genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032248.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60359545

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   

This is table  55  of  193  ( 23090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17096742--17096826	29	2.9	29	85	0	107	25	20	11	42	1.86
17096742--17096853	29	3.9	29	83	2	100	25	17	12	43	1.85
17097949--17097997	17	2.9	17	81	6	64	67	0	0	32	0.91
17102465--17102507	21	2.0	21	81	0	50	46	2	27	23	1.64
17104043--17104094	20	2.5	21	82	14	56	48	0	11	40	1.40
17120375--17120621	52	4.6	56	83	9	252	33	24	14	27	1.94
17120435--17120621	52	3.6	52	92	1	304	34	25	14	26	1.94
17122984--17123041	29	2.0	29	100	0	116	37	6	13	41	1.72
17123328--17123361	18	2.0	16	88	11	50	55	2	5	35	1.39
17123550--17123619	35	2.0	35	94	0	122	54	8	10	27	1.63
17125732--17125776	23	1.9	24	95	4	83	17	11	11	60	1.59
17125732--17125772	12	3.5	12	80	6	57	17	12	12	58	1.63
17126775--17126812	18	2.1	19	90	5	60	57	0	0	42	0.98
17126774--17126818	22	2.0	22	83	8	56	57	0	0	42	0.98
17126842--17126894	16	3.3	16	77	15	56	73	7	3	15	1.20
17137306--17137353	21	2.3	21	80	16	55	31	18	0	50	1.48
17137595--17137673	22	3.6	20	79	14	77	43	20	24	12	1.86
17139135--17139178	11	3.9	11	79	5	52	59	4	0	36	1.18
17142012--17142064	13	4.1	13	76	9	63	33	5	24	35	1.79
17142020--17142069	26	1.9	26	91	0	82	36	4	26	34	1.75
17143229--17143293	18	3.6	18	93	0	112	20	23	29	27	1.98
17144452--17144557	21	4.9	22	69	18	62	47	2	1	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17144527--17144569	14	3.1	14	78	15	54	51	2	0	46	1.13
17146272--17146460	72	2.6	72	93	0	317	54	16	5	23	1.62
17149460--17149493	11	3.0	11	83	8	50	64	0	29	5	1.17
17149460--17149496	12	3.2	12	84	7	58	62	0	29	8	1.24
17149577--17149622	19	2.5	18	82	6	56	60	0	32	6	1.22
17150858--17150918	30	2.0	30	83	0	77	36	14	9	39	1.80
17152313--17152360	21	2.3	21	80	16	55	33	16	0	50	1.46
17154106--17154148	12	3.7	11	78	9	50	60	4	0	34	1.17
17156546--17156603	31	1.9	30	92	3	98	43	17	8	31	1.79
17171351--17171447	20	4.8	20	76	0	95	41	10	8	40	1.69
17171861--17171912	24	2.1	25	82	3	61	48	11	7	32	1.68
17178297--17178450	51	3.0	51	92	1	256	29	21	13	35	1.92
17187772--17187881	51	2.2	51	83	3	132	51	0	7	40	1.36
17191462--17191524	21	3.0	21	78	0	72	20	15	34	28	1.94
17200727--17200939	24	8.9	24	76	0	201	21	27	15	35	1.93
17200728--17200939	48	4.4	48	85	0	253	21	27	15	35	1.93
17201410--17201453	21	2.1	21	87	8	63	43	20	0	36	1.52
17201419--17201458	21	2.0	21	90	5	64	40	25	0	35	1.56
17201566--17201724	4	39.5	4	96	3	277	1	24	0	73	0.93
17213668--17213879	116	1.8	116	80	4	257	29	9	28	32	1.88
17219575--17219626	21	2.5	20	84	12	61	34	26	13	25	1.93
17224610--17224665	17	3.2	17	74	18	60	66	0	3	30	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17224651--17224732	35	2.4	35	89	4	123	51	7	4	36	1.51
17224727--17224765	7	5.6	7	91	8	62	58	0	0	41	0.98
17224761--17224809	22	2.2	22	89	7	73	36	4	8	51	1.51
17224949--17224978	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
17228952--17229014	33	1.9	33	87	6	92	20	6	9	63	1.46
17230611--17230648	19	2.1	19	90	5	60	63	5	0	31	1.17
17230877--17230929	22	2.5	21	84	9	63	73	7	0	18	1.06
17230879--17230966	14	6.5	13	70	15	63	75	4	3	17	1.12
17231174--17231237	13	4.9	13	70	12	51	75	4	3	17	1.11
17231253--17231295	16	2.8	16	82	3	52	74	6	2	16	1.14
17231542--17231585	23	1.9	23	90	0	70	52	11	2	34	1.50
17231732--17231773	22	1.9	22	85	0	57	14	4	19	61	1.49
17231956--17232026	36	2.0	35	81	10	83	29	5	4	60	1.38
17233109--17233219	54	2.1	54	86	3	152	28	25	17	28	1.97
17233244--17233670	59	7.2	59	80	9	264	27	17	16	38	1.91
