genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  47  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14323321--14323487	85	2.0	85	85	0	226	38	17	21	22	1.93
14323157--14323850	209	3.3	209	87	0	978	37	16	22	24	1.94
14322399--14323638	644	1.9	640	85	4	1724	38	18	20	22	1.94
14323529--14323693	85	1.9	85	82	2	206	36	14	24	24	1.93
14324720--14324779	30	2.0	30	90	6	95	38	3	0	58	1.15
14324732--14324792	30	2.0	30	90	6	97	36	1	1	60	1.16
14325741--14325857	30	3.9	30	81	10	132	34	21	5	39	1.75
14325832--14325914	30	2.8	31	74	7	91	33	26	6	33	1.81
14327243--14327273	15	2.1	15	100	0	62	64	6	22	6	1.40
14329686--14329720	18	1.9	18	88	0	52	11	45	0	42	1.40
14331035--14331074	22	1.9	20	85	10	53	42	2	25	30	1.68
14339077--14339174	26	3.8	26	79	2	99	33	16	12	37	1.86
14339739--14339797	27	2.2	27	84	0	73	13	10	37	38	1.79
14339747--14339852	27	3.9	27	81	4	115	16	15	33	34	1.90
14354656--14354695	18	2.3	18	86	4	55	20	17	10	52	1.72
14357776--14357854	17	4.6	17	75	1	59	21	20	10	48	1.79
14358423--14358448	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
14363190--14363235	23	2.0	24	83	12	60	47	2	2	47	1.26
14363189--14363238	6	8.3	6	77	16	50	48	2	2	48	1.24
14363189--14363239	13	3.7	13	80	14	57	47	1	1	49	1.24
14363246--14363731	123	4.0	122	90	2	733	43	8	10	37	1.69
14363591--14363637	22	2.2	21	81	11	51	59	2	8	29	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14375929--14375971	22	2.0	22	100	0	86	20	9	41	27	1.83
14378342--14378452	38	2.9	38	86	1	150	27	21	19	30	1.98
14378345--14378465	38	3.2	38	77	14	133	28	20	20	29	1.98
14378865--14378900	3	12.0	3	93	0	63	30	0	0	69	0.89
14379461--14379522	17	3.6	17	88	2	88	48	17	17	16	1.82
14379464--14379540	34	2.2	34	83	2	91	46	14	19	19	1.83
14380871--14380910	22	1.9	20	85	10	53	72	7	0	20	1.08
14382170--14382262	38	2.4	38	81	0	114	30	17	19	33	1.95
14383984--14384033	22	2.4	20	80	6	55	44	36	6	14	1.69
14388086--14388140	24	2.3	24	81	15	69	49	7	16	27	1.72
14390712--14390765	18	3.1	17	86	5	72	1	27	0	70	0.98
14396854--14396903	18	2.8	18	81	9	57	16	18	28	38	1.91
14407819--14407858	18	2.2	18	86	8	55	77	0	2	20	0.88
14407847--14407933	27	3.2	27	69	18	81	65	6	8	19	1.42
14410464--14410506	9	4.7	9	80	5	50	20	41	2	34	1.65
14410663--14410722	30	2.0	29	83	6	75	33	1	5	60	1.29
14413634--14413670	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
14426810--14426862	18	2.9	17	78	13	52	30	3	3	62	1.30
14429553--14429606	26	2.2	24	83	9	65	38	11	20	29	1.87
14429722--14429760	5	7.4	5	86	11	51	0	33	5	61	1.18
14432526--14432574	22	2.1	23	85	7	64	59	22	2	16	1.47
14436612--14436723	40	2.8	40	82	6	138	29	2	6	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14437352--14437382	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
14438840--14439121	139	2.0	140	99	0	557	38	18	6	36	1.77
14439689--14439748	19	3.1	19	80	2	75	46	15	21	16	1.83
14439862--14439896	18	1.9	18	94	0	61	20	0	28	51	1.47
14450186--14450218	13	2.4	14	90	5	50	54	3	0	42	1.15
14450935--14450973	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
14454622--14454654	17	2.0	17	88	5	50	33	6	3	57	1.38
14454755--14454813	27	2.3	24	76	18	57	27	3	0	69	1.04
14455068--14455167	18	5.4	18	66	11	58	69	4	0	27	1.07
14455079--14455133	26	2.1	26	86	6	76	63	3	0	32	1.12
14455068--14455165	39	2.6	38	79	10	112	68	4	0	27	1.08
14460692--14460759	28	2.4	27	81	11	75	23	0	35	41	1.55
14460737--14460776	7	5.6	7	94	5	71	25	0	30	45	1.54
14460716--14460782	21	3.2	21	79	12	75	23	0	32	43	1.54
14463403--14463454	23	2.3	22	77	9	52	48	1	3	46	1.31
14463619--14463650	17	1.9	16	93	6	55	53	3	0	43	1.16
