--13763746	13	2.4	13	94	5	53	46	16	20	16	1.84
13763717--13763746	6	4.8	6	92	8	51	46	16	20	16	1.84
13765248--13765305	18	3.4	18	68	18	52	36	3	10	50	1.54
13765234--13765342	32	3.4	32	85	0	137	40	3	11	44	1.57
13775685--13775730	13	3.7	13	82	8	60	54	13	0	32	1.39
13777671--13777722	24	2.2	24	82	0	59	51	5	21	21	1.68
13782350--13782391	22	1.9	22	100	0	84	30	16	23	28	1.96
13782325--13782457	69	1.9	69	92	0	221	41	12	18	27	1.87
13782709--13782752	22	2.0	22	90	0	70	38	6	2	52	1.41
13783146--13783332	103	1.8	103	88	2	286	32	25	12	29	1.93
13786049--13786082	6	5.7	6	85	0	50	79	0	2	17	0.86
13788891--13788944	21	2.6	21	82	5	65	31	12	25	29	1.93
13791246--13791325	28	2.9	28	86	0	97	50	18	18	12	1.78
13800843--13801079	52	4.6	52	84	3	300	27	13	21	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13805010--13805037	12	2.3	12	100	0	56	32	0	35	32	1.58
13805444--13805477	13	2.5	13	85	4	50	44	14	0	41	1.45
13806695--13806728	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
13811512--13811549	13	3.0	13	84	3	51	52	15	0	31	1.43
13815096--13815146	20	2.5	21	72	15	61	41	1	25	31	1.67
13817274--13817389	39	3.0	39	84	0	169	36	22	18	23	1.95
13817372--13817409	20	1.9	20	94	0	67	39	18	15	26	1.91
13817387--13817480	39	2.4	40	85	3	120	37	20	19	23	1.94
13817294--13817481	98	1.9	98	85	2	261	37	21	17	23	1.94
13819550--13819577	14	2.0	14	100	0	56	35	0	42	21	1.53
13821444--13821480	15	2.5	15	100	0	74	32	24	13	29	1.93
13826577--13826684	6	18.0	6	75	14	89	49	0	1	48	1.18
13826581--13826645	17	4.1	15	81	15	78	43	0	3	53	1.16
13826585--13826648	31	2.1	31	91	5	103	43	0	3	53	1.16
13826567--13826647	11	7.5	11	72	19	64	41	0	3	54	1.18
13826577--13826684	42	2.6	41	80	7	110	49	0	1	48	1.18
13826761--13826799	12	2.9	14	81	14	55	38	28	17	15	1.91
13828420--13828670	30	8.4	30	93	0	405	37	22	4	35	1.74
13828662--13828743	30	2.7	30	76	12	78	32	29	2	35	1.71
13828694--13828978	59	4.8	59	86	1	385	31	28	4	35	1.78
13828693--13828922	30	7.8	29	65	11	117	32	28	4	34	1.78
13828694--13828978	118	2.4	119	88	3	425	31	28	4	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13828694--13829014	118	2.7	117	85	4	423	30	28	5	35	1.81
13840887--13841193	68	4.4	68	88	7	472	33	17	20	27	1.96
13840990--13841503	38	14.6	38	74	16	482	33	18	20	27	1.96
13840888--13841505	105	5.9	104	78	13	687	33	17	20	27	1.96
13841067--13841193	67	1.9	68	95	1	229	33	17	20	28	1.95
13840922--13841229	143	2.1	144	95	1	557	33	17	20	28	1.96
13841172--13841535	69	5.3	69	97	0	646	34	18	20	27	1.96
13841831--13841938	6	18.0	6	75	14	89	49	0	1	48	1.18
13841835--13841899	17	4.1	15	81	15	78	43	0	3	53	1.16
13841839--13841902	31	2.1	31	91	5	103	43	0	3	53	1.16
13841821--13841901	11	7.5	11	72	19	64	41	0	3	54	1.18
13841831--13841938	42	2.6	41	80	7	110	49	0	1	48	1.18
13842016--13842054	12	2.9	14	81	14	55	38	28	17	15	1.91
13843675--13843865	30	6.4	30	91	1	294	38	23	3	34	1.73
13843797--13843851	19	3.3	19	63	36	54	41	27	3	27	1.72
13843898--13844050	30	5.2	30	64	12	100	32	28	3	35	1.73
13843883--13844173	59	4.9	59	85	2	379	30	27	5	36	1.80
13843856--13844172	118	2.7	119	86	3	417	30	26	5	37	1.79
13848797--13848846	25	2.0	25	88	0	73	20	24	6	50	1.70
13853570--13853744	9	20.1	8	68	22	56	58	5	0	35	1.22
13853686--13853737	19	2.6	19	75	6	59	61	3	0	34	1.14