17233222--17233670	119	3.8	116	80	8	415	26	17	16	39	1.90
17233329--17233651	177	1.8	179	83	8	435	26	15	16	41	1.88
17235008--17235045	20	1.9	20	94	0	67	60	10	7	21	1.54
17236089--17236160	22	3.3	22	80	5	83	16	5	37	40	1.72
17236295--17236403	35	3.2	35	68	15	111	43	6	8	42	1.60
17236268--17236409	66	2.1	66	93	2	239	45	4	6	43	1.51
17236434--17236473	11	3.7	11	87	12	57	45	0	2	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17236556--17236603	12	3.7	12	75	20	51	39	8	0	52	1.32
17236565--17236599	17	2.1	16	89	5	52	48	8	0	42	1.33
17236556--17236612	28	2.0	28	86	0	78	42	10	0	47	1.38
17239437--17239483	13	3.8	12	81	10	51	36	2	0	61	1.08
17242571--17242721	77	2.0	76	85	1	203	38	17	9	34	1.82
17243035--17243113	30	2.7	29	82	9	97	58	2	0	39	1.12
17243662--17243716	10	5.1	11	78	6	51	65	1	1	30	1.13
17245052--17245090	12	3.2	12	82	13	53	7	43	7	41	1.62
17246174--17246199	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
17248431--17248886	102	4.5	102	90	0	664	25	24	25	23	2.00
17248607--17248739	33	3.9	34	67	10	92	25	23	27	24	2.00
17249206--17249578	136	2.8	136	94	1	637	40	17	3	38	1.68
17256353--17256654	102	3.0	102	91	0	453	25	25	25	23	2.00
17256865--17256895	15	2.1	15	93	0	53	25	25	25	22	2.00
17256971--17257339	132	2.8	132	95	0	650	40	17	4	37	1.71
17259850--17259908	21	2.6	22	78	10	57	55	1	6	35	1.36
17259883--17259970	19	4.6	19	73	20	60	63	2	5	28	1.29
17261836--17261878	16	2.6	17	85	7	61	46	2	0	51	1.13
17265963--17265987	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
17269097--17269131	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
17269218--17269253	3	12.3	3	88	5	56	2	27	0	69	1.02
17269215--17269255	17	2.4	17	91	0	64	2	26	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17269590--17269877	96	3.0	96	98	0	549	46	3	20	28	1.68
17285725--17285789	32	2.0	32	82	8	78	40	4	18	36	1.71
17288612--17288648	16	2.3	16	90	0	56	56	18	0	24	1.41
17290400--17290441	20	2.2	20	86	4	59	28	4	2	64	1.26
17290410--17290449	20	2.0	20	85	0	53	30	5	2	62	1.29
17290735--17290784	20	2.5	20	80	9	57	46	2	16	36	1.58
17294529--17294566	18	2.1	19	85	5	51	34	10	10	44	1.73
17300981--17301023	8	5.2	8	86	13	61	51	0	37	11	1.39
17314936--17315097	86	1.9	86	90	0	261	30	27	19	22	1.98
17333743--17333790	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
17334431--17334471	16	2.6	16	88	7	57	34	2	0	63	1.08
17334431--17334489	26	2.3	24	80	11	64	33	1	1	62	1.15
17335363--17335414	21	2.5	21	87	0	68	50	11	26	11	1.73
17336148--17336174	7	3.9	7	100	0	54	59	14	14	11	1.62
17360701--17360748	22	2.2	22	96	0	87	54	20	8	16	1.68
17362300--17362466	26	6.5	26	79	3	185	34	17	21	26	1.96
17362300--17362466	52	3.2	52	84	4	205	34	17	21	26	1.96
17362297--17362451	78	2.0	78	90	0	247	34	17	22	25	1.96
17383287--17383350	30	2.1	30	100	0	128	25	39	15	20	1.92
17386611--17386680	34	2.1	34	86	5	97	22	22	7	47	1.76
17388932--17388981	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
17389623--17389811	26	7.3	26	81	1	193	33	15	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17389619--17389797	78	2.3	78	84	0	232	33	15	25	26	1.95
17389630--17389811	52	3.5	52	84	2	224	33	15	25	25	1.95
17389632--17389833	26	7.7	27	78	6	87	33	14	25	26	1.95
17394352--17394389	17	2.3	17	81	4	51	50	2	0	47	1.15
17394718--17394757	19	2.1	19	85	0	53	20	17	7	55	1.66
17394808--17394838	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
17399789--17399860	25	2.8	25	82	2	81	20	30	20	27	1.98
17401490--17401529	17	2.4	17	87	8	55	30	0	7	62	1.23
17401797--17401829	4	8.5	4	93	6	59	0	0	75	24	0.80
17401955--17402021	35	1.9	35	87	6	100	53	0	0	46	1.00

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