14463662--14463695	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
14466242--14466319	36	2.2	36	85	0	102	34	24	11	29	1.91
14467995--14468205	107	1.9	109	90	4	338	45	6	18	30	1.73
14476128--14476191	25	2.5	25	79	18	69	53	0	0	46	1.00
14479920--14479988	29	2.3	30	75	2	77	47	0	1	50	1.09
14484853--14484902	22	2.3	22	96	0	91	32	20	30	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14484897--14484944	21	2.3	22	82	10	64	25	10	37	27	1.88
14488201--14488230	13	2.4	12	89	10	51	0	16	0	83	0.65
14488839--14488876	18	2.1	19	85	5	51	57	7	13	21	1.60
14512334--14512433	36	2.8	36	95	0	173	33	18	27	22	1.96
14518969--14519068	52	1.9	52	83	4	130	42	2	6	50	1.38
14520511--14520673	63	2.6	63	78	5	152	38	31	7	22	1.82
14525022--14525067	24	1.9	24	90	0	74	21	21	23	32	1.98
14535857--14535924	11	6.3	11	77	1	66	20	4	4	70	1.22
14541815--14541844	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14560241--14560461	43	5.0	43	89	2	307	35	10	24	28	1.89
14562796--14562993	110	1.8	110	84	4	274	28	10	16	44	1.80
14566631--14566693	30	2.1	30	100	0	126	20	26	19	33	1.96
14567093--14567133	7	5.7	7	91	2	64	85	0	14	0	0.60
14567425--14567477	20	2.7	20	81	0	61	20	16	11	50	1.76
14568118--14568466	98	3.6	98	72	13	311	35	18	18	26	1.95
14568198--14568558	101	3.7	97	76	12	362	35	20	17	27	1.95
14568308--14568471	47	3.4	47	69	10	134	34	22	18	25	1.96
14568152--14568553	196	2.1	196	87	3	569	35	19	17	27	1.94
14568198--14568566	98	3.7	100	76	12	379	34	20	17	27	1.95
14568785--14569610	81	10.2	80	81	8	419	32	26	15	24	1.96
14568791--14569610	162	5.1	160	80	8	746	32	26	16	24	1.96
14568863--14569609	243	3.1	241	80	8	836	33	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14579142--14579225	6	14.3	6	72	13	50	39	1	3	55	1.25
14579142--14579189	23	2.1	22	85	14	62	45	0	0	54	0.99
14579159--14579239	17	4.6	17	78	6	90	38	2	3	55	1.31
14580699--14580745	3	15.7	3	95	0	85	29	0	2	68	1.02
14584916--14584951	17	2.0	19	89	10	58	16	13	16	52	1.74
14586581--14586668	6	14.5	6	78	18	69	81	3	11	3	0.93
14587494--14588130	100	6.4	100	87	0	925	37	21	25	14	1.92
14588560--14589118	206	2.8	200	80	5	636	36	19	20	23	1.95
14589544--14589616	17	4.2	17	75	6	74	36	2	4	56	1.33
14589538--14589606	36	1.9	36	96	0	129	31	1	7	59	1.33
14591081--14591124	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
14598753--14598823	32	2.2	32	77	5	81	49	4	7	39	1.49
14599064--14599242	96	1.9	96	100	0	358	34	21	8	34	1.85
14601302--14601352	19	2.6	20	84	3	68	58	1	1	37	1.20
14601302--14601346	20	2.3	20	88	3	65	60	2	0	37	1.09
14609098--14609168	24	3.1	21	78	15	61	23	4	1	70	1.13
14609097--14609153	14	4.2	13	76	14	53	24	3	1	70	1.13
14610088--14610130	11	3.8	12	78	9	54	81	0	18	0	0.69
14610085--14610130	21	2.2	21	84	7	58	82	0	17	0	0.67
14610818--14610861	23	1.9	23	85	0	61	31	29	20	18	1.96
14621136--14621367	41	5.6	41	84	4	263	25	25	9	40	1.85
14631582--14631767	41	4.5	41	85	4	239	25	24	10	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14631582--14631772	83	2.3	83	88	3	276	26	23	10	39	1.87
14632608--14632655	22	2.2	21	77	3	51	35	14	0	50	1.44
14642262--14642286	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14643801--14643866	27	2.4	27	78	9	64	51	3	1	43	1.26
14648171--14648247	29	2.7	29	83	0	82	23	23	27	25	2.00
14648414--14648446	11	2.8	12	86	13	50	33	3	0	63	1.10
14648577--14648623	20	2.3	20	82	7	60	29	0	0	70	0.88
14651475--14651516	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
14656979--14657013	12	2.9	12	91	0	52	80	2	2	14	0.95
14656979--14657013	17	2.1	17	88	0	52	80	2	2	14	0.95

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