13853966--13854002	6	6.0	6	96	3	65	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13854315--13854393	41	2.0	40	82	7	97	27	1	5	65	1.21
13854347--13854414	31	2.2	32	82	10	79	27	1	5	64	1.25
13854425--13854454	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
13854451--13854565	19	5.9	19	73	17	67	37	2	0	59	1.18
13857520--13857649	21	6.2	21	78	0	107	32	18	31	17	1.94
13857519--13857607	42	2.1	42	87	0	124	31	19	33	15	1.93
13857528--13857733	63	3.3	63	73	6	184	33	19	30	16	1.94
13857532--13857733	42	4.8	42	76	8	160	33	19	30	16	1.95
13857576--13857662	21	4.1	21	72	5	68	34	18	27	19	1.95
13857684--13857733	21	2.4	21	89	0	73	32	24	32	12	1.91
13866221--13866258	9	4.2	9	93	0	67	47	13	10	28	1.76
13866225--13866266	18	2.3	18	87	0	57	47	16	11	23	1.80
13866458--13866489	5	6.4	5	96	0	55	18	78	0	3	0.89
13869521--13869610	42	2.1	43	95	4	173	52	7	6	33	1.56
13872330--13872395	31	2.2	30	84	13	82	46	3	1	48	1.26
13872382--13872425	23	1.9	23	85	0	61	40	2	2	54	1.25
13873438--13873507	23	3.0	23	82	2	86	32	14	11	41	1.81
13873467--13873525	23	2.6	23	83	5	66	37	11	13	37	1.82
13897748--13897789	19	2.2	19	91	0	66	26	16	35	21	1.94
13898183--13898236	25	2.2	25	83	6	65	42	25	11	20	1.85
13900272--13900362	35	2.6	35	79	8	96	38	9	21	29	1.86
13904090--13904114	6	4.2	6	100	0	50	80	20	0	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13908553--13908596	18	2.6	16	82	7	52	6	36	0	56	1.26
13908553--13908600	16	2.8	18	73	23	50	6	37	0	56	1.25
13917423--13917469	21	2.2	22	88	7	78	53	2	6	38	1.39
13917966--13918019	4	14.0	4	81	14	53	70	0	29	0	0.88
13917966--13918043	25	3.7	21	70	18	63	70	0	28	1	0.95
13917965--13918040	29	2.6	29	77	4	82	69	0	28	1	0.96
13917978--13918039	33	1.9	32	87	9	90	70	0	27	1	0.96
13918255--13918329	35	2.2	33	79	13	87	29	0	12	58	1.34
13918275--13918333	19	3.3	19	68	22	63	27	0	11	61	1.31
13918272--13918343	35	2.1	35	100	0	144	27	0	11	61	1.30
13918350--13918381	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
13918354--13918387	12	3.0	11	87	8	50	32	0	0	67	0.91
13918438--13918467	5	5.8	5	96	4	51	20	0	0	80	0.72
13918458--13918520	21	3.0	21	90	2	101	31	1	11	55	1.44
13918452--13918509	21	2.4	25	72	24	70	27	0	8	63	1.23
13919888--13919987	43	2.3	43	89	0	155	31	11	13	45	1.78
13920441--13920481	6	6.8	6	85	0	55	53	2	43	0	1.13
13926627--13926671	23	2.0	23	86	0	63	31	13	20	35	1.91
13926895--13927007	57	2.0	58	85	5	158	45	17	0	36	1.55
13928281--13928309	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
13933885--13934040	79	2.0	79	83	2	197	22	21	25	31	1.98
13933903--13934113	80	2.7	79	79	3	219	21	22	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13944548--13944732	42	4.4	42	90	0	280	32	9	29	28	1.89
13944548--13944784	42	5.6	42	86	2	271	32	10	27	29	1.91
13944704--13944841	43	3.2	43	81	4	136	35	12	22	29	1.91
13944627--13944850	42	5.3	42	81	5	154	33	10	25	31	1.90
13947703--13947814	38	2.9	37	74	15	93	26	11	10	50	1.71
13948372--13948437	20	3.3	20	72	8	71	53	12	18	16	1.73
13948354--13948437	40	2.1	40	86	6	116	51	10	19	19	1.75
13952449--13952493	23	2.0	23	90	0	72	6	31	17	44	1.75
13955331--13955371	18	2.5	17	84	11	50	51	2	7	39	1.43
13955846--13955890	20	2.2	20	88	7	65	55	2	6	35	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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